seq1 = pF1KA1588.tfa, 1785 bp
seq2 = pF1KA1588/gi568815579f_9056611.tfa (gi568815579f:9056611_9261430), 204820 bp

>pF1KA1588 1785
>gi568815579f:9056611_9261430 (Chr19)

1-25  (99407-99431)   100% ->
26-162  (100002-100138)   100% ->
163-289  (100658-100784)   100% ->
290-385  (101370-101465)   100% ->
386-468  (102216-102298)   100% ->
469-1785  (103504-104820)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCTCTGTCCCCCACATTTG         CCACGTCCACCCAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  99407 ATGGCAGCTCTGTCCCCCACATTTGGTA...CAGCCACGTCCACCCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCCACCTGTCTCCAGGACTCAGAATTTCCTGTTTCTTCAAAAGACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 TTCCACCTGTCTCCAGGACTCAGAATTTCCTGTTTCTTCAAAAGACCATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGTCCCCAGAATTTGGACCTGTTCGTGTGCAGTGGTCTGGAGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 CCTGTCCCCAGAATTTGGACCTGTTCGTGTGCAGTGGTCTGGAGCCTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACACCCAGTGTTGGTTCCCAG         GAATCGGTGACTTTCCAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100118 ACACCCAGTGTTGGTTCCCAGGTG...CAGGAATCGGTGACTTTCCAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTCGCTGTGGACTTTACCGAGAAGGAGTGGCCCTTGCTGGATTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100678 TGTCGCTGTGGACTTTACCGAGAAGGAGTGGCCCTTGCTGGATTCTTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGAAAACTGTACAAAGATGTAATGCTGGAGAACTACAGCAACCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 AGAGAAAACTGTACAAAGATGTAATGCTGGAGAACTACAGCAACCTCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCACTGG         GGTATCAGGTCGGCAAACCCAGCCTCATCTCACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100778 TCACTGGGTA...TAGGGTATCAGGTCGGCAAACCCAGCCTCATCTCACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTGGAGCAGGAGGAGGAGCCGAGGACAGAGGAGAGGGGCGCTCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101404 CTTGGAGCAGGAGGAGGAGCCGAGGACAGAGGAGAGGGGCGCTCACCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCGCTTGTGCAG         ATTGGGAGACTCCATCTAAAACCAAGTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101454 GCGCTTGTGCAGGTG...CAGATTGGGAGACTCCATCTAAAACCAAGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCACTTCTTATGGAAGATATTTTTGGGAAGGAAACGCCCAGTGGTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102245 TCACTTCTTATGGAAGATATTTTTGGGAAGGAAACGCCCAGTGGTGTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATG         GAAAGAGCCGGTCTTGGAGAGAAGTCCACTGAATACG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102295 GATGGTA...CAGGAAAGAGCCGGTCTTGGAGAGAAGTCCACTGAATACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCACTTGTTCGAAGTCTTTGGCATGGACCCTCATCTCACTCAGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103541 CTCACTTGTTCGAAGTCTTTGGCATGGACCCTCATCTCACTCAGCCAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGAAGGCACGCTGGCAAGAGGCCCTATCACCGCCGCGACTATGGGGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103591 GGAAGGCACGCTGGCAAGAGGCCCTATCACCGCCGCGACTATGGGGTAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTCAAGGGCAGGCCGCACCTCACTCAGCACATGAGCATGTACGACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103641 GTTCAAGGGCAGGCCGCACCTCACTCAGCACATGAGCATGTACGACGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAAAAATGCATGAATGTCATCAGTGCCAAAAAGCCTTCACCACGAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103691 GAAAAATGCATGAATGTCATCAGTGCCAAAAAGCCTTCACCACGAGCGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCCTCACACGGCACAGGAGAATCCACACCGGGGAGAAGCCTTACGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103741 TCCCTCACACGGCACAGGAGAATCCACACCGGGGAGAAGCCTTACGAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGCGACTGCGGGAAAGCCTTCAACGACCCTTCAGCCCTTAGGAGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103791 CAGCGACTGCGGGAAAGCCTTCAACGACCCTTCAGCCCTTAGGAGCCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAAGAACTCACCTCAAAGAGAAGCCCTTTGACTGCAGTCAGTGTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103841 CAAGAACTCACCTCAAAGAGAAGCCCTTTGACTGCAGTCAGTGTGGAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCATTCCGGACCCTCTCGGCCCTGAAAATCCACATGCGAGTTCACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103891 GCATTCCGGACCCTCTCGGCCCTGAAAATCCACATGCGAGTTCACACTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGAGAGGCCTTACAAGTGTGATCAGTGCGGGAAGGCTTACGGCCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103941 CGAGAGGCCTTACAAGTGTGATCAGTGCGGGAAGGCTTACGGCCGGAGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCCACCTCATCGCACACAAGAGAACGCACACCGGAGAGAGGCCCTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103991 GCCACCTCATCGCACACAAGAGAACGCACACCGGAGAGAGGCCCTACGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGTCACGACTGTGGGAAAGCTTTCCAGCACCCCTCCCACCTCAAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104041 TGTCACGACTGTGGGAAAGCTTTCCAGCACCCCTCCCACCTCAAAGAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CGTGAGGAATCACACGGGGGAGAAGCCCTACGCGTGCACGCAGTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104091 CGTGAGGAATCACACGGGGGAGAAGCCCTACGCGTGCACGCAGTGCGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AAGCCTTCCGCTGGAAGTCCAACTTTAATTTGCACAAGAAGAACCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104141 AAGCCTTCCGCTGGAAGTCCAACTTTAATTTGCACAAGAAGAACCACATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GTGGAGAAGACCTACGAATGTAAAGAATGCGGGAAATCCTTTGGCGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104191 GTGGAGAAGACCTACGAATGTAAAGAATGCGGGAAATCCTTTGGCGATCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CGTGTCCCGGAGGAAACACATGAGGATTCACATCGTCAAGAAACCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104241 CGTGTCCCGGAGGAAACACATGAGGATTCACATCGTCAAGAAACCCGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AATGTCGGCAGTGCGGGAAGACCTTCCGAAACCAGTCCATCCTTAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104291 AATGTCGGCAGTGCGGGAAGACCTTCCGAAACCAGTCCATCCTTAAGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CACATGAACTCTCACACTGGAGAGAAACCATACGGGTGCGATCTCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104341 CACATGAACTCTCACACTGGAGAGAAACCATACGGGTGCGATCTCTGCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GAAAGCTTTCAGCGCGAGTTCAAACCTCACCGCACACAGGAAGATACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104391 GAAAGCTTTCAGCGCGAGTTCAAACCTCACCGCACACAGGAAGATACACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CGCAAGAGAGACGCTACGAATGCGCCGCCTGCGGGAAAGTCTTCGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104441 CGCAAGAGAGACGCTACGAATGCGCCGCCTGCGGGAAAGTCTTCGGTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TATTTATCCCGGCGGAGGCACATGAGCGTTCACCTTGTAAAGAAACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104491 TATTTATCCCGGCGGAGGCACATGAGCGTTCACCTTGTAAAGAAACGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 TGAGTGTAGGCAGTGTGGCAAGGCCTTCAGGAACCAGTCAACGCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104541 TGAGTGTAGGCAGTGTGGCAAGGCCTTCAGGAACCAGTCAACGCTGAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CGCACATGCGAAGCCACACGGGGGAGAAACCGTACGAATGCGATCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104591 CGCACATGCGAAGCCACACGGGGGAGAAACCGTACGAATGCGATCACTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GGGAAGGCCTTCAGCATAGGCTCCAACCTGAATGTGCACAGGCGGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104641 GGGAAGGCCTTCAGCATAGGCTCCAACCTGAATGTGCACAGGCGGATCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CACCGGGGAGAAGCCCTACGAATGCCTTGTCTGCGGGAAAGCCTTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104691 CACCGGGGAGAAGCCCTACGAATGCCTTGTCTGCGGGAAAGCCTTCAGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 ACCACTCATCCCTCAGGAGCCACGTGAAAACTCACCGGGGAGAGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104741 ACCACTCATCCCTCAGGAGCCACGTGAAAACTCACCGGGGAGAGAAGCTC

   1800     .    :    .    :    .    :
   1756 TTTGTGTCATCCGTGTGGAAAAGGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 104791 TTTGTGTCATCCGTGTGGAAAAGGCTCCAG