seq1 = pF1KA1851.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KA1851/gi568815595r_49617954.tfa (gi568815595r:49617954_49819465), 201512 bp

>pF1KA1851 1512
>gi568815595r:49617954_49819465 (Chr3)

(complement)

1-1512  (100001-101512)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTGGTTGGTGCTGCTGGGGACACTGCTCTGCATGCTGCGCGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTGGTTGGTGCTGCTGGGGACACTGCTCTGCATGCTGCGCGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTAGGCACCCCGGACTCCGAGGGTTTCCCGCCCCGTGCGCTCCACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTAGGCACCCCGGACTCCGAGGGTTTCCCGCCCCGTGCGCTCCACAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCCTACAAATGTATCTGCGCTGCCGACCTGCTAAGCTGCACTGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCCTACAAATGTATCTGCGCTGCCGACCTGCTAAGCTGCACTGGCCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCTGCAGGACGTGCCAGCCGAGTTACCTGCCGCTACTGCGGACCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCTGCAGGACGTGCCAGCCGAGTTACCTGCCGCTACTGCGGACCTCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGAGCCACAACGCGCTCCAGCGCCTGCGCCCCGGCTGGTTGGCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGAGCCACAACGCGCTCCAGCGCCTGCGCCCCGGCTGGTTGGCGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTCCAGCTGCGCGCCCTGCACCTAGACCACAACGAACTAGATGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTCCAGCTGCGCGCCCTGCACCTAGACCACAACGAACTAGATGCGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTCGCGGCGTCTTCGTCAACGCCAGCGGCCTGAGGCTGCTCGATCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTCGCGGCGTCTTCGTCAACGCCAGCGGCCTGAGGCTGCTCGATCTATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATCTAACACGTTGCGGGCGCTTGGCCGCCACGACCTCGACGGGCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATCTAACACGTTGCGGGCGCTTGGCCGCCACGACCTCGACGGGCTGGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCTGGAGAAGCTGCTTCTGTTCAATAACCGCTTGGTGCACTTGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCTGGAGAAGCTGCTTCTGTTCAATAACCGCTTGGTGCACTTGGACGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CATGCCTTCCACGGCCTGCGCGCGCTCAGCCATCTCTACCTGGGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CATGCCTTCCACGGCCTGCGCGCGCTCAGCCATCTCTACCTGGGCTGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGAACTCGCCTCGTTCTCCTTCGACCACCTGCACGGTCTGAGCGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGAACTCGCCTCGTTCTCCTTCGACCACCTGCACGGTCTGAGCGCCACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCTGCTTACTCTGGACCTCTCCTCCAACCGGCTGGGACACATCTCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCTGCTTACTCTGGACCTCTCCTCCAACCGGCTGGGACACATCTCCGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCTGAGCTGGCCGCGCTGCCGGCCTTCCTCAAGAACGGCCTCTACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCTGAGCTGGCCGCGCTGCCGGCCTTCCTCAAGAACGGCCTCTACTTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAACAACCCTTTGCCTTGCGACTGCCGCCTCTACCACCTGCTACAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAACAACCCTTTGCCTTGCGACTGCCGCCTCTACCACCTGCTACAGCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGCACCAGCGGGGCCTGAGCGCCGTGCGCGACTTTGCGCGCGAGTACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGCACCAGCGGGGCCTGAGCGCCGTGCGCGACTTTGCGCGCGAGTACGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGCTTGGCCTTCAAGGTACCCGCGTCCCGCGTGCGCTTCTTCCAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGCTTGGCCTTCAAGGTACCCGCGTCCCGCGTGCGCTTCTTCCAGCACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCGCGTCTTTGAGAACTGCTCGTCGGCCCCAGCTCTTGGCCTAGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCGCGTCTTTGAGAACTGCTCGTCGGCCCCAGCTCTTGGCCTAGAGCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGGAAGAGCACCTGTACGCGCTGGTGGGTCGGTCCCTGAGGCTTTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGGAAGAGCACCTGTACGCGCTGGTGGGTCGGTCCCTGAGGCTTTACTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACACCAGCGTCCCGGCCATGCGCATTGCCTGGGTTTCGCCGCAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACACCAGCGTCCCGGCCATGCGCATTGCCTGGGTTTCGCCGCAGCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTTCTCAGGGCGCCAGGATCCCGCGATGGCAGCATCGCGGTGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCTTCTCAGGGCGCCAGGATCCCGCGATGGCAGCATCGCGGTGCTGGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACGGCAGCTTGGCCATAGGCAACGTACAGGAGCAGCATGCGGGACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACGGCAGCTTGGCCATAGGCAACGTACAGGAGCAGCATGCGGGACTCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GTGTGCCTGGCCACTGGGCCCCGCCTGCACCACAACCAGACGCACGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GTGTGCCTGGCCACTGGGCCCCGCCTGCACCACAACCAGACGCACGAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAACGTGAGCGTGCACTTTCCGCGCCCAGAGCCCGAGGCTTTCAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAACGTGAGCGTGCACTTTCCGCGCCCAGAGCCCGAGGCTTTCAACACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCTTCACCACACTGCTGGGCTGTGCCGTGGGCCTTGTGCTCGTGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCTTCACCACACTGCTGGGCTGTGCCGTGGGCCTTGTGCTCGTGCTGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TACCTGTTCGCCCCACCCTGCCGCTGCTGCCGCCGTGCCTGCCGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TACCTGTTCGCCCCACCCTGCCGCTGCTGCCGCCGTGCCTGCCGCTGCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCGCTGGCCCCAAACACCCAGCCCGCTCCAAGAGCTGAGCGCACAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCGCTGGCCCCAAACACCCAGCCCGCTCCAAGAGCTGAGCGCACAGTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CAGTACTCAGCACCACACCGCCAGACGCACCCAGCCGCAAGGCCAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CAGTACTCAGCACCACACCGCCAGACGCACCCAGCCGCAAGGCCAGCGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CACAAGCACGTAGTCTTTCTGGAGCCAGGCCGGAGGGGCCTCAATGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CACAAGCACGTAGTCTTTCTGGAGCCAGGCCGGAGGGGCCTCAATGGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CGTGCAGCTGGCAGTAGCTGAGGAATTCGATCTCTACAACCCTGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CGTGCAGCTGGCAGTAGCTGAGGAATTCGATCTCTACAACCCTGGAGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TGCAGCTGAAGGCTGGCTCTGAGTCCGCCAGCTCCATAGGCTCCGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TGCAGCTGAAGGCTGGCTCTGAGTCCGCCAGCTCCATAGGCTCCGAGGGT

   1500     .    :
   1501 CCCATGACAACC
        ||||||||||||
 101501 CCCATGACAACC