seq1 = pF1KA1579.tfa, 2034 bp
seq2 = pF1KA1579/gi568815597f_64645270.tfa (gi568815597f:64645270_64930982), 285713 bp

>pF1KA1579 2034
>gi568815597f:64645270_64930982 (Chr1)

1-249  (99904-100152)   100% ->
250-316  (123387-123453)   100% ->
317-786  (132354-132823)   100% ->
787-978  (136111-136302)   100% ->
979-1105  (144119-144245)   99% ->
1106-1191  (157707-157792)   100% ->
1192-1257  (159504-159569)   100% ->
1258-1372  (159722-159836)   100% ->
1373-1641  (161937-162205)   100% ->
1642-1753  (167469-167580)   100% ->
1754-1890  (169435-169571)   100% ->
1891-2034  (185570-185713)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGGCGGGAGACGGCGGCGGCGAGGGGGGCGCGGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99904 ATGGCGGCGGCGGCGGGAGACGGCGGCGGCGAGGGGGGCGCGGGCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGCGGCGGGGCTGGGGCCGGGGCCGGGGCTGCGCGGGCAGGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99954 CAGCGCGGCGGGGCTGGGGCCGGGGCCGGGGCTGCGCGGGCAGGGCCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCCGAAGCGCACGAGGGCGCCCCGGACCCGATGCCCGCCGCGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100004 CAGCCGAAGCGCACGAGGGCGCCCCGGACCCGATGCCCGCCGCGCTGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTGAGGAGGTCGCCGCGCGACTGCAGCGGATGCAGCGGGAGCTGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100054 CCTGAGGAGGTCGCCGCGCGACTGCAGCGGATGCAGCGGGAGCTGAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCAGGAAAATCCTGGTGAAAAACCTGCCCCAGGACAGCAACTGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100104 CCGCAGGAAAATCCTGGTGAAAAACCTGCCCCAGGACAGCAACTGCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250         GAAGTTCATGATTTGTTAAAAGACTATGACTTAAAATATTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100154 TA...CAGGAAGTTCATGATTTGTTAAAAGACTATGACTTAAAATATTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATGTGGACAGAAATAAACGAACAG         CTTTTGTTACCTTATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123429 TATGTGGACAGAAATAAACGAACAGGTA...CAGCTTTTGTTACCTTATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAATGGGGAACAAGCCCAGAACGCAATTCAGATGTTTCATCAATATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132370 GAATGGGGAACAAGCCCAGAACGCAATTCAGATGTTTCATCAATATTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAGAGGAAAAGACTTAATAGTCCAGCTTCAGCCAACAGATGCTTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132420 TTAGAGGAAAAGACTTAATAGTCCAGCTTCAGCCAACAGATGCTTTGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTATTACCAACGTGCCCATTTCTTTTACATCAGAAGAGTTTGAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132470 TGTATTACCAACGTGCCCATTTCTTTTACATCAGAAGAGTTTGAAGAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTTCGTGCTTATGGAAATATTGAGAGATGTTTTCTGGTCTATAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132520 TGTTCGTGCTTATGGAAATATTGAGAGATGTTTTCTGGTCTATAGTGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTACTGGCCATTCCAAAGGCTATGGATTTGTGGAATACATGAAAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132570 TTACTGGCCATTCCAAAGGCTATGGATTTGTGGAATACATGAAAAAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTGCTGCAAAGGCTAGACTGGAGCTATTGGGTAGACAGTTGGGAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132620 TTTGCTGCAAAGGCTAGACTGGAGCTATTGGGTAGACAGTTGGGAGCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGCACTCTTTGCACAATGGATGGATGTTAATCTATTGGCTTCAGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132670 AGCACTCTTTGCACAATGGATGGATGTTAATCTATTGGCTTCAGAGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTCATTCTAAGTGCCTTTGTATTGATAAACTCCCCAGTGACTACAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132720 TTCATTCTAAGTGCCTTTGTATTGATAAACTCCCCAGTGACTACAGGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCAGAAGAGCTGTTGCAAATTTTTTCCAGTGTCCATAAACCTGTGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132770 TCAGAAGAGCTGTTGCAAATTTTTTCCAGTGTCCATAAACCTGTGTTTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCAG         CTTGCACAGGATGAAGGTAGTTACGTTGGTGGCTTTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132820 CCAGGTA...CAGCTTGCACAGGATGAAGGTAGTTACGTTGGTGGCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGTGGTTGAATATAGCACTGCGGAGCAGGCTGAAGAGGTCCAGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136148 CAGTGGTTGAATATAGCACTGCGGAGCAGGCTGAAGAGGTCCAGCAGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCAGACGGTATGACCATCAAGGGCAGCAAAGTCCAGGTTTCCTTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136198 GCAGACGGTATGACCATCAAGGGCAGCAAAGTCCAGGTTTCCTTCTGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TCCTGGAGCGCCAGGGCGAAGTACATTAGCAGCATTGATAGCGGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136248 TCCTGGAGCGCCAGGGCGAAGTACATTAGCAGCATTGATAGCGGCTCAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTGTG         ATGCACAGTAATCAAAAGGGCTTACTTCCAGAGCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136298 GTGTGGTA...CAGATGCACAGTAATCAAAAGGGCTTACTTCCAGAGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AATCCAGTACAAATTATGAAAAGTTTGAACAACCCTGCCATGTTGCAAGT
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 144155 AATCCAGTACAAATTATGAAAAGTTTAAACAACCCTGCCATGTTGCAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TCTTCTACAGCCCCAGTTATGTGGACGAGCTGTTAAACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 144205 TCTTCTACAGCCCCAGTTATGTGGACGAGCTGTTAAACCAGGTA...AAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCGTTCTTGGAACACCTCACAGCTTGCCACATCTGATGAATCCATCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157707 CCGTTCTTGGAACACCTCACAGCTTGCCACATCTGATGAATCCATCCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TCTCCTGCATTTTTACATTTGAATAAAGCACATCAG         AATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 157757 TCTCCTGCATTTTTACATTTGAATAAAGCACATCAGGTA...CAGAATCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TTCTCATATACCACTGGCACAACAACAATTAATGAAGTTTGAGAATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159509 TTCTCATATACCACTGGCACAACAACAATTAATGAAGTTTGAGAATATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATACTAATAAT         AAACCCGGCTTACTTGGAGAGCCCCCAGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 159559 ATACTAATAATGTA...TAGAAACCCGGCTTACTTGGAGAGCCCCCAGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTGGTACTTCAGACTGCACTAGGGATAGGGTCAGTGCTTCCATTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159752 GTGGTACTTCAGACTGCACTAGGGATAGGGTCAGTGCTTCCATTGAAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGAGTTGGGACATCATCATGGAGAAGCACATAAAA         CATCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 159802 GGAGTTGGGACATCATCATGGAGAAGCACATAAAAGTA...CAGCATCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCCTGATTCCAACTCAAACAACGATAACAGCTGGAATGGGCATGTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161943 GCCTGATTCCAACTCAAACAACGATAACAGCTGGAATGGGCATGTTACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TTCTTTCCAAATCAGCACATTGCTGGACAGGCTGGGCCAGGGCACAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161993 TTCTTTCCAAATCAGCACATTGCTGGACAGGCTGGGCCAGGGCACAGTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TACTCAGGAGAAACAGCCAGCCACGGTGGGAATGGCAGAAGGAAATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162043 TACTCAGGAGAAACAGCCAGCCACGGTGGGAATGGCAGAAGGAAATTTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CAGGGTCGCAGCCTTATCTTCAGAGCTTTCCAAACCTTGCTGCTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162093 CAGGGTCGCAGCCTTATCTTCAGAGCTTTCCAAACCTTGCTGCTGGAAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TTGCTGGTGGGACACCATAAGCAGCAGCAAAGCCAGCCAAAAGGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162143 TTGCTGGTGGGACACCATAAGCAGCAGCAAAGCCAGCCAAAAGGCACAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GATAAGTTCAGGG         GCTGCCTCTAAGAATCAAACTTCACTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 162193 GATAAGTTCAGGGGTA...TAGGCTGCCTCTAAGAATCAAACTTCACTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGGGAGAACCACCAAAAGAAATTCGGCTCAGTAAAAATCCATACTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167497 TGGGAGAACCACCAAAAGAAATTCGGCTCAGTAAAAATCCATACTTGAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TTGGCAAGTGTGTTGCCCAGTGTGTGCTTATCAT         CCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 167547 TTGGCAAGTGTGTTGCCCAGTGTGTGCTTATCATGTA...TAGCCCCTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AAGTAAAACCACTCTTCATAAGACTGGAATTGCAAGCAGCATTCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169442 AAGTAAAACCACTCTTCATAAGACTGGAATTGCAAGCAGCATTCTGGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CAATCTCTCAGGGAAGTGAATCACAACACGCATTGGAAAAGTGCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169492 CAATCTCTCAGGGAAGTGAATCACAACACGCATTGGAAAAGTGCATTGCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TATTCTCCACCTTTTGGTGATTATGCACAG         GTGTCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 169542 TATTCTCCACCTTTTGGTGATTATGCACAGGTA...TAGGTGTCATCTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 AAGAAATGAAAAGCGAGGCTCATCATATCTCATCTCTGCCCCAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185581 AAGAAATGAAAAGCGAGGCTCATCATATCTCATCTCTGCCCCAGAAGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GTTCAGTGGAATGTGTTGACCAGCATTCTCAGGGCACAGGAGCATATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185631 GTTCAGTGGAATGTGTTGACCAGCATTCTCAGGGCACAGGAGCATATTAC

   2100     .    :    .    :    .    :
   2002 ATGGAAACTTACTTAAAAAAGAAGCGAGTATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 185681 ATGGAAACTTACTTAAAAAAGAAGCGAGTATAC