seq1 = pF1KA1694.tfa, 2319 bp
seq2 = pF1KA1694/gi568815582f_81345242.tfa (gi568815582f:81345242_81809796), 464555 bp

>pF1KA1694 2319
>gi568815582f:81345242_81809796 (Chr16)

1-300  (100001-100300)   100% ->
301-426  (262326-262451)   100% ->
427-477  (275635-275685)   100% ->
478-639  (306962-307123)   100% ->
640-681  (312534-312575)   100% ->
682-744  (315643-315705)   100% ->
745-825  (319028-319108)   100% ->
826-929  (324901-325004)   100% ->
930-1034  (326725-326829)   100% ->
1035-1388  (333034-333387)   100% ->
1389-1454  (346534-346599)   100% ->
1455-1481  (347917-347943)   100% ->
1482-1530  (348198-348246)   100% ->
1531-1638  (351319-351426)   100% ->
1639-1755  (354444-354560)   100% ->
1756-1896  (356419-356559)   100% ->
1897-1944  (357381-357428)   100% ->
1945-2091  (358698-358844)   100% ->
2092-2197  (360258-360363)   100% ->
2198-2268  (361773-361843)   98% ->
2269-2319  (364505-364555)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTGACCAGCAGCTCGGGCGGCGGCGGCGACCCCCGGCAGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGTGACCAGCAGCTCGGGCGGCGGCGGCGACCCCCGGCAGATCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGACCAAGCCGCTGCTGGGGGGCGACGTGTCGGCCCCCGAAGGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGACCAAGCCGCTGCTGGGGGGCGACGTGTCGGCCCCCGAAGGCACGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGATGGGCGCCGTGCCCTGCCGCCGGGCTCTTCTGCTTTGCAACGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGATGGGCGCCGTGCCCTGCCGCCGGGCTCTTCTGCTTTGCAACGGGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGTACAAACTGCTGCAGGAGGGCGACATTCAGGTCTGTGTCATCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTACAAACTGCTGCAGGAGGGCGACATTCAGGTCTGTGTCATCCGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCGCGGACCTTTCTCAGCAAGATCCTCACCTCGAAATTCCTGAGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCGCGGACCTTTCTCAGCAAGATCCTCACCTCGAAATTCCTGAGGCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGAGCCGCACCACCTAACGCTGGCCGACAACAGCCTGGCGTCCGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGAGCCGCACCACCTAACGCTGGCCGACAACAGCCTGGCGTCCGCCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301          CCAACTGGGTACATGGAAAACTCAGTCTCCTACAGCGCAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTG...CAGCCAACTGGGTACATGGAAAACTCAGTCTCCTACAGCGCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAAGACGTTCAGCTGCTGTCCTGGGAGAATGCCCCGAAGTACTGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262367 TGAAGACGTTCAGCTGCTGTCCTGGGAGAATGCCCCGAAGTACTGTTTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCTCACGATTCCTGGGGGAACTGTCTTACTGCAG         GCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 262417 AGCTCACGATTCCTGGGGGAACTGTCTTACTGCAGGTA...CAGGCTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATAGCTACCTGCGAGACCAGTGGTTCCATTCTCTGCAATGGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 275641 AATAGCTACCTGCGAGACCAGTGGTTCCATTCTCTGCAATGGAAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     AAAAAGATTTACAAATATAAGAAAGTGCTGAGTAACCCAAGCCGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275691 .CAGAAAAAGATTTACAAATATAAGAAAGTGCTGAGTAACCCAAGCCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGAAGTTGTCTTGAAAGAGATCCGGACCCTGGTGGACATGGCCCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307008 GGGAAGTTGTCTTGAAAGAGATCCGGACCCTGGTGGACATGGCCCTGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCCCCCTGCAGGATGACTCCATCAACCAGGCCCCACTGGAAATCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307058 TCCCCCCTGCAGGATGACTCCATCAACCAGGCCCCACTGGAAATCGTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAACTGCTCTCAGAG         AACACAAACTTGACCACCCAGGAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 307108 GAAACTGCTCTCAGAGGTA...TAGAACACAAACTTGACCACCCAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGAAAACATCATTGTG         GCAATCGCTCCTTTGCTGGAAAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 312559 ATGAAAACATCATTGTGGTA...CAGGCAATCGCTCCTTTGCTGGAAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACCACCCACCACCAGATCTCTGTGAATTCTTTTGCAAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 315667 AACCACCCACCACCAGATCTCTGTGAATTCTTTTGCAAGGTA...CAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGCAGAGAGCGGCCCCGGTCCATGGTGGTCATCGAGGTGTTCACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319030 CTGCAGAGAGCGGCCCCGGTCCATGGTGGTCATCGAGGTGTTCACCCCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTGCAGCGAATCCTCAAGCATAACATG         GACTTTGGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 319080 TGGTGCAGCGAATCCTCAAGCATAACATGGTG...CAGGACTTTGGGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGCCCGCGACTGAGGCTGTTTACTCAGGAGTACATCCTTGCCTTGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324913 TGCCCGCGACTGAGGCTGTTTACTCAGGAGTACATCCTTGCCTTGAACGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCTCAACGCGGGGATGGAAGTGGTGAAGAAGTTCATTCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 324963 GCTCAACGCGGGGATGGAAGTGGTGAAGAAGTTCATTCAGAGGTG...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930  CATGCACGGCCCCACAGGGCACTGCCCCCACCCCCGGGTCCTGCCCAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326724 GCATGCACGGCCCCACAGGGCACTGCCCCCACCCCCGGGTCCTGCCCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGGTGGCCGTGTGCCTGGCTGCCATCTACTCCTGCTATGAAGAGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326774 CTGGTGGCCGTGTGCCTGGCTGCCATCTACTCCTGCTATGAAGAGTTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAACAG         CCGCGACAATTCCCCAAGCCTGAAGGAAATCCGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326824 CAACAGGTC...CAGCCGCGACAATTCCCCAAGCCTGAAGGAAATCCGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACGGCTGCCAGCAGCCGTGCGACCGGAAGCCCACTTTACCTCTGCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333069 ACGGCTGCCAGCAGCCGTGCGACCGGAAGCCCACTTTACCTCTGCGCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGCACCCCAGCCCGGACCTGGTGTCTCAGGAAGCCACGCTGTCTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333119 CTGCACCCCAGCCCGGACCTGGTGTCTCAGGAAGCCACGCTGTCTGAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCGGCTCAAGTCGGTGGTCGTGGCCTCCAGTGAGATCCACGTGGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333169 CCGGCTCAAGTCGGTGGTCGTGGCCTCCAGTGAGATCCACGTGGAGGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AACGCACCAGCACTGCCAAGCCGGCGCTGACGGCCAGCGCAGGCAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333219 AACGCACCAGCACTGCCAAGCCGGCGCTGACGGCCAGCGCAGGCAACGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGCGAGCCCAACCTCATCGACTGCCTCATGGTCAGCCCCGCCTGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333269 AGCGAGCCCAACCTCATCGACTGCCTCATGGTCAGCCCCGCCTGCAGCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATGAGCATCGAGCTGGGCCCCCAGGCCGACCGCACGCTCGGCTGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333319 CATGAGCATCGAGCTGGGCCCCCAGGCCGACCGCACGCTCGGCTGCTACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGGAAATCCTCAAGCTGCT         GTCAGACTATGATGACTGGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 333369 TGGAAATCCTCAAGCTGCTGTG...TAGGTCAGACTATGATGACTGGAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCGTCTCTGGCCAGTTTGCTTCAACCCATTCCATTCCCCAAAGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 346556 CCGTCTCTGGCCAGTTTGCTTCAACCCATTCCATTCCCCAAAGAGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1455    AGCTCTCGCACATGAGAAGTTCACCAA         GGAACTGAAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 347914 CAGAGCTCTCGCACATGAGAAGTTCACCAAGTG...CAGGGAACTGAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACGTGATTCAGAGGTTCGCCGAAGACCCCAGGCAAGAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 348209 ACGTGATTCAGAGGTTCGCCGAAGACCCCAGGCAAGAGGTG...CAGGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CACTCATGCCTGCTGAGCGTGCGGGCCGGCAAAGATGGCTGGTTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351322 CACTCATGCCTGCTGAGCGTGCGGGCCGGCAAAGATGGCTGGTTCCAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CTACAGCCCCGGAGGGGTGGCCTGCGACGATGACGGGGAGCTGTTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351372 CTACAGCCCCGGAGGGGTGGCCTGCGACGATGACGGGGAGCTGTTCGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GCATG         GTGCACATCCTCATGGGCTCCTGTTACAAGACCAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351422 GCATGGTA...CAGGTGCACATCCTCATGGGCTCCTGTTACAAGACCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AAATTCCTGCTCTCCCTGGCAGAAAACAAGCTGGGTCCCTGCATGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354480 AAATTCCTGCTCTCCCTGGCAGAAAACAAGCTGGGTCCCTGCATGCTCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGCACTGAGGGGGAACCAGACCATGGTGGAG         ATCCTGTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 354530 GGCACTGAGGGGGAACCAGACCATGGTGGAGGTA...CAGATCCTGTGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGATGCTGGAATACAACATCATCGACAACAACGACACCCAACTGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 356429 TGATGCTGGAATACAACATCATCGACAACAACGACACCCAACTGCAGATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATCTCAACCCTGGAGAGCACAGACGTGGGGAAGCGCATGTACGAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 356479 ATCTCAACCCTGGAGAGCACAGACGTGGGGAAGCGCATGTACGAGCAGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GTGTGACCGGCAGCGGGAGCTGAAGGAGCTG         CAAAGGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 356529 GTGTGACCGGCAGCGGGAGCTGAAGGAGCTGGTG...CAGCAAAGGAAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 GCGGGCCCACCAGGCTAACACTGCCCTCCAAGTCCACA         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 357391 GCGGGCCCACCAGGCTAACACTGCCCTCCAAGTCCACAGTG...CAGGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GCTGACTTGGCTCGTTTGCTGAGCTCCGGCTCCTTCGGAAACCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358701 GCTGACTTGGCTCGTTTGCTGAGCTCCGGCTCCTTCGGAAACCTGGAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CCTCAGTTTGGCCTTCACCAATGTAACCAGTGCCTGCGCCGAGCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358751 CCTCAGTTTGGCCTTCACCAATGTAACCAGTGCCTGCGCCGAGCACCTCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TCAAACTGCCTTCGCTCAAGCAGCTGAACCTGTGGTCCACTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 358801 TCAAACTGCCTTCGCTCAAGCAGCTGAACCTGTGGTCCACTCAGGTA...

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092    TTTGGAGACGCTGGCCTTCGGCTCCTGTCGGAACACCTCACCATGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 360255 CAGTTTGGAGACGCTGGCCTTCGGCTCCTGTCGGAACACCTCACCATGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 CCAGGTGCTGAACCTGTGCGAGACCCCGGTCACAGACGCTGGCCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 360305 CCAGGTGCTGAACCTGTGCGAGACCCCGGTCACAGACGCTGGCCTGCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CCCTGAGCT         CCATGAAGAGTCTCTGCAGTTTGAACATGAAC
        |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||| |||||||||
 360355 CCCTGAGCTGTG...CAGCCATGAAGAGTCTCTGCAGTTTAAACATGAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 AGCACCAAGCTCTCAGCTGACACCTACGAAGATCTGAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 361805 AGCACCAAGCTCTCAGCTGACACCTACGAAGATCTGAAGGTA...CAGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2271 CAAGCTTCCCAATTTGAAGGAAGTGGACGTCCGCTACACCGAAGCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364507 CAAGCTTCCCAATTTGAAGGAAGTGGACGTCCGCTACACCGAAGCCTGG