seq1 = pF1KA1739.tfa, 2499 bp
seq2 = pF1KA1739/gi568815596r_96760629.tfa (gi568815596r:96760629_96967886), 207258 bp

>pF1KA1739 2499
>gi568815596r:96760629_96967886 (Chr2)

(complement)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-258  (101456-101604)   100% ->
259-321  (101958-102020)   100% ->
322-420  (102123-102221)   100% ->
421-517  (102350-102446)   100% ->
518-634  (102567-102683)   100% ->
635-786  (102772-102923)   100% ->
787-962  (103007-103182)   100% ->
963-1107  (103505-103649)   100% ->
1108-1330  (103739-103961)   100% ->
1331-1443  (104093-104205)   100% ->
1444-1601  (105993-106150)   100% ->
1602-1672  (106238-106308)   100% ->
1673-2499  (106432-107258)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCACACTGGGCTGTCTGGCTGCTGGCAGCAAGGCTGTGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCACACTGGGCTGTCTGGCTGCTGGCAGCAAGGCTGTGGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCATTGGGGCTGAGGTGTGGTGGAACCTTGTGCCGCGTAAGACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCATTGGGGCTGAGGTGTGGTGGAACCTTGTGCCGCGTAAGACAGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTCTGGGG         AGCTGGCCACGGTAGTACGGCGGTTCTCCCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTCTGGGGGTG...CAGAGCTGGCCACGGTAGTACGGCGGTTCTCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCGGCATCCAGGACTTCCTGACACTGACGCTGACGGAGCCCACTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101488 ACCGGCATCCAGGACTTCCTGACACTGACGCTGACGGAGCCCACTGGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGTACGTGGGCGCCCGAGAGGCCCTGTTTGCCTTCAGCATGGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101538 TCTGTACGTGGGCGCCCGAGAGGCCCTGTTTGCCTTCAGCATGGAGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAGCTGCAAGGAGCG         ATCTCCTGGGAGGCCCCCGTGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101588 TGGAGCTGCAAGGAGCGGTG...CAGATCTCCTGGGAGGCCCCCGTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAAGACTGAGTGTATCCAGAAAGGGAAGAACAACCAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101982 AAGAAGACTGAGTGTATCCAGAAAGGGAAGAACAACCAGGTG...CAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGAGTGCTTCAACTTCATCCGCTTCCTGCAGCCCTACAATGCCTCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102125 CGAGTGCTTCAACTTCATCCGCTTCCTGCAGCCCTACAATGCCTCCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTACGTCTGTGGCACCTACGCCTTCCAGCCCAAGTGCACCTACGTC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102175 TGTACGTCTGTGGCACCTACGCCTTCCAGCCCAAGTGCACCTACGTCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       AACATGCTCACCTTCACTTTGGAGCATGGAGAGTTTGAAGATGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102225 ...TAGAACATGCTCACCTTCACTTTGGAGCATGGAGAGTTTGAAGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAGGGCAAGTGTCCCTATGACCCAGCTAAGGGCCATGCTGGCCTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102394 GAAGGGCAAGTGTCCCTATGACCCAGCTAAGGGCCATGCTGGCCTTCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGG         ATGGTGAGCTGTACTCGGCCACACTCAACAACTTCCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102444 TGGGTG...TAGATGGTGAGCTGTACTCGGCCACACTCAACAACTTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGCACGGAACCCATTATCCTGCGTAACATGGGGCCCCACCACTCCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102605 GGCACGGAACCCATTATCCTGCGTAACATGGGGCCCCACCACTCCATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GACAGAGTACCTGGCCTTTTGGCTCAACG         AACCTCACTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102655 GACAGAGTACCTGGCCTTTTGGCTCAACGGTG...CAGAACCTCACTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAGGCTCTGCCTATGTACCTGAGAGTGTGGGCAGCTTCACGGGGGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102784 TAGGCTCTGCCTATGTACCTGAGAGTGTGGGCAGCTTCACGGGGGACGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACAAGGTCTACTTCTTCTTCAGGGAGCGGGCAGTGGAGTCCGACTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102834 GACAAGGTCTACTTCTTCTTCAGGGAGCGGGCAGTGGAGTCCGACTGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCCGAGCAGGTGGTGGCTCGTGTGGCCCGTGTCTGCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102884 TGCCGAGCAGGTGGTGGCTCGTGTGGCCCGTGTCTGCAAGGTA...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCGATATGGGGGGCGCACGGACCCTGCAGAGGAAGTGGACCACGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103008 GCGATATGGGGGGCGCACGGACCCTGCAGAGGAAGTGGACCACGTTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGGCGCGGCTGGCATGCTCTGCCCCGAACTGGCAGCTCTACTTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103058 AAGGCGCGGCTGGCATGCTCTGCCCCGAACTGGCAGCTCTACTTCAACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCTGCAGGCGATGCACACCCTGCAGGACACCTCCTGGCACAACACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103108 GCTGCAGGCGATGCACACCCTGCAGGACACCTCCTGGCACAACACCACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCTTTGGGGTTTTTCAAGCACAGTG         GGGTGACATGTACCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103158 TCTTTGGGGTTTTTCAAGCACAGTGGTG...CAGGGGTGACATGTACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCGGCCATCTGTGAGTACCAGTTGGAAGAGATCCAGCGGGTGTTTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103521 TCGGCCATCTGTGAGTACCAGTTGGAAGAGATCCAGCGGGTGTTTGAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCCCTATAAGGAGTACCATGAGGAAGCCCAGAAGTGGGACCGCTACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103571 CCCCTATAAGGAGTACCATGAGGAAGCCCAGAAGTGGGACCGCTACACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACCCTGTACCCAGCCCTCGGCCTGGCTCG         TGCATTAACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103621 ACCCTGTACCCAGCCCTCGGCCTGGCTCGGTG...CAGTGCATTAACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TGGCATCGGCGCCACGGCTACACCAGCTCCCTGGAGCTACCCGACAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103751 TGGCATCGGCGCCACGGCTACACCAGCTCCCTGGAGCTACCCGACAACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTCAACTTCGTCAAGAAGCACCCGCTGATGGAGGAGCAGGTGGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103801 CCTCAACTTCGTCAAGAAGCACCCGCTGATGGAGGAGCAGGTGGGGCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGTGGAGCCGCCCCCTGCTCGTGAAGAAGGGCACCAACTTCACCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103851 GGTGGAGCCGCCCCCTGCTCGTGAAGAAGGGCACCAACTTCACCCACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGGCCGACCGGGTTACAGGACTTGATGGAGCCACCTATACAGTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103901 GTGGCCGACCGGGTTACAGGACTTGATGGAGCCACCTATACAGTGCTGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATTGGCACAG         GAGACGGCTGGCTGCTCAAGGCTGTGAGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103951 CATTGGCACAGGTG...CAGGAGACGGCTGGCTGCTCAAGGCTGTGAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGGGGCCCTGGGTTCACCTGATTGAGGAGCTGCAGCTGTTTGACCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104123 TGGGGCCCTGGGTTCACCTGATTGAGGAGCTGCAGCTGTTTGACCAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCCATGAGAAGCCTGGTGCTATCTCAGAGCAAG         AAGCTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104173 CCCATGAGAAGCCTGGTGCTATCTCAGAGCAAGGTA...CAGAAGCTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTTTGCCGGCTCCCGCTCTCAGCTGGTGCAGCTGCCCGTGGCCGACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106001 CTTTGCCGGCTCCCGCTCTCAGCTGGTGCAGCTGCCCGTGGCCGACTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGAAGTATCGCTCCTGTGCAGACTGTGTCCTCGCCCGGGACCCCTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106051 TGAAGTATCGCTCCTGTGCAGACTGTGTCCTCGCCCGGGACCCCTATTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCCTGGAGCGTCAACACCAGCCGCTGTGTGGCCGTGGGTGGCCACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106101 GCCTGGAGCGTCAACACCAGCCGCTGTGTGGCCGTGGGTGGCCACTCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602          ATCTCTACTGATCCAGCATGTGATGACCTCGGACACTTCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106151 GTG...CAGATCTCTACTGATCCAGCATGTGATGACCTCGGACACTTCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCATCTGCAACCTCCGTGGCAGTAAGAAAG         TCAGGCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106279 GCATCTGCAACCTCCGTGGCAGTAAGAAAGGTG...CAGTCAGGCCCACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CCCAAAAACATCACGGTGGTGGCGGGCACAGACCTGGTGCTGCCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106443 CCCAAAAACATCACGGTGGTGGCGGGCACAGACCTGGTGCTGCCCTGCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCTCTCCTCCAACTTGGCCCATGCCCGCTGGACCTTTGGGGGCCGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106493 CCTCTCCTCCAACTTGGCCCATGCCCGCTGGACCTTTGGGGGCCGGGACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGCCTGCGGAACAGCCCGGGTCCTTCCTCTACGATGCCCGGCTCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106543 TGCCTGCGGAACAGCCCGGGTCCTTCCTCTACGATGCCCGGCTCCAGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTGGTTGTGATGGCTGCCCAGCCCCGCCATGCCGGGGCCTACCACTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106593 CTGGTTGTGATGGCTGCCCAGCCCCGCCATGCCGGGGCCTACCACTGCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TTCAGAGGAGCAGGGGGCGCGGCTGGCTGCTGAAGGCTACCTTGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106643 TTCAGAGGAGCAGGGGGCGCGGCTGGCTGCTGAAGGCTACCTTGTGGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TCGTGGCAGGCCCGTCGGTGACCTTGGAGGCCCGGGCCCCCCTGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106693 TCGTGGCAGGCCCGTCGGTGACCTTGGAGGCCCGGGCCCCCCTGGAAAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CTGGGGCTGGTGTGGCTGGCGGTGGTGGCCCTGGGGGCTGTGTGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106743 CTGGGGCTGGTGTGGCTGGCGGTGGTGGCCCTGGGGGCTGTGTGCCTGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GCTGCTGCTGCTGGTGCTGTCATTGCGCCGGCGGCTGCGGGAAGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106793 GCTGCTGCTGCTGGTGCTGTCATTGCGCCGGCGGCTGCGGGAAGAGCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AGAAAGGGGCCAAGGCTACTGAGAGGACCTTGGTGTACCCCCTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106843 AGAAAGGGGCCAAGGCTACTGAGAGGACCTTGGTGTACCCCCTGGAGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CCCAAGGAGCCCACCAGTCCCCCCTTCCGGCCCTGTCCTGAACCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106893 CCCAAGGAGCCCACCAGTCCCCCCTTCCGGCCCTGTCCTGAACCAGATGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GAAACTTTGGGATCCTGTCGGTTACTACTATTCAGATGGCTCCCTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106943 GAAACTTTGGGATCCTGTCGGTTACTACTATTCAGATGGCTCCCTTAAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TAGTACCTGGGCATGCCCGGTGCCAGCCCGGTGGGGGGCCCCCTTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106993 TAGTACCTGGGCATGCCCGGTGCCAGCCCGGTGGGGGGCCCCCTTCGCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CCTCCAGGCATCCCAGGCCAGCCTCTGCCTTCTCCAACTCGGCTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107043 CCTCCAGGCATCCCAGGCCAGCCTCTGCCTTCTCCAACTCGGCTTCACCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 GGGGGGTGGGCGGAACTCAAATGCCAATGGTTACGTGCGCTTACAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107093 GGGGGGTGGGCGGAACTCAAATGCCAATGGTTACGTGCGCTTACAACTAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 GAGGGGAGGACCGGGGAGGGCTCGGGCACCCCCTGCCTGAGCTCGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107143 GAGGGGAGGACCGGGGAGGGCTCGGGCACCCCCTGCCTGAGCTCGCGGAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 GAACTGAGACGCAAACTGCAGCAACGCCAGCCACTGCCCGACTCCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107193 GAACTGAGACGCAAACTGCAGCAACGCCAGCCACTGCCCGACTCCAACCC

   2600     .    :    .
   2484 CGAGGAGTCATCAGTA
        ||||||||||||||||
 107243 CGAGGAGTCATCAGTA