seq1 = pF1KA1575.tfa, 3012 bp
seq2 = pF1KA1575/gi568815575r_39972344.tfa (gi568815575r:39972344_40177929), 205586 bp

>pF1KA1575 3012
>gi568815575r:39972344_40177929 (ChrX)

(complement)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-165  (101398-101476)   100% ->
166-3012  (102750-105596)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCTCAGCAACCCCCCTGTATGGGAACGTTCACAGCTGGATGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCTCAGCAACCCCCCTGTATGGGAACGTTCACAGCTGGATGAACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGAGGGTCCGCATGTGTGGGGCGAGCGAAGACAG         GAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 CGAGAGGGTCCGCATGTGTGGGGCGAGCGAAGACAGGTG...TAGGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTTGTAAATGATGGTGACGCTTCAAAAGCCAGACTGGAACTGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101403 TCCTTGTAAATGATGGTGACGCTTCAAAAGCCAGACTGGAACTGAGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAATCCCTTGAACCACAACGTG         GTGGATGCGAGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101453 GAGAATCCCTTGAACCACAACGTGGTA...AAGGTGGATGCGAGCACGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCATAGGATCGATGGCCTGGCAGCACTGAGCATGGACCGCACTGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102767 CCATAGGATCGATGGCCTGGCAGCACTGAGCATGGACCGCACTGGCCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCGGGAAGGGCTGCGGGTCCCGGGAAACATCGTCTATTCTAGCTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102817 TCCGGGAAGGGCTGCGGGTCCCGGGAAACATCGTCTATTCTAGCTTGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGACTGGGCTCAGAGAAAGGTCGGGAGGCTGCCACAAGCACTCTAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102867 GGACTGGGCTCAGAGAAAGGTCGGGAGGCTGCCACAAGCACTCTAGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTTGGGTTTTCTTCGGAAAGAAATCCAGAGATGCAGTTCAAACCGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102917 CCTTGGGTTTTCTTCGGAAAGAAATCCAGAGATGCAGTTCAAACCGAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACCCGAGACAGTGGAGGCTTCTGCCGTCTCTGGAAAACCCCCAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102967 CACCCGAGACAGTGGAGGCTTCTGCCGTCTCTGGAAAACCCCCAAATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCAGTGCTATATACAAAACACCGCCTGGAATACAAAAAAGTGCTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103017 TTCAGTGCTATATACAAAACACCGCCTGGAATACAAAAAAGTGCTGTAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACAGCAGAAGCGCTGGGCTTGGACAGGCCTGCCAGCGACAAACAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103067 CACAGCAGAAGCGCTGGGCTTGGACAGGCCTGCCAGCGACAAACAGAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTCTCAACATCAATGGTGCTAGTTATCTGCGGCTGCCCTGGGTCAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103117 CTCTCAACATCAATGGTGCTAGTTATCTGCGGCTGCCCTGGGTCAATCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACATGGAGGGTGCCACGCCAGCCATCTACCCTTTCCTCGACTCGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103167 TACATGGAGGGTGCCACGCCAGCCATCTACCCTTTCCTCGACTCGCCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAAGTATTCACTGAACATGTACAAGGCCTTGCTACCTCAGCAGTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103217 TAAGTATTCACTGAACATGTACAAGGCCTTGCTACCTCAGCAGTCCTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCTTGGCCCAGCCGCTGTATTCTCCAGTCTGCACCAATGGGGAGCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103267 GCTTGGCCCAGCCGCTGTATTCTCCAGTCTGCACCAATGGGGAGCGCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTCTACCTGCCGCCACCTCACTACGTCGGTCCCCACATCCCATCGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103317 CTCTACCTGCCGCCACCTCACTACGTCGGTCCCCACATCCCATCGTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGCATCACCCATGAGGCTCTCGACACCTTCGGCCTCCCCAGCCATCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103367 GGCATCACCCATGAGGCTCTCGACACCTTCGGCCTCCCCAGCCATCCCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTCTCGTCCATTGCGCAGACAAAAGCCTCCCGTGGAAGATGGGCGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103417 CTCTCGTCCATTGCGCAGACAAAAGCCTCCCGTGGAAGATGGGCGTCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCTGGGAATCCTGTTGATTCCCACGCCTATCCTCACATCCAGAACAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103467 CCTGGGAATCCTGTTGATTCCCACGCCTATCCTCACATCCAGAACAGTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCAGCCCAGGGTTCCCTCTGCCAAGGCGGTCACCAGTGGCCTGCCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103517 GCAGCCCAGGGTTCCCTCTGCCAAGGCGGTCACCAGTGGCCTGCCGGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACACAGCTCTCCTGTTGCCCCCCTCGCCTCGGCCGTCACCCCGAGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103567 ACACAGCTCTCCTGTTGCCCCCCTCGCCTCGGCCGTCACCCCGAGTCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTTCCCACCCAGCCTGCTGCAGACACCTACTCGGAGTTCCACAAGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103617 CTTCCCACCCAGCCTGCTGCAGACACCTACTCGGAGTTCCACAAGCACTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGCCAGGATCTCCACCTCTCCTTCAGTTGCCCTGTCAAAGCCATACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103667 TGCCAGGATCTCCACCTCTCCTTCAGTTGCCCTGTCAAAGCCATACATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CAGTTAGCAGCGAGTTCCCCGCGGCCAGGCTCTCCAATGGCAAGTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103717 CAGTTAGCAGCGAGTTCCCCGCGGCCAGGCTCTCCAATGGCAAGTATCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAGGCTCCGGAAGGGGGCGAAGGTGCCCAGCCAGTGCCCGGGCATGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103767 AAGGCTCCGGAAGGGGGCGAAGGTGCCCAGCCAGTGCCCGGGCATGCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GAAGACAGCGGTTCAAGACAGAAAAGACGGCAGCTCACCTCCTCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 103817 GAAGACAGCGGTTCAAGACAGAAAAGATGGCAGCTCACCTCCTCTGTTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGAAGCAGACCGTTACCAAAGACGTCACAGATAAGCCACTAGACTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103867 AGAAGCAGACCGTTACCAAAGACGTCACAGATAAGCCACTAGACTTGTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCTAAAGTGGTGGATGTAGATGCTTCCAAAGCTGACCACATGAAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103917 TCTAAAGTGGTGGATGTAGATGCTTCCAAAGCTGACCACATGAAAAAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GGCTCCCACGGTCCTGGTTCACAGCAGGGCTGGAAGTGGCTTAGTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103967 GGCTCCCACGGTCCTGGTTCACAGCAGGGCTGGAAGTGGCTTAGTGCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CCGGAAGTGAGATTCCGAAAGAAACACTATCTCCTCCAGGAAATGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104017 CCGGAAGTGAGATTCCGAAAGAAACACTATCTCCTCCAGGAAATGGTTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GCTATCTATAGATCTGAAATCATCAGCACTGCTCCCTCATCCTGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104067 GCTATCTATAGATCTGAAATCATCAGCACTGCTCCCTCATCCTGGGTGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GCCCGGGCCAAGTCCTAACGAAGAGAACAATGGCAAAAGCATGTCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104117 GCCCGGGCCAAGTCCTAACGAAGAGAACAATGGCAAAAGCATGTCGCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 AAAACAAGGCATTGGACTGGGCGATACCACAGCAGCGGAGTTCATCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104167 AAAACAAGGCATTGGACTGGGCGATACCACAGCAGCGGAGTTCATCATGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CCGCGCATGGGCGGCACCGATGCTGTCATCACTAACGTTTCAGGGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104217 CCGCGCATGGGCGGCACCGATGCTGTCATCACTAACGTTTCAGGGTCAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GTCGAGTGCAGGCCGCCCAGCCTCCGCATCACCCGCCCCCAATGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104267 GTCGAGTGCAGGCCGCCCAGCCTCCGCATCACCCGCCCCCAATGCCAATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CAGATGGCACCAAAACCAGCAGGAGCTCTGTAGAAACCACACCATCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104317 CAGATGGCACCAAAACCAGCAGGAGCTCTGTAGAAACCACACCATCCGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 ATTCAGCATGTGGGCCAGCCCCCGGCCACTCCTGCCAAGCACAGTAGCAG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104367 ATTCAGCACGTGGGCCAGCCCCCGGCCACTCCTGCCAAGCACAGTAGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 CACCAGCAGCAAGGGCGCCAAAGCCAGCAACCCAGAACCGAGTTTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104417 CACCAGCAGCAAGGGCGCCAAAGCCAGCAACCCAGAACCGAGTTTCAAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 CAAACGAGAACGGCCTTCCACCAAGCTCTATATTTCTGTCTCCAAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104467 CAAACGAGAACGGCCTTCCACCAAGCTCTATATTTCTGTCTCCAAATGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 GCATTCAGGTCCCCACCAATTCCCTACCCCAGGAGTTACCTCCCTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104517 GCATTCAGGTCCCCACCAATTCCCTACCCCAGGAGTTACCTCCCTTACCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 AGCCCCTGAGGGCATTGCTGTAAGTCCCCTCTCCTTACATGGCAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104567 AGCCCCTGAGGGCATTGCTGTAAGTCCCCTCTCCTTACATGGCAAAGGAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 CTGTCTACCCTCACCCAGTTTTGTTACCCAATGGCAGTCTGTTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104617 CTGTCTACCCTCACCCAGTTTTGTTACCCAATGGCAGTCTGTTTCCTGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 CACCTTGCCCCAAAGCCTGGGCTGCCCTATGGGCTTCCCACCGGCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104667 CACCTTGCCCCAAAGCCTGGGCTGCCCTATGGGCTTCCCACCGGCCGTCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 AGAGTTTGTGACCTACCAAGATGCCCTGGGGTTGGGCATGGTGCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104717 AGAGTTTGTGACCTACCAAGATGCCCTGGGGTTGGGCATGGTGCATCCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 TGTTGATACCACACACGCCCATAGAGATTACTAAAGAGGAGAAACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104767 TGTTGATACCACACACGCCCATAGAGATTACTAAAGAGGAGAAACCAGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 AGGAGATCCCGGTCCCATGAGAGAGCCCGTTACGAGGACCCAACCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104817 AGGAGATCCCGGTCCCATGAGAGAGCCCGTTACGAGGACCCAACCCTCCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 GAATCGGTTTTCCGAGATTTTGGAAACTAGCAGCACCAAGTTACATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104867 GAATCGGTTTTCCGAGATTTTGGAAACTAGCAGCACCAAGTTACATCCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 ATGTCCCCACCGACAAGAACCTAAAGCCGAACCCCAACTGGAATCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104917 ATGTCCCCACCGACAAGAACCTAAAGCCGAACCCCAACTGGAATCAAGGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 AAGACTGTTGTCAAAAGCGACAAGCTTGTCTACGTAGACCTTCTCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104967 AAGACTGTTGTCAAAAGCGACAAGCTTGTCTACGTAGACCTTCTCCGAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 AGAACCAGATGCTAAAACTGACACAAACGTGTCCAAACCCAGCTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105017 AGAACCAGATGCTAAAACTGACACAAACGTGTCCAAACCCAGCTTTGCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 CAGAGAGTGTTGGCCAGAGCGCTGAGCCCCCCAAGCCCTCAGTTGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105067 CAGAGAGTGTTGGCCAGAGCGCTGAGCCCCCCAAGCCCTCAGTTGAGCCG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 GCCCTGCAGCAGCACCGTGATTTCATCGCCCTGAGAGAGGAGTTGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105117 GCCCTGCAGCAGCACCGTGATTTCATCGCCCTGAGAGAGGAGTTGGGGCG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2583 CATCAGTGACTTCCACGAAACTTATACTTTCAAACAGCCAGTCTTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105167 CATCAGTGACTTCCACGAAACTTATACTTTCAAACAGCCAGTCTTCACCG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2633 TAAGCAAGGACAGTGTTCTGGCAGGTACCAACAAAGAGAACCTAGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105217 TAAGCAAGGACAGTGTTCTGGCAGGTACCAACAAAGAGAACCTAGGGTTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2683 CCAGTCTCGACTCCATTCCTGGAGCCACCTCTGGGGAGCGATGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105267 CCAGTCTCGACTCCATTCCTGGAGCCACCTCTGGGGAGCGATGGCCCTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2733 TGTAACTTTTGGTAAAACCCAAGAGGATCCCAAACCATTTTGTGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105317 TGTAACTTTTGGTAAAACCCAAGAGGATCCCAAACCATTTTGTGTGGGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2783 GTGCCCCACCAAGTGTGGATGTGACCCCCACCTATACCAAAGATGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105367 GTGCCCCACCAAGTGTGGATGTGACCCCCACCTATACCAAAGATGGAGCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2833 GATGAGGCTGAATCAAATGATGGCAAAGTTCTGAAACCGAAGCCATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105417 GATGAGGCTGAATCAAATGATGGCAAAGTTCTGAAACCGAAGCCATCTAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2883 GCTGGCAAAGAGAATCGCCAACTCAGCGGGTTACGTGGGTGACCGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105467 GCTGGCAAAGAGAATCGCCAACTCAGCGGGTTACGTGGGTGACCGATTCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2933 AATGTGTCACTACCGAACTGTATGCAGATTCCAGTCAGCTCAGCCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105517 AATGTGTCACTACCGAACTGTATGCAGATTCCAGTCAGCTCAGCCGGGAG

   3000     .    :    .    :    .    :
   2983 CAACGGGCATTGCAGGTGAGCCCCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 105567 CAACGGGCATTGCAGGTGAGCCCCCCCACC