seq1 = pF1KA1777.tfa, 2844 bp
seq2 = pF1KA1777/gi568815590f_35444448.tfa (gi568815590f:35444448_35890560), 446113 bp

>pF1KA1777 2844
>gi568815590f:35444448_35890560 (Chr8)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-307  (104845-105063)   100% ->
308-451  (123651-123794)   100% ->
452-555  (151107-151210)   100% ->
556-736  (239100-239280)   100% ->
737-904  (240135-240302)   100% ->
905-1069  (242098-242262)   100% ->
1070-1102  (261482-261514)   100% ->
1103-1288  (277763-277948)   100% ->
1289-1666  (281705-282082)   99% ->
1667-1751  (286565-286649)   100% ->
1752-1920  (304080-304248)   100% ->
1921-2148  (306135-306362)   100% ->
2149-2298  (314873-315022)   100% ->
2299-2463  (322455-322619)   100% ->
2464-2642  (329852-330030)   100% ->
2643-2844  (345912-346113)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCCTGGTGTTAGTTAAAGCTCTCAGTGATGTCTGTGCTGGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCCTGGTGTTAGTTAAAGCTCTCAGTGATGTCTGTGCTGGGACTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGTTCCTGTTGGACTTTTCCTCCCAAACTTCACCAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CGGGTTCCTGTTGGACTTTTCCTCCCAAACTTCACCAGGTA...CAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGACAATGGCGAAGCCCTTCCCGAATCCATCCCATCAGCTCCTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104848 CTGACAATGGCGAAGCCCTTCCCGAATCCATCCCATCAGCTCCTGGGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCCTCATTTCATAGAGGAGCCAGATGATGCTTATATTATCAAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104898 CTGCCTCATTTCATAGAGGAGCCAGATGATGCTTATATTATCAAGAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCTATTGCACTCAGGTGCAAAGCGAGGCCAGCCATGCAGATATTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104948 CCCTATTGCACTCAGGTGCAAAGCGAGGCCAGCCATGCAGATATTCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATGCAACGGCGAGTGGGTCCATCAGAACGAGCACGTCTCTGAAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104998 AATGCAACGGCGAGTGGGTCCATCAGAACGAGCACGTCTCTGAAGAGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGACGAGAGCTCAG         GTTTGAAGGTCCGCGAAGTGTTCAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105048 CTGGACGAGAGCTCAGGTA...CAGGTTTGAAGGTCCGCGAAGTGTTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAATGTTACTAGGCAACAGGTGGAGGACTTCCATGGGCCCGAGGACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123676 CAATGTTACTAGGCAACAGGTGGAGGACTTCCATGGGCCCGAGGACTATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGTGCCAGTGTGTGGCGTGGAGCCACCTGGGTACCTCCAAGAGCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123726 GGTGCCAGTGTGTGGCGTGGAGCCACCTGGGTACCTCCAAGAGCAGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCTCTGTGCGCATAGCCT         ATTTACGGAAAAACTTTGAACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 123776 GCCTCTGTGCGCATAGCCTGTA...CAGATTTACGGAAAAACTTTGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGACCCACAAGGAAGGGAAGTTCCCATTGAAGGCATGATTGTACTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151129 AGACCCACAAGGAAGGGAAGTTCCCATTGAAGGCATGATTGTACTGCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCGCCCACCAGAGGGAGTCCCTGCTGCCGAG         GTGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 151179 GCCGCCCACCAGAGGGAGTCCCTGCTGCCGAGGTA...TAGGTGGAATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGAAAAATGAAGAGCCCATTGACTCTGAACAAGACGAGAACATTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239109 CTGAAAAATGAAGAGCCCATTGACTCTGAACAAGACGAGAACATTGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGGGCTGACCATAACCTGATCATCAGGCAGGCACGGCTCTCGGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239159 CAGGGCTGACCATAACCTGATCATCAGGCAGGCACGGCTCTCGGACTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAAATTACACCTGCATGGCAGCCAACATCGTGGCTAAGAGGAGAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239209 GAAATTACACCTGCATGGCAGCCAACATCGTGGCTAAGAGGAGAAGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCGGCCACTGTTGTGGTCTACG         TGAATGGAGGCTGGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 239259 TCGGCCACTGTTGTGGTCTACGGTA...CAGTGAATGGAGGCTGGTCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGGACAGAGTGGTCAGCCTGCAATGTTCGCTGTGGTAGAGGATGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240154 CTGGACAGAGTGGTCAGCCTGCAATGTTCGCTGTGGTAGAGGATGGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACGTTCCCGGACCTGCACCAACCCAGCTCCTCTCAATGGTGGGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240204 AACGTTCCCGGACCTGCACCAACCCAGCTCCTCTCAATGGTGGGGCCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGTGAGGGAATGTCAGTGCAGAAAATAACCTGCACTTCTCTTTGTCCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 240254 TGTGAGGGAATGTCAGTGCAGAAAATAACCTGCACTTCTCTTTGTCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905         TGGATGGGAGCTGGGAAGTGTGGAGCGAATGGTCCGTCTGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240304 TG...AAGTGGATGGGAGCTGGGAAGTGTGGAGCGAATGGTCCGTCTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTCCAGAGTGTGAACATTTGCGGATCCGGGAGTGCACAGCACCACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242140 GTCCAGAGTGTGAACATTTGCGGATCCGGGAGTGCACAGCACCACCCCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGAAATGGGGGCAAATTCTGTGAAGGTCTAAGCCAGGAATCTGAAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242190 AGAAATGGGGGCAAATTCTGTGAAGGTCTAAGCCAGGAATCTGAAAACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CACAGATGGTCTTTGCATCCTAG         ATAAAAAACCTCTTCATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 242240 CACAGATGGTCTTTGCATCCTAGGTA...TAGATAAAAAACCTCTTCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAATAAAACCCCAAA         GCATTGAGAATGCCAGCGACATTGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 261500 AAATAAAACCCCAAAGTA...CAGGCATTGAGAATGCCAGCGACATTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTGTACTCGGGCTTGGGTGCTGCCGTCGTGGCCGTTGCAGTCCTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277789 TTGTACTCGGGCTTGGGTGCTGCCGTCGTGGCCGTTGCAGTCCTGGTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGGTGTCACCCTTTACAGACGGAGCCAGAGTGACTATGGCGTGGACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277839 TGGTGTCACCCTTTACAGACGGAGCCAGAGTGACTATGGCGTGGACGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTGACTCTTCTGCATTGACAGGTGGCTTCCAGACCTTCAACTTCAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277889 TTGACTCTTCTGCATTGACAGGTGGCTTCCAGACCTTCAACTTCAAAACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTCCGTCAAG         GTAACTCCCTGCTCCTGAATTCTGCCATGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 277939 GTCCGTCAAGGTC...CAGGTAACTCCCTGCTCCTGAATTCTGCCATGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCCAGATCTGACAGTGAGCCGGACATACAGCGGACCCATCTGTCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281736 GCCAGATCTGACAGTGAGCCGGACATACAGCGGACCCATCTGTCTGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCCTCTGGACAAGGAGCTCATGACAGAGTCCTCACTCTTTAACCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281786 ACCCTCTGGACAAGGAGCTCATGACAGAGTCCTCACTCTTTAACCCTTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCGGACATCAAAGTGAAGGTCCAGAGCTCGTTCATGGTTTCCCTGGGAGT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 281836 TCGGACATCAAAGTGAAAGTCCAGAGCTCGTTCATGGTTTCCCTGGGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTCTGAGAGAGCTGAGTACCACGGCAAGAATCATTCCAGGACTTTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281886 GTCTGAGAGAGCTGAGTACCACGGCAAGAATCATTCCAGGACTTTTCCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATGGAAACAACCACAGCTTTAGTACAATGCATCCCAGAAATAAAATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281936 ATGGAAACAACCACAGCTTTAGTACAATGCATCCCAGAAATAAAATGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TACATCCAAAATCTGTCATCACTCCCCACAAGGACAGAACTGAGGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281986 TACATCCAAAATCTGTCATCACTCCCCACAAGGACAGAACTGAGGACAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGGTGTCTTTGGCCATTTAGGGGGGCGCTTAGTAATGCCAAATACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 282036 TGGTGTCTTTGGCCATTTAGGGGGGCGCTTAGTAATGCCAAATACAGGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1667       GGGTGAGCTTACTCATACCACACGGTGCCATCCCAGAGGAGAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282086 ...TAGGGGTGAGCTTACTCATACCACACGGTGCCATCCCAGAGGAGAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TCTTGGGAGATTTATATGTCCATCAACCAAGGTGAACCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 286609 TCTTGGGAGATTTATATGTCCATCAACCAAGGTGAACCCAGGTG...AAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCTCCAGTCAGATGGCTCTGAGGTGCTCCTGAGTCCTGAAGTCACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304080 CCTCCAGTCAGATGGCTCTGAGGTGCTCCTGAGTCCTGAAGTCACCTGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GTCCTCCAGACATGATCGTCACCACTCCCTTTGCATTGACCATCCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304130 GTCCTCCAGACATGATCGTCACCACTCCCTTTGCATTGACCATCCCGCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 TGTGCAGATGTCAGTTCTGAGCATTGGAATATCCATTTAAAGAAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304180 TGTGCAGATGTCAGTTCTGAGCATTGGAATATCCATTTAAAGAAGAGGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 ACAGCAGGGCAAATGGGAG         GAAGTGATGTCAGTGGAAGATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 304230 ACAGCAGGGCAAATGGGAGGTG...CAGGAAGTGATGTCAGTGGAAGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AATCTACATCCTGTTACTGCCTTTTGGACCCCTTTGCGTGTCATGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306157 AATCTACATCCTGTTACTGCCTTTTGGACCCCTTTGCGTGTCATGTGCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CTGGACAGCTTTGGGACCTATGCGCTCACTGGAGAGCCAATCACAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306207 CTGGACAGCTTTGGGACCTATGCGCTCACTGGAGAGCCAATCACAGACTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGCCGTGAAGCAACTGAAGGTGGCGGTTTTTGGCTGCATGTCCTGTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306257 TGCCGTGAAGCAACTGAAGGTGGCGGTTTTTGGCTGCATGTCCTGTAACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CCCTGGATTACAACTTGAGAGTTTACTGTGTGGACAATACCCCTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306307 CCCTGGATTACAACTTGAGAGTTTACTGTGTGGACAATACCCCTTGTGCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 TTTCAG         GAAGTGGTTTCAGATGAAAGGCATCAAGGTGGACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306357 TTTCAGGTT...TAGGAAGTGGTTTCAGATGAAAGGCATCAAGGTGGACA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GCTCCTGGAAGAACCAAAATTGCTGCATTTCAAAGGGAATACCTTTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314908 GCTCCTGGAAGAACCAAAATTGCTGCATTTCAAAGGGAATACCTTTAGTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TTCAGATTTCTGTCCTTGATATTCCCCCATTCCTCTGGAGAATTAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314958 TTCAGATTTCTGTCCTTGATATTCCCCCATTCCTCTGGAGAATTAAACCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 TTCACTGCCTGCCAG         GAAGTCCCGTTCTCCCGCGTGTGGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 315008 TTCACTGCCTGCCAGGTA...CAGGAAGTCCCGTTCTCCCGCGTGTGGTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CAGTAACCGGCAGCCCCTGCACTGTGCCTTCTCCCTGGAGCGTTATACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322481 CAGTAACCGGCAGCCCCTGCACTGTGCCTTCTCCCTGGAGCGTTATACGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 CCACTACCACCCAGCTGTCCTGCAAAATCTGCATTCGGCAGCTCAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322531 CCACTACCACCCAGCTGTCCTGCAAAATCTGCATTCGGCAGCTCAAAGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 CATGAACAGATCCTCCAAGTGCAGACATCAATCCTAGAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 322581 CATGAACAGATCCTCCAAGTGCAGACATCAATCCTAGAGGTG...TAGAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 TGAACGAGAAACCATCACTTTCTTCGCACAAGAGGACAGCACTTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329854 TGAACGAGAAACCATCACTTTCTTCGCACAAGAGGACAGCACTTTCCCTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 CACAGACTGGCCCCAAAGCCTTCAAAATTCCCTACTCCATCAGACAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329904 CACAGACTGGCCCCAAAGCCTTCAAAATTCCCTACTCCATCAGACAGCGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 ATTTGTGCTACATTTGATACCCCCAATGCCAAAGGCAAGGACTGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329954 ATTTGTGCTACATTTGATACCCCCAATGCCAAAGGCAAGGACTGGCAGAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 GTTAGCACAGAAAAACAGCATCAACAG         GAATTTATCTTATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 330004 GTTAGCACAGAAAAACAGCATCAACAGGTA...TAGGAATTTATCTTATT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 TCGCTACACAAAGTAGCCCATCTGCTGTCATTTTGAACCTGTGGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345926 TCGCTACACAAAGTAGCCCATCTGCTGTCATTTTGAACCTGTGGGAAGCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 CGTCATCAGCATGATGGTGATCTTGACTCCCTGGCCTGTGCCCTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345976 CGTCATCAGCATGATGGTGATCTTGACTCCCTGGCCTGTGCCCTTGAAGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2757 GATTGGGAGGACACACACGAAACTCTCAAACATTTCAGAATCCCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346026 GATTGGGAGGACACACACGAAACTCTCAAACATTTCAGAATCCCAGCTTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .
   2807 ATGAAGCCGACTTCAACTACAGCAGGCAAAATGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346076 ATGAAGCCGACTTCAACTACAGCAGGCAAAATGGACTC