seq1 = pF1KA1745.tfa, 2511 bp
seq2 = pF1KA1745/gi568815583f_90101579.tfa (gi568815583f:90101579_90328640), 227062 bp

>pF1KA1745 2511
>gi568815583f:90101579_90328640 (Chr15)

1-157  (100001-100157)   100% ->
158-321  (115861-116024)   100% ->
322-384  (116189-116251)   100% ->
385-483  (118215-118313)   100% ->
484-595  (119404-119515)   100% ->
596-709  (119789-119902)   100% ->
710-861  (120036-120187)   100% ->
862-1043  (121981-122162)   100% ->
1044-1194  (122260-122410)   100% ->
1195-1405  (123390-123600)   99% ->
1406-1521  (123704-123819)   100% ->
1522-1688  (124083-124249)   100% ->
1689-1774  (125979-126064)   100% ->
1775-2511  (126326-127062)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGCACCGCGATGGGCCTGAGGAGCTGGCTCGCCGCCCCATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCGCACCGCGATGGGCCTGAGGAGCTGGCTCGCCGCCCCATGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCTGCCGCCTCGGCCACCGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGCTGCCGCCTCGGCCACCGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCAGCCGCCGCCTCCGACCTGGGCGCTCAGCCCCCGGATCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCAGCCGCCGCCTCCGACCTGGGCGCTCAGCCCCCGGATCAGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTCTGG         GCTCTGAAGAGCGGCCATTCCTCAGATTCGAAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTCTGGGTG...CAGGCTCTGAAGAGCGGCCATTCCTCAGATTCGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAACACATCTCCAACTACACAGCCCTTCTGCTGAGCAGGGATGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115895 TGAACACATCTCCAACTACACAGCCCTTCTGCTGAGCAGGGATGGCAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCTGTACGTGGGTGCTCGAGAGGCCCTCTTTGCACTCAGTAGCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115945 CCCTGTACGTGGGTGCTCGAGAGGCCCTCTTTGCACTCAGTAGCAACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCTTCCTGCCAGGCGGGGAGTACCAGGAG         CTGCTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115995 AGCTTCCTGCCAGGCGGGGAGTACCAGGAGGTG...CAGCTGCTTTGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAGACGCAGAGAAGAAACAGCAGTGCAGCTTCAAGGGCAAGGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116200 TGCAGACGCAGAGAAGAAACAGCAGTGCAGCTTCAAGGGCAAGGACCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         CGCGACTGTCAAAACTACATCAAGATCCTCCTGCCGCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116250 AGGTG...CAGCGCGACTGTCAAAACTACATCAAGATCCTCCTGCCGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCGGCAGTCACCTGTTCACCTGTGGCACAGCAGCCTTCAGCCCCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118254 AGCGGCAGTCACCTGTTCACCTGTGGCACAGCAGCCTTCAGCCCCATGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACCTACATC         AACATGGAGAACTTCACCCTGGCAAGGGACG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118304 TACCTACATCGTG...CAGAACATGGAGAACTTCACCCTGGCAAGGGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAGGGGAATGTCCTCCTGGAAGATGGCAAGGGCCGTTGTCCCTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119435 AGAAGGGGAATGTCCTCCTGGAAGATGGCAAGGGCCGTTGTCCCTTCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCGAATTTCAAGTCCACTGCCCTGGTGGTTG         ATGGCGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 119485 CCGAATTTCAAGTCCACTGCCCTGGTGGTTGGTG...CAGATGGCGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTACACTGGAACAGTCAGCAGCTTCCAAGGGAATGACCCGGCCATCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119799 CTACACTGGAACAGTCAGCAGCTTCCAAGGGAATGACCCGGCCATCTCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAGCCAAAGCCTTCGCCCCACCAAGACCGAGAGCTCCCTCAACTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119849 GGAGCCAAAGCCTTCGCCCCACCAAGACCGAGAGCTCCCTCAACTGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAG         ACCCAGCTTTTGTGGCCTCAGCCTACATTCCTGAGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119899 CAAGGTG...CAGACCCAGCTTTTGTGGCCTCAGCCTACATTCCTGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGGGCAGCTTGCAAGGCGATGATGACAAGATCTACTTTTTCTTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120073 CCTGGGCAGCTTGCAAGGCGATGATGACAAGATCTACTTTTTCTTCAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGACTGGCCAGGAATTTGAGTTCTTTGAGAACACCATTGTGTCCCGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120123 AGACTGGCCAGGAATTTGAGTTCTTTGAGAACACCATTGTGTCCCGCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCCGCATCTGCAAG         GGCGATGAGGGTGGAGAGCGGGTGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120173 GCCCGCATCTGCAAGGTG...CAGGGCGATGAGGGTGGAGAGCGGGTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACAGCAGCGCTGGACCTCCTTCCTCAAGGCCCAGCTGCTGTGCTCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122007 ACAGCAGCGCTGGACCTCCTTCCTCAAGGCCCAGCTGCTGTGCTCACGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCGACGATGGCTTCCCCTTCAACGTGCTGCAGGATGTCTTCACGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122057 CCGACGATGGCTTCCCCTTCAACGTGCTGCAGGATGTCTTCACGCTGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCAGCCCCCAGGACTGGCGTGACACCCTTTTCTATGGGGTCTTCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122107 CCCAGCCCCCAGGACTGGCGTGACACCCTTTTCTATGGGGTCTTCACTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCAGTG         GCACAGGGGAACTACAGAAGGCTCTGCCGTCTGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122157 CCAGTGGTA...CAGGCACAGGGGAACTACAGAAGGCTCTGCCGTCTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCTTCACAATGAAGGATGTGCAGAGAGTCTTCAGCGGCCTCTACAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122295 TCTTCACAATGAAGGATGTGCAGAGAGTCTTCAGCGGCCTCTACAAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGAACCGTGAGACACAGCAGTGGTACACCGTGACCCACCCGGTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122345 GTGAACCGTGAGACACAGCAGTGGTACACCGTGACCCACCCGGTGCCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ACCCCGGCCTGGAGCG         TGCATCACCAACAGTGCCCGGGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 122395 ACCCCGGCCTGGAGCGGTG...CAGTGCATCACCAACAGTGCCCGGGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGAAGATCAACTCATCTCTGCAGCTCCCAGACCGCGTGCTGAACTTCCTC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 123415 GGAAGATCAACTCATCCCTGCAGCTCCCAGACCGCGTGCTGAACTTCCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAGGACCACTTCCTGATGGACGGGCAGGTCCGAAGCCGCATGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123465 AAGGACCACTTCCTGATGGACGGGCAGGTCCGAAGCCGCATGCTGCTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCAGCCCCAGGCTCGCTACCAGCGCGTGGCTGTACACCGCGTCCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123515 GCAGCCCCAGGCTCGCTACCAGCGCGTGGCTGTACACCGCGTCCCTGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGCACCACACCTACGATGTCCTCTTCCTGGGCACTG         GTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123565 TGCACCACACCTACGATGTCCTCTTCCTGGGCACTGGTA...CAGGTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGCCGGCTCCACAAGGCAGTGAGCGTGGGCCCCCGGGTGCACATCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123709 GGCCGGCTCCACAAGGCAGTGAGCGTGGGCCCCCGGGTGCACATCATTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGAGCTGCAGATCTTCTCATCGGGACAGCCCGTGCAGAATCTGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123759 GGAGCTGCAGATCTTCTCATCGGGACAGCCCGTGCAGAATCTGCTCCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACACCCACAGG         GGGCTGCTGTATGCGGCCTCACACTCGGGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 123809 ACACCCACAGGGTG...CAGGGGCTGCTGTATGCGGCCTCACACTCGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTAGTCCAGGTGCCCATGGCCAACTGCAGCCTGTACAGGAGCTGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124113 GTAGTCCAGGTGCCCATGGCCAACTGCAGCCTGTACAGGAGCTGTGGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CTGCCTCCTCGCCCGGGACCCCTACTGTGCTTGGAGCGGCTCCAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124163 CTGCCTCCTCGCCCGGGACCCCTACTGTGCTTGGAGCGGCTCCAGCTGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGCACGTCAGCCTCTACCAGCCTCAGCTGGCCACCAG         GCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 124213 AGCACGTCAGCCTCTACCAGCCTCAGCTGGCCACCAGGTG...CAGGCCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TGGATCCAGGACATCGAGGGAGCCAGCGCCAAGGACCTTTGCAGCGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125983 TGGATCCAGGACATCGAGGGAGCCAGCGCCAAGGACCTTTGCAGCGCGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TTCGGTTGTGTCCCCGTCTTTTGTACCAACAG         GGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 126033 TTCGGTTGTGTCCCCGTCTTTTGTACCAACAGGTG...CAGGGGAGAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CATGTGAGCAAGTCCAGTTCCAGCCCAACACAGTGAACACTTTGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126335 CATGTGAGCAAGTCCAGTTCCAGCCCAACACAGTGAACACTTTGGCCTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CCGCTCCTCTCCAACCTGGCGACCCGACTCTGGCTACGCAACGGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126385 CCGCTCCTCTCCAACCTGGCGACCCGACTCTGGCTACGCAACGGGGCCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CGTCAATGCCTCGGCCTCCTGCCACGTGCTACCCACTGGGGACCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126435 CGTCAATGCCTCGGCCTCCTGCCACGTGCTACCCACTGGGGACCTGCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TGGTGGGCACCCAACAGCTGGGGGAGTTCCAGTGCTGGTCACTAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126485 TGGTGGGCACCCAACAGCTGGGGGAGTTCCAGTGCTGGTCACTAGAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GGCTTCCAGCAGCTGGTAGCCAGCTACTGCCCAGAGGTGGTGGAGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126535 GGCTTCCAGCAGCTGGTAGCCAGCTACTGCCCAGAGGTGGTGGAGGACGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GGTGGCAGACCAAACAGATGAGGGTGGCAGTGTACCCGTCATTATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126585 GGTGGCAGACCAAACAGATGAGGGTGGCAGTGTACCCGTCATTATCAGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CATCGCGTGTGAGTGCACCAGCTGGTGGCAAGGCCAGCTGGGGTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126635 CATCGCGTGTGAGTGCACCAGCTGGTGGCAAGGCCAGCTGGGGTGCAGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 AGGTCCTACTGGAAGGAGTTCCTGGTGATGTGCACGCTCTTTGTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126685 AGGTCCTACTGGAAGGAGTTCCTGGTGATGTGCACGCTCTTTGTGCTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CGTGCTGCTCCCAGTTTTATTCTTGCTCTACCGGCACCGGAACAGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126735 CGTGCTGCTCCCAGTTTTATTCTTGCTCTACCGGCACCGGAACAGCATGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AAGTCTTCCTGAAGCAGGGGGAATGTGCCAGCGTGCACCCCAAGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126785 AAGTCTTCCTGAAGCAGGGGGAATGTGCCAGCGTGCACCCCAAGACCTGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CCTGTGGTGCTGCCCCCTGAGACCCGCCCACTCAACGGCCTAGGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126835 CCTGTGGTGCTGCCCCCTGAGACCCGCCCACTCAACGGCCTAGGGCCCCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 TAGCACCCCGCTCGATCACCGAGGGTACCAGTCCCTGTCAGACAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126885 TAGCACCCCGCTCGATCACCGAGGGTACCAGTCCCTGTCAGACAGCCCCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 CGGGGTCCCGAGTCTTCACTGAGTCAGAGAAGAGGCCACTCAGCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126935 CGGGGTCCCGAGTCTTCACTGAGTCAGAGAAGAGGCCACTCAGCATCCAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 GACAGCTTCGTGGAGGTATCCCCAGTGTGCCCCCGGCCCCGGGTCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126985 GACAGCTTCGTGGAGGTATCCCCAGTGTGCCCCCGGCCCCGGGTCCGCCT

   2600     .    :    .    :    .
   2484 TGGCTCGGAGATCCGTGACTCTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 127035 TGGCTCGGAGATCCGTGACTCTGTGGTG