seq1 = pF1KA1789.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KA1789/gi568815575r_101783640.tfa (gi568815575r:101783640_101986723), 203084 bp

>pF1KA1789 1401
>gi568815575r:101783640_101986723 (ChrX)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-1401  (101903-103211)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAACCTATGTTTGCCATATTTGTAGTATTGCTTTTACATCTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAACCTATGTTTGCCATATTTGTAGTATTGCTTTTACATCTTTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATGTTCCGGTCCCACATGCAAGGAAGTGAACATCAAATTAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 TATGTTCCGGTCCCACATGCAAGGAAGTGAACATCAAATTAAGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  AGAATCCATTGTTATCAATCTAGTGAAGAATTCAAGGAAGACACAAGAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101902 GAGAATCCATTGTTATCAATCTAGTGAAGAATTCAAGGAAGACACAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTTACCAAAATGAGTGTGCAGATTACATCAATGTGCAGAAAGCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101952 TCTTACCAAAATGAGTGTGCAGATTACATCAATGTGCAGAAAGCCAGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTAGAGGCCAAGACTTGTTTCAGAAAGATGGAAGAGAGTTCTTTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102002 ACTAGAGGCCAAGACTTGTTTCAGAAAGATGGAAGAGAGTTCTTTGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCGTAGATACAGAGAAGTGGTCGATTCCAGACCCAGACATAGAATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102052 CCCGTAGATACAGAGAAGTGGTCGATTCCAGACCCAGACATAGAATGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAACAAAGACTCCCATTTGAGACTTTCCGGACATACGCAGCACCATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102102 GAACAAAGACTCCCATTTGAGACTTTCCGGACATACGCAGCACCATACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TATTTCACAAGCAATGGAAAAGCAGTTACCTCATTCAAAGAAGACATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102152 TATTTCACAAGCAATGGAAAAGCAGTTACCTCATTCAAAGAAGACATATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACTCTTTCCAAGATGAACTTGAAGATTACATCAAAGTACAGAAAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102202 ACTCTTTCCAAGATGAACTTGAAGATTACATCAAAGTACAGAAAGCCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGACTAGATCCAAAGACTTGTTTCAGAAAGATGAGAGAGAACTCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102252 GGACTAGATCCAAAGACTTGTTTCAGAAAGATGAGAGAGAACTCTGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TACTCATGGGTACAGAGAAATGGTTGATTCTGGACCCAGATCAAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102302 TACTCATGGGTACAGAGAAATGGTTGATTCTGGACCCAGATCAAGAATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTGAGCAAAGATTTTCACATGAGGCTTCCCAGACCTACCAACGACCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102352 GTGAGCAAAGATTTTCACATGAGGCTTCCCAGACCTACCAACGACCATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CATATTTCACCAGTGGAAAGCCAGTTACCTCAGTGGCTACCAACCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102402 CATATTTCACCAGTGGAAAGCCAGTTACCTCAGTGGCTACCAACCCATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AAAGAGGACATATGATTCTTTCCAAGATGAACTTGAAGATTACATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102452 AAAGAGGACATATGATTCTTTCCAAGATGAACTTGAAGATTACATAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGCAGAAAGCCAGAGGACTAGAGCCAAAAACTTGTTTCAGAAAGATAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102502 TGCAGAAAGCCAGAGGACTAGAGCCAAAAACTTGTTTCAGAAAGATAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GATAGCTCTGTAGAAACACACAGGAACAGAGAAATGGTTGATGTCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102552 GATAGCTCTGTAGAAACACACAGGAACAGAGAAATGGTTGATGTCAGACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAGACATAGAATGTTGGAGCAAAAGCTCCCATGTGAGACTTTCCAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102602 CAGACATAGAATGTTGGAGCAAAAGCTCCCATGTGAGACTTTCCAGACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATTCAGGACCATATAGTATTTCACAAGTAGTGGAAAACCAGTTACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102652 ATTCAGGACCATATAGTATTTCACAAGTAGTGGAAAACCAGTTACCTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TGCTTACCAGCTCATGATAGCAAACAGAGACTAGATTCTATTAGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102702 TGCTTACCAGCTCATGATAGCAAACAGAGACTAGATTCTATTAGCTACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCAACTCACCAGAGACTGTTTCCCAGAAAAACCAGTACCCTTGAGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102752 TCAACTCACCAGAGACTGTTTCCCAGAAAAACCAGTACCCTTGAGCCTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ATCAGCAAGAAAATAACTCTGGCTCATACAGTGTAGAATCTGAAGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102802 ATCAGCAAGAAAATAACTCTGGCTCATACAGTGTAGAATCTGAAGTTTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAGCACCTCTCTTCAGAAAACAATACTGCTGACCATCAAGCAGGTCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102852 AAGCACCTCTCTTCAGAAAACAATACTGCTGACCATCAAGCAGGTCATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 ACGGAAACATCAGAAGAGAAAACGACACCTAGAAGAAGGCAAAGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102902 ACGGAAACATCAGAAGAGAAAACGACACCTAGAAGAAGGCAAAGAAAGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CAGAGAAAGAGCAGTCCAAGCATAAAAGGAAAAAGAGTTATGAAGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102952 CAGAGAAAGAGCAGTCCAAGCATAAAAGGAAAAAGAGTTATGAAGATACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GATTTAGACAAAGACAAGAGCATCAGACAAAGGAAAAGAGAGGAGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103002 GATTTAGACAAAGACAAGAGCATCAGACAAAGGAAAAGAGAGGAGGATAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 AGTCAAGGTCAGTTCAGGAAAGCTTAAGCATCGAAAAAAGAAAAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103052 AGTCAAGGTCAGTTCAGGAAAGCTTAAGCATCGAAAAAAGAAAAAAAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 ATGATGTACCCTCCGAGAAAGAAGAACGTAAGCACAGGAAAGAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103102 ATGATGTACCCTCCGAGAAAGAAGAACGTAAGCACAGGAAAGAGAAAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AAATCTGTTGAAGAAAGGACAGAAGAGGAAATGCTTTGGGATGAGTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103152 AAATCTGTTGAAGAAAGGACAGAAGAGGAAATGCTTTGGGATGAGTCTAT

   1400     .    :
   1392 TCTTGGATTT
        ||||||||||
 103202 TCTTGGATTT