seq1 = pF1KA1726.tfa, 2652 bp
seq2 = pF1KA1726/gi568815587f_110036663.tfa (gi568815587f:110036663_110265734), 229072 bp

>pF1KA1726 2652
>gi568815587f:110036663_110265734 (Chr11)

1-24  (56538-56561)   100% ->
25-776  (100001-100752)   100% ->
777-916  (116257-116396)   100% ->
917-1151  (122594-122828)   100% ->
1152-1258  (126611-126717)   100% ->
1259-2652  (127679-129072)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGGAGAAGAGAATGCAA         GAATACGGGGTGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  56538 ATGGCTGCGGAGAAGAGAATGCAAGTA...TAGGAATACGGGGTGCTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CATTCAGGAATACAGAAAAAACAGCAAAGTGGAGTCAAGTACACGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CATTCAGGAATACAGAAAAAACAGCAAAGTGGAGTCAAGTACACGTAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTTCATGGGCTTGAAGGATCACCTAGGGCATGACCTCGGCCACCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 ACTTCATGGGCTTGAAGGATCACCTAGGGCATGACCTCGGCCACCTTTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGAGAGCACTGACCCACAGTTAAGTCCAGCTGTACCTTGGTCAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 GTGGAGAGCACTGACCCACAGTTAAGTCCAGCTGTACCTTGGTCAACAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAAACCCAAGTATGGATACCGTTAATGTGGGGAAGGATGAAAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100168 AGAAAACCCAAGTATGGATACCGTTAATGTGGGGAAGGATGAAAAAGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGTCTGAAGAGAATGCAAGCTCTGGTGACTCTGAAGAAAACACAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100218 CGTCTGAAGAGAATGCAAGCTCTGGTGACTCTGAAGAAAACACAAATTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATCATGAGTCAGAACAATTGGGTAGCATTTCAGTAGAGCCAGGCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100268 GATCATGAGTCAGAACAATTGGGTAGCATTTCAGTAGAGCCAGGCTTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AACTAAGACTCACAGACAGCTCTGCAGGTCTCCCTGTTTAGAGCCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100318 AACTAAGACTCACAGACAGCTCTGCAGGTCTCCCTGTTTAGAGCCTCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TACTCAAGCGCAATGAAATTTTGCAAGACTTTAAACCTGAAGAGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100368 TACTCAAGCGCAATGAAATTTTGCAAGACTTTAAACCTGAAGAGTCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACTACATCCAAGGAAGCAAAGAAACCACCTGATGTGGTGCGAGAATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100418 ACTACATCCAAGGAAGCAAAGAAACCACCTGATGTGGTGCGAGAATACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AACAAAACTGGAGTTTGCACTTAAGTTAGGTTATTCTGAAGAACAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100468 AACAAAACTGGAGTTTGCACTTAAGTTAGGTTATTCTGAAGAACAGGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGCTTGTACTAAACAAACTTGGTACTGATGCTTTAATCAATGATATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100518 AGCTTGTACTAAACAAACTTGGTACTGATGCTTTAATCAATGATATTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGAGAACTTGTCAAACTTGGAAATAAAAGTGAGGCTGATCAAACGGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100568 GGAGAACTTGTCAAACTTGGAAATAAAAGTGAGGCTGATCAAACGGTTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TACAATTAACACTATAACACGGGAAACTTCTTCCCTGGAATCTCAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100618 TACAATTAACACTATAACACGGGAAACTTCTTCCCTGGAATCTCAGAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGAATCTCCAATGCAAGAGATTGTAACAGATGATGGTGAAAATCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100668 CTGAATCTCCAATGCAAGAGATTGTAACAGATGATGGTGAAAATCTGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCAATAGTTATTGATGGCAGCAATGTGGCAATGAG         CCATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100718 CCAATAGTTATTGATGGCAGCAATGTGGCAATGAGGTA...CAGCCATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AAACAAAGAAGTATTTTCCTGCAGAGGAATAAAATTGGCAGTGGATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116263 AAACAAAGAAGTATTTTCCTGCAGAGGAATAAAATTGGCAGTGGATTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTTTGGAAAGAGGCCACAAAGACATTACAGTTTTTGTTCCTGCTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116313 TTTTGGAAAGAGGCCACAAAGACATTACAGTTTTTGTTCCTGCTTGGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AAAGAGCAATCCCGACCTGATGCTCTCATTACAG         ATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 116363 AAAGAGCAATCCCGACCTGATGCTCTCATTACAGGTA...CAGATCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AATTTTACGTAAATTAGAGAAGGAGAAAATCCTGGTGTTCACGCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122601 AATTTTACGTAAATTAGAGAAGGAGAAAATCCTGGTGTTCACGCCATCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GGCGAGTCCAGGGGAGGAGAGTGGTGTGCTATGACGACAGGTTCATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122651 GGCGAGTCCAGGGGAGGAGAGTGGTGTGCTATGACGACAGGTTCATCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AAGCTGGCTTTTGAGTCGGACGGTATCATTGTGTCCAATGATAACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122701 AAGCTGGCTTTTGAGTCGGACGGTATCATTGTGTCCAATGATAACTACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGACTTGGCTAATGAGAAGCCAGAATGGAAGAAGTTCATAGATGAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122751 GGACTTGGCTAATGAGAAGCCAGAATGGAAGAAGTTCATAGATGAACGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TATTAATGTATTCATTTGTCAATGACAA         GTTCATGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122801 TATTAATGTATTCATTTGTCAATGACAAGTA...CAGGTTCATGCCCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GATGACCCTCTTGGCAGACATGGCCCCAGTCTGGATAATTTTCTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126624 GATGACCCTCTTGGCAGACATGGCCCCAGTCTGGATAATTTTCTGAGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GAAACCTATTGTTCCTGAACACAAAAAGCAGCCTTGTCCATATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 126674 GAAACCTATTGTTCCTGAACACAAAAAGCAGCCTTGTCCATATGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1259    GAAAGAAGTGTACCTATGGACACAAGTGCAAATATTACCATCCCGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127676 TAGGAAAGAAGTGTACCTATGGACACAAGTGCAAATATTACCATCCCGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AGGGGCAGTCAGCCACAGCGGTCAGTGGCTGATGAACTCCGTGCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127726 AGGGGCAGTCAGCCACAGCGGTCAGTGGCTGATGAACTCCGTGCCATGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TAGAAATACGGCAGCCAAAACTGCAAACGAAGGAGGACTGGTGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127776 TAGAAATACGGCAGCCAAAACTGCAAACGAAGGAGGACTGGTGAAAAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ACAGTGTTCCTTGTAGCACCAAGGCTGATAGCACTTCTGATGTCAAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127826 ACAGTGTTCCTTGTAGCACCAAGGCTGATAGCACTTCTGATGTCAAACGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GGTGCTCCAAAGAGGCAATCAGATCCAAGCATAAGGACACAAGTCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127876 GGTGCTCCAAAGAGGCAATCAGATCCAAGCATAAGGACACAAGTCTACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AGACCTAGAAGAAAAGCTTCCCACCAAAAACAAATTGGAAACCAGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127926 AGACCTAGAAGAAAAGCTTCCCACCAAAAACAAATTGGAAACCAGGTCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TACCTTCCTTAGTTAGCATCCCAGCTACTTCTACTGCAAAACCCCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127976 TACCTTCCTTAGTTAGCATCCCAGCTACTTCTACTGCAAAACCCCAAAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ACTACATCTTTAAGCAATGGCCTTCCATCTGGAGTTCATTTCCCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128026 ACTACATCTTTAAGCAATGGCCTTCCATCTGGAGTTCATTTCCCACCTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 GGATCAAAGACCACAGGGACAATATCCTTCAATGATGATGGCAACCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128076 GGATCAAAGACCACAGGGACAATATCCTTCAATGATGATGGCAACCAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 ATCATGGAACGCCAATGCCTTATGAACAGTATCCAAAATGTGACTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128126 ATCATGGAACGCCAATGCCTTATGAACAGTATCCAAAATGTGACTCACCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GTCGACATCGGATATTATTCCATGTTGAATGCATACTCAAATCTGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128176 GTCGACATCGGATATTATTCCATGTTGAATGCATACTCAAATCTGAGTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CTCAGGCCCACGAAGCCCTGAAAGGCGTTTCTCCTTAGACACAGATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128226 CTCAGGCCCACGAAGCCCTGAAAGGCGTTTCTCCTTAGACACAGATTATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 GAATAAGTTCCGTAGCTTCTGACTGCAGCAGTGAAGGGAGCATGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128276 GAATAAGTTCCGTAGCTTCTGACTGCAGCAGTGAAGGGAGCATGAGCTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 GGGAGCAGTGACTCCTACGTGGGTTACAATGACCGGTCCTATGTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128326 GGGAGCAGTGACTCCTACGTGGGTTACAATGACCGGTCCTATGTCAGCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 CCCCGACCCACAGCTAGAGGAGAATTTGAAGTGTCAACACATGCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128376 CCCCGACCCACAGCTAGAGGAGAATTTGAAGTGTCAACACATGCACCCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 ACAGCCGCCTTAATCCTCAACCGTTCCTGCAGAATTTCCACGACCCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128426 ACAGCCGCCTTAATCCTCAACCGTTCCTGCAGAATTTCCACGACCCCTTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 ACCAGAGGGCAAAGTTACAGTCACGAAGAACCAAAGTTCCATCACAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128476 ACCAGAGGGCAAAGTTACAGTCACGAAGAACCAAAGTTCCATCACAAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 TCCTCTTCCGCACCTGGCTCTGCACCTGCCGCACTCCGCTGTGGGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128526 TCCTCTTCCGCACCTGGCTCTGCACCTGCCGCACTCCGCTGTGGGCGCCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 GGTCCAGCTGTCCTGGCGACTACCCCTCTCCTCCAAGTTCAGCACACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128576 GGTCCAGCTGTCCTGGCGACTACCCCTCTCCTCCAAGTTCAGCACACTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 AAGGCACCACACCTAGGGAGGTCCTTGGTGGCCACGAGAATAGACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128626 AAGGCACCACACCTAGGGAGGTCCTTGGTGGCCACGAGAATAGACAGCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 CTCTGACTCTCGACTTTATGACAGTTCTCCTTCACGACAAAGAAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128676 CTCTGACTCTCGACTTTATGACAGTTCTCCTTCACGACAAAGAAAGCCTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 ATTCCCGCCAGGAAGGCCTGGGAAGCTGGGAGAGGCCAGGCTATGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128726 ATTCCCGCCAGGAAGGCCTGGGAAGCTGGGAGAGGCCAGGCTATGGGATC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2356 GACGCCTATGGGTACCGGCAGACTTATTCCTTGCCCGATAACTCCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128776 GACGCCTATGGGTACCGGCAGACTTATTCCTTGCCCGATAACTCCACACA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2406 GCCGTGTTATGAGCAGTTCACCTTCCAGAGCCTCCCTGAGCAACAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128826 GCCGTGTTATGAGCAGTTCACCTTCCAGAGCCTCCCTGAGCAACAGGAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2456 CAGCCTGGCGGATCCCATACTGTGGAATGCCGCAAGATCCCCCGAGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128876 CAGCCTGGCGGATCCCATACTGTGGAATGCCGCAAGATCCCCCGAGGTAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2506 CAAGACAACCGAGAAAAGATTTATATCAATTTGTGCAACATCTTCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128926 CAAGACAACCGAGAAAAGATTTATATCAATTTGTGCAACATCTTCCCCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2556 TGACCTTGTGAGAATTGTCATGAAAAGGAATCCTCACATGACAGACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128976 TGACCTTGTGAGAATTGTCATGAAAAGGAATCCTCACATGACAGACGCCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2606 AGCAGCTCGCCGCAGCCATTTTAGTGGAGAAATCCCAGCTGGGTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129026 AGCAGCTCGCCGCAGCCATTTTAGTGGAGAAATCCCAGCTGGGTTAT