seq1 = pF1KA1877.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KA1877/gi568815596r_106706681.tfa (gi568815596r:106706681_106943977), 237297 bp

>pF1KA1877 1587
>gi568815596r:106706681_106943977 (Chr2)

(complement)

1-943  (100001-100943)   100% ->
944-1041  (109832-109929)   100% ->
1042-1143  (111312-111413)   100% ->
1144-1318  (113738-113912)   100% ->
1319-1587  (137029-137297)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACCACACTTGAAGCAATGGAGACAACGAATGCTTTTCGGAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACCACACTTGAAGCAATGGAGACAACGAATGCTTTTCGGAATATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCTTGGGGGCTCCTCTTTTTGCTGATTTTCATCTACTTCACCGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCTTGGGGGCTCCTCTTTTTGCTGATTTTCATCTACTTCACCGACAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCCGCTGAGCCTGTACCCAGCTCCCTCTCCTTCCTGGAGACCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCCCGCTGAGCCTGTACCCAGCTCCCTCTCCTTCCTGGAGACCAGGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCTGCCGGTGCAGGGGAAGCAGCGGGCCATCATGGGCGCCGCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTGCCGGTGCAGGGGAAGCAGCGGGCCATCATGGGCGCCGCACATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCTCCCCGCCTGGGGGCCTGGACGCACGCCAGGCGCTGCCCCGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCTCCCCGCCTGGGGGCCTGGACGCACGCCAGGCGCTGCCCCGCGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCCAGCCGGTTCCTTTCATGCGGGGCCTGGAGACCTGCAGAAATGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCCAGCCGGTTCCTTTCATGCGGGGCCTGGAGACCTGCAGAAATGGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTCCCAAGATGGGTTTGAACATAAAGAGTTTTTTTCATCCCAGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGTCCCAAGATGGGTTTGAACATAAAGAGTTTTTTTCATCCCAGGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGAAAATCTCAAAGTGCTTTCTACCCGGAGGATGACGACTACTTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGAAAATCTCAAAGTGCTTTCTACCCGGAGGATGACGACTACTTTTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGCTGGTCAGCCAGGGTGGCACAGCCACACTCAGGGGACATTGGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGCTGGTCAGCCAGGGTGGCACAGCCACACTCAGGGGACATTGGGATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTTCCCCCGGGGAGCCAGGCCCACGGGAGGGGGCTTTTCCGGCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTTCCCCCGGGGAGCCAGGCCCACGGGAGGGGGCTTTTCCGGCTGCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTCCAGAGGAGGCGGGTGAAGAAGAGGCACCGGAGGCAGAGAAGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTCCAGAGGAGGCGGGTGAAGAAGAGGCACCGGAGGCAGAGAAGGAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGTGTTGGAGGAGGGCGACGACGGCGACAGGCTGTACTCCTCCATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGTGTTGGAGGAGGGCGACGACGGCGACAGGCTGTACTCCTCCATGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGGCCTTCCTGTACCGGCTCTGGAAGGGGAACGTCTCTTCCAAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGGCCTTCCTGTACCGGCTCTGGAAGGGGAACGTCTCTTCCAAAATGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAACCCGCGCCTGCAGAAGGCGATGAAGGATTACCTGACCGCCAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAACCCGCGCCTGCAGAAGGCGATGAAGGATTACCTGACCGCCAACAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGGGGTGCGCTTCCGCGGGAAGCGGGAGGCCGGGCTGAGCAGGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACGGGGTGCGCTTCCGCGGGAAGCGGGAGGCCGGGCTGAGCAGGGCACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGCTGTGCCAGCTGCGGAGCCGCGCGCGCGTGCGGACGCTGGACGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGCTGTGCCAGCTGCGGAGCCGCGCGCGCGTGCGGACGCTGGACGGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGAGGCGCCCTTTTCTGCGCTGGGCTGGCGGCGCCTGGTGCCCGCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGAGGCGCCCTTTTCTGCGCTGGGCTGGCGGCGCCTGGTGCCCGCCGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCCTGAGCCAGCTGCACCCCCGCGGCCTGCGCAGCTGCGCTGTCGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCCTGAGCCAGCTGCACCCCCGCGGCCTGCGCAGCTGCGCTGTCGTCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTGCAGGCGCAATCCTCAACTCTTCCTTGGGCGAGGAAATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100901 TCTGCAGGCGCAATCCTCAACTCTTCCTTGGGCGAGGAAATAGGTA...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944   ATTCTCATGATGCGGTTTTGAGATTTAACTCTGCTCCTACACGTGGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109830 AGATTCTCATGATGCGGTTTTGAGATTTAACTCTGCTCCTACACGTGGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ATGAGAAAGATGTTGGGAATAAAACCACCATACGCATCATTAATTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109880 ATGAGAAAGATGTTGGGAATAAAACCACCATACGCATCATTAATTCGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042          ATTCTGACCAACCCCAGCCATCACTTCATTGACAGTTCACT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109930 GTA...CAGATTCTGACCAACCCCAGCCATCACTTCATTGACAGTTCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GTATAAAGACGTCATTTTGGTGGCCTGGGACCCTGCCCCATATTCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111353 GTATAAAGACGTCATTTTGGTGGCCTGGGACCCTGCCCCATATTCCGCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ATCTTAACCTG         TGGTACAAAAAACCGGATTACAACCTGTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111403 ATCTTAACCTGGTA...TAGTGGTACAAAAAACCGGATTACAACCTGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACTCCATATATTCAGCATCGTCAGAGAAACCCAAATCAGCCATTTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113768 ACTCCATATATTCAGCATCGTCAGAGAAACCCAAATCAGCCATTTTACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TCTTCATCCTAAATTTATATGGCAGCTCTGGGATATTATCCAGGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113818 TCTTCATCCTAAATTTATATGGCAGCTCTGGGATATTATCCAGGAGAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTAAAGAGAAGATTCAACCAAACCCACCATCTTCTGGTTTCATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113868 CTAAAGAGAAGATTCAACCAAACCCACCATCTTCTGGTTTCATTGGTA..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319     GAATCCTCATCATGATGTCCATGTGCAGAGAGGTGCACGTGTATGA
        .>>>|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113918 .CAGGAATCCTCATAATGATGTCCATGTGCAGAGAGGTGCACGTGTATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 ATATATCCCATCCGTGCGGCAGACGGAGCTGTGCCACTACCACGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137075 ATATATCCCATCCGTGCGGCAGACGGAGCTGTGCCACTACCACGAGCTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ACTACGACGCAGCCTGCACCCTCGGGGCGTACCACCCACTACTCTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137125 ACTACGACGCAGCCTGCACCCTCGGGGCGTACCACCCACTACTCTATGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AAGCTCCTGGTGCAGCGCCTGAACATGGGCACGCAGGGGGATTTGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137175 AAGCTCCTGGTGCAGCGCCTGAACATGGGCACGCAGGGGGATTTGCATCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CAAGGGCAAGGTGGTTCTTCCTGGCTTCCAGGCGGTGCACTGCCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 137225 CAAGGGCAAGGTGGTTCTTCCCGGCTTCCAGGCGGTGCACTGCCCTGCAC

   1600     .    :    .    :
   1565 CAAGTCCAGTCATTCCACACTCT
        |||||||||||||||||||||||
 137275 CAAGTCCAGTCATTCCACACTCT