seq1 = pF1KA1714.tfa, 3381 bp
seq2 = pF1KA1714/gi568815589r_38986689.tfa (gi568815589r:38986689_39388064), 401376 bp

>pF1KA1714 3381
>gi568815589r:38986689_39388064 (Chr9)

(complement)

1-85  (100001-100085)   98% ->
86-196  (121059-121169)   98% ->
197-390  (148879-149072)   99% ->
391-538  (194790-194937)   100% ->
539-742  (209705-209908)   100% ->
743-927  (210563-210747)   100% ->
928-1071  (211973-212116)   100% ->
1072-1333  (216435-216696)   100% ->
1334-1477  (221989-222132)   100% ->
1478-1649  (238088-238259)   100% ->
1650-1756  (243719-243825)   100% ->
1757-1876  (247427-247546)   100% ->
1877-2080  (254930-255133)   100% ->
2081-2237  (269806-269962)   98% ->
2238-2365  (278778-278905)   100% ->
2366-2536  (284151-284321)   99% ->
2537-2755  (285350-285568)   100% ->
2756-2995  (287915-288154)   100% ->
2996-3220  (299418-299642)   100% ->
3221-3381  (301216-301376)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCAGTGGCCTGGGCCGTCCTCAAGGTGCTGCTGCTTCTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCAGTGGCCTGGGCCGTCCTCAAGGTGCTGCTGCTTCTCCCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGACTTGGAGCCCCGTAGGAGCAGGAAATCCAC         CTGACT
        |||||||||||||||||| ||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 TCAGACTTGGAGCCCCGTGGGAGCAGGAAATCCACGTA...CAGCTGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGATGCTCCACTGGCTTCTGCCTTGCCTAGGTCATCCTTCAGCAGCTCC
        ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 121065 GTGATGCCCCACTGGCCTCTGCCTTGCCTAGGTCATCCTTCAGCAGCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAGAGCTGTCCAGCAGCCACGGCCCGGGGTTTTCAAGGCTTAATCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121115 TCAGAGCTGTCCAGCAGCCACGGCCCGGGGTTTTCAAGGCTTAATCGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATG         GAGCTGGTGGCTGGACCCCACTTGTGTCAAATAAAT
        |||||>>>...>>>|||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 121165 AGATGGTG...AAGGAGCTGGTGGCTGGACTCCACTTGTGTCAAATAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAATGGCTGCAAATTGACCTTGGAGAGAGAATGGAGGTCACTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148915 ACCAATGGCTGCAAATTGACCTTGGAGAGAGAATGGAGGTCACTGCTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCACCCAAGGAGGATATGGGAGCTCTGACTGGGTGACCAGCTACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148965 GCCACCCAAGGAGGATATGGGAGCTCTGACTGGGTGACCAGCTACCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATGTTCAGTGATGGTGGGAGAAACTGGAAGCAGTATCGCCGAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149015 GATGTTCAGTGATGGTGGGAGAAACTGGAAGCAGTATCGCCGAGAAGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCATCTGG         GGTTTTCCAGGAAACACAAACGCAGACAGTGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 149065 GCATCTGGGTA...TAGGGTTTTCCAGGAAACACAAACGCAGACAGTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGCACTACAGACTCCAGCCTCCCTTTGAAGCCAGGTTCCTGCGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194823 GTGCACTACAGACTCCAGCCTCCCTTTGAAGCCAGGTTCCTGCGCTTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCTTTAGCCTGGAACCCTAGGGGCAGGATTGGGATGCGGATCGAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194873 CCCTTTAGCCTGGAACCCTAGGGGCAGGATTGGGATGCGGATCGAAGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACGGATGTGCATATA         AATCTGAGGTGGTTTATTTTGATGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 194923 ACGGATGTGCATATAGTA...TAGAATCTGAGGTGGTTTATTTTGATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAAAGTGCTCTGCTGTATAGACTTGATAAAAAACCTTTAAAACCAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209731 CAAAGTGCTCTGCTGTATAGACTTGATAAAAAACCTTTAAAACCAATAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGACGTTATTTCTTTGAAATTTAAAGCCATGCAGAGCAATGGAATTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209781 AGACGTTATTTCTTTGAAATTTAAAGCCATGCAGAGCAATGGAATTCTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCACAGAGAAGGACAACATGGAAATCACATTACTCTGGAATTAATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209831 TTCACAGAGAAGGACAACATGGAAATCACATTACTCTGGAATTAATTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAAAGCTTGTCTTTTTTCTTAATTCAG         GCAATGCTAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 209881 GGAAAGCTTGTCTTTTTTCTTAATTCAGGTA...AAGGCAATGCTAAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCTTCCACTATTGCTCCTGTGACCCTCACCCTGGGCAGCCTGCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210576 GCCTTCCACTATTGCTCCTGTGACCCTCACCCTGGGCAGCCTGCTGGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCAGCACTGGCATTCCGTCCTCATCGAGCTCCTCGACACGCAGGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210626 ACCAGCACTGGCATTCCGTCCTCATCGAGCTCCTCGACACGCAGGTCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCACCGTGGACAAACACACTCATCATTTCCAAGCAAAGGGAGATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210676 TTCACCGTGGACAAACACACTCATCATTTCCAAGCAAAGGGAGATTCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTACTTGGATCTTAATTTTGAG         ATCAGCTTTGGGGGAATTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 210726 TTACTTGGATCTTAATTTTGAGGTT...AAGATCAGCTTTGGGGGAATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CGACACCCGGAAGATCGCGGGCATTCAGACGTAAAAGCTTTCATGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211992 CGACACCCGGAAGATCGCGGGCATTCAGACGTAAAAGCTTTCATGGGTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTAGAAAATCTTTATTATAATGGAGTGGATGTTACCGAATTAGCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212042 TTAGAAAATCTTTATTATAATGGAGTGGATGTTACCGAATTAGCCAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACACAAACCACAGATCCTCATGATG         GGAAATGTGTCCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 212092 ACACAAACCACAGATCCTCATGATGGTA...TAGGGAAATGTGTCCTTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CATGTCCACAGCCACAGACTGTCCCTGTGACTTTTCTGAGCTCCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216451 CATGTCCACAGCCACAGACTGTCCCTGTGACTTTTCTGAGCTCCAGGAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TATCTGGCTCTGCCAGGCAACTCTGGGGAGGACAAAGTGTCTGTCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216501 TATCTGGCTCTGCCAGGCAACTCTGGGGAGGACAAAGTGTCTGTCACTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TCAATTTCGAACGTGGAACAGAGCAGGACATTTGCTTTTCGGCGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216551 TCAATTTCGAACGTGGAACAGAGCAGGACATTTGCTTTTCGGCGAACTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GACGTGGTTCAGGGAGTTTCGTCCTCTTTCTTAAGGATGGCAAGCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216601 GACGTGGTTCAGGGAGTTTCGTCCTCTTTCTTAAGGATGGCAAGCTCAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTGAGTCTCTTCCAGCCGGGACAGTCACCAAGGAATGTCACAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 216651 CTGAGTCTCTTCCAGCCGGGACAGTCACCAAGGAATGTCACAGCAGGTA.

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334      GTGCTGGATTAAACGATGGGCAGTGGCACTCTGTGTCCTTCTCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216701 ..CAGGTGCTGGATTAAACGATGGGCAGTGGCACTCTGTGTCCTTCTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCAAGTGGAGCCATATGAATGTGGTGGTGGACGATGACACAGCTGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222034 CCAAGTGGAGCCATATGAATGTGGTGGTGGACGATGACACAGCTGTTCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCCCTGGTGGCTGTGCTCATTGATTCAGGTGACACCTATTATTTTGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 222084 CCCCTGGTGGCTGTGCTCATTGATTCAGGTGACACCTATTATTTTGGAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1478         GCTGCCTGGACAACAGCTCTGGCTCTGGATGTAAAAGCCCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222134 TA...TAGGCTGCCTGGACAACAGCTCTGGCTCTGGATGTAAAAGCCCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGGGAGGGTTTCAGGGCTGCCTAAGGCTCATCACCATTGGTGACAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238130 TGGGAGGGTTTCAGGGCTGCCTAAGGCTCATCACCATTGGTGACAAAGCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GTGGATCCCATCTTAGTACAGCAGGGGGCGCTGGGGAGTTTCAGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238180 GTGGATCCCATCTTAGTACAGCAGGGGGCGCTGGGGAGTTTCAGGGACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CCAGATAGACTCCTGCGGCATCACAGACAG         GTGCTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 238230 CCAGATAGACTCCTGCGGCATCACAGACAGGTA...TAGGTGCTTGCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GCTACTGTGAGCATGGGGGCGAGTGTTCCCAGTCGTGGGACACCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243730 GCTACTGTGAGCATGGGGGCGAGTGTTCCCAGTCGTGGGACACCTTCTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TGTGACTGTCTAGGCACAGGCTATACGGGCGAGACCTGCCATTCCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 243780 TGTGACTGTCTAGGCACAGGCTATACGGGCGAGACCTGCCATTCCTGTA.

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757      CTCTCTACGAGCAGTCTTGTGAAGCCCACAAGCACCGAGGGAACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243830 ..CAGCTCTCTACGAGCAGTCTTGTGAAGCCCACAAGCACCGAGGGAACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CGTCTGGGCTTTACTATATTGATGCAGATGGAAGTGGCCCCCTGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247472 CGTCTGGGCTTTACTATATTGATGCAGATGGAAGTGGCCCCCTGGGACCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 TTTCTTGTGTACTGCAATATGACAG         CAGACGCCGCGTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 247522 TTTCTTGTGTACTGCAATATGACAGGTA...CAGCAGACGCCGCGTGGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGTGGTGCAGCACGGTGGCCCCGACGCGGTGACCCTCCGAGGTGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254946 GGTGGTGCAGCACGGTGGCCCCGACGCGGTGACCCTCCGAGGTGCCCCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 GCGGGCACCCGCGCTCGGCTGTGTCCTTCGCGTACGCAGCGGGCGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254996 GCGGGCACCCGCGCTCGGCTGTGTCCTTCGCGTACGCAGCGGGCGCGGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CAGCTGCGGTCCGCGGTGAACCTGGCGGAGCGCTGCGAGCAGCGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255046 CAGCTGCGGTCCGCGGTGAACCTGGCGGAGCGCTGCGAGCAGCGGCTGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TCTGCGCTGCGGGACGGCGCGGCGCCCGGACTCACGAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 255096 TCTGCGCTGCGGGACGGCGCGGCGCCCGGACTCACGAGGTA...CAGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 GAACCCCACTGAGCTGGTGGGTTGGAAGAACCAATGAAACACACACCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
 269809 GAACCCCACTGAGCTGGTGGGTTGGAAGAACCAATGAAACACACACTTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 TGGGGAGTTTCTCTGCCTGATGCTCAAAAGTGTACTTGTGGATTAGAGGG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269859 TGGGGAGGTTCTCTGCCTGATGCTCAAAAGTGTACTTGTGGATTAGAGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GAACTGCATTGATTCTCAGTATTACTGCAACTGTGATGCTGGCCGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269909 GAACTGCATTGATTCTCAGTATTACTGCAACTGTGATGCTGGCCGGAATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AATG         GACTAGTGACACAATAGTCCTTTCCCAAAAGGAGCAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269959 AATGGTG...TAGGACTAGTGACACAATAGTCCTTTCCCAAAAGGAGCAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CTGCCAGTCACTCAGATTGTGATGACAGACGCAGGCCGACCACATTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278815 CTGCCAGTCACTCAGATTGTGATGACAGACGCAGGCCGACCACATTCCGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 AGCAGCTTATACACTGGGGCCACTGCTCTGCCGCGGAGATC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 278865 AGCAGCTTATACACTGGGGCCACTGCTCTGCCGCGGAGATCGTA...CAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AGTCATTCTGGAATTCAGCTTCCTTCAACACTGAGACTTCATACCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284151 AGTCATTCTGGAATTCAGCTTCCTTCAACACTGAGACTTCATACCTTCAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 TTCCCTGCTTTCCACGGAGAACTCACTGCTGACGTGTGCTTCTTTTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284201 TTCCCTGCTTTCCACGGAGAACTCACTGCTGACGTGTGCTTCTTTTTTAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 GACCACAGTTTCCTCCGGGGTGTTTATGGAGAACCTGGGGATCACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284251 GACCACAGTTTCCTCCGGGGTGTTTATGGAGAACCTGGGGATCACAGATT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 TCATCAGGATTGAGCTGCATG         CTCCCACAGAAGTGACCTTT
        |||||||||||||||||| ||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 284301 TCATCAGGATTGAGCTGCGTGGTA...TAGCTCCCACAGAAGTGACCTTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 TCCTTCGATGTGGGGAATGGACCTTGTGAGGTCACGGTGCAGTCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285370 TCCTTCGATGTGGGGAATGGACCTTGTGAGGTCACGGTGCAGTCACCCAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 TCCCTTTAATGACAATCAGTGGCACCACGTGAGGGCAGAGAGAAATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285420 TCCCTTTAATGACAATCAGTGGCACCACGTGAGGGCAGAGAGAAATGTTA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 AAGGAGCGTCTCTTCAAGTTGATCAGCTTCCTCAGAAGATGCAGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285470 AAGGAGCGTCTCTTCAAGTTGATCAGCTTCCTCAGAAGATGCAGCCTGCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 CCTGCTGATGGGCACGTTCGTTTACAGCTCAACAGCCAGCTCTTCATTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 285520 CCTGCTGATGGGCACGTTCGTTTACAGCTCAACAGCCAGCTCTTCATTGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2756         GTGGAACGGCCACCAGACAGAGAGGCTTTCTAGGATGCATTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285570 TG...TAGGTGGAACGGCCACCAGACAGAGAGGCTTTCTAGGATGCATTC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 GGTCTCTGCAGTTGAACGGGGTGGCCCTGGATCTGGAAGAAAGAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287957 GGTCTCTGCAGTTGAACGGGGTGGCCCTGGATCTGGAAGAAAGAGCCACA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2848 GTGACGCCAGGAGTGGAGCCAGGGTGTGCAGGACACTGCAGCACCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288007 GTGACGCCAGGAGTGGAGCCAGGGTGTGCAGGACACTGCAGCACCTATGG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2898 ACACTTGTGTCGCAATGGAGGGAGATGCAGAGAGAAACGCAGGGGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288057 ACACTTGTGTCGCAATGGAGGGAGATGCAGAGAGAAACGCAGGGGGGTCA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2948 CCTGTGACTGTGCCTTCTCAGCCTATGATGGGCCGTTCTGCTCCAATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 288107 CCTGTGACTGTGCCTTCTCAGCCTATGATGGGCCGTTCTGCTCCAATGGT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2996        AGATTTCCGCATATTTTGCAACTGGCTCCTCAATGACATACCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288157 A...CAGAGATTTCCGCATATTTTGCAACTGGCTCCTCAATGACATACCA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3039 TTTTCAAGAACATTACACTTTAAGTGAAAACTCCAGCTCTCTCGTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299461 TTTTCAAGAACATTACACTTTAAGTGAAAACTCCAGCTCTCTCGTTTCTT

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3089 CATTACACAGAGATGTAACATTGACCAGAGAAATGATCACACTGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299511 CATTACACAGAGATGTAACATTGACCAGAGAAATGATCACACTGAGCTTC

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3139 CGAACCACACGAACTCCGAGCTTATTGCTGTATGTGAGCTCTTTCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299561 CGAACCACACGAACTCCGAGCTTATTGCTGTATGTGAGCTCTTTCTATGA

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3189 GGAATACCTTTCAGTTATCCTCGCCAACAATG         GAAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 299611 GGAATACCTTTCAGTTATCCTCGCCAACAATGGTG...TAGGAAGTTTGC

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3230 AGATTAGGTACAAGCTAGATAGACATCAAAATCCTGATGCATTTACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301225 AGATTAGGTACAAGCTAGATAGACATCAAAATCCTGATGCATTTACCTTT

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3280 GATTTTAAAAACATGGCTGATGGGCAACTTCACCAAGTGAAGATTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301275 GATTTTAAAAACATGGCTGATGGGCAACTTCACCAAGTGAAGATTAACAG

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3330 AGAAGAAGCTGTGGTCATGGTAGAGGTAATCCCACAAATGCAGAAGTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 301325 AGAAGAAGCTGTGGTCATGGTAGAGGTAATCCCACAAATGCAAAAGTCAA

   3550 
   3380 AC
        ||
 301375 AC