seq1 = pF1KA1567.tfa, 2583 bp
seq2 = pF1KA1567/gi568815597f_35716881.tfa (gi568815597f:35716881_35953602), 236722 bp

>pF1KA1567 2583
>gi568815597f:35716881_35953602 (Chr1)

1-19  (91537-91555)   100% ->
20-185  (100002-100167)   100% ->
186-306  (105982-106102)   100% ->
307-488  (108433-108614)   100% ->
489-625  (108799-108935)   100% ->
626-760  (109046-109180)   100% ->
761-848  (109868-109955)   100% ->
849-996  (114547-114694)   100% ->
997-1116  (114932-115051)   100% ->
1117-1245  (115177-115305)   100% ->
1246-1379  (115557-115690)   100% ->
1380-1564  (117110-117294)   99% ->
1565-1724  (118954-119113)   100% ->
1725-2040  (124285-124600)   100% ->
2041-2175  (124736-124870)   100% ->
2176-2277  (133277-133378)   100% ->
2278-2477  (133974-134173)   100% ->
2478-2583  (136617-136722)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGCTGGGACCCG         GACCTCCGGCTAGCCTGTTTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  91537 ATGGAGGCGCTGGGACCCGGTG...TAGGACCTCCGGCTAGCCTGTTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCACCTCGTCGTCCTGGCCTTGGAACTGTTGGAAAACCAATTCGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 GCCACCTCGTCGTCCTGGCCTTGGAACTGTTGGAAAACCAATTCGACTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGCCAATCATTTTCAGGTTCAGATTCCTAAAATAGATGTGTATCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 TAGCCAATCATTTTCAGGTTCAGATTCCTAAAATAGATGTGTATCACTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGTGGATATTAAGCCTGAAAAACGGCCTCGTAGAGTCAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100124 GATGTGGATATTAAGCCTGAAAAACGGCCTCGTAGAGTCAACAGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GGAGGTAGTAGATACAATGGTGCGGCACTTCAAGATGCAAATATTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105979 AAGGGAGGTAGTAGATACAATGGTGCGGCACTTCAAGATGCAAATATTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGATCGGCAGCCTGGGTATGATGGCAAAAGAAACATGTACACAGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106029 GTGATCGGCAGCCTGGGTATGATGGCAAAAGAAACATGTACACAGCACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCACTACCAATTGGACGGGATAGG         GTTGATATGGAGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106079 CCACTACCAATTGGACGGGATAGGGTA...TAGGTTGATATGGAGGTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTTCCAGGCGAGGGTAAAGACCAAACATTTAAAGTGTCTGTTCAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108450 TCTTCCAGGCGAGGGTAAAGACCAAACATTTAAAGTGTCTGTTCAGTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTCAGTTGTGAGCCTTCAGTTGCTTTTAGAAGCTTTGGCTGGGCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108500 TGTCAGTTGTGAGCCTTCAGTTGCTTTTAGAAGCTTTGGCTGGGCACTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGAAGTCCCAGATGACTCAGTACAAGCACTTGATGTTATCACAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108550 AATGAAGTCCCAGATGACTCAGTACAAGCACTTGATGTTATCACAAGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTTCCCTCCATGAG         GTACACCCCAGTGGGCCGTTCCTTTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108600 CCTTCCCTCCATGAGGTT...CAGGTACACCCCAGTGGGCCGTTCCTTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTCACCCCCGGAAGGTTACTACCACCCTCTGGGAGGGGGCAGGGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108825 TCTCACCCCCGGAAGGTTACTACCACCCTCTGGGAGGGGGCAGGGAGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGTTTGGTTTTCATCAGTCTGTGAGACCTGCCATGTGGAATATGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108875 TGGTTTGGTTTTCATCAGTCTGTGAGACCTGCCATGTGGAATATGATGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACATTGATG         TATCTGCAACTGCTTTCTACCGGGCTCAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108925 CAACATTGATGGTA...TAGTATCTGCAACTGCTTTCTACCGGGCTCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTATCATTGAGTTCATGTGTGAGGTTTTAGACATTCAGAACATCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109076 CTATCATTGAGTTCATGTGTGAGGTTTTAGACATTCAGAACATCAATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGACCAAACCTCTAACAGACTCCCAGCGTGTCAAATTTACCAAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109126 CAGACCAAACCTCTAACAGACTCCCAGCGTGTCAAATTTACCAAAGAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGAG         GTCTCAAAGTTGAGGTGACCCACTGTGGACAGATGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109176 CAGAGGTA...CAGGTCTCAAAGTTGAGGTGACCCACTGTGGACAGATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AACGAAAATACCGAGTTTGTAATGTGACTAGACGGCCAGCCAGTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109904 AACGAAAATACCGAGTTTGTAATGTGACTAGACGGCCAGCCAGTCATCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AC         TTTTCCTTTGCAGCTAGAAAACGGTCAAGCTATGGAATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109954 ACGTA...TAGTTTTCCTTTGCAGCTAGAAAACGGTCAAGCTATGGAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TACAGTAGCTCAATATTTTAAGCAAAAGTATAGTCTGCAACTGAAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114586 TACAGTAGCTCAATATTTTAAGCAAAAGTATAGTCTGCAACTGAAATACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCCATCTTCCCTGTCTCCAAGTGGGACAAGAACAAAAGCATACATACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114636 CCCATCTTCCCTGTCTCCAAGTGGGACAAGAACAAAAGCATACATACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCACTCGAG         GTCTGTAATATAGTGGCAGGACAGCGATGTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 114686 CCACTCGAGGTA...CAGGTCTGTAATATAGTGGCAGGACAGCGATGTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAAGAAGCTCACAGACAATCAGACTTCCACAATGATCAAAGCTACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114964 CAAGAAGCTCACAGACAATCAGACTTCCACAATGATCAAAGCTACAGCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GATCTGCTCCTGACAGACAGGAAGAGATCAGTAGACTG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115014 GATCTGCTCCTGACAGACAGGAAGAGATCAGTAGACTGGTC...TAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGAGCAACAGTATGGTGGGTGGACCTGATCCATACCTTAAAGAATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115180 AAGAGCAACAGTATGGTGGGTGGACCTGATCCATACCTTAAAGAATTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TATTGTTGTCCACAATGAAATGACAGAGCTCACAGGCAGGGTACTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115230 TATTGTTGTCCACAATGAAATGACAGAGCTCACAGGCAGGGTACTTCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CACCAATGCTGCAATATGGAGGCCGG         AATAAAACAGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115280 CACCAATGCTGCAATATGGAGGCCGGGTA...AAGAATAAAACAGTAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACACCCAACCAGGGTGTCTGGGACATGCGAGGAAAGCAGTTTTATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115572 ACACCCAACCAGGGTGTCTGGGACATGCGAGGAAAGCAGTTTTATGCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CATTGAAATTAAAGTTTGGGCAGTTGCTTGTTTTGCACCTCAGAAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115622 CATTGAAATTAAAGTTTGGGCAGTTGCTTGTTTTGCACCTCAGAAACAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GTAGGGAAGATTTACTAAA         GAGTTTCACTGACCAGCTGCGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115672 GTAGGGAAGATTTACTAAAGTG...CAGGAGTTTCACTGACCAGCTGCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAAATCTCTAAGGATGCAGGAATGCCCATCCAGGGTCAGCCATGTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117132 AAAATCTCTAAGGATGCAGGAATGCCCATCCAGGGTCAGCCATGTTTCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAAGTATGCACAAGGTGCAGACAGTGTGGAGCCTATGTTCAAACATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 117182 CAAGTATGCACAAGGTGCAGACAGTGTGGAGCCTATGTTTAAACATCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAATGACTTATGTGGGCCTACAGCTAATAGTGGTTATCCTGCCTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117232 AAATGACTTATGTGGGCCTACAGCTAATAGTGGTTATCCTGCCTGGAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ACACCAGTATATG         CGGAGGTGAAACGTGTTGGAGATACCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117282 ACACCAGTATATGGTA...TAGCGGAGGTGAAACGTGTTGGAGATACCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TCTAGGTATGGCCACACAGTGTGTCCAGGTAAAAAATGTAGTGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118982 TCTAGGTATGGCCACACAGTGTGTCCAGGTAAAAAATGTAGTGAAGACCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CACCTCAAACCCTTTCCAATCTTTGCCTGAAGATAAATGCAAAACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119032 CACCTCAAACCCTTTCCAATCTTTGCCTGAAGATAAATGCAAAACTTGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGAATTAACAATGTGCTTGTGCCTCATCAAAG         GCCCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 119082 GGAATTAACAATGTGCTTGTGCCTCATCAAAGGTA...CAGGCCCTCGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GTTCCAGCAGCCTGTCATCTTCCTGGGAGCGGATGTCACACACCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124294 GTTCCAGCAGCCTGTCATCTTCCTGGGAGCGGATGTCACACACCCCCCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CAGGGGATGGGAAGAAACCTTCCATTGCTGCTGTGGTTGGCAGTATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124344 CAGGGGATGGGAAGAAACCTTCCATTGCTGCTGTGGTTGGCAGTATGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GGCCACCCCAGCCGGTACTGTGCCACCGTTCGGGTGCAGACTTCCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124394 GGCCACCCCAGCCGGTACTGTGCCACCGTTCGGGTGCAGACTTCCCGGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GGAGATCTCCCAAGAGCTCCTCTACAGTCAAGAGGTCATCCAGGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124444 GGAGATCTCCCAAGAGCTCCTCTACAGTCAAGAGGTCATCCAGGACCTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CTAACATGGTTCGAGAGCTGCTGATTCAGTTCTACAAATCCACACGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124494 CTAACATGGTTCGAGAGCTGCTGATTCAGTTCTACAAATCCACACGCTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AAACCCACTCGGATCATCTATTACCGTGGAGGGGTATCTGAGGGACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124544 AAACCCACTCGGATCATCTATTACCGTGGAGGGGTATCTGAGGGACAAAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GAAACAG         GTAGCTTGGCCAGAACTAATAGCAATTCGAAAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124594 GAAACAGGTA...TAGGTAGCTTGGCCAGAACTAATAGCAATTCGAAAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CATGTATTAGCTTGGAAGAAGATTACCGGCCAGGAATAACTTATATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124770 CATGTATTAGCTTGGAAGAAGATTACCGGCCAGGAATAACTTATATTGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GTGCAAAAAAGACATCACACACGACTCTTCTGTGCAGATAAAACAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124820 GTGCAAAAAAGACATCACACACGACTCTTCTGTGCAGATAAAACAGAAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 G         GTAGGGAAAAGTGGCAATGTACCAGCAGGCACTACAGTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124870 GGTA...TAGGTAGGGAAAAGTGGCAATGTACCAGCAGGCACTACAGTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 ATAGTACCATCACACATCCATCTGAGTTTGACTTTTACCTCTGTAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133317 ATAGTACCATCACACATCCATCTGAGTTTGACTTTTACCTCTGTAGTCAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 GCAGGAATTCAG         GGAACCAGCCGTCCCTCACATTACCAGGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 133367 GCAGGAATTCAGGTA...CAGGGAACCAGCCGTCCCTCACATTACCAGGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CTTGTGGGATGACAACTGCTTCACTGCAGATGAACTCCAGCTACTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134003 CTTGTGGGATGACAACTGCTTCACTGCAGATGAACTCCAGCTACTGACTT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 ACCAGCTGTGTCACACCTATGTGAGGTGCACTCGCTCAGTCTCTATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134053 ACCAGCTGTGTCACACCTATGTGAGGTGCACTCGCTCAGTCTCTATTCCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 GCCCCTGCATATTATGCCCGGCTTGTAGCATTTAGGGCAAGGTATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134103 GCCCCTGCATATTATGCCCGGCTTGTAGCATTTAGGGCAAGGTATCATCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 GGTGGATAAAGATCATGACAG         TGCGGAAGGCAGTCATGTGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 134153 GGTGGATAAAGATCATGACAGGCA...CAGTGCGGAAGGCAGTCATGTGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 CAGGACAGAGCAACGGCCGGGATCCTCAGGCCTTGGCTAAGGCTGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136637 CAGGACAGAGCAACGGCCGGGATCCTCAGGCCTTGGCTAAGGCTGTGCAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .
   2548 ATCCACCATGATACCCAGCACACGATGTATTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136687 ATCCACCATGATACCCAGCACACGATGTATTTTGCC