seq1 = pF1KA1782.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KA1782/gi568815586f_55918138.tfa (gi568815586f:55918138_56135328), 217191 bp

>pF1KA1782 1614
>gi568815586f:55918138_56135328 (Chr12)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-145  (106917-107021)   100% ->
146-406  (108644-108904)   100% ->
407-574  (109643-109810)   100% ->
575-724  (114424-114573)   100% ->
725-856  (115053-115184)   100% ->
857-1614  (116434-117191)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACATAGAAGACTGCAATGGCCGCTCCTATGTGTCTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGACATAGAAGACTGCAATGGCCGCTCCTATGTGTCTGGTA...AAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TAGCGGGGACTCATCTCTGGAGAAGGAGTTCCTCGGGGCCCCAGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106918 TAGCGGGGACTCATCTCTGGAGAAGGAGTTCCTCGGGGCCCCAGTGGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCGGTGAGCACCCCCAACAGCCAGCACTCTTCTCCTAGCCGCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106968 CCTCGGTGAGCACCCCCAACAGCCAGCACTCTTCTCCTAGCCGCTCACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTG         CCAACTCCATCAAGGTGGAGATGTACAGCGATGAGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107018 AGTGGTA...CAGCCAACTCCATCAAGGTGGAGATGTACAGCGATGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTCAAGCAGACTGCTGGGGCCAGATGAGCGGCTCCTGGAAAAGGACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108681 GTCAAGCAGACTGCTGGGGCCAGATGAGCGGCTCCTGGAAAAGGACGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCGTGATTGTGGAAGATTCATTGTCTGAGCCCCTGGGCTACTGTGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108731 GCGTGATTGTGGAAGATTCATTGTCTGAGCCCCTGGGCTACTGTGATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTGGGCCAGAGCCTCACTCCCCTGGGGGCATCCGGCTGCCCAATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108781 AGTGGGCCAGAGCCTCACTCCCCTGGGGGCATCCGGCTGCCCAATGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTCAAGTGTGACGTCTGCGGCATGGTCTGTATTGGACCCAACGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108831 GCTCAAGTGTGACGTCTGCGGCATGGTCTGTATTGGACCCAACGTGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGTGCACAAGCGCAGTCACACTG         GTGAAAGGCCCTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108881 TGGTGCACAAGCGCAGTCACACTGGTA...CAGGTGAAAGGCCCTTCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCAACCAGTGTGGTGCCTCCTTCACCCAGAAGGGGAACCTGCTGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109660 TGCAACCAGTGTGGTGCCTCCTTCACCCAGAAGGGGAACCTGCTGCGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCAAGCTGCACTCTGGGGAGAAGCCCTTTAAATGTCCCTTCTGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109710 CATCAAGCTGCACTCTGGGGAGAAGCCCTTTAAATGTCCCTTCTGCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGCCTGCCGCCGGCGTGATGCACTCACTGGTCACCTCCGCACACACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109760 ATGCCTGCCGCCGGCGTGATGCACTCACTGGTCACCTCCGCACACACTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 G         TCTCCTCTCCCACAGTGGGCAAGCCCTACAAGTGTAACTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109810 GGTC...CAGTCTCCTCTCCCACAGTGGGCAAGCCCTACAAGTGTAACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGTGGCCGGAGCTACAAACAGCAGAGTACCCTGGAGGAGCACAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114464 CTGTGGCCGGAGCTACAAACAGCAGAGTACCCTGGAGGAGCACAAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGTGCCATAACTACCTACAGAGTCTCAGCACTGAAGCCCAAGCTTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114514 GGTGCCATAACTACCTACAGAGTCTCAGCACTGAAGCCCAAGCTTTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCCAACCAG         GTGACGAAATACGTGACCTGGAGATGGTGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 114564 GGCCAACCAGGTA...TAGGTGACGAAATACGTGACCTGGAGATGGTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGACTCCATGCTGCACTCATCCTCTGAGCGGCCAACTTTCATCGATCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115084 AGACTCCATGCTGCACTCATCCTCTGAGCGGCCAACTTTCATCGATCGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGCCAATAGCCTCACCAAACGCAAGCGTTCCACACCCCAGAAGTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115134 TGGCCAATAGCCTCACCAAACGCAAGCGTTCCACACCCCAGAAGTTTGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 G         GCGAAAAGCAGATGCGCTTCAGCCTCTCAGACCTCCCCTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115184 GGTA...CAGGCGAAAAGCAGATGCGCTTCAGCCTCTCAGACCTCCCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATGTGAACTCGGGTGGCTATGAAAAGGATGTGGAGTTGGTGGCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116474 TGATGTGAACTCGGGTGGCTATGAAAAGGATGTGGAGTTGGTGGCACACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACAGCCTAGAGCCTGGCTTTGGAAGTTCCCTGGCCTTTGTGGGTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116524 ACAGCCTAGAGCCTGGCTTTGGAAGTTCCCTGGCCTTTGTGGGTGCAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CATCTGCGTCCCCTCCGCCTTCCACCCACCAATTGCATCTCAGAACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116574 CATCTGCGTCCCCTCCGCCTTCCACCCACCAATTGCATCTCAGAACTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCCTGTCATCAGCTCTGTCTACACCCAGATGCAGCCCCTCCCTGGTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116624 GCCTGTCATCAGCTCTGTCTACACCCAGATGCAGCCCCTCCCTGGTCGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGGAGCTTCCAGGATCCCGAGAAGCAGGTGAGGGACCTGAGGACCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116674 TGGAGCTTCCAGGATCCCGAGAAGCAGGTGAGGGACCTGAGGACCTGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GATGGAGGTCCCCTCCTCTACCGGCCCCGAGGCCCCCTGACTGACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116724 GATGGAGGTCCCCTCCTCTACCGGCCCCGAGGCCCCCTGACTGACCCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGCATCCCCCAGCAATGGCTGCCAGGACTCCACAGACACAGAAAGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116774 GGCATCCCCCAGCAATGGCTGCCAGGACTCCACAGACACAGAAAGCAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACGAAGATCGGGTTGCGGGGGTGGTATCCCTCCCTCAGGGTCCCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116824 ACGAAGATCGGGTTGCGGGGGTGGTATCCCTCCCTCAGGGTCCCCCACCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CAGCCACCTCCCACCATTGTGGTGGGCCGGCACAGTCCTGCCTACGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116874 CAGCCACCTCCCACCATTGTGGTGGGCCGGCACAGTCCTGCCTACGCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGAGGACCCCAAGCCACAGGAGGGGTTATTGCGGGGCACCCCAGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116924 AGAGGACCCCAAGCCACAGGAGGGGTTATTGCGGGGCACCCCAGGCCCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CCAAGGAAGTGCTTCGGGTGGTGGGCGAGAGTGGTGAGCCTGTGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116974 CCAAGGAAGTGCTTCGGGTGGTGGGCGAGAGTGGTGAGCCTGTGAAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TTCAAGTGTGAGCACTGCCGTATCCTCTTCCTGGACCACGTCATGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117024 TTCAAGTGTGAGCACTGCCGTATCCTCTTCCTGGACCACGTCATGTTCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TATCCACATGGGCTGCCATGGCTTCAGAGACCCTTTTGAGTGCAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117074 TATCCACATGGGCTGCCATGGCTTCAGAGACCCTTTTGAGTGCAACATCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GTGGTTATCACAGCCAGGACCGGTACGAATTCTCTTCCCACATTGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117124 GTGGTTATCACAGCCAGGACCGGTACGAATTCTCTTCCCACATTGTCCGG

   1650     .    :    .
   1597 GGGGAGCATAAGGTGGGC
        ||||||||||||||||||
 117174 GGGGAGCATAAGGTGGGC