seq1 = pF1KA1747.tfa, 2349 bp
seq2 = pF1KA1747/gi568815597f_177129877.tfa (gi568815597f:177129877_177381525), 251649 bp

>pF1KA1747 2349
>gi568815597f:177129877_177381525 (Chr1)

1-269  (100001-100269)   100% ->
270-460  (126043-126233)   100% ->
461-669  (127300-127508)   99% ->
670-775  (143612-143717)   100% ->
776-1012  (146322-146558)   100% ->
1013-1235  (148687-148909)   100% ->
1236-2349  (150536-151649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGTGGCAGTGTGGCACTCGGTTTAGAGGGCTTCGGCCGGCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGTGGCAGTGTGGCACTCGGTTTAGAGGGCTTCGGCCGGCGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCATGGACAGCCCTGCTGGCACTGGGCCTGCCTGGCTGGGTGTTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCATGGACAGCCCTGCTGGCACTGGGCCTGCCTGGCTGGGTGTTGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCAGCCACGGCGGCTGCTGTGGTCCCCGAGCAGCATGCCTCCGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCAGCCACGGCGGCTGCTGTGGTCCCCGAGCAGCATGCCTCCGTAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCAGCATCCCCTGGACTGGCTGCTCACAGACCGGGGCCCCTTCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCAGCATCCCCTGGACTGGCTGCTCACAGACCGGGGCCCCTTCCACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCTCAGGAGTATGCTGACTTCATGGAGCGGTACCGCCAGGGTTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCTCAGGAGTATGCTGACTTCATGGAGCGGTACCGCCAGGGTTTCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGGTACAGGATTTATAG         GGAGTTTGCCCGTTGGAAGGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGGTACAGGATTTATAGGTA...CAGGGAGTTTGCCCGTTGGAAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACAACTTGGCTCTGGAAAGGAAGGACTTCTTCAGTTTGCCATTGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126065 AACAACTTGGCTCTGGAAAGGAAGGACTTCTTCAGTTTGCCATTGCCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGCCCCAGAGTTTATCCGGAACATTCGCCTCCTTGGAAGGAGACCCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126115 TGCCCCAGAGTTTATCCGGAACATTCGCCTCCTTGGAAGGAGACCCAATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCAACAGGTTACAGAAAATCTGATTAAAAAGTACGGCACTCATTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126165 TGCAACAGGTTACAGAAAATCTGATTAAAAAGTACGGCACTCATTTCTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTTTCTGCCACCCTTGGAG         GAGAAGAGTCCCTGACCATTTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 126215 CTTTCTGCCACCCTTGGAGGTA...TAGGAGAAGAGTCCCTGACCATTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGGACAAGCAGAAACTGGGAAGAAAGACAGAGACAACAGGAGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127322 TGTGGACAAGCAGAAACTGGGAAGAAAGACAGAGACAACAGGAGGTGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTATAATCGGGGGCAGTGGGAACAGCACAGCTGTGTCCCTGGAGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127372 CTATAATCGGGGGCAGTGGGAACAGCACAGCTGTGTCCCTGGAGACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CACCAGCTGGCCGCCTCTTACTTCATCGACAGAGAGAGCACGCTGCGACG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 127422 CACCAGCTGGCCGCCTCCTACTTCATCGACAGAGAGAGCACGCTGCGACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTGCACCATATCCAGATAGCCACGGGGGCCATCAAG         GTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127472 GCTGCACCATATCCAGATAGCCACGGGGGCCATCAAGGTA...TAGGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCGAGACCAGGACCGGTCCTCTGGGCTGCAGCAACTATGACAATCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143616 CCGAGACCAGGACCGGTCCTCTGGGCTGCAGCAACTATGACAATCTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCAGTCAGTTCTGTCTTGGTACAGAGTCCAGAGAACAAAGTACAGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143666 TCAGTCAGTTCTGTCTTGGTACAGAGTCCAGAGAACAAAGTACAGTTACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TG         GCCTTCAGGTGCTGCTGCCTGAGTATCTGCGTGAGCGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143716 TGGTA...CAGGCCTTCAGGTGCTGCTGCCTGAGTATCTGCGTGAGCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTGTAGCTGCAGCACTCAGCTACATCACATGCAGCTCTGAGGGTGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146361 TTGTAGCTGCAGCACTCAGCTACATCACATGCAGCTCTGAGGGTGAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTCTGCAAGGAGAATGACTGCTGGTGCAAGTGCAGCCCCACCTTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146411 GTCTGCAAGGAGAATGACTGCTGGTGCAAGTGCAGCCCCACCTTCCCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATGCAACTGCCCTGATGCTGACATCCAGGCCATGGAGGACAGCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146461 ATGCAACTGCCCTGATGCTGACATCCAGGCCATGGAGGACAGCCTGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGATCCAGGACTCCTGGGCCACTCACAACCGGCAGTTTGAAGAGTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 146511 AGATCCAGGACTCCTGGGCCACTCACAACCGGCAGTTTGAAGAGTCAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013        AAGAGTTCCAGGCCCTGCTGAAAAGGCTGCCCGATGACCGGTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146561 G...CAGAAGAGTTCCAGGCCCTGCTGAAAAGGCTGCCCGATGACCGGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCTGAACTCCACAGCTATCTCCCAGTTCTGGGCCATGGACACCAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148730 CCTGAACTCCACAGCTATCTCCCAGTTCTGGGCCATGGACACCAGCCTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGCACCGCTACCAGCAGCTGGGAGCTGGCTTGAAAGTGCTGTTCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148780 AGCACCGCTACCAGCAGCTGGGAGCTGGCTTGAAAGTGCTGTTCAAAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACCCATCGGATCCTACGCCGGCTCTTCAACCTCTGCAAGCGCTGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148830 ACCCATCGGATCCTACGCCGGCTCTTCAACCTCTGCAAGCGCTGCCATCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCAGCCTCGCTTCCGCCTGCCCAAGGAGAG         GTCCTTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 148880 CCAGCCTCGCTTCCGCCTGCCCAAGGAGAGGTG...AAGGTCCTTGTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACTGGTGGAACCGAATCCAGTCCCTCCTCTACTGTGGGGAAAGCACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150547 ACTGGTGGAACCGAATCCAGTCCCTCCTCTACTGTGGGGAAAGCACCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CCTGGCACTTTCCTGGAACAGAGCCACAGCTGCACCTGCCCCTATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150597 CCTGGCACTTTCCTGGAACAGAGCCACAGCTGCACCTGCCCCTATGACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ATCTTCCTGCCAGGGCCCCATCCCATGTGCCTTGGGCGAAGGGCCCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150647 ATCTTCCTGCCAGGGCCCCATCCCATGTGCCTTGGGCGAAGGGCCCGCGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GTGCCCACTGTGCTCCAGACAATAGCACACGCTGTGGGAGCTGCAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150697 GTGCCCACTGTGCTCCAGACAATAGCACACGCTGTGGGAGCTGCAACCCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GGCTATGTGCTGGCCCAGGGGCTGTGCCGGCCAGAGGTGGCCGAGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150747 GGCTATGTGCTGGCCCAGGGGCTGTGCCGGCCAGAGGTGGCCGAGTCCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GGAAAACTTTCTTGGGCTGGAGACAGACTTGCAGGACCTGGAGCTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150797 GGAAAACTTTCTTGGGCTGGAGACAGACTTGCAGGACCTGGAGCTAAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ACCTGCTGCAGAAGCAGGATAGCCGCATTGAGGTACACTCCATCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150847 ACCTGCTGCAGAAGCAGGATAGCCGCATTGAGGTACACTCCATCTTCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AGCAATGACATGCGGCTGGGCAGCTGGTTTGACCCTTCCTGGAGGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150897 AGCAATGACATGCGGCTGGGCAGCTGGTTTGACCCTTCCTGGAGGAAGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CATGCTGCTCACCCTGAAGAGCAACAAGTACAAGCCTGGGCTGGTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150947 CATGCTGCTCACCCTGAAGAGCAACAAGTACAAGCCTGGGCTGGTGCACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TGATGTTGGCCTTGTCCTTGCAGATCTGTCTCACCAAGAACAGCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150997 TGATGTTGGCCTTGTCCTTGCAGATCTGTCTCACCAAGAACAGCACCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GAGCCTGTCATGGCCATCTACGTCAACCCCTTTGGGGGCAGCCACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151047 GAGCCTGTCATGGCCATCTACGTCAACCCCTTTGGGGGCAGCCACTCTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GAGCTGGTTCATGCCTGTGAATGAGGGCAGCTTTCCTGACTGGGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151097 GAGCTGGTTCATGCCTGTGAATGAGGGCAGCTTTCCTGACTGGGAAAGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 CTAACGTGGATGCAGCTGCCCAGTGCCAAAACTGGACTATCACCTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151147 CTAACGTGGATGCAGCTGCCCAGTGCCAAAACTGGACTATCACCTTGGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 AATAGGTGGAAGACTTTCTTTGAGACAGTTCATGTTTACCTACGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151197 AATAGGTGGAAGACTTTCTTTGAGACAGTTCATGTTTACCTACGGAGCCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 AATCAAGTCCCTGGATGACAGCTCCAATGAGACAATCTACTATGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151247 AATCAAGTCCCTGGATGACAGCTCCAATGAGACAATCTACTATGAGCCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TGGAGATGACTGATCCCTCTAAGAATTTGGGTTACATGAAAATTAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151297 TGGAGATGACTGATCCCTCTAAGAATTTGGGTTACATGAAAATTAACACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 TTGCAGGTCTTTGGCTACAGCCTGCCCTTTGACCCAGATGCTATCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151347 TTGCAGGTCTTTGGCTACAGCCTGCCCTTTGACCCAGATGCTATCCGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 CTTAATTCTCCAGTTGGACTACCCATATACTCAAGGTTCCCAGGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151397 CTTAATTCTCCAGTTGGACTACCCATATACTCAAGGTTCCCAGGACTCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 CACTCTTGCAGCTCATTGAGCTCAGGGACCGGGTGAACCAGCTTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151447 CACTCTTGCAGCTCATTGAGCTCAGGGACCGGGTGAACCAGCTTTCTCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 CCTGGCAAAGTCCGACTTGACCTTTTCTCCTGCTTGCTCCGGCATCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151497 CCTGGCAAAGTCCGACTTGACCTTTTCTCCTGCTTGCTCCGGCATCGGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 TAAGCTGGCCAACAATGAGGTGGGCAGGATCCAGTCCTCCCTGAGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151547 TAAGCTGGCCAACAATGAGGTGGGCAGGATCCAGTCCTCCCTGAGGGCTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2297 TCAATTCTAAGCTGCCAAACCCTGTGGAATATGAGACCGGCAAACTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151597 TCAATTCTAAGCTGCCAAACCCTGTGGAATATGAGACCGGCAAACTCTGT

   2400 
   2347 AGC
        |||
 151647 AGC