seq1 = pF1KA1868.tfa, 1995 bp
seq2 = pF1KA1868/gi568815596f_231106239.tfa (gi568815596f:231106239_231445091), 338853 bp

>pF1KA1868 1995
>gi568815596f:231106239_231445091 (Chr2)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-177  (101889-102014)   100% ->
178-348  (108593-108763)   100% ->
349-504  (110400-110555)   100% ->
505-597  (116490-116582)   97% ->
598-622  (120536-120560)   100% ->
623-780  (128986-129143)   100% ->
781-879  (133705-133803)   100% ->
880-914  (150348-150382)   100% ->
915-1026  (152753-152864)   100% ->
1027-1119  (156068-156160)   100% ->
1120-1210  (164744-164834)   100% ->
1211-1334  (166717-166840)   100% ->
1335-1474  (170398-170537)   100% ->
1475-1551  (172144-172220)   100% ->
1552-1626  (175821-175895)   100% ->
1627-1717  (185115-185205)   100% ->
1718-1773  (189960-190015)   100% ->
1774-1878  (225555-225659)   100% ->
1879-1995  (238737-238853)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGACATTCTGGCTCATGAATCTGAATTACTTGGACTAGTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGACATTCTGGCTCATGAATCTGAATTACTTGGACTAGTGAAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         TATTTAGATTTTGCTGAATTTGAAGACACCTTGAAAACAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...TAGTATTTAGATTTTGCTGAATTTGAAGACACCTTGAAAACAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTCAAAAGAATGCAAAATAAAAGGAAAACCATTGTGTAAAACAGTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101929 TTTCAAAAGAATGCAAAATAAAAGGAAAACCATTGTGTAAAACAGTAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGATCTTTCAGAGACTCCAAATCATTGACAATTCAG         AAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101979 GGATCTTTCAGAGACTCCAAATCATTGACAATTCAGGTA...CAGAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTTGTCGCTGCATTTGACAACGGAGACCAGAAGGTGTTCTTCGATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108598 TCTTGTCGCTGCATTTGACAACGGAGACCAGAAGGTGTTCTTCGATCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGAGGAGCACATTTCAAGTTCCATCCGAGATGGGGACTCCTTTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108648 GGGAGGAGCACATTTCAAGTTCCATCCGAGATGGGGACTCCTTTGCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCTGGAATTCTATCTCCACATCCATTTTGCCATCTATCTTTTGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108698 AAGCTGGAATTCTATCTCCACATCCATTTTGCCATCTATCTTTTGAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCTGTGGGGAGACCG         GACAAAGAGGAGCTGGATGAAAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108748 CTCTGTGGGGAGACCGGTG...TAGGACAAAGAGGAGCTGGATGAAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTTCCTACTTCAAAACCTACCTGGAGACCAAAGGGGCAGCCTTGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110425 TTTCCTACTTCAAAACCTACCTGGAGACCAAAGGGGCAGCCTTGAGCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCACAGAGTTTCTTCCTTTCTATGCCCTTCCTTTTGTTCCCAACCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110475 ACCACAGAGTTTCTTCCTTTCTATGCCCTTCCTTTTGTTCCCAACCCTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTGCACCCCTCATTTAAAGAACTCTTCCAG         GATTCCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110525 GGTGCACCCCTCATTTAAAGAACTCTTCCAGGTA...TAGGATTCCTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCCAGAGTTAAAGTTGAAGTTGGAAAAGTTTCTAGCTTTAATATCTAAA
        |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
 116500 CTCCAGAGTTAAAGTTGAAGTTGATAAAGTTTCTAGCTTTAATATCTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCAGCAACACGCCAAAGCTTTTAACAATATAT         AAGGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116550 GCCAGCAACACGCCAAAGCTTTTAACAATATATGTA...CAGAAGGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGACAAAGTAACAAAG         AAATCTTGCAGCAGCTCCACCAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120544 TGGACAAAGTAACAAAGGTA...TAGAAATCTTGCAGCAGCTCCACCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCTGGTTGAAGCTGAACGTAGGTCAGTGACATACCTCAAACGGTACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129010 AGCTGGTTGAAGCTGAACGTAGGTCAGTGACATACCTCAAACGGTACAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGATCCAGGCCGACTACCACAATCTCATTGGAGTCACAGCAGAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129060 AAGATCCAGGCCGACTACCACAATCTCATTGGAGTCACAGCAGAGCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGATTCTCTAGAGGCCACAGTCAGCGGCAAGATG         ATCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 129110 GGATTCTCTAGAGGCCACAGTCAGCGGCAAGATGGTA...CAGATCACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGAGTACCTCCAGAGCGTCTGTGTCCGCCTGTTCAGTAACCAGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133712 CTGAGTACCTCCAGAGCGTCTGTGTCCGCCTGTTCAGTAACCAGATGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGAGCCTGGCGCATAGTGTGGACTTCACGAGGCCTGGGACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 133762 CAGAGCCTGGCGCATAGTGTGGACTTCACGAGGCCTGGGACGGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880  GCATCCACCATGTTACGAGCCTCCTTGGCACCCGT         GAAAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 150347 GGCATCCACCATGTTACGAGCCTCCTTGGCACCCGTGTA...TAGGAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGAAGGATGTCCCATTACTGCCCTCCTTGGATTATGAGAAACTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152758 TGAAGGATGTCCCATTACTGCCCTCCTTGGATTATGAGAAACTGAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GATTTGATTTTGGGGAGTGACCGCTTGAAAGCCTTCTTGTTGCAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152808 GATTTGATTTTGGGGAGTGACCGCTTGAAAGCCTTCTTGTTGCAGGCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCGCTGG         CGCTTGACCACATCCCATCCTGGAGAGCAGAGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152858 GCGCTGGGTA...CAGCGCTTGACCACATCCCATCCTGGAGAGCAGAGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGACCGTTCTGCAAGCCTACATCAGCAATGACCTCTTGGACTGTTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156102 AGACCGTTCTGCAAGCCTACATCAGCAATGACCTCTTGGACTGTTATAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CACAACCAG         AGGAGTGTGCTTCAGTTGCTGCACTCCACGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 156152 CACAACCAGGTT...CAGAGGAGTGTGCTTCAGTTGCTGCACTCCACGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CGACGTGGTGCGGCAGTACATGGCCAGGCTCATCAATGCTTTTGCGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164776 CGACGTGGTGCGGCAGTACATGGCCAGGCTCATCAATGCTTTTGCGTCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGGCAGAAG         GTCGCCTCTACCTTGCCCAGAACACAAAGGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 164826 TGGCAGAAGGTG...CAGGTCGCCTCTACCTTGCCCAGAACACAAAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTGCAGATGCTGGAGGGAAGGCTGAAGGAGGAGGACAAGGATATCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166749 CTGCAGATGCTGGAGGGAAGGCTGAAGGAGGAGGACAAGGATATCATCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CAGGGAGAATGTTCTTGGGGCCCTGCAGAAGTTCAGTCTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 166799 CAGGGAGAATGTTCTTGGGGCCCTGCAGAAGTTCAGTCTCAGGTA...CA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1335  GCGCCCGCTGCAGACAGCGATGATTCAAGACGGCCTCATCTTCTGGCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170397 GGCGCCCGCTGCAGACAGCGATGATTCAAGACGGCCTCATCTTCTGGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTTGATGTTCTGAAGGACCCTGACTGCCTGTCTGACTACACGCTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170447 GTTGATGTTCTGAAGGACCCTGACTGCCTGTCTGACTACACGCTGGAGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CTCGGTGGCTTTGCTCATGAACCTCTGCCTCCGCAGCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 170497 CTCGGTGGCTTTGCTCATGAACCTCTGCCTCCGCAGCACAGGTC...TAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GGAAGAACATGTGTGCCAAGGTGGCAGGCCTCGTGCTCAAAGTCCTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172144 GGAAGAACATGTGTGCCAAGGTGGCAGGCCTCGTGCTCAAAGTCCTTTCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GATCTTCTTGGCCATGAAAACCATGAG         ATACAGCCGTATGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 172194 GATCTTCTTGGCCATGAAAACCATGAGGTA...AAGATACAGCCGTATGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 GAATGGAGCTCTGTACAGCATCCTTTCTGTTCCATCCATTCGTGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175835 GAATGGAGCTCTGTACAGCATCCTTTCTGTTCCATCCATTCGTGAGGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CAAGAGCAATG         GGAATGGAAGACATCCTACGCTGCTTCATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 175885 CAAGAGCAATGGTA...TAGGGAATGGAAGACATCCTACGCTGCTTCATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 AAAGAAGGCAATGCTGAAATGATCCGCCAGATAGAATTCATCATCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185145 AAAGAAGGCAATGCTGAAATGATCCGCCAGATAGAATTCATCATCAAGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 GCTAAATTCCG         AAGAGCTACCAGATGGTGTTCTTGAATCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 185195 GCTAAATTCCGGTC...TAGAAGAGCTACCAGATGGTGTTCTTGAATCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 ATGATGATGAAGATGAAGATGATGAA         GAGGACCATGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 189990 ATGATGATGAAGATGAAGATGATGAAGTA...CAGGAGGACCATGACATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 ATGGAAGCCGATCTGGACAAAGACGAACTGATCCAGCCCCAGCTCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225570 ATGGAAGCCGATCTGGACAAAGACGAACTGATCCAGCCCCAGCTCGGAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 ACTCTCAGGAGAGAAGCTTCTGACCACGGAGTACCTGGGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 225620 ACTCTCAGGAGAGAAGCTTCTGACCACGGAGTACCTGGGGGTA...CAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 TCATGACCAACACGGGGAAGACAAGGCGGAAGGGGCTGGCTAATGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238738 TCATGACCAACACGGGGAAGACAAGGCGGAAGGGGCTGGCTAATGTGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 TGGAGCGGGGATGAGCCCCTGCAAAGGCCCGTCACCCCCGGCGGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238788 TGGAGCGGGGATGAGCCCCTGCAAAGGCCCGTCACCCCCGGCGGCCACAG

   2150     .    :    .
   1980 AAACGGGTACCCAGTG
        ||||||||||||||||
 238838 AAACGGGTACCCAGTG