seq1 = pF1KA1839.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KA1839/gi568815597f_103426071.tfa (gi568815597f:103426071_103651777), 225707 bp

>pF1KA1839 1551
>gi568815597f:103426071_103651777 (Chr1)

1-192  (100001-100192)   100% ->
193-240  (101625-101672)   100% ->
241-359  (107669-107787)   100% ->
360-443  (108704-108787)   100% ->
444-555  (109260-109371)   100% ->
556-624  (110056-110124)   100% ->
625-767  (111272-111414)   100% ->
768-893  (115280-115405)   100% ->
894-1045  (117226-117377)   100% ->
1046-1207  (118871-119032)   100% ->
1208-1302  (120178-120272)   100% ->
1303-1361  (120907-120965)   100% ->
1362-1494  (124871-125003)   100% ->
1495-1551  (125651-125707)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCTCCCGAGCAGCCGCTTGCGATATCAAGGGGATGCACGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCTCCCGAGCAGCCGCTTGCGATATCAAGGGGATGCACGAGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTCGCTTTCCCCGCCTCGGGGCGACCGAACCCTTCTGGTCAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCTCGCTTTCCCCGCCTCGGGGCGACCGAACCCTTCTGGTCAGGCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCGGCTGAGCTTACTGCTGAGGAGAAAGAGGACTTGCTGAAGTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCGGCTGAGCTTACTGCTGAGGAGAAAGAGGACTTGCTGAAGTACTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGCTCAGTCTGTGCGGGTCCTGTCAGATAAGGGGCGACTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100151 GGGGCTCAGTCTGTGCGGGTCCTGTCAGATAAGGGGCGACTGGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193  AAACATACAGCTTTTGCCACATTCCCTAATGAAAAAGCAGCTATAAAG 
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101624 GAAACATACAGCTTTTGCCACATTCCCTAATGAAAAAGCAGCTATAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GCATTGACAAGACTCCATCAACTGAAACTTTTAGGTCATACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101674 TA...AAGGCATTGACAAGACTCCATCAACTGAAACTTTTAGGTCATACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAGTCGTTGAATTTGCAAAAGAGCAAGATCGAGTTCACTCCCCATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107711 TTAGTCGTTGAATTTGCAAAAGAGCAAGATCGAGTTCACTCCCCATGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTTCAGGCTCTGAAAAAAAAAAAAG         GTCTGATGACCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107761 CACTTCAGGCTCTGAAAAAAAAAAAAGGTA...CAGGTCTGATGACCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCGAAGATGATAAAGAAAAAAAAGAACTTGGTTATTTAACAGTAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108718 TCGAAGATGATAAAGAAAAAAAAGAACTTGGTTATTTAACAGTAGAAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAATTGCACCAAACCATGG         GCTGACTTTTCCTTTAAATTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108768 GGAATTGCACCAAACCATGGGTT...TAGGCTGACTTTTCCTTTAAATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATGCCTCAAGTATATGTACCCACCACCTTCCAGCACAATCCTAGCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109281 ATGCCTCAAGTATATGTACCCACCACCTTCCAGCACAATCCTAGCAAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGTAAATGCCTTGGCAAGCGTGCCTAAGTTCTATGTACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109331 TTGTAAATGCCTTGGCAAGCGTGCCTAAGTTCTATGTACAGGTA...AAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCCTTCATCTTATGAATAAAATGAATTTGCCCACACCTTTTGGACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110056 GTCCTTCATCTTATGAATAAAATGAATTTGCCCACACCTTTTGGACCAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TACTGCGCGACCTCCCATG         TATGAAGACTATATGCCATTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110106 TACTGCGCGACCTCCCATGGTA...TAGTATGAAGACTATATGCCATTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGCACCTCTTCCACCCACATCTCCTCAGCCACCTGAGGAACCTCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111294 ATGCACCTCTTCCACCCACATCTCCTCAGCCACCTGAGGAACCTCCTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAGACGAGGATGAGGAATTATCTAGTGAAGAATCAGAATATGAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111344 CCAGACGAGGATGAGGAATTATCTAGTGAAGAATCAGAATATGAAAGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGATGATGAGGACCGACAGAG         AATGAACAAATTAATGGAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111394 TGATGATGAGGACCGACAGAGGTT...TAGAATGAACAAATTAATGGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TAGCAAATCTTCAGCCCAAAAGACCTAAAACAATAAAGCAGCGCCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115300 TAGCAAATCTTCAGCCCAAAAGACCTAAAACAATAAAGCAGCGCCATGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGAAAAAAGAGAAAAATAAAGGATATGTTGAATACACCTTTGTGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115350 AGAAAAAAGAGAAAAATAAAGGATATGTTGAATACACCTTTGTGTCCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACACAG         CAGTTTACATCCAGTGCTGTTACCTTCAGATGTAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115400 ACACAGGTA...TAGCAGTTTACATCCAGTGCTGTTACCTTCAGATGTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGACCAACCACAACCTGTAGGTAACAAAAGAATTGAATTCCATATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117261 TTGACCAACCACAACCTGTAGGTAACAAAAGAATTGAATTCCATATATCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCGACATGCCAGCTGCATTTAAGAAAGATTTAGAAAAGGAACAAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117311 ACCGACATGCCAGCTGCATTTAAGAAAGATTTAGAAAAGGAACAAAATTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAGGAAAAAAATCATG         ATTTACCTGCTACTGAAGTTGATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117361 TGAGGAAAAAAATCATGGTA...TAGATTTACCTGCTACTGAAGTTGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CATCCAATATAGGATTTGGAAAAATCTTCCCCAAACCTAATTTGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118895 CATCCAATATAGGATTTGGAAAAATCTTCCCCAAACCTAATTTGGACATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACAGAGGAGATTAAAGAAGACTCTGATGAAATGCCTTCAGAATGTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118945 ACAGAGGAGATTAAAGAAGACTCTGATGAAATGCCTTCAGAATGTATTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGAAGGGAATTGGAAAAGGGCAGAATTTCTAGAGAAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118995 TAGAAGGGAATTGGAAAAGGGCAGAATTTCTAGAGAAGGTA...AAGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGAAACACTTTCAGTTTTCAGAAGTTATGAACCGGGTGAACCAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120181 TGGAAACACTTTCAGTTTTCAGAAGTTATGAACCGGGTGAACCAAACTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGAATTTATGTAAAGAATTTAGCTAAACATGTTCAAGAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120231 AGAATTTATGTAAAGAATTTAGCTAAACATGTTCAAGAAAAGGTA...TA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1303  GACCTTAAATATATTTTTGGAAGATATGTTGACTTTTCATCAGAAACAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120906 GGACCTTAAATATATTTTTGGAAGATATGTTGACTTTTCATCAGAAACAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGCGGATCAT         GTTTGATATACGTTTGATGAAAGAAGGTCGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120956 AGCGGATCATGTA...TAGGTTTGATATACGTTTGATGAAAGAAGGTCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ATGAAAGGACAAGCTTTCATTGGACTTCCTAATGAAAAAGCAGCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124902 ATGAAAGGACAAGCTTTCATTGGACTTCCTAATGAAAAAGCAGCAGCAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGCCTTAAAGGAAGCTAATGGATATGTGCTTTTTGGAAAACCCATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124952 AGCCTTAAAGGAAGCTAATGGATATGTGCTTTTTGGAAAACCCATGGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TT         CAGTTTGCTCGATCTGCTAGACCAAAACAAGATCCTAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125002 TTGTA...TAGCAGTTTGCTCGATCTGCTAGACCAAAACAAGATCCTAAG

   1650     .    :    .
   1534 GAAGGAAAAAGAAAGTGT
        ||||||||||||||||||
 125690 GAAGGAAAAAGAAAGTGT