seq1 = pF1KA1805.tfa, 1701 bp
seq2 = pF1KA1805/gi568815596f_27483658.tfa (gi568815596f:27483658_27721458), 237801 bp

>pF1KA1805 1701
>gi568815596f:27483658_27721458 (Chr2)

1-30  (99456-99485)   100% ->
31-89  (100001-100059)   100% ->
90-277  (114410-114597)   100% ->
278-373  (115926-116021)   100% ->
374-457  (116313-116396)   100% ->
458-582  (117034-117158)   100% ->
583-669  (117699-117785)   100% ->
670-768  (118806-118904)   100% ->
769-936  (119483-119650)   100% ->
937-1131  (124188-124382)   100% ->
1132-1233  (131511-131612)   100% ->
1234-1296  (132605-132667)   100% ->
1297-1395  (133816-133914)   100% ->
1396-1701  (137496-137801)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTCCAGACTCGGTGCTGTACCCGCC         ACTTCGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  99456 ATGTCTTCCAGACTCGGTGCTGTACCCGCCGTG...TAGACTTCGGGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACAACCTTTAAGCAGCAGAGGAGCACGAGGATCGTGGGAGCTAAGAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100012 CACAACCTTTAAGCAGCAGAGGAGCACGAGGATCGTGGGAGCTAAGAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     90        TAGCAGGACCCAGTGCTCCATAAAGGATAATAGTTTCCAGTAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 A...TAGTAGCAGGACCCAGTGCTCCATAAAGGATAATAGTTTCCAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACTATCCCTCATGATGACTCCTTAAGTGGTTCATCGTCTGCATCTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114453 ACTATCCCTCATGATGACTCCTTAAGTGGTTCATCGTCTGCATCTTCGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAACCAGTGAGTGATTTTCCAGCATCTTTCCGAAAATCTACCTACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114503 TGAACCAGTGAGTGATTTTCCAGCATCTTTCCGAAAATCTACCTACTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAGATGAGAAGAATCAAGCCAGCTGCTACTTCTCATGTCGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114553 TGAAGATGAGAAGAATCAAGCCAGCTGCTACTTCTCATGTCGAAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GGTCAGGTGGAGTATCAGCCAAGGGGAAAAGGAAACCCAGGCAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114603 .CAGGGTCAGGTGGAGTATCAGCCAAGGGGAAAAGGAAACCCAGGCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAAGATGAAGACTATCGAGAATTTCCTCAGAAGAAGCATAAGCTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115972 AGAAGATGAAGACTATCGAGAATTTCCTCAGAAGAAGCATAAGCTTTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374          GGAGGAAGCAACGGCCTAAAACTCAGCCCAATCCCAAATCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116022 GTA...CAGGGAGGAAGCAACGGCCTAAAACTCAGCCCAATCCCAAATCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGGCCCGTCGTATTCGGAAGGAACCACCAGTTTATGCAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116354 CAGGCCCGTCGTATTCGGAAGGAACCACCAGTTTATGCAGCAGGTA...T

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    458   GCAGTTTGGAGGAGCAATGGTACTTAGAAATCGTTGATAAAGGCAGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117032 AGGCAGTTTGGAGGAGCAATGGTACTTAGAAATCGTTGATAAAGGCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCTCCTGCCCTACCTGCCAGGCAGTGGGGAGGAAGACCATAGAGGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117082 TCTCCTGCCCTACCTGCCAGGCAGTGGGGAGGAAGACCATAGAGGGTTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGAAACACATGGAAAACTGCAAGCAG         GAAATGTTTACTTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117132 AAGAAACACATGGAAAACTGCAAGCAGGTT...TAGGAAATGTTTACTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCATCATTGTGGGAAACAACTTCGTTCACTGGCAGGGATGAAGTATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117713 TCATCATTGTGGGAAACAACTTCGTTCACTGGCAGGGATGAAGTATCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCATGGCAAATCATAATAGTTTG         CCCATTTTGAAAGCCGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117763 TCATGGCAAATCATAATAGTTTGGTA...TAGCCCATTTTGAAAGCCGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATGAAATAGATGAGCCAAGTGAGAGGGAAAGGCTCCGAACAGTTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118824 GATGAAATAGATGAGCCAAGTGAGAGGGAAAGGCTCCGAACAGTTCTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAGACTGGGAAAGCTCAGGTGCATGCGTGAG         AGTTGCTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118874 GAGACTGGGAAAGCTCAGGTGCATGCGTGAGGTA...CAGAGTTGCTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTAGCTTCACCAGCATCATGGGATATCTCTACCATGTCAGAAAATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119493 GTAGCTTCACCAGCATCATGGGATATCTCTACCATGTCAGAAAATGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAAGGGGCTGCAGAGCTGGAAAAGATGACCCTGAAATGTCACCACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119543 AAAGGGGCTGCAGAGCTGGAAAAGATGACCCTGAAATGTCACCACTGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAAACCATATAGGTCGAAGGCTGGACTTGCATATCACCTGAGGTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119593 AAAACCATATAGGTCGAAGGCTGGACTTGCATATCACCTGAGGTCAGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGGGCCT         ATATCCTTCTTTCCAGAGTCAGGACAGCCAGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 119643 ATGGGCCTGTG...CAGATATCCTTCTTTCCAGAGTCAGGACAGCCAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGCTTAAAGGAGATGAACCTAGAGTCAAAGAGTGGGGGCCGAGTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124221 TGCTTAAAGGAGATGAACCTAGAGTCAAAGAGTGGGGGCCGAGTTCAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACGTTCTGCCAAGATAGCTGTATACCACCTACAGGAGCTGGCCTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124271 ACGTTCTGCCAAGATAGCTGTATACCACCTACAGGAGCTGGCCTCTGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACTGGCCAAGGAATGGCCCAAGAGGAAGGTGCTTCAGGACCTGGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124321 AACTGGCCAAGGAATGGCCCAAGAGGAAGGTGCTTCAGGACCTGGTACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATGATCGAAAG         TTAAAATATACTCGTCCAGGGCTCCCTAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 124371 GATGATCGAAAGGTA...TAGTTAAAATATACTCGTCCAGGGCTCCCTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTTCAGCCAGGAAGTACTACATAAATGGAAGACAGATATCAAGAAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131540 CTTCAGCCAGGAAGTACTACATAAATGGAAGACAGATATCAAGAAATATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATCGTATTCAGTGTCCTAACCAG         GGCTGTGAGGCTGTCTAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 131590 ATCGTATTCAGTGTCCTAACCAGGTG...CAGGGCTGTGAGGCTGTCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AGCAGTGTATCTGGCCTTAAAGCTCACCTGGGCTCTTGTACATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 132623 AGCAGTGTATCTGGCCTTAAAGCTCACCTGGGCTCTTGTACATTGGTT..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297     GGAAACTTTGTGGCTGGAAAATACAAATGTCTTCTATGTCAGAAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132673 .TAGGGAAACTTTGTGGCTGGAAAATACAAATGTCTTCTATGTCAGAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AATTTGTGTCAGAGAGTGGTGTCAAGTATCACATCAACTCCGTCCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133862 AATTTGTGTCAGAGAGTGGTGTCAAGTATCACATCAACTCCGTCCATGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAG         GACTGGTTCGTTGTAAACCCAACAACAACCAAAAGCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133912 GAGGTG...TAGGACTGGTTCGTTGTAAACCCAACAACAACCAAAAGCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGAAAAGCTGATGAAGATAAAGCAGCGGCAGCAAGAAGAAGAAAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137534 TGAAAAGCTGATGAAGATAAAGCAGCGGCAGCAAGAAGAAGAAAAGCGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GGCAGCAGCACAGGAGCAGAAGGTCTCTAAGAAGGCGGCAGCAGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137584 GGCAGCAGCACAGGAGCAGAAGGTCTCTAAGAAGGCGGCAGCAGCCTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATTGAGCTTCCCGAGACAGAGCTGAGTCTTAGAGTAGGGAAGGATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137634 ATTGAGCTTCCCGAGACAGAGCTGAGTCTTAGAGTAGGGAAGGATCAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GAGGAATAATGAGGAACTGGTAGTGTCAGCCTCCTGTAAGGAACCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137684 GAGGAATAATGAGGAACTGGTAGTGTCAGCCTCCTGTAAGGAACCAGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGGAGCCAGTGCCAGCACAGTTCCAGAAAGTAAAGCCCCCAAAGACTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137734 AGGAGCCAGTGCCAGCACAGTTCCAGAAAGTAAAGCCCCCAAAGACTAAT

   1800     .    :    .
   1684 CATAAACGAGGAAGGAAA
        ||||||||||||||||||
 137784 CATAAACGAGGAAGGAAA