seq1 = pF1KA1496.tfa, 3084 bp
seq2 = pF1KA1496/gi568815595r_74164404.tfa (gi568815595r:74164404_74621112), 456709 bp

>pF1KA1496 3084
>gi568815595r:74164404_74621112 (Chr3)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-182  (121328-121454)   100% ->
183-358  (134482-134657)   100% ->
359-454  (196173-196268)   100% ->
455-658  (249714-249917)   100% ->
659-761  (251122-251224)   100% ->
762-946  (251740-251924)   100% ->
947-1083  (255411-255547)   100% ->
1084-1213  (256517-256646)   99% ->
1214-1364  (259073-259223)   100% ->
1365-1492  (284455-284582)   100% ->
1493-1668  (286203-286378)   100% ->
1669-1786  (318306-318423)   100% ->
1787-1945  (319308-319466)   100% ->
1946-2095  (319566-319715)   100% ->
2096-2166  (321175-321245)   100% ->
2167-2401  (322922-323156)   100% ->
2402-2517  (325877-325992)   99% ->
2518-2704  (335622-335808)   100% ->
2705-2817  (353735-353847)   100% ->
2818-2986  (354464-354632)   100% ->
2987-3084  (356612-356709)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTTTCCATGGAAACAGTTGATCCTGCTTTCATTCATTGGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTTTCCATGGAAACAGTTGATCCTGCTTTCATTCATTGGCTGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGAG         GTGAGCTTCTCTTACAAGGCCCTGTATTTATCAAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGAGGTA...TAGGTGAGCTTCTCTTACAAGGCCCTGTATTTATCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACCCAGCAACAGCATTTTCCCTGTTGGTTCAGAAGATAAAAAAATAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121364 AACCCAGCAACAGCATTTTCCCTGTTGGTTCAGAAGATAAAAAAATAACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGCATTGTGAAGCAAGAGGCAATCCATCACCTCATTACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121414 TTGCATTGTGAAGCAAGAGGCAATCCATCACCTCATTACAGGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATGGCAGCTGAATGGAAGTGATATTGATATGAGTATGGAACATCGTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134482 ATGGCAGCTGAATGGAAGTGATATTGATATGAGTATGGAACATCGTTATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTGAATGGAGGAAATCTTGTGGTTATTAATCCCAACAGAAATTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134532 AGTTGAATGGAGGAAATCTTGTGGTTATTAATCCCAACAGAAATTGGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGGAACTTACCAATGTTTTGCAACAAATTCACTTGGAACAATTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134582 ACAGGAACTTACCAATGTTTTGCAACAAATTCACTTGGAACAATTGTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGAGAAGCCAAACTTCAGTTTGCCT         ATCTTGAAAATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 134632 CAGAGAAGCCAAACTTCAGTTTGCCTGTA...CAGATCTTGAAAATTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAACCAAAATGAGGAGTACAGTGTCTGTGCGTGAAGGCCAGGGAGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196188 AAACCAAAATGAGGAGTACAGTGTCTGTGCGTGAAGGCCAGGGAGTTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCTCTGCGGCCCCCCACCACACTCTGGAG         AACTGTCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 196238 CTGCTCTGCGGCCCCCCACCACACTCTGGAGGTA...TAGAACTGTCATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCTTGGATCTTCAATGAATACCCATCGTTTGTTGAAGAAGATAGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249724 TGCTTGGATCTTCAATGAATACCCATCGTTTGTTGAAGAAGATAGTCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GATTTGTCTCCCAGGAGACAGGGCACCTCTACATATCTAAGGTGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249774 GATTTGTCTCCCAGGAGACAGGGCACCTCTACATATCTAAGGTGGAGCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTGATGTGGGAAATTACACATGTGTGGTGACAAGTATGGTGACAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249824 TCTGATGTGGGAAATTACACATGTGTGGTGACAAGTATGGTGACAAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCGAGTGCTGGGCTCTCCAACTCCTTTGGTGCTACGTTCTGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 249874 CCGAGTGCTGGGCTCTCCAACTCCTTTGGTGCTACGTTCTGATGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    GTGTGATGGGTGAATATGAACCTAAAATAGAAGTTCAGTTTCCAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251119 TAGGTGTGATGGGTGAATATGAACCTAAAATAGAAGTTCAGTTTCCAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTCTTCCAGCAGCTAAAGGTTCGACTGTGAAATTGGAATGTTTTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251169 ACTCTTCCAGCAGCTAAAGGTTCGACTGTGAAATTGGAATGTTTTGCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGAAA         TCCCATACCTCAGATTAATTGGAGAAGAAGTGATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251219 TGGAAAGTA...TAGTCCCATACCTCAGATTAATTGGAGAAGAAGTGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGCTGCCATTTTCCAGCAAAATTAAATTAAGGAAGTTCAGTGGTGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251775 GGCTGCCATTTTCCAGCAAAATTAAATTAAGGAAGTTCAGTGGTGTGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAATCCCCAACTTCCAACAGGAAGATGCAGGTTCCTATGAATGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251825 GAAATCCCCAACTTCCAACAGGAAGATGCAGGTTCCTATGAATGCATTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAGAATTCACGAGGAAAAAATGTTGCCAGAGGGCGTCTCACTTACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251875 TGAGAATTCACGAGGAAAAAATGTTGCCAGAGGGCGTCTCACTTACTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947          CAAAGCCCCATTGGGTTCAACTCATAAAGGATGTGGAAATA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251925 GTG...AAGCAAAGCCCCATTGGGTTCAACTCATAAAGGATGTGGAAATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCGTGGAGGACAGTCTTTATTGGGAATGCAGGGCAAGCGGCAAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255452 GCCGTGGAGGACAGTCTTTATTGGGAATGCAGGGCAAGCGGCAAGCCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCCTTCCTACCGATGGCTGAAAAATGGAGCAGCCCTGGTGCTAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 255502 GCCTTCCTACCGATGGCTGAAAAATGGAGCAGCCCTGGTGCTAGAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      GAGAGAACACAGATAGAAAATGGTGCCCTTACAATATCAAACCTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255552 ..TAGGAGAGAACACAGATAGAAAATGGTGCCCTTACAATATCAAACCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGTGTGACTGATTCTGGCATGTTCCAGTGCATAGCAGAAAACAAACATGG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 256562 AGTGTGACTGATTCTGGCATGTTCCAATGCATAGCAGAAAACAAACATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTTGTTTATTCCAGTGCTGAGCTCAAAGTTGTTG         CTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 256612 CCTTGTTTATTCCAGTGCTGAGCTCAAAGTTGTTGGTA...CAGCTTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTCCAGATTTTTCAAAGAATCCAATGAAGAAGTTGGTTCAGGTGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259079 CTCCAGATTTTTCAAAGAATCCAATGAAGAAGTTGGTTCAGGTGCAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGCAGCCTGGTCAGCTTGGATTGTAAACCCAGAGCCTCCCCAAGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259129 GGCAGCCTGGTCAGCTTGGATTGTAAACCCAGAGCCTCCCCAAGGGCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTCTTCCTGGAAGAAGGGGGATGTGAGCGTGCAGGAGCATGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 259179 CTCTTCCTGGAAGAAGGGGGATGTGAGCGTGCAGGAGCATGAAAGGTA..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365     AATTTCTTTGTTAAACGATGGAGGACTCAAAATAGCCAATGTGACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259229 .TAGAATTTCTTTGTTAAACGATGGAGGACTCAAAATAGCCAATGTGACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAAGCTGATGCTGGAACTTACACCTGCATGGCAGAAAACCAGTTTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284501 AAAGCTGATGCTGGAACTTACACCTGCATGGCAGAAAACCAGTTTGGGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGCAAATGGCACAACACATTTGGTTGTTACGG         AACCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 284551 AGCAAATGGCACAACACATTTGGTTGTTACGGGTA...TAGAACCAACAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GAATAACTTTGGCACCATCTAACATGGATGTTTCTGTTGGTGAAAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286212 GAATAACTTTGGCACCATCTAACATGGATGTTTCTGTTGGTGAAAGCGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ATATTGCCCTGCCAGGTACAACATGACCCGCTGTTAGACATCATCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286262 ATATTGCCCTGCCAGGTACAACATGACCCGCTGTTAGACATCATCTTTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CTGGTATTTCAATGGGGCCCTTGCAGATTTTAAGAAAGATGGATCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286312 CTGGTATTTCAATGGGGCCCTTGCAGATTTTAAGAAAGATGGATCTCACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TTGAGAAAGTTGGTGGG         AGTTCATCTGGTGATTTAATGATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 286362 TTGAGAAAGTTGGTGGGGTA...CAGAGTTCATCTGGTGATTTAATGATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGAAACATTCAGCTGAAACACAGTGGGAAATATGTTTGTATGGTGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318330 AGAAACATTCAGCTGAAACACAGTGGGAAATATGTTTGTATGGTGCAAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGGGGTGGACAGTGTTTCATCTGCTGCTGACCTCATAGTAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 318380 GGGGGTGGACAGTGTTTCATCTGCTGCTGACCTCATAGTAAGAGGTA...

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1787    GTTCACCTGGACCACCAGAAAATGTGAAGGTAGATGAAATTACAGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319305 TAGGTTCACCTGGACCACCAGAAAATGTGAAGGTAGATGAAATTACAGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ACAACAGCCCAACTCTCTTGGAAAGAAGGTAAAGACAACCATAGCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319355 ACAACAGCCCAACTCTCTTGGAAAGAAGGTAAAGACAACCATAGCCCAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TATATCCTATTCTATCCAGGCTCGGACACCTTTCTCCGTGGGTTGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319405 TATATCCTATTCTATCCAGGCTCGGACACCTTTCTCCGTGGGTTGGCAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CCGTCACAACAG         TGCCTGAGGTCATCGATGGGAAGACGCAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 319455 CCGTCACAACAGGTA...TAGTGCCTGAGGTCATCGATGGGAAGACGCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ACAGCCACTGTAGTTGAGTTAAACCCATGGGTGGAATATGAATTTCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319595 ACAGCCACTGTAGTTGAGTTAAACCCATGGGTGGAATATGAATTTCGGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TGTAGCCAGTAACAAAATTGGAGGTGGAGAACCAAGTTTACCCTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319645 TGTAGCCAGTAACAAAATTGGAGGTGGAGAACCAAGTTTACCCTCAGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AAGTAAGAACTGAAGAGGCAG         TTCCAGAAGTGCCTCCTTCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 319695 AAGTAAGAACTGAAGAGGCAGGTT...TAGTTCCAGAAGTGCCTCCTTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GAAGTCAATGGAGGAGGCGGAAGCCGGTCTGAACTTGTGATAACCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321195 GAAGTCAATGGAGGAGGCGGAAGCCGGTCTGAACTTGTGATAACCTGGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 T         CCAGTCCCTGAAGAACTACAGAATGGTGAAGGTTTTGGGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321245 TGTA...TAGCCAGTCCCTGAAGAACTACAGAATGGTGAAGGTTTTGGGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 ATGTTGTTGCTTTCCGCCCTCTTGGGGTTACCACCTGGATCCAGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322962 ATGTTGTTGCTTTCCGCCCTCTTGGGGTTACCACCTGGATCCAGACAGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GTGACATCCCCTGACACCCCAAGATATGTCTTTAGGAATGAAAGCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323012 GTGACATCCCCTGACACCCCAAGATATGTCTTTAGGAATGAAAGCATCGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GCCATATTCACCATATGAAGTTAAAGTGGGTGTTTATAATAACAAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323062 GCCATATTCACCATATGAAGTTAAAGTGGGTGTTTATAATAACAAAGGTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AAGGACCATTTAGCCCAGTGACAACAGTGTTCTCTGCAGAAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 323112 AAGGACCATTTAGCCCAGTGACAACAGTGTTCTCTGCAGAAGAAGGTA..

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402     AGCCTACAGTGGCCCCATCTCAAGTCTCTGCCAATAGCCTATCTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 323162 .CAGAGCCTACAGTGGCCCCATCTCAAGTCTCTGCAAATAGCCTATCTTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CTCAGAAATTGAGGTTTCATGGAACACCATTCCTTGGAAGTTGAGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325923 CTCAGAAATTGAGGTTTCATGGAACACCATTCCTTGGAAGTTGAGCAATG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 GACATTTACTGGGCTATGAG         GTGCGGTACTGGAATGGGGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 325973 GACATTTACTGGGCTATGAGGTA...CAGGTGCGGTACTGGAATGGGGGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 GGAAAGGAGGAATCATCCAGTAAGATGAAAGTGGCAGGAAATGAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335643 GGAAAGGAGGAATCATCCAGTAAGATGAAAGTGGCAGGAAATGAGACATC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 AGCCAGACTACGGGGCCTGAAGAGCAACCTGGCCTATTACACGGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335693 AGCCAGACTACGGGGCCTGAAGAGCAACCTGGCCTATTACACGGCTGTCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 GGGCTTACAACAGTGCCGGCGCTGGGCCTTTTAGCGCCACAGTTAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335743 GGGCTTACAACAGTGCCGGCGCTGGGCCTTTTAGCGCCACAGTTAATGTA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 ACCACCAAGAAAACGC         CTCCCAGTCAGCCACCAGGAAATGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 335793 ACCACCAAGAAAACGCGTA...AAGCTCCCAGTCAGCCACCAGGAAATGT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 TGTTTGGAATGCCACAGACACTAAAGTGTTACTTAATTGGGAGCAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353760 TGTTTGGAATGCCACAGACACTAAAGTGTTACTTAATTGGGAGCAAGTTA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2780 AAGCCATGGAGAATGAGTCAGAAGTAACAGGATATAAA         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 353810 AAGCCATGGAGAATGAGTCAGAAGTAACAGGATATAAAGTA...TAGGTT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2821 TTCTATAGGACTAGCAGTCAAAATAACGTACAAGTACTGAACACAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354467 TTCTATAGGACTAGCAGTCAAAATAACGTACAAGTACTGAACACAAATAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2871 AACTTCAGCTGAACTTGTGCTGCCCATTAAAGAGGACTACATTATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354517 AACTTCAGCTGAACTTGTGCTGCCCATTAAAGAGGACTACATTATTGAAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2921 TCAAGGCCACAACAGATGGAGGGGATGGGACCAGTAGTGAACAGATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354567 TCAAGGCCACAACAGATGGAGGGGATGGGACCAGTAGTGAACAGATCAGG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2971 ATTCCACGAATAACCA         GTATGGATGCAAGAGGATCCACTTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 354617 ATTCCACGAATAACCAGTA...CAGGTATGGATGCAAGAGGATCCACTTC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3012 AGCCATCTCGAATGTCCACCCTATGTCAAGTTATATGCCTATAGTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 356637 AGCCATCTCGAATGTCCACCCTATGTCAAGTTATATGCCTATAGTACTGT

   3250     .    :    .    :
   3062 TCTTAATTGTATATGTCCTGTGG
        |||||||||||||||||||||||
 356687 TCTTAATTGTATATGTCCTGTGG