seq1 = pF1KA1643.tfa, 2658 bp
seq2 = pF1KA1643/gi568815594r_2170728.tfa (gi568815594r:2170728_2454075), 283348 bp

>pF1KA1643 2658
>gi568815594r:2170728_2454075 (Chr4)

(complement)

1-36  (35756-35791)   100% ->
37-177  (100003-100143)   100% ->
178-315  (112461-112598)   100% ->
316-518  (114421-114623)   99% ->
519-608  (116580-116669)   100% ->
609-698  (118282-118371)   100% ->
699-800  (133805-133906)   100% ->
801-2048  (148540-149787)   99% ->
2049-2203  (179860-180014)   100% ->
2204-2320  (180787-180903)   100% ->
2321-2425  (182297-182401)   100% ->
2426-2529  (182662-182765)   100% ->
2530-2658  (183220-183348)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAGGTTCCGAAAGTGGCTCTACAAACCCAAG         AGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  35756 ATGAACAGGTTCCGAAAGTGGCTCTACAAACCCAAGGTG...CAGAGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGATCCGCAGCTGCTTGCCCGGTTCTACTATGCCGACGAGGAGCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 GGATCCGCAGCTGCTTGCCCGGTTCTACTATGCCGACGAGGAGCTGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTGGCCGCGGAGCTGGACAGCCTGGATGGGCGGAAGGACCCCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100058 AGGTGGCCGCGGAGCTGGACAGCCTGGATGGGCGGAAGGACCCCCAGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCACGCTGCTGGTCAGCCAGTTCCGCTCCTGTCAG         GACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100108 TGCACGCTGCTGGTCAGCCAGTTCCGCTCCTGTCAGGTG...CAGGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGTTGAACATCATTAACCAGATCATGGATGAGTGCATCCCCCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112466 TGTGTTGAACATCATTAACCAGATCATGGATGAGTGCATCCCCCAGGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCGCCCCCAGAGATTTCTGCGTCAAGTTCCCTGAGGAGATCCGGCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112516 GCGCCCCCAGAGATTTCTGCGTCAAGTTCCCTGAGGAGATCCGGCACGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCTGGCCGGCCAGCTGTGGTTCGGTGCCGAG         TGCCTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112566 AACCTGGCCGGCCAGCTGTGGTTCGGTGCCGAGGTA...CAGTGCCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGCCGGCTCCATCATCATGAACCGGGAGCTGGAGAGCATGGCCATGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114429 CGCCGGCTCCATCATCATGAACCGGGAGCTGGAGAGCATGGCCATGCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGCTGGCCAAGGAGCTGACGCGCAGCCTGGAGGACGTGCGGGGCGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114479 CGCTGGCCAAGGAGCTGACGCGCAGCCTGGAGGACGTGCGGGGCGCCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGTGACCAGGCGCTGCGGGACCTGAACACCTACACAGAGAAGATGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114529 CGTGACCAGGCGCTGCGGGACCTGAACACCTACACAGAGAAGATGAGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCGCTGAGGCACTTCGACGTCCTGTTCGCGGAGTTTGAGCTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||>>>..
 114579 AGCGCTGAGGCACTTCGACGTCCTGTTCGCAGAGTTTGAGCTCAGGTA..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    519     CTACGTCTCGGCCATGGTGCCTGTGAAGTCCCCCAGGGAGTACTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114629 .CAGCTACGTCTCGGCCATGGTGCCTGTGAAGTCCCCCAGGGAGTACTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGCAGCAGGAGGTCATCGTGCTCTTCTGCGAGACGGTGGAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116626 GTGCAGCAGGAGGTCATCGTGCTCTTCTGCGAGACGGTGGAGAGGTG...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609    GGCCCTGGACTTCGGGTACCTGACTCAGGACATGATTGATGACTACG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118279 CAGGGCCCTGGACTTCGGGTACCTGACTCAGGACATGATTGATGACTACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCCGGCCCTCATGTTCAGCATCCCCAGGCTGGCCATCGTGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 118329 AGCCGGCCCTCATGTTCAGCATCCCCAGGCTGGCCATCGTGTGGTG...C

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    699   TGGCCTCGTGGTCTATGCGGACGGACCTCTGAACTTGGACCGCAAGGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133803 AGTGGCCTCGTGGTCTATGCGGACGGACCTCTGAACTTGGACCGCAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAAGACATGTCCGAGCTGTTCCGGCCCTTCCACACGTTGCTGCGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133853 GGAAGACATGTCCGAGCTGTTCCGGCCCTTCCACACGTTGCTGCGGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAAG         GGATTTGCTGCAGACGCTGACGGAGGAGGAGCTGCAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133903 TAAGGTG...TAGGGATTTGCTGCAGACGCTGACGGAGGAGGAGCTGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACGCTGGAACGGAACCTCTGCATTTCCCAAGACGTGGAGTTCCCCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148577 ACGCTGGAACGGAACCTCTGCATTTCCCAAGACGTGGAGTTCCCCATCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGCAGACGTGCAGGGACCCGCTGCCCTGGCGCCTGCCCTCTCTGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148627 CGCAGACGTGCAGGGACCCGCTGCCCTGGCGCCTGCCCTCTCTGCCCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCCCCCTGAGGGGCCACTCTCAGCTAAGGCCAAAGACCCGGATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148677 TCCCCCCTGAGGGGCCACTCTCAGCTAAGGCCAAAGACCCGGATGCAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGCCTGCTCCATGCAGTACGACGACCAGGAGCTGGAGCAGCTCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148727 CTGGCCTGCTCCATGCAGTACGACGACCAGGAGCTGGAGCAGCTCAGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATGGTCCACAGGGCGGGGGACGAGATGTCCTCTTTGCTTTCACCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148777 CATGGTCCACAGGGCGGGGGACGAGATGTCCTCTTTGCTTTCACCGCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGCCTGCCAGTCCCCAGCTCACAGGCCAGGAGCGGAGGGCAGCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148827 TTGCCTGCCAGTCCCCAGCTCACAGGCCAGGAGCGGAGGGCAGCCCAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGGGAGGCCTCTCCAGGTAGACCGCGCCTGCGGTCAGGCAGTGACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148877 GGGGAGGCCTCTCCAGGTAGACCGCGCCTGCGGTCAGGCAGTGACGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGAGCGCGTGTTCTTCATGGATGACGTGGAGGGGACGGCAGAAGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148927 GGAGCGCGTGTTCTTCATGGATGACGTGGAGGGGACGGCAGAAGCCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCAGGCCCGAGTCCCCAGCTGGCCCATTTGGGTGGGCAGGCAGTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148977 CCAGGCCCGAGTCCCCAGCTGGCCCATTTGGGTGGGCAGGCAGTACCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCCGACCCCCAGGAGAAAGGGCAGGGTGGGCCAGGCGGAGCGGCGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149027 GCCGACCCCCAGGAGAAAGGGCAGGGTGGGCCAGGCGGAGCGGCGGGGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CAGCTTGCCCGCCTCGGAAAAGGAGGAGGACTTGAGCAACAACAATCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149077 CAGCTTGCCCGCCTCGGAAAAGGAGGAGGACTTGAGCAACAACAATCTCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGGCCGAGGGCACAGATGGGGCCAGCCTCGCGGGCACCAGCTCCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149127 AGGCCGAGGGCACAGATGGGGCCAGCCTCGCGGGCACCAGCTCCTGCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TGCCTGGACTCGCGGCTGCACCTGGACGGCTGGGAGGTGGGTGCGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149177 TGCCTGGACTCGCGGCTGCACCTGGACGGCTGGGAGGTGGGTGCGGATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CGCAGAGACGGCTGAGATGATCGCCCACCGGACAGGGGGCATGAAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149227 CGCAGAGACGGCTGAGATGATCGCCCACCGGACAGGGGGCATGAAGCTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CAGCCACGGTCATCTTCAACCCCAAATCGCCCACTTCCCTGGACTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149277 CAGCCACGGTCATCTTCAACCCCAAATCGCCCACTTCCCTGGACTCTGCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GTCGCCACCCAGGAGGCCGCCTCGGAGCCCGTGGCCGAGGGGATGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149327 GTCGCCACCCAGGAGGCCGCCTCGGAGCCCGTGGCCGAGGGGATGGATGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CGGCCCCCACAAGCTTAGCACTGGGGCCACCAACTGCCTTCTGCATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149377 CGGCCCCCACAAGCTTAGCACTGGGGCCACCAACTGCCTTCTGCATTCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 GCGTGTGCTGTGGGAGCTGCGGGGACAGCAGGGAGGACGTGGTGGAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149427 GCGTGTGCTGTGGGAGCTGCGGGGACAGCAGGGAGGACGTGGTGGAGCGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CTGCGGGAGAAGTGCAGCCCGGGAGGCGTCATTGGTGCCTCGTACGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149477 CTGCGGGAGAAGTGCAGCCCGGGAGGCGTCATTGGTGCCTCGTACGCTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CGGCTTAGCCAAGGCCAGCGACAGGGCCCCTGAGAGACAGGAGGAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149527 CGGCTTAGCCAAGGCCAGCGACAGGGCCCCTGAGAGACAGGAGGAGGCGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 CCCCACCCTCAGAAGATGCCTCCAACGGGCGGGAGCCCAAAGCCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149577 CCCCACCCTCAGAAGATGCCTCCAACGGGCGGGAGCCCAAAGCCCCCACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 TCCGACAAGTGCCTGCCTCACACCTCAGGTTCCCAGGTGGACACAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149627 TCCGACAAGTGCCTGCCTCACACCTCAGGTTCCCAGGTGGACACAGCGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 TGGGCTGCAAGGAGAGGCTGGGGTTGCAGGTCAGCAGGAGCCAGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149677 TGGGCTGCAAGGAGAGGCTGGGGTTGCAGGTCAGCAGGAGCCAGAGGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 GAGAGCTGCATGCTGGGAGCCCCCCGGCTCACGAGGCGCCTCAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 149727 GAGAGCTGCATGCTGGGAGCCCCTCGGCTCACGAGGCGCCTCAGGCCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 TCGGGCTCCAG         CAGCTCCACAGCTGGGTCCTGCTCCTCAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 149777 TCGGGCTCCAGGTA...CAGCAGCTCCACAGCTGGGTCCTGCTCCTCAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 CAAGATGGGGCCAGAGGCGGCCCCAGCAGCCACGCATGCTGCCCCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179890 CAAGATGGGGCCAGAGGCGGCCCCAGCAGCCACGCATGCTGCCCCACAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 CCACAAGAGAGAAGATCCGGTCCAGGTTCCACGGCAGCCACGACCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179940 CCACAAGAGAGAAGATCCGGTCCAGGTTCCACGGCAGCCACGACCTCATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 CACCGCCTGTTCGTCTGCATTTCAG         GTGTGGCTGACCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 179990 CACCGCCTGTTCGTCTGCATTTCAGGTG...CAGGTGTGGCTGACCAGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GCAGACGAACTATGCCAGTGACCTGAGAAGTATTCTTAAAACACTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180803 GCAGACGAACTATGCCAGTGACCTGAGAAGTATTCTTAAAACACTGTTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 AGGTCATGGCCACCAAGCCTGAAACAGACGACAAGGAAAAGTTAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180853 AGGTCATGGCCACCAAGCCTGAAACAGACGACAAGGAAAAGTTAAGGAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 G         TCACCCAGACTCTGCGGAGTGCGGCCTTGGAGGACTGTGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180903 GGTG...TAGTCACCCAGACTCTGCGGAGTGCGGCCTTGGAGGACTGTGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2361 ACTGTGCCAGGAGACCCTGTCATCCTCTGAACTGGCAGCCAAGACCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182337 ACTGTGCCAGGAGACCCTGTCATCCTCTGAACTGGCAGCCAAGACCCGCG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2411 ATGGGGACTTTGAAG         ACCCCCCGGAGTGGGTGCCAGACGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 182387 ATGGGGACTTTGAAGGTG...CAGACCCCCCGGAGTGGGTGCCAGACGAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2452 GCCTGTGGCTTCTGCACGGCGTGCAAAGCACCCTTCACCGTCATCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182688 GCCTGTGGCTTCTGCACGGCGTGCAAAGCACCCTTCACCGTCATCCGCCG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2502 GAAGCACCACTGCCGCAGCTGTGGGAAG         ATCTTCTGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 182738 GAAGCACCACTGCCGCAGCTGTGGGAAGGTG...CAGATCTTCTGCTCGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 GCTGCTCCTCGCACTCAGCACCGCTGCCCCGCTACGGGCAGGTGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183233 GCTGCTCCTCGCACTCAGCACCGCTGCCCCGCTACGGGCAGGTGAAGCCG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2593 GTCCGAGTGTGCACCCACTGCTACATGTTCCATGTCACGCCCTTCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183283 GTCCGAGTGTGCACCCACTGCTACATGTTCCATGTCACGCCCTTCTACAG

   2750     .    :    .
   2643 CGACAAGGCCGGCCTG
        ||||||||||||||||
 183333 CGACAAGGCCGGCCTG