seq1 = pF1KA1826.tfa, 1035 bp
seq2 = pF1KA1826/gi568815587r_105909538.tfa (gi568815587r:105909538_106110917), 201380 bp

>pF1KA1826 1035
>gi568815587r:105909538_106110917 (Chr11)

(complement)

1-462  (100001-100462)   99% ->
463-1035  (100808-101380)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCAGTTGAAAAGAAAAAGGAAAAGCAATTTTAGTGTTCAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCAGTTGAAAAGAAAAAGGAAAAGCAATTTTAGTGTTCAAGAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGACCCTTTTGAAAGAAATTACGAAAAGGAAAGAAGTCATTTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGACCCTTTTGAAAGAAATTACGAAAAGGAAAGAAGTCATTTTTTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGCTCAATACAACAATTAATGTGATGAAGCGAATGGCTTGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGCTCAATACAACAATTAATGTGATGAAGCGAATGGCTTGGGAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGCACAGTGTGTGAATGCTGTAGGAGAAGGAGAACAGAGGACAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGCACAGTGTGTGAATGCTGTAGGAGAAGGAGAACAGAGGACAGGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGGTGAAAAGAAGGTACCTTGACTGGCGAGCACTTATGAAGAGAAAGA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGGTGAAAAGAAGGTACCTTGACTGGCGAGCACTTATGAAGAGAAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGATGAAGGCCAACATTAAGCTGGTTGGTTCAGGATTTCCCCTTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGATGAAGGCCAACATTAAGCTGGTTGGTTCAGGATTTCCCCTTCCCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTGATTTGGATGACTCTCTCACTGAAGAGATAGATGAAAAGATTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTGATTTGGATGACTCTCTCACTGAAGAGATAGATGAAAAGATTGGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCGAAATGATGCAAATTTTGACTGGCAAAATGTGGCAGATTTCAGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCGAAATGATGCAAATTTTGACTGGCAAAATGTGGCAGATTTCAGGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGGTGGATCCTTAACTGAGGTCAAGGTGGAAGAGGAAGAAAGGGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGGTGGATCCTTAACTGAGGTCAAGGTGGAAGAGGAAGAAAGGGATCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGAGTCCTGAA         TTTGAAATTGAGGAGGAGGAAGAAATGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGAGTCCTGAAGTA...TAGTTTGAAATTGAGGAGGAGGAAGAAATGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCATCCGTCATACCAGATTCCAGGAGAGAAAATGAACTTCCCGATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100837 GTCATCCGTCATACCAGATTCCAGGAGAGAAAATGAACTTCCCGATTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCACATTGATGAGTTTTTTACCCTTAACTCAACACCATCTAGATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100887 CCCACATTGATGAGTTTTTTACCCTTAACTCAACACCATCTAGATCTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TATGATGAGCCTCATTTGCTCGTAAATATTGAGAAACAGAAACTAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100937 TATGATGAGCCTCATTTGCTCGTAAATATTGAGAAACAGAAACTAGAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGAAAAACGACGACTGGATATCGAGGCCGAAAGGCTGCAGGTAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100987 GGAAAAACGACGACTGGATATCGAGGCCGAAAGGCTGCAGGTAGAAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AACGCCTACAAATCGAGAAAGAGAGGCTGCGGCATTTAGACATGGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101037 AACGCCTACAAATCGAGAAAGAGAGGCTGCGGCATTTAGACATGGAACAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGCGGCTTCAGCTAGAGAAGGAGCGGCTGCAGATTGAAAGAGAAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101087 GAGCGGCTTCAGCTAGAGAAGGAGCGGCTGCAGATTGAAAGAGAAAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAGGTTACAGATAGTCAATTCAGAGAAACCGTCCTTGGAAAATGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101137 GAGGTTACAGATAGTCAATTCAGAGAAACCGTCCTTGGAAAATGAACTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GTCAAGGAGAAAAATCCATGCTTCAACCACAGGACATAGAAACAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101187 GTCAAGGAGAAAAATCCATGCTTCAACCACAGGACATAGAAACAGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TTAAAACTTGAGCGAGAACGCTTGCAACTGGAAAAGGATAGGCTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101237 TTAAAACTTGAGCGAGAACGCTTGCAACTGGAAAAGGATAGGCTGCAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TTTGAAGTTTGAATCTGAGAAGCTGCAGATTGAAAAGGAACGCTTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101287 TTTGAAGTTTGAATCTGAGAAGCTGCAGATTGAAAAGGAACGCTTACAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TAGAGAAAGACAGACTTCGAATTCAGAAAGAAGGACACTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101337 TAGAGAAAGACAGACTTCGAATTCAGAAAGAAGGACACTTGCAG