seq1 = pF1KA1664.tfa, 2748 bp
seq2 = pF1KA1664/gi568815576f_30594910.tfa (gi568815576f:30594910_31006336), 411427 bp

>pF1KA1664 2748
>gi568815576f:30594910_31006336 (Chr22)

1-644  (100001-100644)   99% ->
645-853  (146252-146460)   100% ->
854-1107  (275520-275773)   99% ->
1108-1300  (292517-292709)   100% ->
1301-1418  (293314-293431)   100% ->
1419-1476  (294268-294325)   100% ->
1477-1623  (294581-294727)   100% ->
1624-1869  (295819-296064)   100% ->
1870-1990  (298213-298333)   100% ->
1991-2094  (298554-298657)   100% ->
2095-2190  (298729-298824)   100% ->
2191-2375  (298908-299092)   100% ->
2376-2608  (310928-311160)   100% ->
2609-2748  (311288-311427)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAAGCGGCGGCTCCGAGCCGAGGCGGCGGCTGTGGCGGCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAAGCGGCGGCTCCGAGCCGAGGCGGCGGCTGTGGCGGCCGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCGGGCTCTCGTCGCTGTTCACGGTTGTCCCCTGCCTGTCGTGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100051 CCGCGGGCTCTCGTCGCTGTTCACGGTTGTCCCCTGCCTGTCGTGCCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGGCGCCGGGCATGAGCGCTTCCACGTCCGGCTCCGGGCCGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGGCGCCGGGCATGAGCGCTTCCACGTCCGGCTCCGGGCCGGAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCCCCAGCCCCAGCCCGTGCCCGAACCGGAGCGGGGACCGCTGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCCCCAGCCCCAGCCCGTGCCCGAACCGGAGCGGGGACCGCTGTCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACAGGTGTCGGAGGCAGTTTCGGAGGCAGTGCCAAGATCGGAACCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACAGGTGTCGGAGGCAGTTTCGGAGGCAGTGCCAAGATCGGAACCTGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGAGACGACGTCTGAGCCGGAGCCAGGGGCTGGGCAGCCATCGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGAGACGACGTCTGAGCCGGAGCCAGGGGCTGGGCAGCCATCGGAACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCAGGGGTCGCGGCCGGGGTCAGAGTCAAGCTCAGGTGTAGGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCAGGGGTCGCGGCCGGGGTCAGAGTCAAGCTCAGGTGTAGGGGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCTTCACTAAGGCCGCATCGGAGCCGCTCTCCCGGGCGGTGGGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCTTCACTAAGGCCGCATCGGAGCCGCTCTCCCGGGCGGTGGGGAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGACCTTTCTCAGACCCGAGTCAGGATCGCTGCCAGCGTTAAAGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGACCTTTCTCAGACCCGAGTCAGGATCGCTGCCAGCGTTAAAGCCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTCTTCTGCGACCAGGACAGGCGAAGACTCCTCTTGGGGTTCCAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTCTTCTGCGACCAGGACAGGCGAAGACTCCTCTTGGGGTTCCAATGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGGACTGGCACGACCTCCAGTGCCCCACTGGCCTTACTGCCTCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGGACTGGCACGACCTCCAGTGCCCCACTGGCCTTACTGCCTCTGGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTTCGAGGGCTGGCTTCTCAAGTGGACCAACTATCTGAAGGGCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCTTCGAGGGCTGGCTTCTCAAGTGGACCAACTATCTGAAGGGCTACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCCGCTGGTTCGTGCTGGGCAATGGTTTGCTCTCTTACTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100601 CGCCGCTGGTTCGTGCTGGGCAATGGTTTGCTCTCTTACTACAGGTA...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645    AAATCAGGGTGAAATGGCCCACACGTGCCGTGGAACCATCAACCTGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146249 CAGAAATCAGGGTGAAATGGCCCACACGTGCCGTGGAACCATCAACCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCACCGCGCACATTGACACGGAGGACTCTTGTGGTATCTTGCTGACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146299 CCACCGCGCACATTGACACGGAGGACTCTTGTGGTATCTTGCTGACCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGGGCCAGGAGCTACCACCTCAAGGCCAGCTCAGAGGTGGACCGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146349 GGGGCCAGGAGCTACCACCTCAAGGCCAGCTCAGAGGTGGACCGGCAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTGGATCACCGCCCTGGAGCTGGCCAAGGCCAAGGCTGTCCGCGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146399 GTGGATCACCGCCCTGGAGCTGGCCAAGGCCAAGGCTGTCCGCGTGATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACACTCATTCAG         ATGACTCTGGGGACGACGACGAGGCTACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 146449 ACACTCATTCAGGTA...CAGATGACTCTGGGGACGACGACGAGGCTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ACCCCAGCCGACAAGAGCGAGCTGCACCACACCCTGAAGAATCTTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275549 ACCCCAGCCGACAAGAGCGAGCTGCACCACACCCTGAAGAATCTTTCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAAGTTAGATGACCTCAGCACGTGCAATGACCTCATCGCCAAGCACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275599 GAAGTTAGATGACCTCAGCACGTGCAATGACCTCATCGCCAAGCACGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCGCACTCCAGCGCTCCCTGACAGAGCTGGACGGCCTCAAGATCCCATCT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275649 CTGCACTCCAGCGCTCCCTGACAGAGCTGGACGGCCTCAAGATCCCATCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GAGAGTGGGGAGAAGCTGAAGGTGGTGAATGAGCGGGCCACCCTCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275699 GAGAGTGGGGAGAAGCTGAAGGTGGTGAATGAGCGGGCCACCCTCTTCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CATCACATCCAATGCTATGATCAAC         GCCTGCAGGGACTTCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 275749 CATCACATCCAATGCTATGATCAACGTG...CAGGCCTGCAGGGACTTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGGAACTAGCAGAGATACACAGTCGGAAATGGCAGCGGGCACTGCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292533 TGGAACTAGCAGAGATACACAGTCGGAAATGGCAGCGGGCACTGCAGTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GAGCAGGAGCAGCGCGTGCACTTGGAGGAAACCATTGAGCAGCTGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292583 GAGCAGGAGCAGCGCGTGCACTTGGAGGAAACCATTGAGCAGCTGGCGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GCAGCACAACAGCCTCGAGCGGGCCTTCCACAGTGCCCCTGGCCGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292633 GCAGCACAACAGCCTCGAGCGGGCCTTCCACAGTGCCCCTGGCCGGCCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CCAACCCCTCCAAGAGCTTCATTGAGG         GAAGCCTCTTGACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 292683 CCAACCCCTCCAAGAGCTTCATTGAGGGTG...TAGGAAGCCTCTTGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CCCAAAGGAGAGGACAGTGAGGAAGATGAAGATACCGAGTACTTTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293328 CCCAAAGGAGAGGACAGTGAGGAAGATGAAGATACCGAGTACTTTGATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CATGGAAGACTCCACATCCTTCATCACCGTGATCACCGAGGCCAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293378 CATGGAAGACTCCACATCCTTCATCACCGTGATCACCGAGGCCAAGGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ACAG         CAGAAAAGCTGAAGGTAGCACCGGGACAAGTTCCGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293428 ACAGGTA...CAGCAGAAAAGCTGAAGGTAGCACCGGGACAAGTTCCGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GACTGGAGCTCAGCAGACAAT         GTACTAGATGGTGCCTCGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 294305 GACTGGAGCTCAGCAGACAATGTA...CAGGTACTAGATGGTGCCTCGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CGTGCCCAAGGGTTCATCCAAAGTCAAGAGGCGAGTCCGCATTCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294601 CGTGCCCAAGGGTTCATCCAAAGTCAAGAGGCGAGTCCGCATTCCCAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AGCCCAACTACAGCCTTAACCTCTGGAGCATCATGAAGAACTGCATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294651 AGCCCAACTACAGCCTTAACCTCTGGAGCATCATGAAGAACTGCATCGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CGGGAGCTCTCCAGGATCCCCATGCCG         GTGAACTTCAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 294701 CGGGAGCTCTCCAGGATCCCCATGCCGGTG...CAGGTGAACTTCAATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GCCCCTGTCCATGCTCCAGCGGCTGACAGAGGACCTGGAGTACCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295833 GCCCCTGTCCATGCTCCAGCGGCTGACAGAGGACCTGGAGTACCACCACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TGCTGGACAAGGCAGTGCACTGCACCAGCTCAGTGGAGCAGATGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295883 TGCTGGACAAGGCAGTGCACTGCACCAGCTCAGTGGAGCAGATGTGCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GTGGCCGCCTTCTCTGTGTCCTCCTACTCCACCACAGTGCACCGCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295933 GTGGCCGCCTTCTCTGTGTCCTCCTACTCCACCACAGTGCACCGCATCGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CAAGCCCTTCAACCCCATGCTGGGGGAGACCTTCGAGCTGGACCGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295983 CAAGCCCTTCAACCCCATGCTGGGGGAGACCTTCGAGCTGGACCGCCTCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 ACGACATGGGCCTGCGCTCCCTCTGTGAGCAG         GTGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 296033 ACGACATGGGCCTGCGCTCCCTCTGTGAGCAGGTG...CAGGTGAGCCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CACCCCCCCTCAGCTGCGCACTACGTGTTCTCCAAGCATGGCTGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298222 CACCCCCCCTCAGCTGCGCACTACGTGTTCTCCAAGCATGGCTGGAGCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CTGGCAGGAGATCACCATCTCCAGCAAGTTCCGGGGAAAATACATCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298272 CTGGCAGGAGATCACCATCTCCAGCAAGTTCCGGGGAAAATACATCTCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 TCATGCCGCTAG         GTGCCATCCACTTAGAATTCCAGGCCAGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 298322 TCATGCCGCTAGGTG...CAGGTGCCATCCACTTAGAATTCCAGGCCAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GGGAATCACTACGTGTGGAGGAAGAGCACCTCAACTGTTCACAACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298583 GGGAATCACTACGTGTGGAGGAAGAGCACCTCAACTGTTCACAACATCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CGTGGGCAAGCTCTGGATCGACCAG         TCAGGGGACATCGAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 298633 CGTGGGCAAGCTCTGGATCGACCAGGTC...CAGTCAGGGGACATCGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TTGTGAACCATAAGACCAATGACCGGTGCCAGCTGAAGTTCCTGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298745 TTGTGAACCATAAGACCAATGACCGGTGCCAGCTGAAGTTCCTGCCCTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 AGCTACTTCTCCAAAGAGGCAGCCCGGAAG         GTGACAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 298795 AGCTACTTCTCCAAAGAGGCAGCCCGGAAGGTA...CAGGTGACAGGAGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GGTGAGTGACAGCCAGGGCAAGGCCCATTACGTGCTGTCCGGCTCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298919 GGTGAGTGACAGCCAGGGCAAGGCCCATTACGTGCTGTCCGGCTCGTGGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 ATGAACAAATGGAGTGCTCCAAGGTCATGCATAGCAGTCCCAGCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298969 ATGAACAAATGGAGTGCTCCAAGGTCATGCATAGCAGTCCCAGCAGCCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 AGCTCTGACGGGAAGCAGAAGACAGTGTACCAGACCCTGTCAGCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299019 AGCTCTGACGGGAAGCAGAAGACAGTGTACCAGACCCTGTCAGCCAAGCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 GCTGTGGAAGAAGTACCCGCTGCC         GGAGAACGCGGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 299069 GCTGTGGAAGAAGTACCCGCTGCCGTG...CAGGGAGAACGCGGAGAACA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 TGTACTACTTCTCAGAGCTGGCCCTGACCCTCAACGAGCACGAGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310945 TGTACTACTTCTCAGAGCTGGCCCTGACCCTCAACGAGCACGAGGAGGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 GTAGCGCCAACCGACAGCCGCCTGCGGCCCGACCAGCGGCTGATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310995 GTAGCGCCAACCGACAGCCGCCTGCGGCCCGACCAGCGGCTGATGGAGAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 GGGCCGTTGGGACGAGGCCAATACCGAGAAGCAGCGGCTGGAGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311045 GGGCCGTTGGGACGAGGCCAATACCGAGAAGCAGCGGCTGGAGGAGAAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 AGCGCCTGTCGCGGCGCCGGCGGCTGGAGGCCTGCGGGCCGGGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311095 AGCGCCTGTCGCGGCGCCGGCGGCTGGAGGCCTGCGGGCCGGGCAGCAGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2593 TGCAGCTCGGAGGAAG         AGAAGGAGGCGGATGCCTACACGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 311145 TGCAGCTCGGAGGAAGGTG...CAGAGAAGGAGGCGGATGCCTACACGCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 ACTGTGGTTTGAGAAGAGGCTGGATCCGCTGACCGGGGAGATGGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311313 ACTGTGGTTTGAGAAGAGGCTGGATCCGCTGACCGGGGAGATGGCCTGTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 TGTACAAGGGCGGCTACTGGGAGGCCAAGGAGAAGCAAGACTGGCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311363 TGTACAAGGGCGGCTACTGGGAGGCCAAGGAGAAGCAAGACTGGCATATG

   2850     .    :    .
   2734 TGCCCCAACATCTTC
        |||||||||||||||
 311413 TGCCCCAACATCTTC