seq1 = pF1KA1795.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KA1795/gi568815588f_96849058.tfa (gi568815588f:96849058_97055919), 206862 bp

>pF1KA1795 1299
>gi568815588f:96849058_97055919 (Chr10)

1-238  (100001-100238)   100% ->
239-332  (103046-103139)   100% ->
333-1299  (105896-106862)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCGAATGATCCAACAATTTGCTGCTGAATATACCTCAAAAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCGAATGATCCAACAATTTGCTGCTGAATATACCTCAAAAAATAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTACTCAGGACCCCAGCCAGCCCAATAGCACAAAGAACCAAAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTACTCAGGACCCCAGCCAGCCCAATAGCACAAAGAACCAAAGCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAAAGCATCTCCAGTCACCACCTCTCCCACGGCTGCAACTACTCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGAAAGCATCTCCAGTCACCACCTCTCCCACGGCTGCAACTACTCAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTGTGCTCAGCAAACTTCTCATGGCTGACCAAGACTCACCTCTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTGTGCTCAGCAAACTTCTCATGGCTGACCAAGACTCACCTCTGGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACTGTCAGAAAGTCTCAGTCAGAACCTAGCGAACAAG         ACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100201 TACTGTCAGAAAGTCTCAGTCAGAACCTAGCGAACAAGGTA...CAGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTACTTGATCTGTCCACTAAGAAAAGTCCATGTGCTGGCAGCACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103049 GTGTACTTGATCTGTCCACTAAGAAAAGTCCATGTGCTGGCAGCACTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGAGCCACTCTCCAGGCTGCTCCAGTACTCAAGGGAACGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103099 CTGAGCCACTCTCCAGGCTGCTCCAGTACTCAAGGGAACGGGTA...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGACCTGGGAGACCCAGCCAGTACCGCCCAGACGGACTTCGGAGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105896 GCGACCTGGGAGACCCAGCCAGTACCGCCCAGACGGACTTCGGAGTGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGGGGTACCTCCAAGAAGCTTACAGGATGGAACCAGGGAAGGTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105946 ATGGGGTACCTCCAAGAAGCTTACAGGATGGAACCAGGGAAGGTTTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACTCCACATCACTCAAAGTTCCACTGGCTCGATCCCTGCAGATTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105996 CACTCCACATCACTCAAAGTTCCACTGGCTCGATCCCTGCAGATTAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAACTACTGAGCAGAAACCAATTGTCCACAGCTGCCAGCCTTGGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106046 AGAACTACTGAGCAGAAACCAATTGTCCACAGCTGCCAGCCTTGGGCCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGGATTACAGAATCATGGACAACACTTAATATTATCCAGGGAAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106096 CTGGATTACAGAATCATGGACAACACTTAATATTATCCAGGGAAGCCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGGGCAAAACCACATTACGAGTTCAACCTCAGCCGTATGAAGTTCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106146 TGGGCAAAACCACATTACGAGTTCAACCTCAGCCGTATGAAGTTCAGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAATGGTGCACTCAGCAACATCAGTGACCTTCCTTTTCTTGCAGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106196 AAATGGTGCACTCAGCAACATCAGTGACCTTCCTTTTCTTGCAGAAAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGCCTTTCCAAAAATGGCACTTCAAGCAAAACAAGATGGAAAAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106246 CTGCCTTTCCAAAAATGGCACTTCAAGCAAAACAAGATGGAAAAAAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTGAGCCATTCATCTCCTGTAGATTTAAAGATACCACAAGTTCGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106296 GTGAGCCATTCATCTCCTGTAGATTTAAAGATACCACAAGTTCGAGGAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGATCTTTCTTGGGAGTCTCGCACTGGTGATCAGTACAGCTATAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106346 GGATCTTTCTTGGGAGTCTCGCACTGGTGATCAGTACAGCTATAGCTCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGTAATGGGTTCACAAACGGAGAGCGCGCTTAGTAAAAAATTAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106396 TGGTAATGGGTTCACAAACGGAGAGCGCGCTTAGTAAAAAATTAAGGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ATTCTTCCAAAACAAAGTAGAAAAAGCATGTTAGATGCTGGACCCGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106446 ATTCTTCCAAAACAAAGTAGAAAAAGCATGTTAGATGCTGGACCCGATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTGGGGCTCAGATGCTGAGCAGTCTACCTCTGGACAGCCATATCCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106496 TTGGGGCTCAGATGCTGAGCAGTCTACCTCTGGACAGCCATATCCCACAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CGGATCAAGAAGGAGACCCTGGCTCCAAGCAGCCTCGGAAGAAAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106546 CGGATCAAGAAGGAGACCCTGGCTCCAAGCAGCCTCGGAAGAAAAGAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CGTTACAGACAGTACAACAGTGAGATACTGGAGGAAGCAATCTCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106596 CGTTACAGACAGTACAACAGTGAGATACTGGAGGAAGCAATCTCAGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TATGAGTGGAAAAATGAGTGTTTCCAAAGCTCAGAGTATTTATGGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106646 TATGAGTGGAAAAATGAGTGTTTCCAAAGCTCAGAGTATTTATGGGATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CCCACAGTACACTGGAGTACAAAGTAAAGGAGAGGCTGGGCACTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106696 CCCACAGTACACTGGAGTACAAAGTAAAGGAGAGGCTGGGCACTTTGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AACCCTCCAAAGAAAAAGATGAAATTAATGAGGTCGGAGGGGCCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106746 AACCCTCCAAAGAAAAAGATGAAATTAATGAGGTCGGAGGGGCCAGATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TTCTGTAAAGATTGAATTAGATCCCCAGGGAGAGGCAGCACAAAGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106796 TTCTGTAAAGATTGAATTAGATCCCCAGGGAGAGGCAGCACAAAGTGCAA

   1300     .    :    .
   1283 ATGAATCAAAAAACGAG
        |||||||||||||||||
 106846 ATGAATCAAAAAACGAG