seq1 = pF1KA1761.tfa, 2511 bp
seq2 = pF1KA1761/gi568815597f_109934638.tfa (gi568815597f:109934638_110153909), 219272 bp

>pF1KA1761 2511
>gi568815597f:109934638_110153909 (Chr1)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-250  (103254-103323)   100% ->
251-325  (104046-104120)   100% ->
326-460  (104535-104669)   100% ->
461-581  (104758-104878)   100% ->
582-650  (105998-106066)   100% ->
651-757  (106899-107005)   100% ->
758-885  (107097-107224)   100% ->
886-1068  (108451-108633)   100% ->
1069-1286  (109002-109219)   100% ->
1287-1352  (110203-110268)   100% ->
1353-1416  (110378-110441)   100% ->
1417-1488  (112043-112114)   100% ->
1489-1563  (112905-112979)   100% ->
1564-1661  (113135-113232)   100% ->
1662-1788  (114475-114601)   100% ->
1789-1889  (114823-114923)   100% ->
1890-1956  (115706-115772)   100% ->
1957-2061  (116319-116423)   100% ->
2062-2266  (117046-117250)   100% ->
2267-2511  (119028-119272)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGGCAGTCGGCGGTCCGGGCCCACTGATCGTGAACAACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCGGCAGTCGGCGGTCCGGGCCCACTGATCGTGAACAACAAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCCAGCCCCCGCCACCTCCGCCGCCGGCAGCCGCACAGCCACCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCCAGCCCCCGCCACCTCCGCCGCCGGCAGCCGCACAGCCACCACCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCACCGCGGGCCGCCGCGGGCCTCCTGCCTGGGGGCAAAGCCCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCACCGCGGGCCGCCGCGGGCCTCCTGCCTGGGGGCAAAGCCCGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAACCGCAACCAGCGCAAAGACTCAGAG         GGCTATTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 TTCAACCGCAACCAGCGCAAAGACTCAGAGGTC...CAGGGCTATTCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCACCAGACCTGGAGTTTGAGTATGCTGACACAGACAAGTGGGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103265 GTCACCAGACCTGGAGTTTGAGTATGCTGACACAGACAAGTGGGCTGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTCTCGG         AGCTTTACAGCTACACGGAAGGGCCAGAATTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103315 AGCTCTCGGGTA...CAGAGCTTTACAGCTACACGGAAGGGCCAGAATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGATGAATCGAAAATGCTTTGAGGAGGACTTCCGGATCCATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104078 CTGATGAATCGAAAATGCTTTGAGGAGGACTTCCGGATCCATGGTG...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   TGACAGACAAGAAGTGGACTGAGCTGGATACCAACCAGCACCGGACCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104533 AGTGACAGACAAGAAGTGGACTGAGCTGGATACCAACCAGCACCGGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCCATGAGGCTCCTGGATGGCTTGGAAGTCACTGCCAGGGAGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104583 ATGCCATGAGGCTCCTGGATGGCTTGGAAGTCACTGCCAGGGAGAAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCAAGGTGGCTCGAGCAATTCTCTATGTTGCTCAAG         GCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104633 CTCAAGGTGGCTCGAGCAATTCTCTATGTTGCTCAAGGTA...CAGGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTTGGGGAGTGCAGCTCGGAGGCAGAGGTGCAGTCCTGGATGCGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104762 GTTTGGGGAGTGCAGCTCGGAGGCAGAGGTGCAGTCCTGGATGCGCTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACATCTTTCTCCTCCTGGAGGTGGGCACGTTCAATGCTTTGGTGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104812 ACATCTTTCTCCTCCTGGAGGTGGGCACGTTCAATGCTTTGGTGGAGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGAACATGGAAATAGA         CAACAGTGCCGCCTGCAGCAGTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104862 CTGAACATGGAAATAGAGTG...CAGCAACAGTGCCGCCTGCAGCAGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTGAGGAAGCCTGCCATCTCCCTGGCTGACAGCACAGACCTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106022 TGTGAGGAAGCCTGCCATCTCCCTGGCTGACAGCACAGACCTCAGGTG..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651     GGTCCTGCTCAACATCATGTACCTGATAGTGGAGACCGTTCATCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106072 .CAGGGTCCTGCTCAACATCATGTACCTGATAGTGGAGACCGTTCATCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGTGTGAGGGTGACAAGGCTGAGTGGAGGACCATGCGGCAGACCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106945 GAGTGTGAGGGTGACAAGGCTGAGTGGAGGACCATGCGGCAGACCTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCCGAGCTGG         GCTCCCCGCTGTACAACAATGAGCCATTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106995 AGCCGAGCTGGGTA...CAGGCTCCCCGCTGTACAACAATGAGCCATTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCATCATGCTGTTTGGGATGGTGACCAAATTTTGCAGTGGTCACGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107127 CCATCATGCTGTTTGGGATGGTGACCAAATTTTGCAGTGGTCACGCCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CACTTTCCCATGAAGAAAGTTCTCTTGCTGCTCTGGAAGACAGTATTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107177 CACTTTCCCATGAAGAAAGTTCTCTTGCTGCTCTGGAAGACAGTATTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886        TGCACGCTAGGCGGCTTTGAGGAGCTGCAGAGCATGAAGGCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107227 G...CAGTGCACGCTAGGCGGCTTTGAGGAGCTGCAGAGCATGAAGGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGAAGCGCAGCATCCTGGGCCTCCCCCCGCTTCCTGAGGACAGCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108494 AGAAGCGCAGCATCCTGGGCCTCCCCCCGCTTCCTGAGGACAGCATCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGATTCGCAACATGAGAGCAGCCTCTCCACCAGCATCTGCTTCAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108544 GTGATTCGCAACATGAGAGCAGCCTCTCCACCAGCATCTGCTTCAGACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GATTGAGCAGCAGCAGAAACGGGGCCGCCGAGAGCACAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108594 GATTGAGCAGCAGCAGAAACGGGGCCGCCGAGAGCACAAGGTG...CAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTCTGATAAAGCAGGACAACCTAGATGCCTTCAACGAGCGGGATCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109003 CTCTGATAAAGCAGGACAACCTAGATGCCTTCAACGAGCGGGATCCCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGGCTGATGACTCTCGAGAAGAGGAAGAGGAGAATGATGATGACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109053 AAGGCTGATGACTCTCGAGAAGAGGAAGAGGAGAATGATGATGACAACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCTGGAGGGGGAGACGTTTCCCCTGGAACGGGATGAAGTGATGCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109103 TCTGGAGGGGGAGACGTTTCCCCTGGAACGGGATGAAGTGATGCCTCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CGCTACAGCACCCACAGACTGACAGGCTGACTTGCCCCAAAGGGCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109153 CGCTACAGCACCCACAGACTGACAGGCTGACTTGCCCCAAAGGGCTCCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TGGGCTCCCAAGGTCAG         AGAGAAAGACATTGAGATGTTCCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109203 TGGGCTCCCAAGGTCAGGTG...CAGAGAGAAAGACATTGAGATGTTCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGAGTCCAGCCGCAGCAAATTTATAGGTTACACTCTAGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110227 TGAGTCCAGCCGCAGCAAATTTATAGGTTACACTCTAGGCAGGTG...CA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1353  TGACACGAACACAGTGGTGGGGCTGCCCAGGCCAATCCACGAAAGCATC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110377 GTGACACGAACACAGTGGTGGGGCTGCCCAGGCCAATCCACGAAAGCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGACTCTGAAACAG         CACAAGTACACGTCGATTGCAGAGGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110427 AAGACTCTGAAACAGGTG...CAGCACAAGTACACGTCGATTGCAGAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCAGGCACAGATGGAGGAGGAATACCTCCGCTCCCCTCTCTCAGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112069 CCAGGCACAGATGGAGGAGGAATACCTCCGCTCCCCTCTCTCAGGGGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489      GGAGAAGAAGAAGTTGAGCAAGTCCCTGCAGAAACCCTCTACCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112119 ..AAGGGAGAAGAAGAAGTTGAGCAAGTCCCTGCAGAAACCCTCTACCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GGCTTGCTCCCCAGCCTGCCTCAGTATATG         ATTGCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112950 GGCTTGCTCCCCAGCCTGCCTCAGTATATGGTG...CAGATTGCCCTCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GAAGATCCTGTTGGCTGCAGCACCCACCTCAAAAGCCAAAACAGACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113146 GAAGATCCTGTTGGCTGCAGCACCCACCTCAAAAGCCAAAACAGACTCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCAACATCCTAGCGGACGTCTTGCCTGAGGAGATGCC         CACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 113196 TCAACATCCTAGCGGACGTCTTGCCTGAGGAGATGCCGTG...CAGCACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 ACAGTGTTGCAGAGCATGAAGCTGGGGGTGGATGTAAACCGCCACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114479 ACAGTGTTGCAGAGCATGAAGCTGGGGGTGGATGTAAACCGCCACAAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GGTCATTGTTAAGGCCATTTCTGCTGTCCTGCTGCTGCTGCTCAAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114529 GGTCATTGTTAAGGCCATTTCTGCTGTCCTGCTGCTGCTGCTCAAGCACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TTAAGTTGAACCATGTCTACCAG         TTTGAATACATGGCCCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114579 TTAAGTTGAACCATGTCTACCAGGTA...CAGTTTGAATACATGGCCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CACCTGGTGTTTGCCAACTGCATTCCTTTGATCCTAAAGTTCTTCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114841 CACCTGGTGTTTGCCAACTGCATTCCTTTGATCCTAAAGTTCTTCAATCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AAACATCATGTCCTACATCACTGCCAAGAACAG         CATTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114891 AAACATCATGTCCTACATCACTGCCAAGAACAGGTG...CAGCATTTCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 TCCTGGATTACCCTCACTGCGTGGTGCATGAGCTGCCAGAGCTGACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115714 TCCTGGATTACCCTCACTGCGTGGTGCATGAGCTGCCAGAGCTGACGGCG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GAGAGTTTG         GAAGCAGGTGACAGTAACCAATTTTGCTGGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115764 GAGAGTTTGGTG...CAGGAAGCAGGTGACAGTAACCAATTTTGCTGGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 GAACCTCTTTTCTTGTATCAATCTGCTTCGGATCTTGAACAAGCTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116351 GAACCTCTTTTCTTGTATCAATCTGCTTCGGATCTTGAACAAGCTGACAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 AGTGGAAGCATTCAAGGACAATG         ATGCTGGTGGTGTTCAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116401 AGTGGAAGCATTCAAGGACAATGGTA...CAGATGCTGGTGGTGTTCAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 TCAGCCCCCATCTTGAAGCGGGCCCTAAAGGTGAAACAAGCCATGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117064 TCAGCCCCCATCTTGAAGCGGGCCCTAAAGGTGAAACAAGCCATGATGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 GCTCTATGTGCTGAAGCTGCTCAAGGTACAGACCAAATACTTGGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117114 GCTCTATGTGCTGAAGCTGCTCAAGGTACAGACCAAATACTTGGGGCGGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 AGTGGCGAAAGAGCAACATGAAGACCATGTCTGCCATCTACCAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117164 AGTGGCGAAAGAGCAACATGAAGACCATGTCTGCCATCTACCAGAAGGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 CGGCATCGGCTGAACGACGACTGGGCATACGGCAATG         ATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117214 CGGCATCGGCTGAACGACGACTGGGCATACGGCAATGGTG...CAGATCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 TGATGCCCGGCCTTGGGACTTCCAGGCAGAGGAGTGTGCCCTTCGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119032 TGATGCCCGGCCTTGGGACTTCCAGGCAGAGGAGTGTGCCCTTCGTGCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 ACATTGAACGCTTCAACGCCCGGCGCTATGACCGGGCCCACAGCAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119082 ACATTGAACGCTTCAACGCCCGGCGCTATGACCGGGCCCACAGCAACCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 GACTTCCTGCCAGTGGACAACTGCCTGCAGAGTGTCCTGGGCCAACGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119132 GACTTCCTGCCAGTGGACAACTGCCTGCAGAGTGTCCTGGGCCAACGGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 GGACCTCCCTGAGGACTTTCAGATGAACTATGACCTCTGGTTAGAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119182 GGACCTCCCTGAGGACTTTCAGATGAACTATGACCTCTGGTTAGAAAGGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 AGGTCTTCTCCAAGCCCATTTCCTGGGAAGAGCTGCTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119232 AGGTCTTCTCCAAGCCCATTTCCTGGGAAGAGCTGCTGCAG