seq1 = pF1KA1692.tfa, 2499 bp
seq2 = pF1KA1692/gi568815595r_157161137.tfa (gi568815595r:157161137_157595349), 434213 bp

>pF1KA1692 2499
>gi568815595r:157161137_157595349 (Chr3)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-354  (124821-125036)   100% ->
355-529  (134995-135169)   100% ->
530-696  (166862-167028)   100% ->
697-906  (181260-181469)   100% ->
907-1127  (213974-214194)   100% ->
1128-1337  (230838-231047)   100% ->
1338-1735  (231589-231986)   100% ->
1736-1875  (278149-278288)   100% ->
1876-2010  (281595-281729)   100% ->
2011-2128  (308676-308793)   100% ->
2129-2265  (329688-329824)   100% ->
2266-2499  (333980-334213)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCAACTGTTCAGACTGGTTTTGGGACAAAAAGATCTTTCACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCAACTGTTCAGACTGGTTTTGGGACAAAAAGATCTTTCACGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGGACCTCTTCTCCTTAGATGACTCTGAGATTGAAGACAGCCTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGGACCTCTTCTCCTTAGATGACTCTGAGATTGAAGACAGCCTTACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCTTTGGAGCAAATTAAGATAATTAGCTCATCTTCA         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 AAGCTTTGGAGCAAATTAAGATAATTAGCTCATCTTCAGTA...CAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCAAACCAATAACAATGACCAGGCAGTAGTTGAAATCTGTATCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124824 TACCAAACCAATAACAATGACCAGGCAGTAGTTGAAATCTGTATCACAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCACAACAGCCATCAGAGAGACCGAGTCCATTGAAAAGCATGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124874 AATCACAACAGCCATCAGAGAGACCGAGTCCATTGAAAAGCATGCAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCTTGTGGGGCTCTGGGACTCCTGCTTGGAACATAACCTGAGACCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124924 CCCTTGTGGGGCTCTGGGACTCCTGCTTGGAACATAACCTGAGACCCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGAAAGACGAAGACACTCCTCATGCAAAAATCGCATCTGATATCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124974 GGGAAAGACGAAGACACTCCTCATGCAAAAATCGCATCTGATATCATGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTGCATTTTACAG         AATTACAACCGACCCCCAGTGATGGCAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125024 TTGCATTTTACAGGTA...CAGAATTACAACCGACCCCCAGTGATGGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGCCATCCCCATTGCAGTGAAATTCCTCCACAGAGGCAACAAGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135023 TAGCCATCCCCATTGCAGTGAAATTCCTCCACAGAGGCAACAAGGAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCAGGAATATGTCTAACTACCTGTCTCTGGCTGCAATTACCAAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135073 TGCAGGAATATGTCTAACTACCTGTCTCTGGCTGCAATTACCAAGGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCTCCTGGCTGATCACACGGAAGTTATAGTAAAGAGCATACTCCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 135123 TCTCCTGGCTGATCACACGGAAGTTATAGTAAAGAGCATACTCCAAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530       GTAACACCATGTTGTTGAGAGTGTTACCTGCTGTGTATGAAAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135173 ...CAGGTAACACCATGTTGTTGAGAGTGTTACCTGCTGTGTATGAAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGCCTCAGCCAATTAATAGACACCTGACAGAACTCCTGGCCTTGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166906 CAGCCTCAGCCAATTAATAGACACCTGACAGAACTCCTGGCCTTGATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCAGCTGGAACAGCCAGAACAGTACCATCTACTACGGCTTTTGCATGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166956 TCAGCTGGAACAGCCAGAACAGTACCATCTACTACGGCTTTTGCATGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGCAAAGAAAAAACAACTCGAG         GTAGTTCAGAAGTGTATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 167006 CAGCAAAGAAAAAACAACTCGAGGTA...TAGGTAGTTCAGAAGTGTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTTTCCTAATTGGGCATTTGAAGGATTCAACCCATAATGACATCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181278 CCTTTCCTAATTGGGCATTTGAAGGATTCAACCCATAATGACATCATCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AAACATCCTCATAGAGATAGCAGTCTATGAGCCAGTGGCTTTGAACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181328 AAACATCCTCATAGAGATAGCAGTCTATGAGCCAGTGGCTTTGAACAGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTCTTCCAATGCTGAAAGAGATTGGTGAGAGATTCCCCTACCTCACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181378 TTCTTCCAATGCTGAAAGAGATTGGTGAGAGATTCCCCTACCTCACTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGATGGCAAGGATTTATGGAGCTGTTGGGCATGTGGATGAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 181428 CAGATGGCAAGGATTTATGGAGCTGTTGGGCATGTGGATGAAGTA...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    907  GAGAGAGCCAGGAGCTGCCTGACATACCTGGTGAGCCAACTGGCCAACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213973 GGAGAGAGCCAGGAGCTGCCTGACATACCTGGTGAGCCAACTGGCCAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGAGCATTCGTTTCACCATATTCTCCTGCTGGAGATTAAAAGCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214023 TGGAGCATTCGTTTCACCATATTCTCCTGCTGGAGATTAAAAGCATCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GACACCTTCTCCTCAATCTTGGGCCCTCAGAGCAGAGACATCTTCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214073 GACACCTTCTCCTCAATCTTGGGCCCTCAGAGCAGAGACATCTTCCGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAGCAACAGCTTCACCGCCATTGCTAAACTCCTTACCCGACAACTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214123 GAGCAACAGCTTCACCGCCATTGCTAAACTCCTTACCCGACAACTGGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATACCAAGGCTGGAAGTGGCAG         GAGAAAAATCAGCACTGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 214173 ATACCAAGGCTGGAAGTGGCAGGTG...TAGGAGAAAAATCAGCACTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATTGAATTCCCTGAGAAACTGGAAGAAACCAAGCTCATAGTAACTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230857 ATTGAATTCCCTGAGAAACTGGAAGAAACCAAGCTCATAGTAACTGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGAAGACCATGAAAAACTCCAAGTTAAAATCCAGGCTTTTGAAGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230907 TGAAGACCATGAAAAACTCCAAGTTAAAATCCAGGCTTTTGAAGACAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TAAATGCAGGGAGCAATACCCCTGGCTCTATCAGAAGATATAGTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230957 TAAATGCAGGGAGCAATACCCCTGGCTCTATCAGAAGATATAGTCTGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CAAGTTTCTAAAGAAGAAAGAAAAAACATTAGATTTAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 231007 CAAGTTTCTAAAGAAGAAAGAAAAAACATTAGATTTAACAGGTA...TAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GTCAAAAAGTTTGGCTTTCCACACTATGCTCACAAAGGGTGTGGGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231589 GTCAAAAAGTTTGGCTTTCCACACTATGCTCACAAAGGGTGTGGGTTCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATGACGGCGAAGATGAAAACAGGGGAGACATACCAGCCAGCATCTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231639 ATGACGGCGAAGATGAAAACAGGGGAGACATACCAGCCAGCATCTCTCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TCAGAAATAGACCCACTTGGCCAAGGAAATGACAAGCTGCCGTTTAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231689 TCAGAAATAGACCCACTTGGCCAAGGAAATGACAAGCTGCCGTTTAAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 AGACACTGAGAGATCACAGCTGGGGGAGTCTTCAGTTTCATACCCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231739 AGACACTGAGAGATCACAGCTGGGGGAGTCTTCAGTTTCATACCCAAATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TTATACATATAGACTCAGAGAATTTGTCAGAAACTGTTAAAGAAAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231789 TTATACATATAGACTCAGAGAATTTGTCAGAAACTGTTAAAGAAAACTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CAGGAAGAAACTCCAGAGACAACTGCAAGTCCTATAGAATACCAAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231839 CAGGAAGAAACTCCAGAGACAACTGCAAGTCCTATAGAATACCAAGATAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GCTCTACTTGCACTTAAAAAAAAACCTCAGCAAAGTGAAAGCATATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231889 GCTCTACTTGCACTTAAAAAAAAACCTCAGCAAAGTGAAAGCATATGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TGGAAATTGGAAAGAAGATTCCAGTCCCTGATCAGTGTACCATTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 231939 TGGAAATTGGAAAGAAGATTCCAGTCCCTGATCAGTGTACCATTGAAGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1736        ACACTGTGAGAAGTTGTGTAGCAAAGTTGTTCTTCACCTGCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231989 A...TAGACACTGTGAGAAGTTGTGTAGCAAAGTTGTTCTTCACCTGCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CCTGAAGGGTCATTACTGCCTATACAGTAAGTCCAGTTTTATTCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278192 CCTGAAGGGTCATTACTGCCTATACAGTAAGTCCAGTTTTATTCTCATCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GCCAAGAACCTCAGCCATGGATCCAGATCATGTTTCTATTTCAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 278242 GCCAAGAACCTCAGCCATGGATCCAGATCATGTTTCTATTTCAGCAGGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1876       AGCCTGTTTCCTGAACCCCTGTCCATTCAGAGTCATTCTGTGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278292 ...CAGAGCCTGTTTCCTGAACCCCTGTCCATTCAGAGTCATTCTGTGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 ATTCCTCAGAGCTCTGTGGGAGAAGACCCAGGCAGGGGGTGCTCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281639 ATTCCTCAGAGCTCTGTGGGAGAAGACCCAGGCAGGGGGTGCTCACAGCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TTGAAACTGCCATGATGGAGTCCACGTTTCCACAGCAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 281689 TTGAAACTGCCATGATGGAGTCCACGTTTCCACAGCAGAAGGTA...CAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GATCTGGACCAGGTACAGCTCCATCTGGAAGAAGTGAGGTTCTTTGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308676 GATCTGGACCAGGTACAGCTCCATCTGGAAGAAGTGAGGTTCTTTGACGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GTTTGGCTTCAGTGAAACAGCAGGAGCATGGCAATGCTTCATGTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308726 GTTTGGCTTCAGTGAAACAGCAGGAGCATGGCAATGCTTCATGTGCAACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 ATCCTGAGAAAGCAACTG         TTGTAAATCAAGATGGCCAGCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 308776 ATCCTGAGAAAGCAACTGGTG...CAGTTGTAAATCAAGATGGCCAGCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 CTCATAGAAGGAAAACTTAAAGAGAAGCAAGTCAGATGGAAGTTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329711 CTCATAGAAGGAAAACTTAAAGAGAAGCAAGTCAGATGGAAGTTCATCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 AAGGTGGAAAACACGCTATTTTACACTGGCTGGAAATCAACTTCTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329761 AAGGTGGAAAACACGCTATTTTACACTGGCTGGAAATCAACTTCTGTTTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 AAAAAGGAAAGTCT         AAAGATGACCCTGACGACTGCCCAATA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 329811 AAAAAGGAAAGTCTGTA...CAGAAAGATGACCCTGACGACTGCCCAATA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GAACTCAGCAAAGTACAGAGTGTGAAGGCTGTGGCCAAGAAACGCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334007 GAACTCAGCAAAGTACAGAGTGTGAAGGCTGTGGCCAAGAAACGCAGGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 CCGCTCTCTCCCCCGGGCTTTCGAAATCTTCACAGACAATAAAACCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334057 CCGCTCTCTCCCCCGGGCTTTCGAAATCTTCACAGACAATAAAACCTATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 TCTTTAAGGCCAAGGATGAGAAGAATGCAGAAGAATGGCTCCAGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334107 TCTTTAAGGCCAAGGATGAGAAGAATGCAGAAGAATGGCTCCAGTGCATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 AACGTGGCAGTTGCCCAAGCCAAAGAAAGGGAAAGTAGAGAAGTAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334157 AACGTGGCAGTTGCCCAAGCCAAAGAAAGGGAAAGTAGAGAAGTAACCAC

   2600     .
   2493 ATATCTG
        |||||||
 334207 ATATCTG