seq1 = pF1KA1677.tfa, 1812 bp
seq2 = pF1KA1677/gi568815575r_23887924.tfa (gi568815575r:23887924_24106693), 218770 bp

>pF1KA1677 1812
>gi568815575r:23887924_24106693 (ChrX)

(complement)

1-705  (100001-100705)   99% ->
706-1812  (117664-118770)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGGGACGTGGAAGGATTCTGTTCCTCCATCCACGACACCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGGGACGTGGAAGGATTCTGTTCCTCCATCCACGACACCAGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGCTGGGTTCAGAGCACTGTATGAGGAGGGATTGCTTCTTGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTGCTGGGTTCAGAGCACTGTATGAGGAGGGATTGCTTCTTGATGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTGGTTATTGAAGATCATCAGTTCCAGGCCCATAAAGCACTCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCTGGTTATTGAAGATCATCAGTTCCAGGCCCATAAAGCACTCTTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCAGAGTGATTACTTCAGAATTATGTTTACTGCAGACATGAGGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCCAGAGTGATTACTTCAGAATTATGTTTACTGCAGACATGAGGGAACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGATCAGGACAAAATTCATTTAAAAGGTCTAACAGCTACCGGTTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGATCAGGACAAAATTCATTTAAAAGGTCTAACAGCTACCGGTTTCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGTCCTGCAATTTATGTACTATGGAACTATAGAGCTGAGTATGAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGTCCTGCAATTTATGTACTATGGAACTATAGAGCTGAGTATGAATACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTCATGAGATTCTTCAGGCTGCCATGTATGTTCAACTTATAGAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTTCATGAGATTCTTCAGGCTGCCATGTATGTTCAACTTATAGAAGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGTTCTGCTGCTCTTTTCTCTTAGCGAAGATCTGCCTAGAAAATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGTTCTGCTGCTCTTTTCTCTTAGCGAAGATCTGCCTAGAAAATTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGAAATTATGAGACTCTTAGATGATTTCGGCGTAAACATCGAGGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGAAATTATGAGACTCTTAGATGATTTCGGCGTAAACATCGAGGGAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGGGAGAAGTTAGACACCTTTCTGCTAGACAACTTTGTGCCACTCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGGGAGAAGTTAGACACCTTTCTGCTAGACAACTTTGTGCCACTCATGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAGGCCTGACTTTCTGTCCTATTTGAGCTTTGAGAAGCTCATGTCTTACT
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAGGCCTGACTTTCTGTCCTATCTGAGCTTTGAGAAGCTCATGTCTTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGATAATGATCATCTGAGCAGGTTCCCAGAGATAGAGCTGTACGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGATAATGATCATCTGAGCAGGTTCCCAGAGATAGAGCTGTACGAGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGCAGTCTTGGCTGCGGCATGATAGAAGACGCTGGAGACATACCGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGCAGTCTTGGCTGCGGCATGATAGAAGACGCTGGAGACATACCGATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCATTCAGAATATCCGGTTTTGCTTGATGACCCCAACCAGCGTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCATTCAGAATATCCGGTTTTGCTTGATGACCCCAACCAGCGTTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAAG         GTTAAGACATCAGAATTTTATAGATACTCCCGACAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGAAGGTT...TAGGTTAAGACATCAGAATTTTATAGATACTCCCGACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTCCGTTACGAAGTTGACCAAGCATTGAATTACTTTCAGAATGTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117700 CTCCGTTACGAAGTTGACCAAGCATTGAATTACTTTCAGAATGTTCACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCAGCCTTTGTTGGATATGAAGTCAAGCCGCATCCGTTCTGCAAAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117750 GCAGCCTTTGTTGGATATGAAGTCAAGCCGCATCCGTTCTGCAAAACCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAACTACAGTATTTCGAGGAATGATTGGACATAGCATGGTTAACAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117800 AAACTACAGTATTTCGAGGAATGATTGGACATAGCATGGTTAACAGTAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATACTTCTCTTAAAGAAACCAAGAGTCTGGTGGGAGCTAGAAGGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117850 ATACTTCTCTTAAAGAAACCAAGAGTCTGGTGGGAGCTAGAAGGCCCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AGTACCTCTGCGACCTGACTGCCTTGCTATCGTCAATAATTTTGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117900 AGTACCTCTGCGACCTGACTGCCTTGCTATCGTCAATAATTTTGTGTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGTTAGGCGGGGAAGAGCTGGGCCCGGATGGTGAATTCCATGCTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117950 TGTTAGGCGGGGAAGAGCTGGGCCCGGATGGTGAATTCCATGCTTCTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAAGTATTCAGGTATGACCCGAGACAGAACTCCTGGCTGCAGATGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118000 AAAGTATTCAGGTATGACCCGAGACAGAACTCCTGGCTGCAGATGGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TATGTCTGTACCACGCTCTGAATTTGCTGTAGGTGTTATTGGGAAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118050 TATGTCTGTACCACGCTCTGAATTTGCTGTAGGTGTTATTGGGAAGTTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TTTACGCCGTAGCAGGCAGAACCAGAGATGAGACTTTCTATTCAACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118100 TTTACGCCGTAGCAGGCAGAACCAGAGATGAGACTTTCTATTCAACTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AGATATGACATCACCAACGATAAATGGGAATTTGTGGATCCTTATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118150 AGATATGACATCACCAACGATAAATGGGAATTTGTGGATCCTTATCCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TAACAAATATGGACATGAGGGGACAGTGCTCAATAACAAATTGTTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118200 TAACAAATATGGACATGAGGGGACAGTGCTCAATAACAAATTGTTTATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCGGTGGAATCACCTCATCTTCCACCTCCAAGCAAGTGTGCGTGTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118250 CCGGTGGAATCACCTCATCTTCCACCTCCAAGCAAGTGTGCGTGTTTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCCAGCAAAGAAGGGACCATAGAACAACGGACCAGGAGAACTCAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118300 CCCAGCAAAGAAGGGACCATAGAACAACGGACCAGGAGAACTCAAGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 TACCAACTGTTGGGAGAATAAGAGCAAGATGAATTACGCGAGATGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118350 TACCAACTGTTGGGAGAATAAGAGCAAGATGAATTACGCGAGATGCTTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ACAAGATGATTTCTTACAATGGCAAGCTTTATGTCTTCGGTGGTGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118400 ACAAGATGATTTCTTACAATGGCAAGCTTTATGTCTTCGGTGGTGTCTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GTGATCTTGAGGGCCTCTTTCGAATCTCAGGGATGCCCTTCTACAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118450 GTGATCTTGAGGGCCTCTTTCGAATCTCAGGGATGCCCTTCTACAGAAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 ATACAACCCAGAGACTGATCAGTGGACCATCTTGGCATCCATGCCGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118500 ATACAACCCAGAGACTGATCAGTGGACCATCTTGGCATCCATGCCGATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GTAGAAGTGGCCATGGTGTGACTGTGCTGGACAAACAAATAATGGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118550 GTAGAAGTGGCCATGGTGTGACTGTGCTGGACAAACAAATAATGGTTCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GGAGGCCTTTGTTATAATGGTCATTACAGCGATTCCATCCTCACTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118600 GGAGGCCTTTGTTATAATGGTCATTACAGCGATTCCATCCTCACTTTTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TCCGGATGAAAACAAGTGGAAGGAAGATGAGTACCCTCGGATGCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118650 TCCGGATGAAAACAAGTGGAAGGAAGATGAGTACCCTCGGATGCCCTGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 AGCTGGATGGTTTACAAGTATGCAACCTGCATTTTCCGGACTATGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118700 AGCTGGATGGTTTACAAGTATGCAACCTGCATTTTCCGGACTATGTACTG

   1800     .    :    .    :
   1792 GATGAGGTCAGGCGTTGCAAC
        |||||||||||||||||||||
 118750 GATGAGGTCAGGCGTTGCAAC