seq1 = pF1KA1619.tfa, 2529 bp
seq2 = pF1KA1619/gi568815588f_100872913.tfa (gi568815588f:100872913_101084128), 211216 bp

>pF1KA1619 2529
>gi568815588f:100872913_101084128 (Chr10)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-273  (100217-100365)   100% ->
274-336  (100635-100697)   100% ->
337-435  (104720-104818)   100% ->
436-529  (105383-105476)   100% ->
530-643  (105615-105728)   100% ->
644-813  (105937-106106)   100% ->
814-983  (106190-106359)   100% ->
984-1128  (106936-107080)   100% ->
1129-1351  (107210-107432)   100% ->
1352-1467  (107666-107781)   100% ->
1468-1643  (107910-108085)   100% ->
1644-1705  (108256-108317)   100% ->
1706-2529  (110393-111216)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGGGAGGCTCTGGCCCCTCCTCCTCAGCATCCTCACAGCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGGGAGGCTCTGGCCCCTCCTCCTCAGCATCCTCACAGCAACTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCCCAGGACCCTCACTGCGGAGACCGTCTAGAGAACTAGATGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTCCCAGGACCCTCACTGCGGAGACCGTCTAGAGAACTAGATGCCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCGGATGACCATACCCTATGAAG         AGCTCTCTGGGACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 CTCGGATGACCATACCCTATGAAGGTT...CAGAGCTCTCTGGGACCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACTTCAAGGGCCAAGCCCAGAACTACTCAACACTGCTGCTGGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100234 CACTTCAAGGGCCAAGCCCAGAACTACTCAACACTGCTGCTGGAGGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCAGCAAGGCTGCTGGTGGGAGCCCGAGGTGCCCTGTTCTCTCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100284 CTCAGCAAGGCTGCTGGTGGGAGCCCGAGGTGCCCTGTTCTCTCTCAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAACGACATAGGAGATGGGGCTCACAAAGAG         ATCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100334 CCAACGACATAGGAGATGGGGCTCACAAAGAGGTC...TAGATCCACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGCCTCCCCAGAGATGCAAAGCAAATGTCATCAAAAAGGGAAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100644 GAAGCCTCCCCAGAGATGCAAAGCAAATGTCATCAAAAAGGGAAAAACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAG         ACGGAGTGCTTTAACCATGTGCGGTTCCTGCAGCGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100694 CCAGGTA...CAGACGGAGTGCTTTAACCATGTGCGGTTCCTGCAGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAATTCTACCCACCTCTATGCATGTGGGACTCACGCCTTCCAGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104757 TCAATTCTACCCACCTCTATGCATGTGGGACTCACGCCTTCCAGCCCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGCAGCCATT         GATGCTGAGGCCTTCACCTTGCCAACCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104807 TGTGCAGCCATTGTG...TAGGATGCTGAGGCCTTCACCTTGCCAACCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTCGAGGAGGGGAAGGAGAAGTGTCCTTATGACCCAGCCCGTGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105412 CTTCGAGGAGGGGAAGGAGAAGTGTCCTTATGACCCAGCCCGTGGCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGGCCTCATCATTG         ATGGAGGCCTCTACACAGCCACTAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105462 CAGGCCTCATCATTGGTG...CAGATGGAGGCCTCTACACAGCCACTAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATGAATTCCGGAGCATTCCTGACATCCGCCGGAGCCGCCACCCACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105641 TATGAATTCCGGAGCATTCCTGACATCCGCCGGAGCCGCCACCCACACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTGAGAACTGAGGAGACACCAATGCATTGGCTCAATG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105691 CCTGAGAACTGAGGAGACACCAATGCATTGGCTCAATGGTT...CAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGGAGTTTGTGTTCTCCGTCCTCGTGCGGGAGAGCAAGGCCAGTGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105940 CGGAGTTTGTGTTCTCCGTCCTCGTGCGGGAGAGCAAGGCCAGTGCAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGTGATGATGACAAGGTGTACTACTTCTTCACGGAGCGTGCCACTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105990 GGTGATGATGACAAGGTGTACTACTTCTTCACGGAGCGTGCCACTGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGCTCTGGCAGCTTCACTCAGAGCCGCAGCAGTCACCGTGTGGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106040 GGGCTCTGGCAGCTTCACTCAGAGCCGCAGCAGTCACCGTGTGGCCCGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGCTCGTGTCTGCAAG         GGAGACCTGGGAGGGAAGAAGATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106090 TGGCTCGTGTCTGCAAGGTG...CAGGGAGACCTGGGAGGGAAGAAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGCAGAAGAAGTGGACTTCCTTCCTGAAAGCCCGTCTCATCTGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106214 CTGCAGAAGAAGTGGACTTCCTTCCTGAAAGCCCGTCTCATCTGCCACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCCACTGTATGAGACACTGCGTGGGGTCTGCAGCCTGGATGCTGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106264 TCCACTGTATGAGACACTGCGTGGGGTCTGCAGCCTGGATGCTGAAACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAAGCCGTACACACTTCTATGCAGCCTTCACGCTGAGCACACAGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106314 CAAGCCGTACACACTTCTATGCAGCCTTCACGCTGAGCACACAGTGGTC.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984      GAAGACCCTGGAGGCCTCAGCCATCTGCCGCTATGACCTGGCAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106364 ..TAGGAAGACCCTGGAGGCCTCAGCCATCTGCCGCTATGACCTGGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GATCCAGGCTGTCTTTGCAGGACCCTATATGGAATACCAGGATGGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106981 GATCCAGGCTGTCTTTGCAGGACCCTATATGGAATACCAGGATGGTTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGCGCTGGGGTCGCTATGAGGGTGGGGTGCCTGAGCCCCGGCCTGGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107031 GGCGCTGGGGTCGCTATGAGGGTGGGGTGCCTGAGCCCCGGCCTGGCTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129          TGTATCACAGATTCATTGCGCAGCCAAGGCTACAATTCATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107081 GTG...CAGTGTATCACAGATTCATTGCGCAGCCAAGGCTACAATTCATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCAAGACTTGCCATCCCTGGTCCTGGACTTTGTAAAGTTGCACCCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107251 CCAAGACTTGCCATCCCTGGTCCTGGACTTTGTAAAGTTGCACCCACTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGCTCGGCCCGTTGTGCCCACACGTGGACGGCCCCTGCTGCTCAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107301 TGGCTCGGCCCGTTGTGCCCACACGTGGACGGCCCCTGCTGCTCAAGCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AACATACGCTACACACACCTTACAGGGACACCTGTCACCACGCCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107351 AACATACGCTACACACACCTTACAGGGACACCTGTCACCACGCCTGCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ACCTACCTATGACCTGCTCTTTCTGGGCACAG         CTGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107401 ACCTACCTATGACCTGCTCTTTCTGGGCACAGGTG...CAGCTGATGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GGATCCACAAGGCCGTAGTCCTGGGCTCTGGGATGCACATTATTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107675 GGATCCACAAGGCCGTAGTCCTGGGCTCTGGGATGCACATTATTGAAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ACACAAGTGTTCAGGGAGTCCCAGTCTGTGGAAAATCTAGTCATCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107725 ACACAAGTGTTCAGGGAGTCCCAGTCTGTGGAAAATCTAGTCATCTCTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ATTGCAG         CACAGCCTCTATGTGGGGGCTCCTAGCGGAGTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107775 ATTGCAGGTA...CAGCACAGCCTCTATGTGGGGGCTCCTAGCGGAGTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCCAGCTACCACTCTCCAGCTGCTCCCGCTACCGATCCTGCTATGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107944 TCCAGCTACCACTCTCCAGCTGCTCCCGCTACCGATCCTGCTATGACTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ATCTTGGCCCGAGACCCCTACTGTGGCTGGGACCCTGGCACCCATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107994 ATCTTGGCCCGAGACCCCTACTGTGGCTGGGACCCTGGCACCCATGCCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CGCAGCAGCCACCACCATAGCCAACAGGTCCCAGGGAAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108044 CGCAGCAGCCACCACCATAGCCAACAGGTCCCAGGGAAGCAGGTG...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1644  GACAGCACTGATACAGGACATAGAGAGAGGAAATCGAGGCTGTGAGAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108255 GGACAGCACTGATACAGGACATAGAGAGAGGAAATCGAGGCTGTGAGAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGCAGGGATACAG         GGCCACCACCACCACTGAAGACCCGCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108305 AGCAGGGATACAGGTA...CAGGGCCACCACCACCACTGAAGACCCGCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGTGCTCCGGGGTGATGATGTCCTCCTGCCCTGTGACCAGCCATCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110421 TGTGCTCCGGGGTGATGATGTCCTCCTGCCCTGTGACCAGCCATCCAACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGGCCCGGGCCTTGTGGCTACTCAATGGGAGCATGGGCCTGAGCGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110471 TGGCCCGGGCCTTGTGGCTACTCAATGGGAGCATGGGCCTGAGCGATGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CAGGGTGGCTACCGTGTGGGCGTGGACGGGCTGCTGGTTACAGATGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110521 CAGGGTGGCTACCGTGTGGGCGTGGACGGGCTGCTGGTTACAGATGCACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GCCTGAGCACAGTGGCAACTATGGCTGCTATGCCGAGGAAAATGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110571 GCCTGAGCACAGTGGCAACTATGGCTGCTATGCCGAGGAAAATGGCCTCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GCACCCTGCTGGCCTCCTATAGTCTCACAGTCCGGCCAGCCACTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110621 GCACCCTGCTGGCCTCCTATAGTCTCACAGTCCGGCCAGCCACTCCTGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CCAGCTCCAAAAGCCCCTGCCACACCTGGGGCACAGCTGGCACCTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110671 CCAGCTCCAAAAGCCCCTGCCACACCTGGGGCACAGCTGGCACCTGATGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GAGACTGCTCTATGTGCTAGCCATTGCCGCGCTTGGTGGCCTCTGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110721 GAGACTGCTCTATGTGCTAGCCATTGCCGCGCTTGGTGGCCTCTGCCTCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TCCTGGCCTCCTCCCTCCTCTATGTGGCCTGTCTGCGGGAAGGCAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110771 TCCTGGCCTCCTCCCTCCTCTATGTGGCCTGTCTGCGGGAAGGCAGACGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GGGCGCCGACGGAAATACTCACTGGGTCGGGCCAGCCGGGCAGGAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110821 GGGCGCCGACGGAAATACTCACTGGGTCGGGCCAGCCGGGCAGGAGGATC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 TGCGGTGCAACTGCAGACAGTCTCAGGCCAGTGTCCTGGAGAGGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110871 TGCGGTGCAACTGCAGACAGTCTCAGGCCAGTGTCCTGGAGAGGAAGATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AGGGTGATGATGAGGGGGCTGGGGGCCTGGAGGGCAGCTGTCTCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110921 AGGGTGATGATGAGGGGGCTGGGGGCCTGGAGGGCAGCTGTCTCCAGATC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 ATCCCTGGGGAGGGAGCCCCAGCCCCACCACCCCCACCGCCCCCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110971 ATCCCTGGGGAGGGAGCCCCAGCCCCACCACCCCCACCGCCCCCACCGCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 ACCGGCTGAGCTGACCAATGGCTTGGTGGCACTGCCCAGCCGGCTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111021 ACCGGCTGAGCTGACCAATGGCTTGGTGGCACTGCCCAGCCGGCTGCGGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 GGATGAATGGCAATAGCTATGTGCTTCTGAGGCAGAGCAACAATGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111071 GGATGAATGGCAATAGCTATGTGCTTCTGAGGCAGAGCAACAATGGAGTA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 CCAGCAGGGCCCTGCTCCTTCGCCGAGGAACTCAGCCGCATCCTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111121 CCAGCAGGGCCCTGCTCCTTCGCCGAGGAACTCAGCCGCATCCTGGAAAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2484 AAGGAAGCACACGCAGCTCGTGGAGCAGCTAGATGAGAGCTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111171 AAGGAAGCACACGCAGCTCGTGGAGCAGCTAGATGAGAGCTCTGTC