seq1 = pF1KA1597.tfa, 2685 bp
seq2 = pF1KA1597/gi568815587r_85595198.tfa (gi568815587r:85595198_85857680), 262483 bp

>pF1KA1597 2685
>gi568815587r:85595198_85857680 (Chr11)

(complement)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-208  (109258-109409)   100% ->
209-344  (111909-112044)   99% ->
345-426  (120025-120106)   100% ->
427-538  (121069-121180)   99% ->
539-1342  (122939-123742)   100% ->
1343-1414  (129714-129785)   100% ->
1415-1516  (136722-136823)   100% ->
1517-1570  (138838-138891)   100% ->
1571-1618  (140151-140198)   100% ->
1619-1713  (143174-143268)   100% ->
1714-1883  (148181-148350)   100% ->
1884-1986  (150150-150252)   100% ->
1987-2157  (152653-152823)   100% ->
2158-2236  (157088-157166)   100% ->
2237-2336  (159603-159702)   100% ->
2337-2542  (161293-161498)   99% ->
2543-2685  (162341-162483)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTTTTGCAGCGGGATGCTGCTCTGAAGAGGGCCGAAGAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGTTTTGCAGCGGGATGCTGCTCTGAAGAGGGCCGAAGAAGAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCAG         ACATTTGCCTGAAAAAATTAAGGATGACCAGCAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTCAGGTA...TAGACATTTGCCTGAAAAAATTAAGGATGACCAGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAGAATATGAGTGGCCAATGGTTTTATGAAGCCAAGGCAAAAAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109293 TGAAGAATATGAGTGGCCAATGGTTTTATGAAGCCAAGGCAAAAAGGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGGACAAAATCCATGGCGCAGATATCATCAGAGCATCTATGAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109343 AGGGACAAAATCCATGGCGCAGATATCATCAGAGCATCTATGAGAAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGCCCCAGATAGCAG         CTGAGCAGAGTAAAGACAGAGAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109393 GAGGCCCCAGATAGCAGGTG...CAGCTGAGCAGAGTAAAGACAGAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGGCAAAGGAAAGCTGGGTGAATAATGTCAACAAAGATGCTTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111933 ATGGGGCAAAGGAAAGCTGGGTGAATAATGTCAACAAAGATGCTTTCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTCCAGAGCTGGCTGGCGTTGTAGAAGAGCCAGAAGAGGATGCAGCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 111983 CCTCCAGAGCTGGCTGGCGTTGTAGAAGAGCCAGAAGAAGATGCAGCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCAAGCCCGAG         TTCCAGTGTGGTAAATCCAGCTTCCAGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112033 AGCAAGCCCGAGGTA...CAGTTCCAGTGTGGTAAATCCAGCTTCCAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGATTGATATGTCCCAGGAAAACACAAGGAAACCAAATGTGTCTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120054 TGATTGATATGTCCCAGGAAAACACAAGGAAACCAAATGTGTCTCCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAG         AGGAAGAATCCGTTTAATAGCTCCAAGTTGCCAGAAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120104 AAGGTA...CAGAGGAAGAATCCGTTTAATAGCTCCAAGTTGCCAGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCACTCGTCACAACAAACTAAAAATGAACAGTCAAAAAATGGAAGAACTG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121107 TCACTCATCACAACAAACTAAAAATGAACAGTCAAAAAATGGAAGAACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTTTATTTCAGACTTCAAAAGAGG         ATGAATTGTCAGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 121157 GTTTATTTCAGACTTCAAAAGAGGGTA...CAGATGAATTGTCAGAGTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAGAAAAGTCAACTGTCGCAGATACTTCAATCCAAAAGTTAGAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122956 AAAGAAAAGTCAACTGTCGCAGATACTTCAATCCAAAAGTTAGAGAAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAGCAGACTTTGCCAGGCCTTTCAAATGGGTCCCAAATCAAGGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123006 AAAGCAGACTTTGCCAGGCCTTTCAAATGGGTCCCAAATCAAGGCTCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCCCAAAGCCAGGAAGATGATCTACAAATCAACTGATTTAAACAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123056 TCCCCAAAGCCAGGAAGATGATCTACAAATCAACTGATTTAAACAAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATAACCAGTCTTTTCCTAGACAAAGGACAGACTCCCTGAAAGCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123106 GATAACCAGTCTTTTCCTAGACAAAGGACAGACTCCCTGAAAGCGAGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCTCCGAGAGGGATCCTCAAGCGCAACTCCAGTTCCAGTAGCACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123156 GGCTCCGAGAGGGATCCTCAAGCGCAACTCCAGTTCCAGTAGCACAGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGAAACCCTTCGTTATAATCACAACTTTGAACCCAAAAGCAAAATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123206 CAGAAACCCTTCGTTATAATCACAACTTTGAACCCAAAAGCAAAATTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCACCTGGCCTAACCATCCATGAGAGAATTTCTGAGAAGGAGCATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123256 TCACCTGGCCTAACCATCCATGAGAGAATTTCTGAGAAGGAGCATTCTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAAGACAACTCTTCCCCAAACTCCCTGGAGCCATTAAAGCATGTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123306 AGAAGACAACTCTTCCCCAAACTCCCTGGAGCCATTAAAGCATGTGAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCTCTGCAGTGAAGGATGAGCTTCCACAGAGTCCTGGGCTAATCCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123356 TCTCTGCAGTGAAGGATGAGCTTCCACAGAGTCCTGGGCTAATCCATGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGGGAAGTAGGAGAATTTAGTGTTTTAGAATCTGACAGATTGAAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123406 CGGGAAGTAGGAGAATTTAGTGTTTTAGAATCTGACAGATTGAAAAATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AATGGAAGATGCAGGGGACACAGAAGAGTTTCAGAGTGACCCTAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123456 AATGGAAGATGCAGGGGACACAGAAGAGTTTCAGAGTGACCCTAAGCCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTCAATACAGAAAGCCTTCGCTTTTTCATCAATCAACCTCAAGCCCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123506 CTCAATACAGAAAGCCTTCGCTTTTTCATCAATCAACCTCAAGCCCATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GTATCAAAAAGTGAAACACATCAGCCAATGACTTCTGGTTCTTTTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123556 GTATCAAAAAGTGAAACACATCAGCCAATGACTTCTGGTTCTTTTCCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TAATGGGCTGCATTCTCATTCAGAAGTTTTAACTGCAAGACCACAGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123606 TAATGGGCTGCATTCTCATTCAGAAGTTTTAACTGCAAGACCACAGTCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGGAGAATTCACCAACCATCAATGAACCCAAAGATAAATCATCAGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123656 TGGAGAATTCACCAACCATCAATGAACCCAAAGATAAATCATCAGAATTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ACAAGGCTTGAATCTGTATTACCCAGAAGCCCTGCTG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123706 ACAAGGCTTGAATCTGTATTACCCAGAAGCCCTGCTGGTA...CAGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ACTGTCTCATTGTGTTGAGCCTGAGCCATCTCAGGTGCCAGGTGGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129718 ACTGTCTCATTGTGTTGAGCCTGAGCCATCTCAGGTGCCAGGTGGCAGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CTAGAGACCGTCAGCAAG         GTTCAGAAGAAGAACCCAGTCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 129768 CTAGAGACCGTCAGCAAGGTA...CAGGTTCAGAAGAAGAACCCAGTCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GTTTTGAAAACTTTGGAAAGGAGTGCCGCTAGGAAAATGCCTTCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136745 GTTTTGAAAACTTTGGAAAGGAGTGCCGCTAGGAAAATGCCTTCCAAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TCTAGAAGACATTTCATCAGATTCATCAA         ATCAAGCAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 136795 TCTAGAAGACATTTCATCAGATTCATCAAGTG...CAGATCAAGCAAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TAGATAATCAGCCAGAAGAATTAGTGCGTAGTGCTGAAGATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 138850 TAGATAATCAGCCAGAAGAATTAGTGCGTAGTGCTGAAGATGGTA...TA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1571  ATGAGAAACCAGATCAGAAGCCAGTTACAAATGAATGCGTACCAAGAA 
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 140150 GATGAGAAACCAGATCAGAAGCCAGTTACAAATGAATGCGTACCAAGAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1619         TTTCCACAGTGCCTACACAACCTGATAATCCATTTTCTCACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140200 TG...TAGTTTCCACAGTGCCTACACAACCTGATAATCCATTTTCTCACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTGACAAACTCAAAAGGATGAGCAAGTCTGTTCCAGCATTTCTCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143216 CTGACAAACTCAAAAGGATGAGCAAGTCTGTTCCAGCATTTCTCCAAGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GAG         GTGAGTGGCAGTGTGATGAGTGTTTATAGTGGAGACTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143266 GAGGCA...CAGGTGAGTGGCAGTGTGATGAGTGTTTATAGTGGAGACTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGGCAATCTGGAAGTTAAAGGAAATATTCAGTTTGCAATTGAATATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148219 TGGCAATCTGGAAGTTAAAGGAAATATTCAGTTTGCAATTGAATATGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AGTCACTGAAGGAGTTGCATGTTTTTGTGGCCCAGTGTAAGGACTTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148269 AGTCACTGAAGGAGTTGCATGTTTTTGTGGCCCAGTGTAAGGACTTAGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GCAGCGGATGTAAAAAAACAGCGTTCAGACCC         ATATGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 148319 GCAGCGGATGTAAAAAAACAGCGTTCAGACCCGTA...CAGATATGTAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGCCTATTTGCTACCAGACAAAGGCAAAATGGGCAAGAAGAAAACACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150159 GGCCTATTTGCTACCAGACAAAGGCAAAATGGGCAAGAAGAAAACACTCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TAGTGAAGAAAACCTTGAATCCTGTGTATAACGAAATACTGCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 150209 TAGTGAAGAAAACCTTGAATCCTGTGTATAACGAAATACTGCGGGTA...

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1987    TATAAAATTGAAAAACAAATCTTAAAGACACAGAAATTGAACCTGTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152650 CAGTATAAAATTGAAAAACAAATCTTAAAGACACAGAAATTGAACCTGTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 CATTTGGCATCGGGATACATTTAAGCGCAATAGTTTCCTAGGGGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152700 CATTTGGCATCGGGATACATTTAAGCGCAATAGTTTCCTAGGGGAGGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AACTTGATTTGGAAACATGGGACTGGGATAACAAACAGAATAAACAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152750 AACTTGATTTGGAAACATGGGACTGGGATAACAAACAGAATAAACAATTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 AGATGGTACCCTCTGAAGCGGAAG         ACAGCACCAGTTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 152800 AGATGGTACCCTCTGAAGCGGAAGGTG...CAGACAGCACCAGTTGCCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TGAAGCAGAAAACAGAGGTGAAATGAAACTAGCTCTCCAGTATGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157105 TGAAGCAGAAAACAGAGGTGAAATGAAACTAGCTCTCCAGTATGTCCCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 AGCCAGTCCCTG         GTAAAAAGCTTCCTACAACTGGAGAAGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 157155 AGCCAGTCCCTGGTA...TAGGTAAAAAGCTTCCTACAACTGGAGAAGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CACATCTGGGTGAAGGAATGCCTTGATCTACCACTGCTAAGGGGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159632 CACATCTGGGTGAAGGAATGCCTTGATCTACCACTGCTAAGGGGAAGTCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TCTAAATTCTTTTGTTAAATG         TACCATCCTTCCAGATACAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 159682 TCTAAATTCTTTTGTTAAATGGTA...TAGTACCATCCTTCCAGATACAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 GTAGGAAAAGTCGCCAGAAGACAAGAGCTGTAGGGAAAACCACCAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161313 GTAGGAAAAGTCGCCAGAAGACAAGAGCTGTAGGGAAAACCACCAACCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 ATCTTCAACCACACTATGGTGTATGATGGGTTCAGGCCTGAAGATCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161363 ATCTTCAACCACACTATGGTGTATGATGGGTTCAGGCCTGAAGATCTGAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 GGAAGTCTGTGTAGAGCTTACTGTCTGGGACCATTACAAATTAACCAACC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161413 GGAAGCCTGTGTAGAGCTTACTGTCTGGGACCATTACAAATTAACCAACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 AATTTTTGGGAGGTCTTCGTATTGGCTTTGGAACAG         GTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 161463 AATTTTTGGGAGGTCTTCGTATTGGCTTTGGAACAGGTA...CAGGTAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 AGTTATGGGACTGAAGTGGACTGGATGGACTCTACTTCAGAGGAAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162346 AGTTATGGGACTGAAGTGGACTGGATGGACTCTACTTCAGAGGAAGTTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 TCTCTGGGAGAAGATGGTAAACTCCCCCAATACTTGGATTGAAGCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162396 TCTCTGGGAGAAGATGGTAAACTCCCCCAATACTTGGATTGAAGCAACAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .
   2648 TGCCTCTCAGAATGCTTTTGATTGCCAAGATTTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162446 TGCCTCTCAGAATGCTTTTGATTGCCAAGATTTCCAAA