seq1 = pF1KA1594.tfa, 2937 bp
seq2 = pF1KA1594/gi568815596r_218354935.tfa (gi568815596r:218354935_218658653), 303719 bp

>pF1KA1594 2937
>gi568815596r:218354935_218658653 (Chr2)

(complement)

1-156  (100001-100156)   100% ->
157-328  (104930-105101)   100% ->
329-429  (108745-108845)   100% ->
430-602  (111563-111735)   100% ->
603-680  (112356-112433)   100% ->
681-778  (123948-124045)   100% ->
779-863  (128614-128698)   100% ->
864-1025  (148514-148675)   100% ->
1026-1157  (160497-160628)   100% ->
1158-1281  (160797-160920)   100% ->
1282-1472  (162704-162894)   99% ->
1473-1590  (170233-170350)   100% ->
1591-1670  (172911-172990)   100% ->
1671-1835  (176420-176584)   99% ->
1836-1901  (178939-179004)   100% ->
1902-2043  (181673-181814)   100% ->
2044-2299  (183769-184024)   100% ->
2300-2466  (192478-192644)   100% ->
2467-2527  (195288-195348)   100% ->
2528-2643  (198749-198864)   100% ->
2644-2713  (201493-201562)   100% ->
2714-2852  (202936-203074)   100% ->
2853-2937  (203637-203721)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCCTCTGAAGATACATGGTCCTATCAGAATTCGAAGTATGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCCTCTGAAGATACATGGTCCTATCAGAATTCGAAGTATGCAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGATTACAAAGTGGAAAGAAGGATCCTTTGAAATTGTAGAAAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGATTACAAAGTGGAAAGAAGGATCCTTTGAAATTGTAGAAAAAGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATAAAGTCAGCCTAGTAGTTCACTACAATACTGGAGGAATTCCAAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATAAAGTCAGCCTAGTAGTTCACTACAATACTGGAGGAATTCCAAGGATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTCAG         CTAAGTCATAACATTAAAAATGTGGTGCTTCGACC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTCAGGTA...TAGCTAAGTCATAACATTAAAAATGTGGTGCTTCGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGTGGAGCGAAACAAAGCCGCCTAATGTTAACTCTGCAAGATAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104965 CAGTGGAGCGAAACAAAGCCGCCTAATGTTAACTCTGCAAGATAACAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTTGTCTATTGACAAAGTACCAAGTAAGGATGCAGAGGAAATGAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105015 TCTTGTCTATTGACAAAGTACCAAGTAAGGATGCAGAGGAAATGAGGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTCTAGATGCAGTCCATCAAAACAGACTTCCTGCAG         CCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105065 TTTCTAGATGCAGTCCATCAAAACAGACTTCCTGCAGGTG...CAGCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAACCGTCTCAGGGGTCTGGTAGTTTTGGAGCCATTCTGGGCAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108749 GAAACCGTCTCAGGGGTCTGGTAGTTTTGGAGCCATTCTGGGCAGCAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTCACAGAAGGAAACCAGCAGGCAGCTTTCTTACTCAGACAATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108799 CCTCACAGAAGGAAACCAGCAGGCAGCTTTCTTACTCAGACAATCAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       GCTTCTGCAAAAAGAGGAAGTTTGGAAACTAAAGATGATATTCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108849 ...CAGGCTTCTGCAAAAAGAGGAAGTTTGGAAACTAAAGATGATATTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTTCGAAAAGTTCTTGGTAATCCGGGTAGAGGATCGATTAAGACTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111607 ATTTCGAAAAGTTCTTGGTAATCCGGGTAGAGGATCGATTAAGACTGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGGAAGTGGAATAGCTCGGACGATTCCTTCTTTGACATCTACTTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111657 CAGGAAGTGGAATAGCTCGGACGATTCCTTCTTTGACATCTACTTCAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTCTTAGATCAGGGTTGCTAGAAAATCG         TACTGAAAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111707 CCTCTTAGATCAGGGTTGCTAGAAAATCGGTA...TAGTACTGAAAAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAAAGAATGATATCAACTGGCTCAGAATTGAATGAAGATTACCCTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112368 GAAAAGAATGATATCAACTGGCTCAGAATTGAATGAAGATTACCCTAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAAATGATTCATCATC         GAACAACAAGGCCATGACAGATCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112418 AAAATGATTCATCATCGTA...TAGGAACAACAAGGCCATGACAGATCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCAGAAAGTATTTAACCAGCAGTAGAGAAAAGCAGCTGAGTTTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123973 TCCAGAAAGTATTTAACCAGCAGTAGAGAAAAGCAGCTGAGTTTGAAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTCAGAAGAGAATAGGACATCAG         GGCTTTTACCTTTACAGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 124023 GTCAGAAGAGAATAGGACATCAGGTA...TAGGGCTTTTACCTTTACAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CATCATCCTTTTATGGTAGCAGAGCTGGATCCAAGGAACACTCTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128632 CATCATCCTTTTATGGTAGCAGAGCTGGATCCAAGGAACACTCTTCTGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCACTAACTTAGACAG         GACTAATGTTTCAAGCCAGACTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 128682 GGCACTAACTTAGACAGGTA...TAGGACTAATGTTTCAAGCCAGACTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTCTGCCAAAAGAAGTTTGGGATTTCTTCCTCAGCCAGTTCCTCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148538 CTCTGCCAAAAGAAGTTTGGGATTTCTTCCTCAGCCAGTTCCTCTTTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTAAAAAACTGAGGTGTAACCAGGATTACACTGGCTGGAATAAACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148588 TTAAAAAACTGAGGTGTAACCAGGATTACACTGGCTGGAATAAACCAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGCCCCTTTCCTCTCACCAACAGCAGCAACTGCAGGG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 148638 GTGCCCCTTTCCTCTCACCAACAGCAGCAACTGCAGGGGTA...CAGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTCCAATTTGGGAAATACCTGCTATATGAATGCTATTCTACAATCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160500 CTCCAATTTGGGAAATACCTGCTATATGAATGCTATTCTACAATCTCTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTCACTCCAGTCATTTGCAAATGACTTGCTTAAACAAGGTATCCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160550 TTTCACTCCAGTCATTTGCAAATGACTTGCTTAAACAAGGTATCCCATGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGAAAATTCCACTCAATGCACTTATCAG         ACGCTTTGCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 160600 AAGAAAATTCCACTCAATGCACTTATCAGGTA...TAGACGCTTTGCACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTTGCTTGTTAAAAAAGATATCTGTAATTCAGAGACCAAAAAGGATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160809 CTTGCTTGTTAAAAAAGATATCTGTAATTCAGAGACCAAAAAGGATTTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCAAGAAGGTTAAAAATGCCATTTCAGCTACAGCAGAGAGATTCTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160859 TCAAGAAGGTTAAAAATGCCATTTCAGCTACAGCAGAGAGATTCTCTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TATATGCAGAAT         GATGCTCATGAATTTTTAAGTCAGTGTTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 160909 TATATGCAGAATGTG...TAGGATGCTCATGAATTTTTAAGTCAGTGTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGACCAGCTGAAAGAAGATATGGAAAAATTAAATAAAACTTGGAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162733 GGACCAGCTGAAAGAAGATATGGAAAAATTAAATAAAACTTGGAAGACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AACCTATTTCTGGAGAAGAAAATTCACCAGATATTTCAGCTACCAGAGCA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162783 AACCTGTTTCTGGAGAAGAAAATTCACCAGATATTTCAGCTACCAGAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TACACTTGCCCTGTTATTACTAATTTGGAGTTTGAGGTTCAGCACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162833 TACACTTGCCCTGTTATTACTAATTTGGAGTTTGAGGTTCAGCACTCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CATTTGTAAAGC         ATGTGGAGAGATTATCCCCAAAAGAGAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 162883 CATTTGTAAAGCGTA...CAGATGTGGAGAGATTATCCCCAAAAGAGAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGTTTAATGACCTCTCTATTGACCTTCCTCGTAGGAAAAAACCACTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170262 AGTTTAATGACCTCTCTATTGACCTTCCTCGTAGGAAAAAACCACTCCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CCTCGTTCAATTCAAGATTCTCTTGATCTTTTCTTTAGG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 170312 CCTCGTTCAATTCAAGATTCTCTTGATCTTTTCTTTAGGGTA...TAGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CGAAGAACTGGAGTATTCTTGTGAGAAGTGTGGTGGGAAGTGTGCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172913 CGAAGAACTGGAGTATTCTTGTGAGAAGTGTGGTGGGAAGTGTGCTCTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCAGGCACAAATTTAACAGGCTTCCTAG         GGTCCTCATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 172963 TCAGGCACAAATTTAACAGGCTTCCTAGGTA...CAGGGTCCTCATTCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CATTTGAAACGATATAGCTTCAATGTGGCTCTCTCGCTTAACAATAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176433 CATTTGAAACGATATAGCTTCAATGTGGCTCTCTCGCTTAACAATAAGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGGGCAGCAAGTCATCATTCCAAGATACCTGACCCTGTCATCTCATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176483 TGGGCAGCAAGTCATCATTCCAAGATACCTGACCCTGTCATCTCATTGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CTGAAAATACAAAACCACCTTTTACCCTTGGTTGGAGTGCGCATATGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 176533 CTGAAAATACAAAACCACCTTTTACCCTTGGTTGGAGTGCACATATGGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AT         TTCTAGACCATTGAAAGCCTCTCAAATGGTGAATTCCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176583 ATGTA...TAGTTCTAGACCATTGAAAGCCTCTCAAATGGTGAATTCCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CATCACCAGCCCTTCTACACCTTCAAA         GAAATTCACCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 178978 CATCACCAGCCCTTCTACACCTTCAAAGTG...CAGGAAATTCACCTTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AATCCAAGAGCTCCTTGGCTTTATGCCTTGATTCAGACAGTGAGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181687 AATCCAAGAGCTCCTTGGCTTTATGCCTTGATTCAGACAGTGAGGATGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CTAAAACGTTCTGTGGCCCTCAGCCAGAGACTTTGTGAAATGTTAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181737 CTAAAACGTTCTGTGGCCCTCAGCCAGAGACTTTGTGAAATGTTAGGCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CGAACAGCAGCAGGAAGACCTGGAAAAA         GATTCAAAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 181787 CGAACAGCAGCAGGAAGACCTGGAAAAAGTA...CAGGATTCAAAATTAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCCCAATAGAGCCTGACAAGTCTGAATTGGAAAACTCAGGATTTGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183782 GCCCAATAGAGCCTGACAAGTCTGAATTGGAAAACTCAGGATTTGACAGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 ATGAGCGAAGAAGAGCTTCTAGCAGCTGTCTTGGAGATAAGTAAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183832 ATGAGCGAAGAAGAGCTTCTAGCAGCTGTCTTGGAGATAAGTAAGAGAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 TGCTTCACCATCTCTGAGTCATGAAGATGATGATAAGCCAACTAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183882 TGCTTCACCATCTCTGAGTCATGAAGATGATGATAAGCCAACTAGCAGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CAGATACCGGATTTGCAGAAGATGATATTCAAGAAATGCCAGAAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183932 CAGATACCGGATTTGCAGAAGATGATATTCAAGAAATGCCAGAAAATCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GACACTATGGAAACTGAGAAGCCCAAAACAATCACAGAGCTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 183982 GACACTATGGAAACTGAGAAGCCCAAAACAATCACAGAGCTGGGTA...C

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2300   ATCCTGCCAGTTTTACTGAGATAACTAAAGACTGTGATGAGAATAAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192476 AGATCCTGCCAGTTTTACTGAGATAACTAAAGACTGTGATGAGAATAAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 AAAACAAAACTCCAGAAGGATCTCAGGGAGAAGTTGATTGGCTCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192526 AAAACAAAACTCCAGAAGGATCTCAGGGAGAAGTTGATTGGCTCCAGCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 TATGATATGGAGCGTGAAAGGGAAGAGCAAGAGCTTCAGCAGGCACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192576 TATGATATGGAGCGTGAAAGGGAAGAGCAAGAGCTTCAGCAGGCACTGGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 TCAGAGCCTTCAAGAGCAA         GAGGCTTGGGAACAGAAAGAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 192626 TCAGAGCCTTCAAGAGCAAGTA...TAGGAGGCTTGGGAACAGAAAGAAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 ATGATGACCTCAAAAGAGCTACCGAGTTAAGTCTTCAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 195310 ATGATGACCTCAAAAGAGCTACCGAGTTAAGTCTTCAAGGTG...CAGAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 TTTAACAACTCCTTTGTGGATGCATTGGGTTCTGATGAGGACTCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198751 TTTAACAACTCCTTTGTGGATGCATTGGGTTCTGATGAGGACTCTGGAAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 TGAGGATGTTTTTGATATGGAGTACACAGAAGCTGAAGCTGAGGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198801 TGAGGATGTTTTTGATATGGAGTACACAGAAGCTGAAGCTGAGGAACTGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 AAAGAAATGCTGAG         ACAGGAAATCTGCCTCATTCGTACCGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 198851 AAAGAAATGCTGAGGTA...CAGACAGGAAATCTGCCTCATTCGTACCGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 CTCATCAGTGTTGTCAGTCACATTGGTAGCACTTCTTCTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 201520 CTCATCAGTGTTGTCAGTCACATTGGTAGCACTTCTTCTTCAGGTG...C

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2714   GTCATTACATTAGTGATGTATATGACATTAAGAAGCAAGCGTGGTTTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202934 AGGTCATTACATTAGTGATGTATATGACATTAAGAAGCAAGCGTGGTTTA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 CTTACAATGACCTGGAGGTATCAAAAATCCAAGAGGCTGCCGTGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202984 CTTACAATGACCTGGAGGTATCAAAAATCCAAGAGGCTGCCGTGCAGAGT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 GATCGAGATCGGAGTGGCTACATCTTCTTTTATATGCACAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 203034 GATCGAGATCGGAGTGGCTACATCTTCTTTTATATGCACAAGTA...AAG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 GGAGATCTTTGATGAGCTGCTGGAAACAGAAAAGAACTCTCAGTCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203637 GGAGATCTTTGATGAGCTGCTGGAAACAGAAAAGAACTCTCAGTCACTTA

   3100     .    :    .    :    .    :    .
   2903 GCACGGAAGTGGGGAAGACTACCCGTCAGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 203687 GCACGGAAGTGGGGAAGACTACCCGTCAGGCCTTG