seq1 = pF1KA1489.tfa, 1869 bp
seq2 = pF1KA1489/gi568815591r_32769348.tfa (gi568815591r:32769348_32979604), 210257 bp

>pF1KA1489 1869
>gi568815591r:32769348_32979604 (Chr7)

(complement)

1-170  (100001-100170)   100% ->
171-336  (104448-104613)   100% ->
337-1869  (108725-110257)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACTCAAGACGAGAGGCAGATCAATACTGAATATGCTGTGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACTCAAGACGAGAGGCAGATCAATACTGAATATGCTGTGTCATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTGGAACAGTTGAAACTGTTTTATGAACAGCAGTTGTTTACTGACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTGGAACAGTTGAAACTGTTTTATGAACAGCAGTTGTTTACTGACATAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTAATTGTTGAGGGCACTGAATTCCCTTGTCATAAGATGGTTCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTAATTGTTGAGGGCACTGAATTCCCTTGTCATAAGATGGTTCTTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACATGTAGCTCTTATTTCAG         GGCCATGTTTATGAGTGGACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100151 ACATGTAGCTCTTATTTCAGGTA...TAGGGCCATGTTTATGAGTGGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGTGAAAGCAAACAAACCCATGTACACCTGAGGAATGTCGATGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104469 AAGTGAAAGCAAACAAACCCATGTACACCTGAGGAATGTCGATGCTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTTACAGATAATAATAACTTATGCATACACGGGTAACTTGGCAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104519 CCTTACAGATAATAATAACTTATGCATACACGGGTAACTTGGCAATGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACAGCACTGTAGAACAGCTTTATGAAACAGCTTGCTTCCTACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104569 GACAGCACTGTAGAACAGCTTTATGAAACAGCTTGCTTCCTACAGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337     GTAGAAGATGTGTTACAACGTTGTCGAGAATATTTAATTAAAAAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104619 .TAGGTAGAAGATGTGTTACAACGTTGTCGAGAATATTTAATTAAAAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAAATGCAGAGAATTGTGTACGATTGTTGAGTTTTGCTGATCTCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108771 TAAATGCAGAGAATTGTGTACGATTGTTGAGTTTTGCTGATCTCTTCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTGAGGAATTAAAACAGAGTGCTAAAAGAATGGTGGAGCACAAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108821 TGTGAGGAATTAAAACAGAGTGCTAAAAGAATGGTGGAGCACAAGTTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGCTGTGTATCATCAGGACGCGTTCATGCAGCTGTCACATGACCTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108871 TGCTGTGTATCATCAGGACGCGTTCATGCAGCTGTCACATGACCTACTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAGATATTCTCAGTAGTGACAATTTAAATGTAGAAAAGGAAGAAACCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108921 TAGATATTCTCAGTAGTGACAATTTAAATGTAGAAAAGGAAGAAACCGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGAGAAGCTGCTATGCTGTGGCTAGAGTATAACACAGAATCACGATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108971 CGAGAAGCTGCTATGCTGTGGCTAGAGTATAACACAGAATCACGATCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTATTTGTCTTCTGTTCTTAGCCAAATCAGAATTGATGCACTTTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109021 GTATTTGTCTTCTGTTCTTAGCCAAATCAGAATTGATGCACTTTCAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TAACACAGAGAGCTTGGTTTCAAGGTCTGCCACCCAATGATAAGTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109071 TAACACAGAGAGCTTGGTTTCAAGGTCTGCCACCCAATGATAAGTCAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTGGTTCAAGGTCTGTATAAGTCCATGCCCAAGTTTTTCAAACCAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109121 GTGGTTCAAGGTCTGTATAAGTCCATGCCCAAGTTTTTCAAACCAAGACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGGGATGACTAAAGAGGAAATGATGATTTTCATTGAAGCATCTTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109171 TGGGATGACTAAAGAGGAAATGATGATTTTCATTGAAGCATCTTCAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATCCTTGTAGTCTTTACTCTTCTGTCTGTTACAGCCCCCAAGCAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109221 ATCCTTGTAGTCTTTACTCTTCTGTCTGTTACAGCCCCCAAGCAGAAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GTTTACAAGTTATGTAGCCCACCAGCTGATTTGCATAAGGTTGGGACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109271 GTTTACAAGTTATGTAGCCCACCAGCTGATTTGCATAAGGTTGGGACCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGTAACTCCTGATAATGATATCTACATAGCAGGGGGTCAAGTTCCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109321 TGTAACTCCTGATAATGATATCTACATAGCAGGGGGTCAAGTTCCTCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AAAACACAAAAACAAATCACAGTAAAACAAGCAAACTTCAGACTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109371 AAAACACAAAAACAAATCACAGTAAAACAAGCAAACTTCAGACTGCCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AGAACTGTGAATTGCTTTTATTGGTTTGATGCACAGCAAAATACCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109421 AGAACTGTGAATTGCTTTTATTGGTTTGATGCACAGCAAAATACCTGGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCCAAAGACCCCAATGCTTTTTGTCCGCATAAAGCCATCTTTGGTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109471 TCCAAAGACCCCAATGCTTTTTGTCCGCATAAAGCCATCTTTGGTTTGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTGAAGGCTATATCTATGCAATTGGAGGAGATAGCGTAGGTGGAGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109521 GTGAAGGCTATATCTATGCAATTGGAGGAGATAGCGTAGGTGGAGAACTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AATCGGAGGACCGTAGAAAGATACGACACTGAGAAAGATGAGTGGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109571 AATCGGAGGACCGTAGAAAGATACGACACTGAGAAAGATGAGTGGACGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGTAAGCCCTTTACCTTGTGCTTGGCAATGGAGTGCAGCAGTTGTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109621 GGTAAGCCCTTTACCTTGTGCTTGGCAATGGAGTGCAGCAGTTGTGGTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ATGACTGCATTTATGTGATGACACTGAACCTCATGTACTGTTATTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109671 ATGACTGCATTTATGTGATGACACTGAACCTCATGTACTGTTATTTTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AGGTCTGACTCATGGGTAGAAATGGCCATGAGACAGACTAGTAGGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109721 AGGTCTGACTCATGGGTAGAAATGGCCATGAGACAGACTAGTAGGTCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGCTTCAGCTGCAGCTTTTGGTGATAAAATTTTCTATATTGGAGGGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109771 TGCTTCAGCTGCAGCTTTTGGTGATAAAATTTTCTATATTGGAGGGTTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ATATTGCTACCAATTCCGGCATAAGACTCCCCTCTGGCACTGTAGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109821 ATATTGCTACCAATTCCGGCATAAGACTCCCCTCTGGCACTGTAGATGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TCTTCAGTAACTGTGGAAATTTATGATGTGAATAAAAATGAGTGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109871 TCTTCAGTAACTGTGGAAATTTATGATGTGAATAAAAATGAGTGGAAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GGCAGCCAACATCCCTGCTAAGAGGTACTCTGACCCCTGTGTTAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109921 GGCAGCCAACATCCCTGCTAAGAGGTACTCTGACCCCTGTGTTAGAGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TTGTGATCTCAAATTCTCTATGTGTGTTTATGCGAGAAACCCACTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109971 TTGTGATCTCAAATTCTCTATGTGTGTTTATGCGAGAAACCCACTTAAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GAGCGAGCTAAATATGTCACCTACCAATATGACCTGGAACTTGACCGGTG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110021 GAGCGAGCTAAATACGTCACCTACCAATATGACCTGGAACTTGACCGGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GTCTCTGCGGCAGCATATATCTGAACGTGTACTGTGGGACTTGGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110071 GTCTCTGCGGCAGCATATATCTGAACGTGTACTGTGGGACTTGGGGAGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 ATTTTCGATGCACTGTGGGGAAACTCTATCCATCCTGCCTTGAAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110121 ATTTTCGATGCACTGTGGGGAAACTCTATCCATCCTGCCTTGAAGAGTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 CCATGGAAACCACCAACTTATCTTTTTTCAACGGATGGGACAGAAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110171 CCATGGAAACCACCAACTTATCTTTTTTCAACGGATGGGACAGAAGAGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1833 TGAACTGGATGGAGAAATGGTTGCACTACCACCTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110221 TGAACTGGATGGAGAAATGGTTGCACTACCACCTGTA