seq1 = pF1KA1645.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KA1645/gi568815576r_19688712.tfa (gi568815576r:19688712_19921355), 232644 bp

>pF1KA1645 981
>gi568815576r:19688712_19921355 (Chr22)

(complement)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-254  (100633-100758)   100% ->
255-417  (108909-109071)   100% ->
418-516  (114599-114697)   100% ->
517-732  (119140-119355)   100% ->
733-981  (132396-132644)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGCCCCCTGCCCGCCGCCACCTCCAGACCCCCAGTTTGTCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGCCCCCTGCCCGCCGCCACCTCCAGACCCCCAGTTTGTCCTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCACCCAGTCACCGGTGCATGCGCTGCACTTCTGCGAAGGAGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGCACCCAGTCACCGGTGCATGCGCTGCACTTCTGCGAAGGAGCCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCAGGGGCGCCCGCTCCTCTTCTCAGG         GTCTCAGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 CTCAGGGGCGCCCGCTCCTCTTCTCAGGGTG...CAGGTCTCAGAGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGTACACATCTGGAGCCTGCAGACGCGGAGAGCGGTTACCACCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100646 CTGGTACACATCTGGAGCCTGCAGACGCGGAGAGCGGTTACCACCCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCCACGGCGGCCAGTGTGTGACCTGGCTGCAGACGCTGCCCCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100696 TGGCCACGGCGGCCAGTGTGTGACCTGGCTGCAGACGCTGCCCCAGGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCAGCTCCTCAG         TCAGGGCCGGGACCTGAAGCTGTGCCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100746 GCCAGCTCCTCAGGTG...CAGTCAGGGCCGGGACCTGAAGCTGTGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGGACCTCGCGGAGGGCAGGAGCGCTGTCGTGGACTCCGTGTGCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108937 TGGGACCTCGCGGAGGGCAGGAGCGCTGTCGTGGACTCCGTGTGCTTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGTGTGGGCTTCTGCCGGAGCAGCATCCTGGCCGGGGGCCAGCCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108987 GAGTGTGGGCTTCTGCCGGAGCAGCATCCTGGCCGGGGGCCAGCCACGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGACGCTTGCCGTGCCAGGGAGGGGCAGCGACGAG         GTTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109037 GGACGCTTGCCGTGCCAGGGAGGGGCAGCGACGAGGTG...CAGGTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTCTGGAGATGCCCTCCAAGACGTCAGTGTGCGCCCTGAAGCCGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114605 ATTCTGGAGATGCCCTCCAAGACGTCAGTGTGCGCCCTGAAGCCGAAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATGCCAAGCTGGGCATGCCCATGTGCCTGCGGCTGTGGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114655 AGATGCCAAGCTGGGCATGCCCATGTGCCTGCGGCTGTGGCAGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GCCGACTGCAGCTCCCGCCCACTCCTTCTGGCCGGCTATGAGGATGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119138 AGGCCGACTGCAGCTCCCGCCCACTCCTTCTGGCCGGCTATGAGGATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCGGTGGTCCTGTGGGACGTCTCTGAGCAGAAGGTGTGCAGCCGCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119188 TCGGTGGTCCTGTGGGACGTCTCTGAGCAGAAGGTGTGCAGCCGCATCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGCCATGAGGAGCCCGTCATGGACCTTGACTTTGACTCCCAGAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119238 CTGCCATGAGGAGCCCGTCATGGACCTTGACTTTGACTCCCAGAAGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGGGCATCTCAGGCTCCGCGGGGAAGGCGCTGGCTGTCTGGAGCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119288 GGGGCATCTCAGGCTCCGCGGGGAAGGCGCTGGCTGTCTGGAGCCTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGCAGCAGGCCCTGCAG         GTGCGTGGGACTCATGAACTCAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 119338 TGGCAGCAGGCCCTGCAGGTC...CAGGTGCGTGGGACTCATGAACTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAATCCCGGGATCGCCGAGGTCACGATCCGGCCAGATCGCAAGATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132419 CAATCCCGGGATCGCCGAGGTCACGATCCGGCCAGATCGCAAGATCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCACCGCAGGCTGGGACCACCGCATCCGCGTGTTCCACTGGCGGACGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132469 CCACCGCAGGCTGGGACCACCGCATCCGCGTGTTCCACTGGCGGACGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGCCACTGGCCGTGCTGGCCTTCCACAGCGCCGCTGTCCAGTGCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132519 CAGCCACTGGCCGTGCTGGCCTTCCACAGCGCCGCTGTCCAGTGCGTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTCACCGCCGATGGCTTGCTGGCCGCGGGCTCCAAGGATCAGCGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132569 CTTCACCGCCGATGGCTTGCTGGCCGCGGGCTCCAAGGATCAGCGGATCA

   1000     .    :    .    :    .
    956 GCCTCTGGTCACTCTACCCACGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||
 132619 GCCTCTGGTCACTCTACCCACGCGCA