seq1 = pF1KA1844.tfa, 1941 bp
seq2 = pF1KA1844/gi568815588f_28433580.tfa (gi568815588f:28433580_28719603), 286024 bp

>pF1KA1844 1941
>gi568815588f:28433580_28719603 (Chr10)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-78  (100419-100455)   100% ->
79-274  (101983-102178)   100% ->
275-381  (149820-149926)   100% ->
382-497  (156157-156272)   100% ->
498-610  (157141-157253)   100% ->
611-919  (162154-162462)   100% ->
920-1165  (174607-174852)   100% ->
1166-1288  (177120-177242)   100% ->
1289-1437  (178195-178343)   100% ->
1438-1556  (180988-181106)   100% ->
1557-1746  (182594-182783)   100% ->
1747-1874  (184078-184205)   100% ->
1875-1941  (185958-186024)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAATGTATGCGAGGAAACAGCAGAGACTCAGTGATGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGTAATGTATGCGAGGAAACAGCAGAGACTCAGTGATGGGTA...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGTCACGACCGGAGGGGGGACTCGCAGCCTTACCAG         GCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100419 CTGTCACGACCGGAGGGGGGACTCGCAGCCTTACCAGGTA...CAGGCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TTAAGTATTCATCGAAGAGTCACCCCAGTAGCGGTGATCACAGACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101987 TTAAGTATTCATCGAAGAGTCACCCCAGTAGCGGTGATCACAGACATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGATGCGAGACGCCGGAGATCCTTCACCACCAAATAAAATGTTGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 AAGATGCGAGACGCCGGAGATCCTTCACCACCAAATAAAATGTTGCGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATCTGATAGTCCTGAAAACAAATACAGTGACAGCACAGGTCACAGTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102087 ATCTGATAGTCCTGAAAACAAATACAGTGACAGCACAGGTCACAGTAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAAAAATGTGCATACTCACAGAGTTAGAGAGAGGGATGGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102137 CCAAAAATGTGCATACTCACAGAGTTAGAGAGAGGGATGGTGGTG...AA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  GGACCAGTTACTCTCCACAAGAAAATTCACACAACCACAGTGCTCTTCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149819 GGGACCAGTTACTCTCCACAAGAAAATTCACACAACCACAGTGCTCTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TAGTTCAAATTCACATTCTTCTAATCCAAGCAATAACCCAAGCAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149869 TAGTTCAAATTCACATTCTTCTAATCCAAGCAATAACCCAAGCAAAACTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGATGCA         CCTTATGATTCTGCAGATGACTGGTCTGAGCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 149919 CAGATGCAGTA...AAGCCTTATGATTCTGCAGATGACTGGTCTGAGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTAGCTCTTCTGGGAAAAAGTACTACTACAATTGTCGAACAGAAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156190 ATTAGCTCTTCTGGGAAAAAGTACTACTACAATTGTCGAACAGAAGTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACAATGGGAAAAACCAAAAGAGTGGCTTGAAAG         AGAACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 156240 ACAATGGGAAAAACCAAAAGAGTGGCTTGAAAGGTA...TAGAGAACAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GACAAAAAGAAGCAAACAAGATGGCAGTCAACAGCTTCCCAAAAGATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157149 GACAAAAAGAAGCAAACAAGATGGCAGTCAACAGCTTCCCAAAAGATAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATTACAGAAGAGAGGTGATGCAAGCAACAGCCACTAGTGGGTTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157199 GATTACAGAAGAGAGGTGATGCAAGCAACAGCCACTAGTGGGTTTGCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGAA         TGGAAGACAAGCATTCCAGTGATGCCAGTAGTTTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157249 TGGAAGTA...AAGTGGAAGACAAGCATTCCAGTGATGCCAGTAGTTTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCCCACAGAATATTTTGTCTCAAACAAGCAGACACAATGACAGAGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162190 TCCCACAGAATATTTTGTCTCAAACAAGCAGACACAATGACAGAGACTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGACTGCCAAGAGCAGAGACTCACAGTAGTTCTACGCCAGTACAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162240 AGACTGCCAAGAGCAGAGACTCACAGTAGTTCTACGCCAGTACAGCACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCAAACCAGTGGTTCATCCAACTGCTACCCCAAGCACTGTTCCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162290 CATCAAACCAGTGGTTCATCCAACTGCTACCCCAAGCACTGTTCCTTCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTCCATTTACGCTACAGTCTGATCACCAGCCAAAGAAATCATTTGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162340 GTCCATTTACGCTACAGTCTGATCACCAGCCAAAGAAATCATTTGATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATGGAGCATCTACTTTATCAAAACTGCCTACACCCACATCTTCTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162390 AATGGAGCATCTACTTTATCAAAACTGCCTACACCCACATCTTCTGTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCACAGAAAACAGAAAGAAAAG         AATCTACATCAGGAGACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 162440 TGCACAGAAAACAGAAAGAAAAGGTA...TAGAATCTACATCAGGAGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AACCCGTATCACATTCTTGCACAACTCCTTCCACGTCTTCTGCCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174625 AACCCGTATCACATTCTTGCACAACTCCTTCCACGTCTTCTGCCTCTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGAACCCCACATCTGCACCTCCAACATCTGCTTCAGCGGTCCCTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174675 CTGAACCCCACATCTGCACCTCCAACATCTGCTTCAGCGGTCCCTGTTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCCTGTTCCACAGTCGCCAATACCTCCCTTACTTCAGGACCCAAATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174725 TCCTGTTCCACAGTCGCCAATACCTCCCTTACTTCAGGACCCAAATCTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTAGACAATTGCTTCCTGCTTTGCAAGCCACGCTGCAGCTTAATAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174775 TTAGACAATTGCTTCCTGCTTTGCAAGCCACGCTGCAGCTTAATAATTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AATGTGGACATATCTAAAATAAATGAAG         TTCTTACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 174825 AATGTGGACATATCTAAAATAAATGAAGGTA...TAGTTCTTACAGCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGTGACACAAGCCTCACTGCAGTCTATAATTCATAAGTTTCTTACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177133 TGTGACACAAGCCTCACTGCAGTCTATAATTCATAAGTTTCTTACTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GACCATCTGCTTTCAACATAACGTCTCTGATTTCTCAAGCTGCTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177183 GACCATCTGCTTTCAACATAACGTCTCTGATTTCTCAAGCTGCTCAGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCTACACAAG         CCCAGCCATCTAATCAGTCTCCGATGTCTTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 177233 TCTACACAAGGTA...CAGCCCAGCCATCTAATCAGTCTCCGATGTCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AACATCTGATGCGTCATCCCCAAGATCATATGTTTCTCCAAGAATAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178226 AACATCTGATGCGTCATCCCCAAGATCATATGTTTCTCCAAGAATAAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CACCTCAAACTAACACAGTCCCTATCAAACCTTTGATCAGTACTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178276 CACCTCAAACTAACACAGTCCCTATCAAACCTTTGATCAGTACTCCTCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTTTCATCACAGCCAAAG         GTTAGTACTCCAGTAGTTAAGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 178326 GTTTCATCACAGCCAAAGGTA...CAGGTTAGTACTCCAGTAGTTAAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGGACCAGTGTCACAGTCAGCCACACAGCAGCCTGTAACTGCTGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181011 AGGACCAGTGTCACAGTCAGCCACACAGCAGCCTGTAACTGCTGACAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGCAAGGTCATGAACCTGTCTCTCCTCGAAGTCTTCAGCGCTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 181061 AGCAAGGTCATGAACCTGTCTCTCCTCGAAGTCTTCAGCGCTCAAGGTA.

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557      TAGCCAGAGAAGTCCATCACCTGGTCCCAATCATACTTCTAATAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181111 ..TAGTAGCCAGAGAAGTCCATCACCTGGTCCCAATCATACTTCTAATAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TAGTAATGCATCAAATGCAACAGTTGTACCACAGAATTCTTCTGCCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182639 TAGTAATGCATCAAATGCAACAGTTGTACCACAGAATTCTTCTGCCCGAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCACGTGTTCATTAACGCCTGCACTAGCAGCACACTTCAGTGAAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182689 CCACGTGTTCATTAACGCCTGCACTAGCAGCACACTTCAGTGAAAATCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ATAAAACACGTTCAAGGATGGCCTGCAGATCATGCAGAGAAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 182739 ATAAAACACGTTCAAGGATGGCCTGCAGATCATGCAGAGAAGCAGGTA..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747     GCATCAAGATTACGCGAAGAAGCGCATAACATGGGAACTATTCACA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182789 .CAGGCATCAAGATTACGCGAAGAAGCGCATAACATGGGAACTATTCACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGTCCGAAATTTGTACTGAATTAAAAAATTTAAGATCTTTAGTCCGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184124 TGTCCGAAATTTGTACTGAATTAAAAAATTTAAGATCTTTAGTCCGAGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TGTGAAATTCAAGCAACTTTGCGAGAGCAAAG         GATACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 184174 TGTGAAATTCAAGCAACTTTGCGAGAGCAAAGGTA...CAGGATACTATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TTTGAGACAACAAATTAAGGAACTTGAAAAGCTAAAAAATCAGAATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185967 TTTGAGACAACAAATTAAGGAACTTGAAAAGCTAAAAAATCAGAATTCCT

   2050     .
   1934 TCATGGTG
        ||||||||
 186017 TCATGGTG