seq1 = pF1KA1853.tfa, 1833 bp
seq2 = pF1KA1853/gi568815586f_118881883.tfa (gi568815586f:118881883_119256698), 374816 bp

>pF1KA1853 1833
>gi568815586f:118881883_119256698 (Chr12)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-278  (220354-220500)   100% ->
279-365  (232396-232482)   100% ->
366-437  (235055-235126)   100% ->
438-464  (238368-238394)   100% ->
465-515  (240188-240238)   100% ->
516-614  (243499-243597)   100% ->
615-771  (248796-248952)   100% ->
772-1076  (263499-263803)   100% ->
1077-1280  (269135-269338)   100% ->
1281-1391  (271657-271767)   100% ->
1392-1532  (272361-272501)   100% ->
1533-1833  (274613-274913)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAGCGTTCAGCAAGGCGAGAAGCAGCTTTTTGAGAAGTTCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAGCGTTCAGCAAGGCGAGAAGCAGCTTTTTGAGAAGTTCTGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGAACCTTCAAAGCGGTGGCCACCCCCCGTCCCGAGAGCATCATTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGAACCTTCAAAGCGGTGGCCACCCCCCGTCCCGAGAGCATCATTGTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGTATCACGGCCCGCAAGCCGCTGCCAAG         GACAGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 CCAGTATCACGGCCCGCAAGCCGCTGCCAAGGTA...TAGGACAGAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGAATAACCCCGTTGTCCCAGCTCAGGATGGACCCTCAGAAAAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220364 CAGAATAACCCCGTTGTCCCAGCTCAGGATGGACCCTCAGAAAAGCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGCATCTGGCCACCGAGCCCTTGGGCACCAACAGTTGGGAGAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220414 TCAGCATCTGGCCACCGAGCCCTTGGGCACCAACAGTTGGGAGAGAGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACCTGTCGGGAACTGGGTGCCACCAGAGGACACAG         TGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 220464 AGACCTGTCGGGAACTGGGTGCCACCAGAGGACACAGGTG...CAGTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTCATGACAAAGACTTGACACCACCACCTTCCTCCAGGGGAAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232400 TCTCATGACAAAGACTTGACACCACCACCTTCCTCCAGGGGAAAGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAGAAGAAATCCACTCGGAAGAAGAGAAGGAG         GTCCTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 232450 AAAGAAGAAATCCACTCGGAAGAAGAGAAGGAGGTA...CAGGTCCTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTATAGCCCATCGCCTGTCAAGAAAAAGAAGAAGAAAAGTTCCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235063 CCTATAGCCCATCGCCTGTCAAGAAAAAGAAGAAGAAAAGTTCCAAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACAAGCGACGCAG         GTCATTCTCCAAGAAGAGAAGGCACAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 235113 CACAAGCGACGCAGGTA...CAGGTCATTCTCCAAGAAGAGAAGGCACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465          CTCCTCTAGCCCAAAAAGCAAAAGAAGAGATGAGAAGAGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238395 GTA...TAGCTCCTCTAGCCCAAAAAGCAAAAGAAGAGATGAGAAGAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAAGAAACA         ATCTCGAAGCCGGCCCCGAAAGTCTCACCGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 240229 ACAAGAAACAGTA...AAGATCTCGAAGCCGGCCCCGAAAGTCTCACCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CACCGCCATCACCGCTGCCCCTCGCGGTCCCAGAGCTCGGAGTCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243530 CACCGCCATCACCGCTGCCCCTCGCGGTCCCAGAGCTCGGAGTCCCGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTCAAGCTGTGAGAGCAG         GCACCGCGGCCGGTCCCCTGAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 243580 CTCAAGCTGTGAGAGCAGGTA...CAGGCACCGCGGCCGGTCCCCTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGGGCAGAAGTCCCGCCGAAGGCACTCCCGCCGCTGCTCCAAGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248819 AAGGGCAGAAGTCCCGCCGAAGGCACTCCCGCCGCTGCTCCAAGACCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGCAAGGACAGCCCTGAGGCCCAGTCCAGTCGCCCGCCCAGTCAACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248869 TGCAAGGACAGCCCTGAGGCCCAGTCCAGTCGCCCGCCCAGTCAACCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCAGATGCTTGGCTACCTGTCAGCCAGGGGTGTA         ATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 248919 CCAGATGCTTGGCTACCTGTCAGCCAGGGGTGTAGTA...CAGATCACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GGTCGGGGTCTGCTGCTGACCTCTTTACCAAAACAGCCAGCCCGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263506 GGTCGGGGTCTGCTGCTGACCTCTTTACCAAAACAGCCAGCCCGCTCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACCTCGCGAGGACGTTCCCAGGAGTACGACTCAGGAAATGACACGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263556 ACCTCGCGAGGACGTTCCCAGGAGTACGACTCAGGAAATGACACGTCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCCACCCTCCACGCAAACCAGCTCAGCCAGGTCTCGGGGCCAGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263606 GCCACCCTCCACGCAAACCAGCTCAGCCAGGTCTCGGGGCCAGGAGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGAGCCCCAGTGGGGGCTTGAGCAAGAGCCGGGAGCTCAACAGTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263656 GGAGCCCCAGTGGGGGCTTGAGCAAGAGCCGGGAGCTCAACAGTGGCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCTCTGATTCAGGGAACTCCTTCACCACCTCCTCACCCCAGAACAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263706 ACCTCTGATTCAGGGAACTCCTTCACCACCTCCTCACCCCAGAACAAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCCATGTTGGAGAATCTCTCCCCCACCAGCAGGGGCAGAGAGTCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 263756 GGCCATGTTGGAGAATCTCTCCCCCACCAGCAGGGGCAGAGAGTCAAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077        GGGATTTCAGTCACCGTGTCTGGAATGTGCCGAAGTGAAGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263806 C...CAGGGGATTTCAGTCACCGTGTCTGGAATGTGCCGAAGTGAAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCCAGTTTGGTCCCATCCACAGCCCGGAGCTCACCCATGAAAGGGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269178 TCCAGTTTGGTCCCATCCACAGCCCGGAGCTCACCCATGAAAGGGTGTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCGCAGCTCCTCCTATGCCAGCACCCGATCCTCCAGTCACTCGTCCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269228 CCGCAGCTCCTCCTATGCCAGCACCCGATCCTCCAGTCACTCGTCCCGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCCCAAATCCCAGGGCTTCCCCCAGGTACACCCAAAGCCGATCCACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269278 CCCCAAATCCCAGGGCTTCCCCCAGGTACACCCAAAGCCGATCCACCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCTGAAAAAAG         GTCCTACTCCCGCTCTCCCAGCTATTCCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 269328 TCTGAAAAAAGGTG...CAGGTCCTACTCCCGCTCTCCCAGCTATTCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAAGTCTGGCAAGAGGAGCCCGCCCAGCAGAAGCTCTAGGTCCCGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271687 CAAGTCTGGCAAGAGGAGCCCGCCCAGCAGAAGCTCTAGGTCCCGCCGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCCCTAGCTACTCCCGCTACAGCCCCAGCAG         GGAGCGGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 271737 GCCCTAGCTACTCCCGCTACAGCCCCAGCAGGTA...CAGGGAGCGGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCCAAATACAGTGAGAAGGACTCGCAGCAGCGGGAGCGCGAGCGAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272371 CCCAAATACAGTGAGAAGGACTCGCAGCAGCGGGAGCGCGAGCGAGCGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCGGAGACGTCGGTCCTACTCGCCTATGAGAAAGCGCCGGAGAGACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272421 TCGGAGACGTCGGTCCTACTCGCCTATGAGAAAGCGCCGGAGAGACTCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CGAGCCACCTGGAGGCCCGGAGGATAACCAG         TGCCCGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 272471 CGAGCCACCTGGAGGCCCGGAGGATAACCAGGTG...CAGTGCCCGGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CGCCCCATCCCCTACTATCGGCCCAGCCCCTCCTCATCCGGCAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274623 CGCCCCATCCCCTACTATCGGCCCAGCCCCTCCTCATCCGGCAGCCTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAGCACCTCCTCCTGGTACAGCAGCAGCAGTAGCCGCTCGGCCAGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274673 CAGCACCTCCTCCTGGTACAGCAGCAGCAGTAGCCGCTCGGCCAGCCGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCTACTCCCGGAGCTGGAGTCGGAGCCGGAGCCGGAGACGGAGCCGGACC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274723 GCTACTCCCGGAGCCGGAGTCGGAGCCGGAGCCGGAGACGGAGCCGGACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CGCACGAGCAGCAGCTCTAGCTCCCGCAGCCCTAGTCCGGGCTCCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274773 CGCACGAGCAGCAGCTCTAGCTCCCGCAGCCCTAGTCCGGGCTCCCGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CCGGAGCCGGAGCAGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCAGGAGCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274823 CCGGAGCCGGAGCAGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCAGGAGCCAGAGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GGAGCTACAGCTCAGCAGACAGCTACTCCAGCACGAGGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274873 GGAGCTACAGCTCAGCAGACAGCTACTCCAGCACGAGGCGC