seq1 = pF1KA1796.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KA1796/gi568815588f_59076854.tfa (gi568815588f:59076854_59345588), 268735 bp

>pF1KA1796 1128
>gi568815588f:59076854_59345588 (Chr10)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-303  (157451-157647)   100% ->
304-478  (159630-159804)   100% ->
479-596  (161735-161852)   100% ->
597-1128  (168204-168735)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGCCGCGCCTGGATCATGCCCTCAACAGCCCCACCAGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGTGCCGCGCCTGGATCATGCCCTCAACAGCCCCACCAGCCCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGAGGTGATCAAAAACCTCAGCCTGGAGGCCATTCAGCTGTGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGAGGTGATCAAAAACCTCAGCCTGGAGGCCATTCAGCTGTGCGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGACG         GGAACAAATCACAAGACAGTGGCATAGCAGAGATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGACGGTA...CAGGGAACAAATCACAAGACAGTGGCATAGCAGAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGAACTTCCTGTACCACATAACATCAAAATAAGCAATATAACGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157486 GAAGAACTTCCTGTACCACATAACATCAAAATAAGCAATATAACGTGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCATTCAAGATTTCATGGGAAATGGATTCAAAATCAAAGGATCGCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157536 CTCATTCAAGATTTCATGGGAAATGGATTCAAAATCAAAGGATCGCATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACACTATTTTATTGACCTCAACAAGAAAGAGAACAAGAACTCCAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157586 CACACTATTTTATTGACCTCAACAAGAAAGAGAACAAGAACTCCAATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTAAACACAAG         GATGTTCCCACAAAATTGGTGGCAAAAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 157636 TTTAAACACAAGGTA...TAGGATGTTCCCACAAAATTGGTGGCAAAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTTCCCTTGCCTATGACTGTCCGTGGACACTGGTTTTTAAGCCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159659 TGTTCCCTTGCCTATGACTGTCCGTGGACACTGGTTTTTAAGCCCAAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGAATATACAGTAGCAGTGCAGACTGCCTCAAAACAAGTTGATGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159709 CTGAATATACAGTAGCAGTGCAGACTGCCTCAAAACAAGTTGATGGTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATGTTGTGTCTGAATGGAGTGAAATTATAGAATTCTGCACCGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 159759 TATGTTGTGTCTGAATGGAGTGAAATTATAGAATTCTGCACCGCAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479      ACTATTCAAAAGTTCATCTAACACAATTGTTGGAGAAGGCTGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159809 ..CAGACTATTCAAAAGTTCATCTAACACAATTGTTGGAGAAGGCTGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGATTGCAGGACGCATGCTTAAGTTTTCTGTTTTTTATCGTAATCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161780 TGATTGCAGGACGCATGCTTAAGTTTTCTGTTTTTTATCGTAATCAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAGAATATTTTGACTATGTTCG         AGAACATCATGGGAATGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 161830 AAAGAATATTTTGACTATGTTCGGTA...CAGAGAACATCATGGGAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATGCAGCCATCTGTCAAGGATAACAGTGGTAGCCATGGCTCTCCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168222 TATGCAGCCATCTGTCAAGGATAACAGTGGTAGCCATGGCTCTCCTATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGGAAAATTAGAAGGCATCTTCTTCAGCTGCAGCACTGAATTCAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168272 GTGGAAAATTAGAAGGCATCTTCTTCAGCTGCAGCACTGAATTCAATACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAAAGCCACCCCAGGATTCACCTTATGGAAGATACAGGTTTGAGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168322 GGAAAGCCACCCCAGGATTCACCTTATGGAAGATACAGGTTTGAGATTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGCAGAAAAACTTTTTAACCCCAATACTAACTTATACTTTGGGGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168372 CGCAGAAAAACTTTTTAACCCCAATACTAACTTATACTTTGGGGACTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACTGTATGTACACTGCTTATCATTATGTGATTCTTGTTATTGCTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168422 ACTGTATGTACACTGCTTATCATTATGTGATTCTTGTTATTGCTCCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGATCACCAGGAGATGAATTTTGTAAGCAGCGCCTTCCTCAACTAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168472 GGATCACCAGGAGATGAATTTTGTAAGCAGCGCCTTCCTCAACTAAATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TAAGGATAATAAATTTTTGACCTGTACAGAAGAAGATGGGGTGCTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168522 TAAGGATAATAAATTTTTGACCTGTACAGAAGAAGATGGGGTGCTGGTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACCACCATGCCCAGGATGTCATTTTAGAAGTCATTTACACTGACCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168572 ACCACCATGCCCAGGATGTCATTTTAGAAGTCATTTACACTGACCCTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GATCTTTCTCTGGGCACCGTGGCAGAAATCACTGGTCATCAGCTCATGAG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168622 GATCTTTCTGTGGGCACCGTGGCAGAAATCACTGGTCATCAGCTCATGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TTTGTCTACTGCAAATGCAAAGAAAGATCCCAGCTGCAAAACCTGTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168672 TTTGTCTACTGCAAATGCAAAGAAAGATCCCAGCTGCAAAACCTGTAATA

   1150     .    :
   1115 TCAGTGTTGGACGT
        ||||||||||||||
 168722 TCAGTGTTGGACGT