seq1 = pF1KA1816.tfa, 3399 bp
seq2 = pF1KA1816/gi568815594r_139619326.tfa (gi568815594r:139619326_140253327), 634002 bp

>pF1KA1816 3399
>gi568815594r:139619326_140253327 (Chr4)

(complement)

1-468  (100001-100468)   100% ->
469-2067  (362361-363971)   99% ->
2068-2316  (522661-522912)   98% ->
2317-2401  (527493-527577)   100% ->
2402-3399  (533005-534002)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGATTTCGCAGCCCCCGCTGCTGCCGCGAATGGCAGTAGTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGATTTCGCAGCCCCCGCTGCTGCCGCGAATGGCAGTAGTATTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCAACAGTAGCCTGAACAGCAGCCTCGGCGGGGCCGGGATCGGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCAACAGTAGCCTGAACAGCAGCCTCGGCGGGGCCGGGATCGGTGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATAATACTCCCAATAGTACTCCCGCTGCTCCGAGTAGCAATCACCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATAATACTCCCAATAGTACTCCCGCTGCTCCGAGTAGCAATCACCCGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGGTGGATGCGGCGGCTCCGGGGGCCCCGGCGGCGGTTCGGCGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGGTGGATGCGGCGGCTCCGGGGGCCCCGGCGGCGGTTCGGCGGCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCCAAGCACAGCACCGTGGTGGAGCGGCTCCGCCAGCGCATCGAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCCAAGCACAGCACCGTGGTGGAGCGGCTCCGCCAGCGCATCGAGGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCGTCGGCACCACGTCAACTGCGAGAACAGGTACCAGCAGGCTCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCGTCGGCACCACGTCAACTGCGAGAACAGGTACCAGCAGGCTCAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGCAGCTGGAGCTGGAGCGCCGGGACACCGTGAGCCTCTACCAGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGCAGCTGGAGCTGGAGCGCCGGGACACCGTGAGCCTCTACCAGCGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGGAGCAGAGGGCCAAGAAATCGGGCGCCGGCACCGGCAAACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGGAGCAGAGGGCCAAGAAATCGGGCGCCGGCACCGGCAAACAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCCGAGCAAACCCCAGCAAGATGCGGAGGCTGCCTCGGCGGAGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCCGAGCAAACCCCAGCAAGATGCGGAGGCTGCCTCGGCGGAGCAGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACCACACGCTGATCATG         CTACAAGAGACTGTGAAAAGGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100451 AACCACACGCTGATCATGGTG...CAGCTACAAGAGACTGTGAAAAGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTTGGAAGGAGCTCGATCACCACTTAATGGAGACCAGCAGAATGGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362384 GTTGGAAGGAGCTCGATCACCACTTAATGGAGACCAGCAGAATGGTGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTGATGGGAATTTTTCTCCGACTAGCAAACGAATTCGAAAGGACATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362434 GTGATGGGAATTTTTCTCCGACTAGCAAACGAATTCGAAAGGACATTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCGGGGATGGAAGCCATCAACAATTTGCCCAGTAACATGCCACTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362484 GCGGGGATGGAAGCCATCAACAATTTGCCCAGTAACATGCCACTGCCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGCTTCTCCTCTTCACCAACTTGACCTGAAACCTTCTTTGCCCTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362534 AGCTTCTCCTCTTCACCAACTTGACCTGAAACCTTCTTTGCCCTTGCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACAGTGGAACTCACACTCCTGGGCTTCTAGAAGATCTAAGTAAGAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362584 ACAGTGGAACTCACACTCCTGGGCTTCTAGAAGATCTAAGTAAGAATGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGGCTCCCTGAGATTAAACTTCCTGTCAACGGTTGCAGTGACCTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362634 AGGCTCCCTGAGATTAAACTTCCTGTCAACGGTTGCAGTGACCTGGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TAGCTTCACCATCTTGCAGAGCAAAGACCTCAAACAAGAACCTCTCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362684 TAGCTTCACCATCTTGCAGAGCAAAGACCTCAAACAAGAACCTCTCGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACCCTACTTGCATAGACACATCAGAAACATCTCTTTCAAATCAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362734 ACCCTACTTGCATAGACACATCAGAAACATCTCTTTCAAATCAGAACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGTTCTCAGACATTAATCTGAATGATCAGGAGTGGCAAGAATTAATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362784 CTGTTCTCAGACATTAATCTGAATGATCAGGAGTGGCAAGAATTAATAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGAATTGGCCAACACGGTTCCTGAGGATGACATACAGGACCTGTTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362834 TGAATTGGCCAACACGGTTCCTGAGGATGACATACAGGACCTGTTCAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AAGACTTTGAAGAGAAGAAGGAGCCAGAATTCTCGCAGCCAGCAACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362884 AAGACTTTGAAGAGAAGAAGGAGCCAGAATTCTCGCAGCCAGCAACTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ACCCCTCTCTCCCAGGAGAGTGCGAGCGTGAAGAGCGACCCCTCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362934 ACCCCTCTCTCCCAGGAGAGTGCGAGCGTGAAGAGCGACCCCTCTCACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TCCCTTCGCACATGTCTCCATGGGATCTCCCCAGGCGAGGCCTTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362984 TCCCTTCGCACATGTCTCCATGGGATCTCCCCAGGCGAGGCCTTCTTCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CTGGTCCTCCCTTTTCTACTGTCTCCACGGCCACTAGTTTACCTTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363034 CTGGTCCTCCCTTTTCTACTGTCTCCACGGCCACTAGTTTACCTTCTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCCAGCACTCCCGCAGCTCCAAACCCTGCAAGCTCACCAGCAAACTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363084 GCCAGCACTCCCGCAGCTCCAAACCCTGCAAGCTCACCAGCAAACTGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGTCCAGTCCCCTCAAACTCCAAACCAAGCCCACACTCCAGGCCAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363134 TGTCCAGTCCCCTCAAACTCCAAACCAAGCCCACACTCCAGGCCAAGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CACCTCGGCCTGGAAATGGTTATCTCCTGAATCCGGCAGCAGTGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363184 CACCTCGGCCTGGAAATGGTTATCTCCTGAATCCGGCAGCAGTGACAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCCGGTTCAGCGTCAGGGCCTGTGGCTGTGCCCAGCTCTGACATGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363234 GCCGGTTCAGCGTCAGGGCCTGTGGCTGTGCCCAGCTCTGACATGTCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 AGCAGAACAGCTCAAACAGATGGCTGCACAGCAGCAACAAAGGGCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363284 AGCAGAACAGCTCAAACAGATGGCTGCACAGCAGCAACAAAGGGCCAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TCATGCAGCAGAAACAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363334 TCATGCAGCAGAAACAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CA  A CAGCAGCAGCAGCAGCAGCA  A CAGCA      CTCAAATCA
        ||--|-||||||||||||||||||||--|-|||||------|||||||||
 363384 CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCACTCAAATCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1530 GACTTCAAATTGGTCTCCCTTAGGACCTCCCTCTAGTCCATATGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363434 GACTTCAAATTGGTCTCCCTTAGGACCTCCCTCTAGTCCATATGGAGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1580 CTTTTACTGCAGAAAAACCAAATAGCCCAATGATGTACCCCCAAGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363484 CTTTTACTGCAGAAAAACCAAATAGCCCAATGATGTACCCCCAAGCCTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630 AACAACCAAAACCCTATAGTGCCTCCAATGGCAAACAACCTGCAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363534 AACAACCAAAACCCTATAGTGCCTCCAATGGCAAACAACCTGCAGAAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1680 AACAATGAATAACTACCTCCCTCAGAATCACATGAATATGATCAATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363584 AACAATGAATAACTACCTCCCTCAGAATCACATGAATATGATCAATCAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1730 AGCCAAATAACTTGGGTACAAACTCCTTAAACAAACAGCACAATATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363634 AGCCAAATAACTTGGGTACAAACTCCTTAAACAAACAGCACAATATTCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 ACTTATGGCAACACTAAACCCCTGACCCACTTCAATGCAGACCTGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363684 ACTTATGGCAACACTAAACCCCTGACCCACTTCAATGCAGACCTGAGTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 GAGGATGACACCACCAGTGGCCAACCCCAACAAAAACCCCTTGATGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363734 GAGGATGACACCACCAGTGGCCAACCCCAACAAAAACCCCTTGATGCCGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 ATATCCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363784 ATATCCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 CAGCAGCAGCCGCCACCTCCACAGCTCCAGGCCCCCAGGGCACACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363834 CAGCAGCAGCCGCCACCTCCACAGCTCCAGGCCCCCAGGGCACACCTGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 CGAAGACCAGAAACGCCTGCTTCTCATGAAGCAGAAAGGAGTGATGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363884 CGAAGACCAGAAACGCCTGCTTCTCATGAAGCAGAAAGGAGTGATGAATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 AGCCCATGGCTTACGCTGCACTTCCATCCCACGGTCAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 363934 AGCCCATGGCTTACGCTGCACTTCCATCCCACGGTCAGGTA...CAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CAGCATCCAGTTGGACTTCCCCGAACCACAGGCCCCATGCAGTCCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522664 CAGCATCCAGTTGGACTTCCCCGAACCACAGGCCCCATGCAGTCCTCCGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 GCCCCCAGGCTCAGGTGGCATGGTCTCAGGAGCCAGTCCCGCAGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522714 GCCCCCAGGCTCAGGTGGCATGGTCTCAGGAGCCAGTCCCGCAGGCCCCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 GCTTCCTGGGCAGCCAGCCCCAAGCAGCCATCATGAAGCAGATGCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522764 GCTTCCTGGGCAGCCAGCCCCAAGCAGCCATCATGAAGCAGATGCTCATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 GATCAGCGGGCCCAGTTGATAGAGCAGCAGAAGCAACAGTTCCTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522814 GATCAGCGGGCCCAGTTGATAGAGCAGCAGAAGCAACAGTTCCTGCGGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 GCAAAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG A  TTTTGGCGGAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||-|--||||||||||||||>
 522864 GCAAAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGATTTTGGCGGAACAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2317         CAGTTGCAGCAATCACATCTACCCCGGCAGCACCTCCAGCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522914 TA...TAGCAGTTGCAGCAATCACATCTACCCCGGCAGCACCTCCAGCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2359 CAGCGGAATCCATACCCAGTGCAGCAGGTCAATCAGTTTCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 527535 CAGCGGAATCCATACCCAGTGCAGCAGGTCAATCAGTTTCAAGGTG...C

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402   GTTCTCCCCAGGATATAGCAGCCGTAAGAAGCCAAGCAGCCCTCCAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533003 AGGTTCTCCCCAGGATATAGCAGCCGTAAGAAGCCAAGCAGCCCTCCAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2450 GCATGCGAACGTCACGGCTGATGGCACAGAACGCAGGCATGATGGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533053 GCATGCGAACGTCACGGCTGATGGCACAGAACGCAGGCATGATGGGAATA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2500 GGACCCTCCCAGAACCCTGGGACGATGGCCACCGCAGCTGCGCAGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533103 GGACCCTCCCAGAACCCTGGGACGATGGCCACCGCAGCTGCGCAGTCGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2550 GATGGGACTGGCCCCTTATAGCACCACGCCTACCAGCCAACCAGGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533153 GATGGGACTGGCCCCTTATAGCACCACGCCTACCAGCCAACCAGGAATGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2600 ACAATATGAGCACAGGCATGACCCAAATGTTGCAGCATCCAAACCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533203 ACAATATGAGCACAGGCATGACCCAAATGTTGCAGCATCCAAACCAAAGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2650 GGCATGAGCATCACACATAACCAAGCCCAGGGACCGAGGCAACCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533253 GGCATGAGCATCACACATAACCAAGCCCAGGGACCGAGGCAACCTGCCTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2700 TGGGCAGGGGGTTGGAATGGTGAGTGGCTTTGGTCAGAGCATGCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533303 TGGGCAGGGGGTTGGAATGGTGAGTGGCTTTGGTCAGAGCATGCTGGTGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2750 ACTCAGCCATTACCCAGCAACATCCACAGATGAAAGGGCCAGTAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533353 ACTCAGCCATTACCCAGCAACATCCACAGATGAAAGGGCCAGTAGGCCAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2800 GCCTTGCCTAGGCCCCAAGCCCCTCCAAGGCTGCAGAGCCTTATGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533403 GCCTTGCCTAGGCCCCAAGCCCCTCCAAGGCTGCAGAGCCTTATGGGAAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2850 AGTCCAGCAAGGAGCACAAAGCTGGCAACAGAGGAGCTTGCAGGGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533453 AGTCCAGCAAGGAGCACAAAGCTGGCAACAGAGGAGCTTGCAGGGCATGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2900 CTGGGAGGACTAGTGGAGAATTGGGACCATTCAACAATGGCGCCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533503 CTGGGAGGACTAGTGGAGAATTGGGACCATTCAACAATGGCGCCAGCTAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2950 CCTCTTCAAGCTGGGCAGCCGAGACTGACCAAGCAGCACTTCCCACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533553 CCTCTTCAAGCTGGGCAGCCGAGACTGACCAAGCAGCACTTCCCACAGGG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3000 ACTGAGCCAGTCAGTCGTGGATGCTAACACGGGCACAGTGAGGACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533603 ACTGAGCCAGTCAGTCGTGGATGCTAACACGGGCACAGTGAGGACCCTCA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3050 ACCCAGCTGCCATGGGTCGGCAGATGATGCCATCGCTCCCGGGGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533653 ACCCAGCTGCCATGGGTCGGCAGATGATGCCATCGCTCCCGGGGCAGCAA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3100 GGCACCAGCCAGGCGAGGCCAATGGTCATGTCTGGCCTGAGCCAGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533703 GGCACCAGCCAGGCGAGGCCAATGGTCATGTCTGGCCTGAGCCAGGGAGT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3150 CCCAGGCATGCCAGCGTTCAGCCAGCACCCAGCACAGCAGCAGATACCCA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 533753 CCCAGGCATGCCAGCGTTCAGCCAGCCCCCAGCACAGCAGCAGATACCCA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3200 GTGGCAGCTTTGCTCCAAGCAGCCAGAGCCAAGCCTATGAGCGGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533803 GTGGCAGCTTTGCTCCAAGCAGCCAGAGCCAAGCCTATGAGCGGAATGCC

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3250 CCTCAGGACGTGTCATACAATTACAGTGGCGACGGAGCTGGGGGTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533853 CCTCAGGACGTGTCATACAATTACAGTGGCGACGGAGCTGGGGGTTCCTT

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3300 CCCTGGCCTCCCGGACGGTGCAGACCTTGTGGACTCCATCATCAAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533903 CCCTGGCCTCCCGGACGGTGCAGACCTTGTGGACTCCATCATCAAAGGCG

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3350 GGCCAGGGGACGAGTGGATGCAGGAGCTTGATGAATTGTTTGGTAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533953 GGCCAGGGGACGAGTGGATGCAGGAGCTTGATGAATTGTTTGGTAACCCC