seq1 = pF1KA1668.tfa, 2589 bp
seq2 = pF1KA1668/gi568815576f_37806423.tfa (gi568815576f:37806423_38040827), 234405 bp

>pF1KA1668 2589
>gi568815576f:37806423_38040827 (Chr22)

1-146  (100001-100146)   100% ->
147-195  (105530-105578)   100% ->
196-337  (105929-106070)   100% ->
338-426  (111285-111373)   100% ->
427-569  (112614-112756)   100% ->
570-1024  (115550-116004)   100% ->
1025-1082  (118238-118295)   100% ->
1083-1465  (119239-119621)   100% ->
1466-1881  (120989-121404)   100% ->
1882-2016  (125377-125511)   100% ->
2017-2143  (126131-126257)   100% ->
2144-2234  (126376-126466)   100% ->
2235-2308  (126617-126690)   100% ->
2309-2423  (130658-130772)   100% ->
2424-2470  (131324-131370)   97% ->
2471-2589  (134287-134405)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGGCCGCGGGGCGCGCTGCTGGCCTGGTGCCGCCGCCAGTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGGCCGCGGGGCGCGCTGCTGGCCTGGTGCCGCCGCCAGTGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCTACCGCGGCGTGGAGATCCGCGACCTGAGCAGCTCCTTCCGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCTACCGCGGCGTGGAGATCCGCGACCTGAGCAGCTCCTTCCGGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGGCCTTCTGCGCCATCCTGCACCGGCACCGGCCCGACCTGCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100101 GCCTGGCCTTCTGCGCCATCCTGCACCGGCACCGGCCCGACCTGCTGTG.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147      AGATTTTGATTCGCTTTCCAAGGACAATGTCTTCGAGAATAACCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ..CAGAGATTTTGATTCGCTTTCCAAGGACAATGTCTTCGAGAATAACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTG         GCCTTTGAAGTGGCTGAGAAGGAGCTGGGGATCCCCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105575 TTTGGTA...CAGGCCTTTGAAGTGGCTGAGAAGGAGCTGGGGATCCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTCCTGGACCCCAATGACATGGTCTCCATGAGCGTCCCTGACTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105966 CTCTCCTGGACCCCAATGACATGGTCTCCATGAGCGTCCCTGACTGCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCATCATGACCTATGTGTCCCAGTATTACAACCACTTCTGCAGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106016 AGCATCATGACCTATGTGTCCCAGTATTACAACCACTTCTGCAGTCCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAAG         CTGGTGTCTCGCCACCCAGAAAGGGCCTTGCACCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106066 CCAAGGTG...CAGCTGGTGTCTCGCCACCCAGAAAGGGCCTTGCACCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTCCCCGCCGTCTGTAGCACCCACTCCAGTGGAACCAGAAGATGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111321 GTTCCCCGCCGTCTGTAGCACCCACTCCAGTGGAACCAGAAGATGTGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAG         GGCGAGGAGCTCTCCTCAGGCAGCCTGTCAGAGCAGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111371 CAGGTA...CAGGGCGAGGAGCTCTCCTCAGGCAGCCTGTCAGAGCAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACCGGCCAGACCCCCAGCAGCACGTGCGCAGCCTGCCAGCAGCATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112652 CACCGGCCAGACCCCCAGCAGCACGTGCGCAGCCTGCCAGCAGCATGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTTGGTGCAGCGCTACCTGGCTGACGGCAGGCTGTACCATCGCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112702 ACTTGGTGCAGCGCTACCTGGCTGACGGCAGGCTGTACCATCGCCACTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCCG         GTGTCGGCGGTGCTCCAGCACCCTGCTCCCTGGGGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112752 TTCCGGTG...CAGGTGTCGGCGGTGCTCCAGCACCCTGCTCCCTGGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTATGAGAATGGGCCTGAGGAGGGCACCTTTGTGTGTGCAGAACACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115586 TTATGAGAATGGGCCTGAGGAGGGCACCTTTGTGTGTGCAGAACACTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAGGCTGGGCCCGGGGACACGGTCGGGGACCAGGCCTGGGCCCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115636 CCAGGCTGGGCCCGGGGACACGGTCGGGGACCAGGCCTGGGCCCTTCTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGCCAAAGCAGCAGCACCAGCAGCAACTCGCAGAAGATGCCAAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115686 CAGCCAAAGCAGCAGCACCAGCAGCAACTCGCAGAAGATGCCAAGGATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCCAGGAGGCGGCCCCAGCTCCAGTGCTCCTGCAGGGGCTGAGGCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115736 TCCAGGAGGCGGCCCCAGCTCCAGTGCTCCTGCAGGGGCTGAGGCCGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GACCCAAGGCCAGCCCTGAGGCCCGGCCGCAGATCCCTACCAAGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115786 GACCCAAGGCCAGCCCTGAGGCCCGGCCGCAGATCCCTACCAAGCCCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTTCCTGGCAAACTACAGGAGCTGGCCAGCCCCCCTGCGGGCCGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115836 GTTCCTGGCAAACTACAGGAGCTGGCCAGCCCCCCTGCGGGCCGCCCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCCTGCCCCCAGGAAGGCCTCTGAGAGCACCACCCCAGCACCCCCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115886 CCCTGCCCCCAGGAAGGCCTCTGAGAGCACCACCCCAGCACCCCCCACGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCGGCCCCGCTCCAGTCTGCAGCAGGAGAACCTGGTGGAGCAGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115936 CCCGGCCCCGCTCCAGTCTGCAGCAGGAGAACCTGGTGGAGCAGGCTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGCAGCAGCCTGGTGAACG         GGAGACTGCACGAACTGCCTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115986 AGCAGCAGCCTGGTGAACGGTG...TAGGGAGACTGCACGAACTGCCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCCCAAGCCGAGGGGGACACCGAAGCCGTCCGAGGG         GACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118260 CCCCAAGCCGAGGGGGACACCGAAGCCGTCCGAGGGGTA...CAGGACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGCCCCCAGGAAGGACCCCCCATGGATCACGCTGGTGCAGGCAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119244 CAGCCCCCAGGAAGGACCCCCCATGGATCACGCTGGTGCAGGCAGAACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAGAAGAAGCCAGCCCCACTTCCCCCAAGCAGCAGCCCGGGGCCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119294 AAGAAGAAGCCAGCCCCACTTCCCCCAAGCAGCAGCCCGGGGCCACCAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCAGGACAGCAGGCAGGTGGAGAATGGAGGCACCGAGGAGGTGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119344 CCAGGACAGCAGGCAGGTGGAGAATGGAGGCACCGAGGAGGTGGCCCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CGAGCCCAACGGCCAGCCTGGAGTCCAAACCCTATAACCCCTTTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119394 CGAGCCCAACGGCCAGCCTGGAGTCCAAACCCTATAACCCCTTTGAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGGAGGAGGACAAGGAGGAAGAGGCTCCAGCTGCACCCAGCCTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119444 GAGGAGGAGGACAAGGAGGAAGAGGCTCCAGCTGCACCCAGCCTGGCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CAGCCCTGCCCTGGGCCACCCGGAGTCCACACCCAAGTCCCTGCACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119494 CAGCCCTGCCCTGGGCCACCCGGAGTCCACACCCAAGTCCCTGCACCCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GGTACGGCATCACCCCTACCAGCAGCCCCAAGACAAAGAAGCGCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119544 GGTACGGCATCACCCCTACCAGCAGCCCCAAGACAAAGAAGCGCCCTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CCGCGCGCACCCAGCGCGTCCCCACTGG         CTCTCCACGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119594 CCGCGCGCACCCAGCGCGTCCCCACTGGGTG...CAGCTCTCCACGCCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCGCCTCTCGCACTCGGAGCCGCCCTCGGCCACACCATCGCCAGCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121002 CCGCCTCTCGCACTCGGAGCCGCCCTCGGCCACACCATCGCCAGCGCTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCGTGGAGAGCCTGTCGTCTGAGAGCGCCAGCCAGACTGCAGGTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121052 GCGTGGAGAGCCTGTCGTCTGAGAGCGCCAGCCAGACTGCAGGTGCAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTTCTGGAGCCGCCAGCTGTGCCCAAGAGCTCCTCAGAGCCTGCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121102 CTTCTGGAGCCGCCAGCTGTGCCCAAGAGCTCCTCAGAGCCTGCTGTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TGCCCCTGGTACCCCTGGAAACCCTGTCAGCCTCTCTACCAACTCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121152 TGCCCCTGGTACCCCTGGAAACCCTGTCAGCCTCTCTACCAACTCCTCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TGGCCTCCTCTGGGGAACTAGTGGAGCCTAGAGTGGAACAAATGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121202 TGGCCTCCTCTGGGGAACTAGTGGAGCCTAGAGTGGAACAAATGCCTCAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GCCAGCCCTGGCCTTGCCCCCAGGACCAGGGGCAGCTCAGGTCCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121252 GCCAGCCCTGGCCTTGCCCCCAGGACCAGGGGCAGCTCAGGTCCCCAGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 AGCCAAGCCCTGCAGTGGCGCCACCCCAACGCCTCTCTTGTTGGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121302 AGCCAAGCCCTGCAGTGGCGCCACCCCAACGCCTCTCTTGTTGGTTGGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 ACAGGAGCCCGGTGCCTTCCCCTGGAAGCTCGTCCCCACAGCTGCAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121352 ACAGGAGCCCGGTGCCTTCCCCTGGAAGCTCGTCCCCACAGCTGCAGGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 AAG         TCCTCCTGCAAGGAGAATCCTTTTAACCGGAAGCCATC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121402 AAGGTG...TAGTCCTCCTGCAAGGAGAATCCTTTTAACCGGAAGCCATC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 ACCTGCAGCGTCCCCAGCCACAAAGAAGGCCACCAAGGGATCCAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125415 ACCTGCAGCGTCCCCAGCCACAAAGAAGGCCACCAAGGGATCCAAGCCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TGAGGCCACCTGCCCCTGGACACGGCTTTCCACTCATCAAACGCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 125465 TGAGGCCACCTGCCCCTGGACACGGCTTTCCACTCATCAAACGCAAGGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2017       GTCCAGGCTGACCAGTACATCCCTGAGGAGGACATCCATGGAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125515 ...CAGGTCCAGGCTGACCAGTACATCCCTGAGGAGGACATCCATGGAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GATGGATACCATTGAGCGCCGGCTGGATGCCCTGGAGCACCGTGGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126175 GATGGATACCATTGAGCGCCGGCTGGATGCCCTGGAGCACCGTGGGGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TGCTGGAGGAGAAGCTGCGTGGCGGCCTGAATG         AGGGCCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 126225 TGCTGGAGGAGAAGCTGCGTGGCGGCCTGAATGGTG...CAGAGGGCCGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GAGGATGACATGCTGGTGGACTGGTTCAAGCTCATCCACGAGAAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126384 GAGGATGACATGCTGGTGGACTGGTTCAAGCTCATCCACGAGAAGCACCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 ACTGGTGCGGCGAGAGTCCGAGCTCATCTATGT         CTTCAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 126434 ACTGGTGCGGCGAGAGTCCGAGCTCATCTATGTGTG...TAGCTTCAAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AGCAGAACCTGGAGCAGCGCCAGGCTGATGTCGAGTATGAGCTCCGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126625 AGCAGAACCTGGAGCAGCGCCAGGCTGATGTCGAGTATGAGCTCCGGTGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CTCCTCAATAAGCCAG         AAAAGGACTGGACGGAGGAGGACCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 126675 CTCCTCAATAAGCCAGGTG...CAGAAAAGGACTGGACGGAGGAGGACCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 GGCCCGGGAGAAGGTGCTGATGCAGGAGCTTGTGACCCTCATTGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130683 GGCCCGGGAGAAGGTGCTGATGCAGGAGCTTGTGACCCTCATTGAGCAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 GCAACGCTATCATCAACTGCCTGGATGAGGACCGGCAGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>> 
 130733 GCAACGCTATCATCAACTGCCTGGATGAGGACCGGCAGAGGTG...CAGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 GAGGAAGAGGAAGACAAGATGTTGGAAGCCATGATCAAGAAGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 131325 GAGGAAGAGGAAGACAAGATGTTGGAAGCCATGATCAAGAAGAAAGGTG.

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471      AGTTCCAGAGGGAGGCTGAACCTGAGGGCAAGAAGAAGGGGAAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131375 ..CAGAGTTCCAGAGGGAGGCTGAACCTGAGGGCAAGAAGAAGGGGAAGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 TCAAGACCATGAAGATGTTGAAACTGCTAGGAAACAAACGTGATGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134332 TCAAGACCATGAAGATGTTGAAACTGCTAGGAAACAAACGTGATGCCAAG

   2700     .    :    .    :
   2566 AGCAAGTCCCCCAGAGACAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||
 134382 AGCAAGTCCCCCAGAGACAAGAGC