seq1 = pF1KA1520.tfa, 2298 bp
seq2 = pF1KA1520/gi568815586r_122829914.tfa (gi568815586r:122829914_123060235), 230322 bp

>pF1KA1520 2298
>gi568815586r:122829914_123060235 (Chr12)

(complement)

1-601  (100001-100601)   100% ->
602-716  (109671-109785)   100% ->
717-847  (110318-110448)   100% ->
848-1053  (111407-111612)   100% ->
1054-1251  (114014-114211)   100% ->
1252-1380  (115717-115845)   100% ->
1381-1569  (119241-119429)   100% ->
1570-1743  (119952-120125)   100% ->
1744-1903  (124805-124964)   100% ->
1904-2040  (127908-128044)   100% ->
2041-2298  (130065-130322)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCTGTGGAAGGCGGTGGTGGTGACTTTGGCCTTCATGAGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCTGTGGAAGGCGGTGGTGGTGACTTTGGCCTTCATGAGTGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTGCGTGACCACGGCCATCTATGTCTTCAGCCACCTGGACCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTGCGTGACCACGGCCATCTATGTCTTCAGCCACCTGGACCGCAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGAGGACATCCGCCACTTCAACATCTTTGACTCGGTGCTGGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGAGGACATCCGCCACTTCAACATCTTTGACTCGGTGCTGGATCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGGCAGCCTGCCTGTACCGCAGCTGCCTGCTGCTGGGAGCCACCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGGCAGCCTGCCTGTACCGCAGCTGCCTGCTGCTGGGAGCCACCATTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTGGCCAAGAACAGTGCGCTGGGGCCCCGGCGGCTGCGGGCCTCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTGGCCAAGAACAGTGCGCTGGGGCCCCGGCGGCTGCGGGCCTCGTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTCATCACCCTCGTGTGCCTCTTCGTGGGCATCTATGCCATGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGTCATCACCCTCGTGTGCCTCTTCGTGGGCATCTATGCCATGGTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCTGCTCTTCTCAGAGGTGCGCAGGCCCATCCGGGACCCCTGGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCTGCTCTTCTCAGAGGTGCGCAGGCCCATCCGGGACCCCTGGTTTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCCTGTTCGTGTGGACGTACATTTCACTCGGCGCATCCTTCCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCCTGTTCGTGTGGACGTACATTTCACTCGGCGCATCCTTCCTGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGTGGCTGCTGTCCACCGTGCGGCCAGGCACCCAGGCCCTGGAGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGTGGCTGCTGTCCACCGTGCGGCCAGGCACCCAGGCCCTGGAGCCAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGGCCACCGAGGCTGAGGGCTTCCCTGGGAGCGGCCGGCCACCGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCGGCCACCGAGGCTGAGGGCTTCCCTGGGAGCGGCCGGCCACCGCCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCAGGCGTCTGGGGCCACGCTGCAGAAGCTGCTCTCCTACACCAAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCAGGCGTCTGGGGCCACGCTGCAGAAGCTGCTCTCCTACACCAAGCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGTGGCCTTCCTCGTGGCCGCCTCCTTCTTCCTCATCGTGGCAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGTGGCCTTCCTCGTGGCCGCCTCCTTCTTCCTCATCGTGGCAGCTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 G         GAGAGACCTTCCTGCCCTACTACACGGGCCGCGCCATTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTA...CAGGAGAGACCTTCCTGCCCTACTACACGGGCCGCGCCATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGGCATCGTCATCCAGAAAAGCATGGATCAGTTCAGCACGGCTGTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109711 TGGCATCGTCATCCAGAAAAGCATGGATCAGTTCAGCACGGCTGTCGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCGTGTGCCTGCTGGCCATTGGCAG         CTCATTTGCCGCAGGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109761 TCGTGTGCCTGCTGGCCATTGGCAGGTA...TAGCTCATTTGCCGCAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATTCGGGGCGGCATTTTTACCCTCATATTTGCCAGACTGAACATTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110334 ATTCGGGGCGGCATTTTTACCCTCATATTTGCCAGACTGAACATTCGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TCGAAACTGTCTCTTCCGCTCACTGGTGTCCCAGGAGACAAGCTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110384 TCGAAACTGTCTCTTCCGCTCACTGGTGTCCCAGGAGACAAGCTTCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATGAGAACCGCACAG         GGGACCTCATCTCCCGCCTGACCTCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110434 ATGAGAACCGCACAGGTT...CAGGGGACCTCATCTCCCGCCTGACCTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GACACCACCATGGTCAGCGACCTGGTCTCCCAGAACATCAATGTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111433 GACACCACCATGGTCAGCGACCTGGTCTCCCAGAACATCAATGTCTTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCGGAACACAGTCAAGGTCACGGGCGTGGTGGTCTTCATGTTCAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111483 GCGGAACACAGTCAAGGTCACGGGCGTGGTGGTCTTCATGTTCAGCCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CATGGCAGCTCTCCTTGGTCACCTTCATGGGCTTCCCCATCATCATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111533 CATGGCAGCTCTCCTTGGTCACCTTCATGGGCTTCCCCATCATCATGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTGTCCAACATCTACGGCAAGTACTACAAG         AGGCTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111583 GTGTCCAACATCTACGGCAAGTACTACAAGGTA...TAGAGGCTCTCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGAGGTCCAGAATGCCCTGGCCAGAGCGAGCAACACGGCGGAGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114025 AGAGGTCCAGAATGCCCTGGCCAGAGCGAGCAACACGGCGGAGGAGACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TCAGTGCCATGAAGACTGTCCGGAGCTTCGCCAATGAGGAGGAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114075 TCAGTGCCATGAAGACTGTCCGGAGCTTCGCCAATGAGGAGGAGGAGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GAGGTGTACCTGCGGAAGCTGCAGCAGGTGTACAAGCTGAACAGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114125 GAGGTGTACCTGCGGAAGCTGCAGCAGGTGTACAAGCTGAACAGGAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GGCAGCTGCCTACATGTACTACGTCTGGGGCAGCGGG         CTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114175 GGCAGCTGCCTACATGTACTACGTCTGGGGCAGCGGGGTA...CAGCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CACTGCTGGTGGTCCAGGTCAGCATCCTCTACTACGGGGGCCACCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115721 CACTGCTGGTGGTCCAGGTCAGCATCCTCTACTACGGGGGCCACCTTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ATCTCAGGCCAGATGACCAGCGGCAACCTCATCGCCTTCATCATCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115771 ATCTCAGGCCAGATGACCAGCGGCAACCTCATCGCCTTCATCATCTACGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GTTTGTCCTGGGAGATTGTATGGAG         TCCGTGGGCTCCGTCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115821 GTTTGTCCTGGGAGATTGTATGGAGGTG...CAGTCCGTGGGCTCCGTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ACAGTGGCCTGATGCAGGGAGTGGGGGCTGCTGAGAAGGTGTTCGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119257 ACAGTGGCCTGATGCAGGGAGTGGGGGCTGCTGAGAAGGTGTTCGAGTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 ATCGACCGGCAGCCGACCATGGTGCACGATGGCAGCTTGGCCCCCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119307 ATCGACCGGCAGCCGACCATGGTGCACGATGGCAGCTTGGCCCCCGACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CCTGGAGGGCCGGGTGGACTTTGAGAATGTGACCTTCACCTACCGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119357 CCTGGAGGGCCGGGTGGACTTTGAGAATGTGACCTTCACCTACCGCACTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GGCCCCACACCCAGGTCCTGCAG         AATGTCTCCTTCAGCCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 119407 GGCCCCACACCCAGGTCCTGCAGGTG...CAGAATGTCTCCTTCAGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TCCCCCGGCAAGGTGACGGCCCTGGTGGGGCCCTCGGGCAGTGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119970 TCCCCCGGCAAGGTGACGGCCCTGGTGGGGCCCTCGGGCAGTGGGAAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CTCCTGTGTCAACATCCTGGAGAACTTCTACCCCCTGGAGGGGGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120020 CTCCTGTGTCAACATCCTGGAGAACTTCTACCCCCTGGAGGGGGGCCGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TGCTGCTGGACGGCAAGCCCATCAGCGCCTACGACCACAAGTACTTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120070 TGCTGCTGGACGGCAAGCCCATCAGCGCCTACGACCACAAGTACTTGCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CGTGTG         ATCTCCCTGGTGAGCCAGGAGCCCGTGCTGTTCGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120120 CGTGTGGTA...CAGATCTCCCTGGTGAGCCAGGAGCCCGTGCTGTTCGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CCGCTCCATCACGGATAACATCTCCTACGGCCTGCCCACTGTGCCTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124840 CCGCTCCATCACGGATAACATCTCCTACGGCCTGCCCACTGTGCCTTTCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 AGATGGTGGTGGAGGCCGCACAGAAGGCCAATGCCCACGGCTTCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124890 AGATGGTGGTGGAGGCCGCACAGAAGGCCAATGCCCACGGCTTCATCATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GAACTCCAGGACGGCTACAGCACAG         AGACAGGGGAGAAGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124940 GAACTCCAGGACGGCTACAGCACAGGTG...CAGAGACAGGGGAGAAGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CGCCCAGCTGTCAGGTGGCCAGAAGCAGCGGGTGGCCATGGCCCGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127924 CGCCCAGCTGTCAGGTGGCCAGAAGCAGCGGGTGGCCATGGCCCGGGCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TGGTGCGGAACCCCCCAGTCCTCATCCTGGATGAAGCCACCAGCGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127974 TGGTGCGGAACCCCCCAGTCCTCATCCTGGATGAAGCCACCAGCGCTTTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GATGCCGAGAGCGAGTATCTG         ATCCAGCAGGCCATCCATGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 128024 GATGCCGAGAGCGAGTATCTGGTG...CAGATCCAGCAGGCCATCCATGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CAACCTGCAGAAGCACACGGTACTCATCATCGCGCACCGGCTGAGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130085 CAACCTGCAGAAGCACACGGTACTCATCATCGCGCACCGGCTGAGCACCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TGGAGCACGCGCACCTCATTGTGGTGCTGGACAAGGGCCGCGTAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130135 TGGAGCACGCGCACCTCATTGTGGTGCTGGACAAGGGCCGCGTAGTGCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 CAGGGCACCCACCAGCAGCTGCTGGCCCAGGGCGGCCTCTACGCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130185 CAGGGCACCCACCAGCAGCTGCTGGCCCAGGGCGGCCTCTACGCCAAGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 GGTGCAGCGGCAGATGCTGGGGCTTCAGCCCGCCGCAGACTTCACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130235 GGTGCAGCGGCAGATGCTGGGGCTTCAGCCCGCCGCAGACTTCACAGCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .
   2261 GCCACAACGAGCCTGTAGCCAACGGCAGTCACAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130285 GCCACAACGAGCCTGTAGCCAACGGCAGTCACAAGGCC