seq1 = pF1KA1621.tfa, 2328 bp
seq2 = pF1KA1621/gi568815593f_141082560.tfa (gi568815593f:141082560_141284887), 202328 bp

>pF1KA1621 2328
>gi568815593f:141082560_141284887 (Chr5)

1-2328  (100001-102328)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGATTGGATGGATGCACAATCGGAGACAAAGGCAAGTCCTTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGATTGGATGGATGCACAATCGGAGACAAAGGCAAGTCCTTGTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGTTTTGCTGAGCTTGTCTGGGGCGGGCGCCGAGTTGGGGTCCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTGTTTTGCTGAGCTTGTCTGGGGCGGGCGCCGAGTTGGGGTCCTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTAGTGGAAGAAACGGAGAGAGGCTCTTTTGTGGCAAATCTAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTAGTGGAAGAAACGGAGAGAGGCTCTTTTGTGGCAAATCTAGGAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCTGGGGTTGGGGTTGACAGAGATGTCCACCCGCAAGGCCAGGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCTGGGGTTGGGGTTGACAGAGATGTCCACCCGCAAGGCCAGGATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTCCCAGGGGAACAAACAGCATTTGCAGCTCAAGGCTCAAACTGGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTCCCAGGGGAACAAACAGCATTTGCAGCTCAAGGCTCAAACTGGGGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTCATAAATGAGAAGCTAGATCGAGAGGAGCTATGCGGTCCCACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTCATAAATGAGAAGCTAGATCGAGAGGAGCTATGCGGTCCCACTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTTGCATACTACATTTCCAAGTGTTAATGGAAAACCCTTTAGAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTTGCATACTACATTTCCAAGTGTTAATGGAAAACCCTTTAGAAATATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCAGGCTGAACTGAGGGTGATAGATATAAATGACCATTCTCCCATGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCAGGCTGAACTGAGGGTGATAGATATAAATGACCATTCTCCCATGTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGAAAAGGAAATGATTCTAAAAATACCGGAAAACAGTCCTCTAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGAAAAGGAAATGATTCTAAAAATACCGGAAAACAGTCCTCTAGGAACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGTTCCCTCTGAATCATGCTTTGGACTTGGACGTAGGAAGCAATAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGTTCCCTCTGAATCATGCTTTGGACTTGGACGTAGGAAGCAATAATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCAAAACTATAAAATCAGCCCAAGCTCTCATTTCCGGGTTCTAATCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCAAAACTATAAAATCAGCCCAAGCTCTCATTTCCGGGTTCTAATCCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AATTCAGAGATGGCAGGAAATACCCTGAGCTAGTGTTGGATAAAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AATTCAGAGATGGCAGGAAATACCCTGAGCTAGTGTTGGATAAAGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GATCGGGAGGAGGAGCCTCAACTAAGATTAACCCTGACAGCGCTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GATCGGGAGGAGGAGCCTCAACTAAGATTAACCCTGACAGCGCTGGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGGCTCTCCACCGCGATCTGGAACTGCTCAGGTCCGTATTGAAGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGGCTCTCCACCGCGATCTGGAACTGCTCAGGTCCGTATTGAAGTGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACATCAATGATAACGCTCCTGAGTTTGAGCAGCCCATCTACAAAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACATCAATGATAACGCTCCTGAGTTTGAGCAGCCCATCTACAAAGTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATTCCAGAGAACAGTCCTCTTGGCTCCCTGGTTGCCACCGTCTCCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATTCCAGAGAACAGTCCTCTTGGCTCCCTGGTTGCCACCGTCTCCGCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGATTTAGACGGCGGAGCCAATGGAAAAATATCATACACACTCTTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGATTTAGACGGCGGAGCCAATGGAAAAATATCATACACACTCTTTCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTCGGAGGATATTAGTAAAACTTTGGAGGTAAATCCTATGACAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTCGGAGGATATTAGTAAAACTTTGGAGGTAAATCCTATGACAGGGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTTCGACTGAGAAAGCAAGTAGATTTCGAAATGGTTACGTCTTATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTTCGACTGAGAAAGCAAGTAGATTTCGAAATGGTTACGTCTTATGAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCGCATCAAAGCCACAGATGGGGGAGGTCTTTCAGGAAAGTGCACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCGCATCAAAGCCACAGATGGGGGAGGTCTTTCAGGAAAGTGCACTCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCCTGCAGGTGGTGGACGTGAATGACAATCCCCCACAGGTGACCATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCCTGCAGGTGGTGGACGTGAATGACAATCCCCCACAGGTGACCATGTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCACTCACCAGCCCCATCCCAGAGAACTCGCCTGAGATAGTAGTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCACTCACCAGCCCCATCCCAGAGAACTCGCCTGAGATAGTAGTTGCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TTTCAGCGTTTCAGATCCTGACTCCGGAAACAATGGGAAGACGATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TTTCAGCGTTTCAGATCCTGACTCCGGAAACAATGGGAAGACGATTTCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCATCCAGGAAGACCTTCCCTTTCTTCTAAAACCTTCAGTCAAGAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCATCCAGGAAGACCTTCCCTTTCTTCTAAAACCTTCAGTCAAGAACTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TACACCTTGGTAACGGAGAGAGCACTCGACAGAGAAGCAAGAGCTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TACACCTTGGTAACGGAGAGAGCACTCGACAGAGAAGCAAGAGCTGAATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TAATATCACCCTCACCGTCACAGATATGGGGACTCCAAGGCTGAAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TAATATCACCCTCACCGTCACAGATATGGGGACTCCAAGGCTGAAAACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AGCACAACATAACAGTGCAGATATCAGATGTCAATGATAACGCCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 AGCACAACATAACAGTGCAGATATCAGATGTCAATGATAACGCCCCCACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TTCACCCAAACCTCCTACACCCTGTTCGTCCGCGAGAACAACAGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TTCACCCAAACCTCCTACACCCTGTTCGTCCGCGAGAACAACAGCCCCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCTGCACATCGGCAGCGTCAGCGCCACAGACAGAGACTCAGGCATCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
 101401 CCTGCACATCGGCAGCGTCAGCGCCACAGACAGAGACTCGGGCACCAACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CCCAGGTCACCTACTCGCTGCTGCCGCCCCAGGACCCGCACCTGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 101451 CCCAGGTCACCTACTCGCTGCTGCCGCCCCAAGACCCGCACCTGCCCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GCCTCCCTGGTCTCCATCAACGCAGACAACGGCCACCTGTTCGCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 101501 GCCTCCCTGGTCTCCATCAACGCGGACAACGGCCACCTGTTCGCCCTCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GTCGCTGGACTACGAGGCCCTGCGGGAGTTCGAGTTCCGCGTGAGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||
 101551 GTCGCTGGACTACGAGGCCCTGCAGGCTTTCGAGTTCCGCGTGGGCGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CAGACCGCGGCTCCCCGGCTTTGAGCAGCGAGGCGCTGGTGCGCGTGCTG
        |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||
 101601 CAGACCGCGGCTCCCCCGCGCTGAGCAGAGAGGCGCTGGTGCGCGTGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 GTGCTGGACGCCAACGACAACTCGCCCTTCGTGCTGTACCCGCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 GTGCTGGACGCCAACGACAACTCGCCCTTCGTGCTGTACCCGCTGCAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CGGCTCCGCGCCCTGCACTGAGCTGGTGCCCCGGGCGGCCGAGCCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CGGCTCCGCGCCCTGCACTGAGCTGGTGCCCCGGGCGGCCGAGCCGGGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ACCTGGTGACCAAGGTGGTGGCGGTGGACGGCGACTCGGGCCAGAACGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 101751 ACCTGGTGACCAAGGTGGTGGCGGTGGACGGCGACTCGGGCCAGAATGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 TGGCTGTCGTACCAGCTGCTCAAGGCCACGGAGCCCGGGCTGTTCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 TGGCTGTCGTACCAGCTGCTCAAGGCCACGGAGCCCGGGCTGTTCGGTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GTGGGCGCACAATGGCGAGGTGCGCACCGCCAGGCTGCTGAGCGAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 GTGGGCGCACAATGGCGAGGTGCGCACCGCCAGGCTGCTGAGCGAGCGCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 ACGCAGCCAAGCACAGGCTGGTGGTGCTGGTCAAGGACAATGGCGAGCCT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 ACGCAGCCAAGCAGAGGCTGGTGGTGCTGGTCAAGGACAATGGCGAGCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CCGTGCTCGGCCACCGCCACGCTGCACGTGCTCCTGGTGGACGGCTTCTC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CCGCGCTCGGCCACCGCCACGCTGCACGTGCTCCTGGTGGACGGCTTCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CCAGCCCTTCCTGCCGCTCCCAGAGGCGGCCCCCGGCCAGACCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CCAGCCCTTCCTGCCGCTCCCAGAGGCGGCCCCCGGCCAGACCCAGGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 ACTCGCTCACTGTCTACCTGGTGGTGGCGTTGGCCTCGGTGTCGTCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 ACTCGCTCACTGTCTACCTGGTGGTGGCGTTGGCCTCGGTGTCGTCGCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 TTCCTCTTTTCGGTGCTCCTGTTCGTGGTGGTGCGGCTGTGCAGGAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 102101 TTCCTCTTTTCGGTGCTCCTGTTCGTGGCGGTGCGGCTGTGCAGGAGGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 CAGGGCGGCCTCGGTGGGCCGCTGCTCGATGCCTGAGGGCCCCTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 CAGGGCGGCCTCGGTGGGCCGCTGCTCGATGCCTGAGGGCCCCTTTCCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 GGCGTCTGGTGGACGTAAGCGGCACCGGGACCCTGTCCCAGAGCTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 GGCGTCTGGTGGACGTAAGCGGCACCGGGACCCTGTCCCAGAGCTACCAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 TACGAGGTGTGTCTGACAGGAGGCTCAGAAACAAGTGAGTTCAAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 TACGAGGTGTGTCTGACAGGAGGCTCAGAAACAAGTGAGTTCAAGTTCCT

   2300     .    :    .    :    .
   2301 GAAGCCGATTATCCCCAACTTCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 102301 GAAGCCGATTATCCCCAACTTCTCTCCT