seq1 = pF1KA1592.tfa, 1893 bp
seq2 = pF1KA1592/gi568815596f_96661432.tfa (gi568815596f:96661432_96909514), 248083 bp

>pF1KA1592 1893
>gi568815596f:96661432_96909514 (Chr2)

1-970  (100001-100970)   100% ->
971-1114  (135581-135724)   100% ->
1115-1249  (136082-136216)   100% ->
1250-1419  (137626-137795)   100% ->
1420-1516  (138121-138217)   100% ->
1517-1698  (147130-147311)   100% ->
1699-1893  (147889-148083)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTGTATGCACTGTGCACCCGGGCCCAGCCCGACGGGCCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTGTATGCACTGTGCACCCGGGCCCAGCCCGACGGGCCCTGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGTGGACGGACAAGGACTCACTGCTCTTCATGGTGGAGGAGCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGTGGACGGACAAGGACTCACTGCTCTTCATGGTGGAGGAGCCTGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTTCCTGCCTCTCTGGCTGCACATTCTCCTAATTACGGTGCTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTTCCTGCCTCTCTGGCTGCACATTCTCCTAATTACGGTGCTGCTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGTCGGGCATATTTTCTGGCCTCAACCTCGGGCTTATGGCCCTGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGTCGGGCATATTTTCTGGCCTCAACCTCGGGCTTATGGCCCTGGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGGAGCTGCGCATCGTGCAGAACTGTGGCACCGAGAAGGAGAGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGGAGCTGCGCATCGTGCAGAACTGTGGCACCGAGAAGGAGAGGCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGCCCGCAAGATTGAGCCCATCCGGCGCAAGGGCAACTACCTTCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGCCCGCAAGATTGAGCCCATCCGGCGCAAGGGCAACTACCTTCTCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCGTTGCTCCTAGGGAACGTGCTGGTCAACACCTCCCTCACAATCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCGTTGCTCCTAGGGAACGTGCTGGTCAACACCTCCCTCACAATCCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGACAACCTCATCGGGTCCGGCCTCATGGCGGTGGCCTCCTCCACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGACAACCTCATCGGGTCCGGCCTCATGGCGGTGGCCTCCTCCACCATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATTGTCATCTTTGGGGAGATCCTACCTCAGGCCCTGTGCTCCCGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATTGTCATCTTTGGGGAGATCCTACCTCAGGCCCTGTGCTCCCGACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGCTGGCTGTGGGTGCCAACACCATCCTTCTCACCAAATTCTTTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGCTGGCTGTGGGTGCCAACACCATCCTTCTCACCAAATTCTTTATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTCACCTTCCCCCTCAGTTTTCCCATTAGCAAGCTCCTGGACTTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTCACCTTCCCCCTCAGTTTTCCCATTAGCAAGCTCCTGGACTTTTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGCCAGGAGATTCGCACTGTTTACAACCGGGAGAAGCTGATGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGCCAGGAGATTCGCACTGTTTACAACCGGGAGAAGCTGATGGAGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTGAAGGTGACGGAGCCCTATAATGACCTCGTGAAAGAGGAGCTCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTGAAGGTGACGGAGCCCTATAATGACCTCGTGAAAGAGGAGCTCAATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GATCCAGGGTGCCCTGGAACTACGGACCAAAACTGTAGAGGATATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GATCCAGGGTGCCCTGGAACTACGGACCAAAACTGTAGAGGATATCATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCAGCTCCAGGACTGCTTCATGATCCGCAGCGATGCCATCCTGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCAGCTCCAGGACTGCTTCATGATCCGCAGCGATGCCATCCTGGACTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AACACCATGTCGGAGATAATGGAAAGCGGCTATACTCGCATCCCGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AACACCATGTCGGAGATAATGGAAAGCGGCTATACTCGCATCCCGGTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGAAGACGAGCAGTCCAATATTGTAGATATTCTCTACGTCAAAGACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGAAGACGAGCAGTCCAATATTGTAGATATTCTCTACGTCAAAGACTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCTTTGTGGACCCCGATGACTGCACCCCCCTCAAGACTATCACTCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCTTTGTGGACCCCGATGACTGCACCCCCCTCAAGACTATCACTCGCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TATAACCACCCGGTGCACTTTGTCTTCCATGACACCAAGTTGGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TATAACCACCCGGTGCACTTTGTCTTCCATGACACCAAGTTGGATGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTGGAGGAGTTCAAGAAGG         GGAAGTCCCACCTGGCCATCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100951 GCTGGAGGAGTTCAAGAAGGGTA...CAGGGAAGTCCCACCTGGCCATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGCAGAAGGTAAACAACGAGGGTGAGGGTGACCCCTTCTACGAGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135602 TGCAGAAGGTAAACAACGAGGGTGAGGGTGACCCCTTCTACGAGGTCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GGCCTGGTCACCCTGGAGGACGTGATCGAGGAGATCATCAAGTCGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135652 GGCCTGGTCACCCTGGAGGACGTGATCGAGGAGATCATCAAGTCGGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCTGGACGAGTCCGACATGTACA         CTGACAACCGAAGCCGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 135702 CCTGGACGAGTCCGACATGTACAGTG...CAGCTGACAACCGAAGCCGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGCGGGTGTCTGAGAAGAACAAGCGTGACTTCTCTGCCTTCAAGGATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136100 AGCGGGTGTCTGAGAAGAACAAGCGTGACTTCTCTGCCTTCAAGGATGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GACAATGAGCTCAAAGTGAAAATCTCCCCGCAGCTCCTCCTGGCCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136150 GACAATGAGCTCAAAGTGAAAATCTCCCCGCAGCTCCTCCTGGCCGCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TCGCTTCCTAGCCACAG         AGGTCTCTCAGTTTAGCCCCTCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 136200 TCGCTTCCTAGCCACAGGTA...CAGAGGTCTCTCAGTTTAGCCCCTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TGATATCAGAGAAGATCCTGCTGCGGCTACTCAAGTACCCAGATGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137650 TGATATCAGAGAAGATCCTGCTGCGGCTACTCAAGTACCCAGATGTCATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CAGGAACTCAAGTTTGACGAGCACAATAAGTACTACGCCCGCCATTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137700 CAGGAACTCAAGTTTGACGAGCACAATAAGTACTACGCCCGCCATTACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GTACACCCGAAATAAGCCGGCCGACTACTTCATCCTCATCCTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 137750 GTACACCCGAAATAAGCCGGCCGACTACTTCATCCTCATCCTGCAGGTG.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420      GGGAAGGTGGAGGTGGAGGCAGGGAAGGAGAACATGAAGTTTGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137800 ..CAGGGGAAGGTGGAGGTGGAGGCAGGGAAGGAGAACATGAAGTTTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 ACGGGCGCCTTCTCCTACTATGGGACTATGGCCCTGACCTCGGTCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138166 ACGGGCGCCTTCTCCTACTATGGGACTATGGCCCTGACCTCGGTCCCCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CG         ACCGTTCCCCAGCACACCCCACCCCACTCAGCCGCTCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138216 CGGTG...CAGACCGTTCCCCAGCACACCCCACCCCACTCAGCCGCTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CCTCCCTCAGTTACCCAGACCGCACAGACGTCTCAACTGCAGCAACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147169 CCTCCCTCAGTTACCCAGACCGCACAGACGTCTCAACTGCAGCAACCTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GCAGGCAGCAGCAACCAGTTTGGCAGCTCTGTCCTGGGCCAGTACATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147219 GCAGGCAGCAGCAACCAGTTTGGCAGCTCTGTCCTGGGCCAGTACATCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TGACTTCAGCGTCCGGGCACTCGTGGACTTGCAGTACATCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 147269 TGACTTCAGCGTCCGGGCACTCGTGGACTTGCAGTACATCAAGGTG...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1699   ATCACTCGGCAGCAGTACCAGAACGGGCTGCTGGCTTCTCGCATGGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147887 AGATCACTCGGCAGCAGTACCAGAACGGGCTGCTGGCTTCTCGCATGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 AACAGCCCTCAGTTTCCCATAGACGGGTGCACCACCCACATGGAGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147937 AACAGCCCTCAGTTTCCCATAGACGGGTGCACCACCCACATGGAGAACTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GGCCGAGAAGTCTGAGCTGCCTGTGGTGGACGAGACCACAACTCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147987 GGCCGAGAAGTCTGAGCTGCCTGTGGTGGACGAGACCACAACTCTTCTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1847 ACGAGCGTAACTCCTTGCTGCACAAAGCCTCCCACGAGAATGCCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148037 ACGAGCGTAACTCCTTGCTGCACAAAGCCTCCCACGAGAATGCCATC