seq1 = pF1KA1539.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KA1539/gi568815589r_35005224.tfa (gi568815589r:35005224_35208274), 203051 bp

>pF1KA1539 1614
>gi568815589r:35005224_35208274 (Chr9)

(complement)

1-894  (100001-100894)   99% ->
895-953  (101384-101442)   100% ->
954-1059  (101632-101737)   100% ->
1060-1218  (101865-102023)   100% ->
1219-1287  (102266-102334)   100% ->
1288-1463  (102418-102593)   100% ->
1464-1614  (102901-103051)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCACGTGCAGGCGGAGCCGTCTCCATCCTCAGAGCCGGAGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCCACGTGCAGGCGGAGCCGTCTCCATCCTCAGAGCCGGAGGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTTCACAGCCTCCAGTCAGGCAGGGGGCCCTCCAGGGTGGCCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTTCACAGCCTCCAGTCAGGCAGGGGGCCCTCCAGGGTGGCCTGCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCTACAGCCCAGCAGGGGGGGCGACATCCCCCGGGGTCTACCAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGCTACAGCCCAGCAGGGGGGGCGACATCCCCCGGGGTCTACCAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCATCTTTTCCCCTCCGGCTGGTACCTCTGAGCCTCATAGGGCCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCATCTTTTCCCCTCCGGCTGGTACCTCTGAGCCTCATAGGGCCCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACGACAAGCCCCATCCACTGAGGGTCCCCGGGAGCTGAAGAGAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACGACAAGCCCCATCCACTGAGGGTCCCCGGGAGCTGAAGAGAGGCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCTGGGGGCCAGAGAGGGACTACCCCCTGAAGAACCATCTACTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCTGGGGGCCAGAGAGGGACTACCCCCTGAAGAACCATCTACTGTGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTTAGGCCCAGAGGGACCGGGGCTGGGACTAGGTGTGGCCAGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTTAGGCCCAGAGGGACCGGGGCTGGGACTAGGTGTGGCCAGCCAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTCTCCCACCGTGGCCTCTGTGTTGTGGAACAGAGAAGTAGTGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTCTCCCACCGTGGCCTCTGTGTTGTGGAACAGAGAAGTAGTGTCACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CATCTTGGACTTCAGGGGCCTGGAGTCCCCCCTGCCCCCCATCAAATGCT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CATCTTGGACTTCGGGGGCCTGGAGTCCCCCCTGCCCCCCATCAAATGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCTGCAATACTTTGCACACCAGAGACTGGGCCTCCCCAGATCCAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCTGCAATACTTTGCACACCAGAGACTGGGCCTCCCCAGATCCAGGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACAGGGGTCCCTGGGGGAGTCCCCAGGGCCAGCCCCTCCAGGCCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACAGGGGTCCCTGGGGGAGTCCCCAGGGCCAGCCCCTCCAGGCCAGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACACACTTGACACTGATTTGCACAGTCTTGCACAAATAGGGGGTAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACACACTTGACACTGATTTGCACAGTCTTGCACAAATAGGGGGTAAGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCAGTGGCTGGGGTGGGCAATGGGGGTAGCCTCTGGCCTAGGGAGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCAGTGGCTGGGGTGGGCAATGGGGGTAGCCTCTGGCCTAGGGAGTCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGGCACTGCCAATGGGCACAGTCCCGAGCACACACCCCCTGGCCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGGCACTGCCAATGGGCACAGTCCCGAGCACACACCCCCTGGCCCTGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCCAGGCCCCTGCCCCACCAAGCGAAGGCTGCTTCCTGCTGGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCCAGGCCCCTGCCCCACCAAGCGAAGGCTGCTTCCTGCTGGAGAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCAGATGTCAGCTCTGAGGAAGAGGGGCCAGCCCCTCGGAGGCGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCAGATGTCAGCTCTGAGGAAGAGGGGCCAGCCCCTCGGAGGCGCCGGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATCCCTGGGCCACCCTACTGCTGCCAACAGTTCTGATGCCAAAGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATCCCTGGGCCACCCTACTGCTGCCAACAGTTCTGATGCCAAAGCCACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCTTCTGGAGCCACCTGCTGCCTGGGCCCAAAGAGCCTGTTTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100851 CCTTCTGGAGCCACCTGCTGCCTGGGCCCAAAGAGCCTGTTTTGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895    GACCCAACAGACTGCGGTCCCATGGGGCGGAGGCTGAAAGGAGCCCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101381 TAGGACCCAACAGACTGCGGTCCCATGGGGCGGAGGCTGAAAGGAGCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCGCCTGAAGCT         GAGCCCCCTTCGAAGCCTCCGGAAGGGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101431 TCGCCTGAAGCTGTA...CAGGAGCCCCCTTCGAAGCCTCCGGAAGGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CAGGCCTGCTGAGCCCCCCCAGTGCCTCCCCTGTTCCTACCCCTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101661 CAGGCCTGCTGAGCCCCCCCAGTGCCTCCCCTGTTCCTACCCCTGCTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AGCCGTACCCTGCTGGGCAACTTTGAG         GAATCATTGCTGCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101711 AGCCGTACCCTGCTGGGCAACTTTGAGGTA...CAGGAATCATTGCTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AGGACGTTTTGCACCATCTGGCCACATTGAGGGCTTCACAGCAGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101879 AGGACGTTTTGCACCATCTGGCCACATTGAGGGCTTCACAGCAGAAATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GAGCTAGTGGGTCATACTGCCCCCAGCACGTCACGCTGCCTGTCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101929 GAGCTAGTGGGTCATACTGCCCCCAGCACGTCACGCTGCCTGTCACTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACATTCTTTGATGTTTCTGAGCAAAATGCCCCGGCTCCCTTCCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101979 ACATTCTTTGATGTTTCTGAGCAAAATGCCCCGGCTCCCTTCCTGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219     GGCATCGTGGATCTGAACCCCTTGGGGAGGAAGGGTTACAGCGTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102029 .CAGGGCATCGTGGATCTGAACCCCTTGGGGAGGAAGGGTTACAGCGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCAAGGTGGGCACCGTCCAAGTG         ACCTTATTTAACCCCAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102312 CCAAGGTGGGCACCGTCCAAGTGGTG...TAGACCTTATTTAACCCCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CAGACTGTGGTAAAGATGTTCCTTGTGACCTTTGACTTCTCGGACATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102436 CAGACTGTGGTAAAGATGTTCCTTGTGACCTTTGACTTCTCGGACATGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TGCTGCCCACATGACCTTCCTGCGCCATCGCCTCTTTTTGGTGCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102486 TGCTGCCCACATGACCTTCCTGCGCCATCGCCTCTTTTTGGTGCCTGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GTGAGGAGGGAAATGCTAACCCCACCCACCGCCTCCTCTGCTACTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102536 GTGAGGAGGGAAATGCTAACCCCACCCACCGCCTCCTCTGCTACTTGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CACCTCAG         GTTCCGGAGCTCCCGCTCAGGCCGCTTAAGCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102586 CACCTCAGGTG...CAGGTTCCGGAGCTCCCGCTCAGGCCGCTTAAGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GCATGGAGATATCCGCCTGCTTTTTTCCCGCCGGAGCCTGGAGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102934 GCATGGAGATATCCGCCTGCTTTTTTCCCGCCGGAGCCTGGAGCTGGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CAGGGCTCCCCTACGAACTGCAGGCTGTGACCGAGGCCCCTCATAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102984 CAGGGCTCCCCTACGAACTGCAGGCTGTGACCGAGGCCCCTCATAATCCA

   1650     .    :    .
   1597 CGTTATTCACCTTTGCCC
        ||||||||||||||||||
 103034 CGTTATTCACCTTTGCCC