seq1 = pF1KA1611.tfa, 2454 bp
seq2 = pF1KA1611/gi568815579r_52968080.tfa (gi568815579r:52968080_53175185), 207106 bp

>pF1KA1611 2454
>gi568815579r:52968080_53175185 (Chr19)

(complement)

8-142  (99997-100129)   97% ->
143-271  (100918-101046)   99% ->
272-2454  (104924-107106)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 TTACTCAGGTACGGTTGACATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCAG
        || -|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 TTT T AGGTACGGTTGACATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 GAGGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCTCAGAGGATCTTATACAGGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 GAGGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCTCAGAGGATCTTATACAGGGACGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 GATGTTGGAGAACTACTGGAACCTTGTTTCTCTGG         GACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100095 GATGTTGGAGAACTACTGGAACCTTGTTTCTCTGGGTG...CAGGACTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149 GTCATTTTGATATGAATATTATCTCCATGTTGGAGGAAGGGAAAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100924 GTCATTTTGATATGAATATTATCTCCATGTTGGAGGAAGGGAAAGAGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199 TGGACTGTGAAGAGCTGTGTGAAAATAGCAAGAAAACCAAGAACGCGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100974 TGGACTGTGAAGAGCTGTGTGAAAATAGCAAGAAAACCAAGAACGCCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249 ATGTGTCAAAGGCGTGGTCACAG         ATATCCCTCCTAAATGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101024 ATGTGTCAAAGGCGTGGTCACAGGTA...TAGATATCCCTCCTAAATGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290 CAATCAAGGATTTGCTACCAAAAGAGAAGAGCAGTACAGAAGCAGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104942 CAATCAAGGATTTGCTACCAAAAGAGAAGAGCAGTACAGAAGCAGTATTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340 CACACAGTGGTGTTGGAAAGACACGAAAGCCCTGACATTGAAGACTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104992 CACACAGTGGTGTTGGAAAGACACGAAAGCCCTGACATTGAAGACTTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    390 CTTCAAGGAACCCCAGAAAAATGTGCATGATTTTGAGTGTCAATGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105042 CTTCAAGGAACCCCAGAAAAATGTGCATGATTTTGAGTGTCAATGGAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440 ATGACACAGGAAATTACAAGGGAGTGCTTATGGCCCAGAAAGAAGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105092 ATGACACAGGAAATTACAAGGGAGTGCTTATGGCCCAGAAAGAAGGTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    490 AGAGATCAACGCGACAGAAGAGACATAGAAAACAAGCTTATGAACAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105142 AGAGATCAACGCGACAGAAGAGACATAGAAAACAAGCTTATGAACAATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    540 GCTTGGAGTAAGCTTTCATTCTCATCTGCCTGAACTGCAGCTATTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105192 GCTTGGAGTAAGCTTTCATTCTCATCTGCCTGAACTGCAGCTATTTCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590 GTGAGGGGAAAATGTATGAATGTAATCAAGTTGAGAAGTCTACCAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105242 GTGAGGGGAAAATGTATGAATGTAATCAAGTTGAGAAGTCTACCAACAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 GGTTCCTCAGTGTCACCACTTCAACAAATTCCTTCTAGTGTCCAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105292 GGTTCCTCAGTGTCACCACTTCAACAAATTCCTTCTAGTGTCCAAACCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 CAGGTCTAAAAAATATCATGAACTTAACCATTTTTCATTACTCACACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105342 CAGGTCTAAAAAATATCATGAACTTAACCATTTTTCATTACTCACACAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    740 GACGAAAAGCAAACAGTTGTGGAAAACCTTATAAATGTAATGAATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105392 GACGAAAAGCAAACAGTTGTGGAAAACCTTATAAATGTAATGAATGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790 AAGGCGTTCACTCAGAATTCGAACCTTACAAGTCATAGGAGAATTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105442 AAGGCGTTCACTCAGAATTCGAACCTTACAAGTCATAGGAGAATTCATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    840 TGGAGAGAAGCCTTACAAATGCAGTGAGTGCGGCAAAACCTTTACTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105492 TGGAGAGAAGCCTTACAAATGCAGTGAGTGCGGCAAAACCTTTACTGTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890 GTTCAAATCTAACTATTCATCAGGTCATCCATACTGGAGAAAAACCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 GTTCAAATCTAACTATTCATCAGGTCATCCATACTGGAGAAAAACCTTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940 AAATGTCATGAGTGTGGCAAGGTCTTCAGGCACAATTCATACCTTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105592 AAATGTCATGAGTGTGGCAAGGTCTTCAGGCACAATTCATACCTTGCAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 TCATCGGCGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105642 TCATCGGCGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040 GAAAAGCCTTTAGAGGACATTCAAACCTAACTACCCATCAGTTAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105692 GAAAAGCCTTTAGAGGACATTCAAACCTAACTACCCATCAGTTAATTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1090 ACTGGAGAAAAACCGTTCAAATGTAATGAATGTGGCAAGCTCTTCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105742 ACTGGAGAAAAACCGTTCAAATGTAATGAATGTGGCAAGCTCTTCACTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1140 AAATTCACACCTTATAAGTCATTGGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105792 AAATTCACACCTTATAAGTCATTGGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1190 ACAAGTGCAATGAGTGCGGCAAAGCCTTTAGTGTTCGTTCAAGCCTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105842 ACAAGTGCAATGAGTGCGGCAAAGCCTTTAGTGTTCGTTCAAGCCTAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240 ATCCATCAGACAATCCACACTGGAGAAAAACCTTACAAATGTAATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 ATCCATCAGACAATCCACACTGGAGAAAAACCTTACAAATGTAATGAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290 TGGAAAAGTCTTTAGGTACAATTCATACCTCGGAAGGCATCGGAGAGTTC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 TGGCAAAGTCTTTAGGTACAATTCATACCTCGGAAGGCATCGGAGAGTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340 ATACTGGTGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105992 ATACTGGTGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTCAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1390 ATGCATTCAAACCTAGCTACCCATCAGGTCATCCATACTGGAACAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 ATGCATTCAAACCTAGCTACCCATCAGGTCATCCATACTGGAACAAAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1440 TTTCAAATGCAATGAATGCAGCAAGGTTTTCACTCAAAATTCACAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106092 TTTCAAATGCAATGAATGCAGCAAGGTTTTCACTCAAAATTCACAACTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1490 CAAATCATCGAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106142 CAAATCATCGAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1540 TGTGGGAAAGCCTTCAGTGTTCGTTCAAGTCTGACTACCCATCAGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106192 TGTGGGAAAGCCTTCAGTGTTCGTTCAAGTCTGACTACCCATCAGGCAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1590 CCATTCTGGAGAGAAACCTTACAAATGTATTGAATGTGGCAAGAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106242 CCATTCTGGAGAGAAACCTTACAAATGTATTGAATGTGGCAAGAGCTTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1640 CTCAAAAATCACACCTTAGAAGTCATCGGGGAATTCATTCTGGAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106292 CTCAAAAATCACACCTTAGAAGTCATCGGGGAATTCATTCTGGAGAGAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1690 CCTTACAAGTGTAATGAATGTGGTAAAGTCTTCGCTCAAACATCACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106342 CCTTACAAGTGTAATGAATGTGGTAAAGTCTTCGCTCAAACATCACAACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1740 TGCAAGGCATTGGAGAGTTCATACTGGAGAAAAACCTTACAAGTGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106392 TGCAAGGCATTGGAGAGTTCATACTGGAGAAAAACCTTACAAGTGTAATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1790 ACTGTGGCAGAGCCTTTAGTGATCGTTCAAGCCTAACTTTTCATCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106442 ACTGTGGCAGAGCCTTTAGTGATCGTTCAAGCCTAACTTTTCATCAGGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1840 ATACATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTCATGAATGCGGCAAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106492 ATACATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTCATGAATGCGGCAAGGTTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1890 TAGGCACAATTCATACCTTGCAACTCATCGGCGAATTCATACTGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106542 TAGGCACAATTCATACCTTGCAACTCATCGGCGAATTCATACTGGAGAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1940 AACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGGAAAGCCTTTAGTATGCATTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106592 AACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGGAAAGCCTTTAGTATGCATTCAAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1990 CTAACTACCCATAAGGTCATCCATACTGGAGAGAAGCCTTACAAATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106642 CTAACTACCCATAAGGTCATCCATACTGGAGAGAAGCCTTACAAATGTAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2040 TCAATGTGGCAAGGTCTTCACTCAGAACTCACACCTTGCAAATCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106692 TCAATGTGGCAAGGTCTTCACTCAGAACTCACACCTTGCAAATCATCAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2090 GGACTCACACCGGAGAGAAACCTTACCGATGCAATGAGTGTGGGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106742 GGACTCACACCGGAGAGAAACCTTACCGATGCAATGAGTGTGGGAAAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2140 TTCAGTGTTCGTTCAAGCCTAACCACCCATCAGGCAATCCATACTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106792 TTCAGTGTTCGTTCAAGCCTAACCACCCATCAGGCAATCCATACTGGGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2190 AAAACCTTACAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTTACTCAAAATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106842 AAAACCTTACAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTTACTCAAAATGCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2240 ACCTGGCAAATCACCGAAGAATTCATACTGGGGAGAAACCTTACAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106892 ACCTGGCAAATCACCGAAGAATTCATACTGGGGAGAAACCTTACAGGTGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2290 ACAGAGTGTGGGAAAGCCTTTAGGGTAAGATCAAGTCTAACTACCCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106942 ACAGAGTGTGGGAAAGCCTTTAGGGTAAGATCAAGTCTAACTACCCATAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2340 GGCAATCCACACTGGAGAAAAGCGTTACAAATGTAATGAGTGTGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106992 GGCAATCCACACTGGAGAAAAGCGTTACAAATGTAATGAGTGTGGCAAGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2390 TCTTCAGGCAGAGTTCAAATCTTGCAAGTCATCACAGAATGCATACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107042 TCTTCAGGCAGAGTTCAAATCTTGCAAGTCATCACAGAATGCATACCGGA

   2450     .    :    .
   2440 GAGAAACCTTACAAA
        |||||||||||||||
 107092 GAGAAACCTTACAAA