seq1 = pF1KA1480.tfa, 2424 bp
seq2 = pF1KA1480/gi568815575f_71047750.tfa (gi568815575f:71047750_71270094), 222345 bp

>pF1KA1480 2424
>gi568815575f:71047750_71270094 (ChrX)

1-457  (100001-100457)   100% ->
458-607  (107465-107614)   100% ->
608-793  (116394-116579)   99% ->
794-1583  (119262-120051)   100% ->
1584-2424  (121505-122345)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTGCGGCTTGGCCCGCCCTCGCTGTCCCTGAGCCCCAAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCTGCGGCTTGGCCCGCCCTCGCTGTCCCTGAGCCCCAAGCCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTGGCAGGAGCCTGTGCCTCACCCTGTGGTTCCTCAGTTTGGCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTTGGCAGGAGCCTGTGCCTCACCCTGTGGTTCCTCAGTTTGGCGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCCAGTACCCAGGCCCCAGCACCCACAGTCAACACTCACTTTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCCAGTACCCAGGCCCCAGCACCCACAGTCAACACTCACTTTGGGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAAGGGGTGCCCGAGTACCACTGCCCAGTGAGATCCTGGGGCCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAAGGGGTGCCCGAGTACCACTGCCCAGTGAGATCCTGGGGCCTGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAATACCTGGGGGTGCCCTACGCAGCTCCCCCGATCGGCGAGAAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAATACCTGGGGGTGCCCTACGCAGCTCCCCCGATCGGCGAGAAACGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTGCCCCCTGAACCACCCCCATCCTGGTCGGGCATCCGGAACGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTGCCCCCTGAACCACCCCCATCCTGGTCGGGCATCCGGAACGCCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACTTTCCCCCAGTGTGCCCCCAGAACATCCACACAGCTGTGCCCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACTTTCCCCCAGTGTGCCCCCAGAACATCCACACAGCTGTGCCCGAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGCTGCCGGTCTGGTTCACTGCCAACTTGGATATCGTCGCTACTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGCTGCCGGTCTGGTTCACTGCCAACTTGGATATCGTCGCTACTTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCAGGAGCCCAACGAAGACTGTCTCTACCTGAACGTCTATGTGCCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCAGGAGCCCAACGAAGACTGTCTCTACCTGAACGTCTATGTGCCGACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGATG         ACATCCGGGACAGTGGTGCTAAACCCGTCATGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGGATGGTG...CAGACATCCGGGACAGTGGTGCTAAACCCGTCATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTACATCCACGGAGGCTCTTACATGGAAGGGACAGGCAACATGATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107499 CTACATCCACGGAGGCTCTTACATGGAAGGGACAGGCAACATGATTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCAGCATCCTCGCCAGTTATGGCAATGTCATCGTCATCACCCTCAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107549 GCAGCATCCTCGCCAGTTATGGCAATGTCATCGTCATCACCCTCAACTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGGGTTGGAGTGCTAG         GTTTCCTGAGTACTGGAGATCAGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107599 CGGGTTGGAGTGCTAGGTA...CAGGTTTCCTGAGTACTGGAGATCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGCCAAGGGCAACTATGGGCTCCTTGACCAGATCCAGGCCCTCCGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116419 TGCCAAGGGCAACTATGGGCTCCTTGACCAGATCCAGGCCCTCCGCTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGAGCGAGAATATTGCCTTCTTCGGGGGAGACCCCCGCCGGATCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116469 TGAGCGAGAATATTGCCTTCTTCGGGGGAGACCCCCGCCGGATCACTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTTGGCTCGGGCATTGGTGCATCCTGCGTCAGCCTCCTCACGTTGTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 116519 TTTGGCTCGGGCATTGGTGCATCCTGCGTCAGCCTCCTCACGTTGTCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TCACTCAGAGG         GACTTTTCCAGAGAGCCATCATCCAAAGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 116569 TCACTCAGAGGGTG...TAGGACTTTTCCAGAGAGCCATCATCCAAAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCTCTGCTCTGTCCAGCTGGGCTGTGAACTACCAACCAGTGAAGTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119292 GCTCTGCTCTGTCCAGCTGGGCTGTGAACTACCAACCAGTGAAGTACACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AGCCTGCTGGCAGACAAAGTGGGCTGTAATGTGCTGGACACCGTGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119342 AGCCTGCTGGCAGACAAAGTGGGCTGTAATGTGCTGGACACCGTGGATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGTGGACTGTCTTCGGCAAAAGAGTGCCAAGGAGCTGGTAGAGCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119392 GGTGGACTGTCTTCGGCAAAAGAGTGCCAAGGAGCTGGTAGAGCAGGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCCAGCCAGCCCGCTACCACGTGGCCTTTGGCCCTGTGATTGATGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119442 TCCAGCCAGCCCGCTACCACGTGGCCTTTGGCCCTGTGATTGATGGTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTCATTCCTGATGACCCTGAGATCCTCATGGAGCAGGGCGAGTTCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119492 GTCATTCCTGATGACCCTGAGATCCTCATGGAGCAGGGCGAGTTCCTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTATGACATCATGCTAGGTGTCAACCAGGGCGAGGGTCTCAAGTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119542 CTATGACATCATGCTAGGTGTCAACCAGGGCGAGGGTCTCAAGTTTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAGGGGTGGTGGACCCTGAGGATGGTGTCTCTGGCACTGACTTTGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119592 AAGGGGTGGTGGACCCTGAGGATGGTGTCTCTGGCACTGACTTTGACTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TCCGTCTCCAATTTTGTGGACAATCTGTATGGCTATCCTGAGGGTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119642 TCCGTCTCCAATTTTGTGGACAATCTGTATGGCTATCCTGAGGGTAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CACCCTGCGAGAGACCATCAAGTTCATGTATACAGACTGGGCAGACCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119692 CACCCTGCGAGAGACCATCAAGTTCATGTATACAGACTGGGCAGACCGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACAACCCTGAGACCCGCCGTAAAACACTGGTGGCACTCTTCACTGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119742 ACAACCCTGAGACCCGCCGTAAAACACTGGTGGCACTCTTCACTGACCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CAGTGGGTGGAGCCCTCAGTGGTGACAGCCGATCTGCATGCCCGCTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119792 CAGTGGGTGGAGCCCTCAGTGGTGACAGCCGATCTGCATGCCCGCTACGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTCGCCTACCTACTTCTACGCCTTCTATCATCACTGCCAGAGCCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119842 CTCGCCTACCTACTTCTACGCCTTCTATCATCACTGCCAGAGCCTCATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGCCTGCTTGGTCAGATGCAGCTCATGGGGATGAAGTACCCTATGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119892 AGCCTGCTTGGTCAGATGCAGCTCATGGGGATGAAGTACCCTATGTTTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GGGGTTCCTATGGTAGGCCCCACTGACCTTTTCCCCTGCAACTTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119942 GGGGTTCCTATGGTAGGCCCCACTGACCTTTTCCCCTGCAACTTCTCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GAATGATGTTATGCTCAGTGCTGTCGTCATGACCTATTGGACCAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119992 GAATGATGTTATGCTCAGTGCTGTCGTCATGACCTATTGGACCAACTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CCAAGACTGG         GGATCCCAACAAGCCGGTCCCCCAGGACACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120042 CCAAGACTGGGTA...CAGGGATCCCAACAAGCCGGTCCCCCAGGACACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 AAGTTCATTCACACCAAGGCCAACCGCTTTGAGGAAGTGGCCTGGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121536 AAGTTCATTCACACCAAGGCCAACCGCTTTGAGGAAGTGGCCTGGTCCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 ATACAATCCCCGAGACCAGCTCTACCTTCACATCGGGCTGAAACCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121586 ATACAATCCCCGAGACCAGCTCTACCTTCACATCGGGCTGAAACCAAGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TCCGAGATCATTACCGGGCCACTAAGGTGGCCTTTTGGAAACATCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121636 TCCGAGATCATTACCGGGCCACTAAGGTGGCCTTTTGGAAACATCTGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 CCCCACCTATACAACCTGCATGACATGTTCCACTATACGTCCACCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121686 CCCCACCTATACAACCTGCATGACATGTTCCACTATACGTCCACCACCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 CAAAGTGCCGCCTCCGGATACCACCCACAGCTCCCACATCACCCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121736 CAAAGTGCCGCCTCCGGATACCACCCACAGCTCCCACATCACCCGCAGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 CCAATGGCAAGACCTGGAGCACCAAGCGGCCAGCCATCTCACCTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121786 CCAATGGCAAGACCTGGAGCACCAAGCGGCCAGCCATCTCACCTGCCTAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 AGCAACGAGAATGCCCAGGGGTCCTGGAACGGGGACCAGGATGCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121836 AGCAACGAGAATGCCCAGGGGTCCTGGAACGGGGACCAGGATGCAGGGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 ACTCCTGGTGGAGAACCCTCGTGACTACTCCACTGAATTAAGTGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121886 ACTCCTGGTGGAGAACCCTCGTGACTACTCCACTGAATTAAGTGTCACCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 TCGCCGTGGGGGCCTCCCTCCTGTTCCTTAACGTTCTGGCCTTCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121936 TCGCCGTGGGGGCCTCCCTCCTGTTCCTTAACGTTCTGGCCTTCGCTGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 CTCTACTACCGTAAGGACAAACGGCGCCAGGAGCCCCTGCGGCAGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121986 CTCTACTACCGTAAGGACAAACGGCGCCAGGAGCCCCTGCGGCAGCCTAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 CCCTCAGCGGGGAGCCGGGGCCCCGGAGTTGGGAGCTGCTCCAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122036 CCCTCAGCGGGGAGCCGGGGCCCCGGAGTTGGGAGCTGCTCCAGAGGAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 AGCTGGCAGCATTACAACTGGGCCCCACCCACCACGAGTGTGAGGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122086 AGCTGGCAGCATTACAACTGGGCCCCACCCACCACGAGTGTGAGGCCGGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 CCCCCCCATGACACGCTGCGCCTCACTGCATTGCCCGACTACACCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122136 CCCCCCCATGACACGCTGCGCCTCACTGCATTGCCCGACTACACCCTGAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 CCTGCGGCGCTCCCCGGATGACATCCCACTCATGACCCCCAACACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122186 CCTGCGGCGCTCCCCGGATGACATCCCACTCATGACCCCCAACACCATCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2315 CTATGATCCCCAACTCCCTGGTAGGGCTGCAGACATTGCACCCCTATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122236 CTATGATCCCCAACTCCCTGGTAGGGCTGCAGACATTGCACCCCTATAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2365 ACCTTTGCCGCAGGGTTCAACAGTACCGGGCTGCCCCACTCACACTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122286 ACCTTTGCCGCAGGGTTCAACAGTACCGGGCTGCCCCACTCACACTCCAC

   2450     .    :
   2415 TACCCGGGTA
        ||||||||||
 122336 TACCCGGGTA