seq1 = pF1KA1646.tfa, 1611 bp
seq2 = pF1KA1646/gi568815576r_46587137.tfa (gi568815576r:46587137_46838148), 251012 bp

>pF1KA1646 1611
>gi568815576r:46587137_46838148 (Chr22)

(complement)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-256  (117134-117247)   100% ->
257-379  (117941-118063)   100% ->
380-505  (125856-125981)   100% ->
506-569  (127000-127063)   100% ->
570-715  (130161-130306)   100% ->
716-790  (136439-136513)   100% ->
791-943  (138684-138836)   100% ->
944-1049  (142834-142939)   100% ->
1050-1126  (144646-144722)   100% ->
1127-1332  (146372-146577)   100% ->
1333-1541  (147949-148157)   100% ->
1542-1611  (150943-151012)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGCGACGGGGGCGGCGGAGCCGCTGCAATCCGTGCTGTGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGCGACGGGGGCGGCGGAGCCGCTGCAATCCGTGCTGTGGGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCAGCGCTGCGCCGTGAGCCTGGAGCCCGCGCGGGCTCTGCTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCAGCGCTGCGCCGTGAGCCTGGAGCCCGCGCGGGCTCTGCTGCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTGGCGGAGCCCGGGGCCCGGAGCCGGCGCCCCCGGCGCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 GGTGGCGGAGCCCGGGGCCCGGAGCCGGCGCCCCCGGCGCGGGTG...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  ATGCCTGCTCTGTGCCTGTATCTGAGATCATCGCCGTTGAGGAAACAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117133 GATGCCTGCTCTGTGCCTGTATCTGAGATCATCGCCGTTGAGGAAACAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTTCACGGGAAACATCAAGGCAGTGGAAAATGGCAGAAAATGGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117183 CGTTCACGGGAAACATCAAGGCAGTGGAAAATGGCAGAAAATGGAAAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTACGCTTTTACAG         TTCACTGTGTAAAGAGAGCACGACGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117233 CTTACGCTTTTACAGGTG...CAGTTCACTGTGTAAAGAGAGCACGACGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACCGCTGGAAGTGGGCGCAGGTGACTTTCTGGTGTCCAGAGGAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117967 CACCGCTGGAAGTGGGCGCAGGTGACTTTCTGGTGTCCAGAGGAGCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGTCACTTGTGGCTGCAGACCCTGCGGGAGATGCTGGAGAAGCTGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118017 GTGTCACTTGTGGCTGCAGACCCTGCGGGAGATGCTGGAGAAGCTGAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380       CGTCCAGACCAAAGCATTTACTGGTATTTATCAACCCGTTTGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118067 ...CAGCGTCCAGACCAAAGCATTTACTGGTATTTATCAACCCGTTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAAAAGGACAAGGCAAGCGGATATATGAAAGAAAAGTGGCACCACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125900 GGAAAAGGACAAGGCAAGCGGATATATGAAAGAAAAGTGGCACCACTGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACCTTAGCCTCCATCACCACTGACATCATCG         TTACTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 125950 CACCTTAGCCTCCATCACCACTGACATCATCGGTA...CAGTTACTGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCTAATCAGGCCAAGGAGACTCTGTATGAGATTAACATAGACAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127009 ATGCTAATCAGGCCAAGGAGACTCTGTATGAGATTAACATAGACAAATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACGG         CATCGTCTGTGTCGGCGGAGATGGTATGTTCAGCGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127059 GACGGGTG...CAGCATCGTCTGTGTCGGCGGAGATGGTATGTTCAGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTGCTGCACGGTCTGATTGGGAGGACGCAGAGGAGCGCCGGGGTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130197 GGTGCTGCACGGTCTGATTGGGAGGACGCAGAGGAGCGCCGGGGTCGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAACCACCCCCGGGCTGTGCTGGTCCCCAGTAGCCTCCGGATTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130247 AGAACCACCCCCGGGCTGTGCTGGTCCCCAGTAGCCTCCGGATTGGAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTCCCGCAG         GGTCAACGGACTGCGTGTGTTACTCCACCGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 130297 ATTCCCGCAGGTA...CAGGGTCAACGGACTGCGTGTGTTACTCCACCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGCACCAGCGACGCAGAAACCTCGGCGCTGCATATCGTTGTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 136470 GGGCACCAGCGACGCAGAAACCTCGGCGCTGCATATCGTTGTTGGTG...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791    GGGACTCGCTGGCCATGGATGTGTCCTCAGTCCACCACAACAGCACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138681 CAGGGGACTCGCTGGCCATGGATGTGTCCTCAGTCCACCACAACAGCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCCTTCGCTACTCCGTGTCCCTGCTGGGCTACGGCTTCTACGGGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138731 CTCCTTCGCTACTCCGTGTCCCTGCTGGGCTACGGCTTCTACGGGGACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCAAGGACAGTGAGAAGAAACGGTGGTTGGGTCTTGCCAGATACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138781 CATCAAGGACAGTGAGAAGAAACGGTGGTTGGGTCTTGCCAGATACGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTTCAG         GTTTAAAGACCTTCCTCTCCCACCACTGCTATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138831 TTTCAGGTA...CAGGTTTAAAGACCTTCCTCTCCCACCACTGCTATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGGACAGTGTCCTTCCTCCCTGCACAACACACGGTGGGATCTCCAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142869 GGGACAGTGTCCTTCCTCCCTGCACAACACACGGTGGGATCTCCAAGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TAGGAAGCCCTGCCGGGCAGG         ATGCTTTGTTTGCAGGCAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 142919 TAGGAAGCCCTGCCGGGCAGGGTA...CAGATGCTTTGTTTGCAGGCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCAAGCAGCAGCTGGAGGAGGAGCAGAAGAAAGCACTGTATGGTTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144666 GCAAGCAGCAGCTGGAGGAGGAGCAGAAGAAAGCACTGTATGGTTTGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTGCGG         AGGACGTGGAGGAGTGGCAAGTCGTCTGTGGGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144716 GCTGCGGGTA...CAGAGGACGTGGAGGAGTGGCAAGTCGTCTGTGGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTTTCTGGCCATCAATGCCACAAACATGTCCTGTGCTTGTCGCCGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146406 GTTTCTGGCCATCAATGCCACAAACATGTCCTGTGCTTGTCGCCGGAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCAGGGGCCTCTCCCCGGCTGCCCACTTGGGAGACGGGTCTTCTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146456 CCAGGGGCCTCTCCCCGGCTGCCCACTTGGGAGACGGGTCTTCTGACCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCCTCATCCGGAAATGCTCCAGGTTCAATTTTCTGAGATTTCTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146506 ATCCTCATCCGGAAATGCTCCAGGTTCAATTTTCTGAGATTTCTCATCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCACACCAACCAGCAGGACCAG         TTTGACTTCACTTTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 146556 GCACACCAACCAGCAGGACCAGGTA...TAGTTTGACTTCACTTTTGTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAGTTTATCGCGTCAAGAAATTCCAGTTTACGTCGAAGCACATGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147968 AAGTTTATCGCGTCAAGAAATTCCAGTTTACGTCGAAGCACATGGAGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGGACAGCGACCTCAAGGAGGGGGGGAAGAAGCGCTTTGGGCACATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148018 GAGGACAGCGACCTCAAGGAGGGGGGGAAGAAGCGCTTTGGGCACATTTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAGCAGCCACCCCTCCTGCTGCTGCACCGTCTCCAACAGCTCCTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148068 CAGCAGCCACCCCTCCTGCTGCTGCACCGTCTCCAACAGCTCCTGGAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCGACGGGGAGGTCCTGCACAGCCCTGCCATCGAGGTCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 148118 GCGACGGGGAGGTCCTGCACAGCCCTGCCATCGAGGTCAGGTG...CAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTCCACTGCCAGCTGGTTCGACTCTTTGCACGAGGAATTGAAGAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150944 GTCCACTGCCAGCTGGTTCGACTCTTTGCACGAGGAATTGAAGAGAATCC

   1700     .    :    .
   1593 GAAGCCAGACTCACACAGC
        |||||||||||||||||||
 150994 GAAGCCAGACTCACACAGC