seq1 = pF1KA1478.tfa, 1896 bp
seq2 = pF1KA1478/gi568815586r_49890271.tfa (gi568815586r:49890271_50116715), 226445 bp

>pF1KA1478 1896
>gi568815586r:49890271_50116715 (Chr12)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-288  (110080-110282)   100% ->
289-425  (111324-111460)   100% ->
426-495  (112412-112481)   100% ->
496-549  (114416-114469)   100% ->
550-630  (115464-115544)   100% ->
631-748  (116983-117100)   100% ->
749-879  (117445-117575)   100% ->
880-1044  (119512-119676)   100% ->
1045-1140  (122207-122302)   100% ->
1141-1339  (122387-122585)   100% ->
1340-1445  (124061-124166)   100% ->
1446-1578  (124339-124471)   100% ->
1579-1714  (124583-124718)   100% ->
1715-1823  (125924-126032)   100% ->
1824-1896  (126373-126445)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATACTATGATGCTGAATGTGCGGAATCTGTTTGAGCAGCTTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATACTATGATGCTGAATGTGCGGAATCTGTTTGAGCAGCTTGTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGTGGAGATTCTCAGTGAAGGAAATGAAGTCC         AATTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CCGGGTGGAGATTCTCAGTGAAGGAAATGAAGTCCGTA...CAGAATTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGTTGGCGAAGGACTTTGAGGATTTCCGTAAAAAGTGGCAGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110086 TCCAGTTGGCGAAGGACTTTGAGGATTTCCGTAAAAAGTGGCAGAGGACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCATGAGCTGGGGAAATACAAGGATCTTTTGATGAAAGCAGAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110136 GACCATGAGCTGGGGAAATACAAGGATCTTTTGATGAAAGCAGAGACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGAAGTGCTCTGGATGTTAAGCTGAAGCATGCACGTAATCAGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110186 GCGAAGTGCTCTGGATGTTAAGCTGAAGCATGCACGTAATCAGGTGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAGAGATCAAACGGAGACAGAGAGCTGAGGCTGACTGCGAAAAGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110236 TAGAGATCAAACGGAGACAGAGAGCTGAGGCTGACTGCGAAAAGCTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       GAACGACAGATTCAGCTGATTCGAGAGATGCTCATGTGTGACAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110286 ...TAGGAACGACAGATTCAGCTGATTCGAGAGATGCTCATGTGTGACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCTGGCAGCATTCAACTAAGCGAGGAGCAAAAATCAGCTCTGGCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111368 ATCTGGCAGCATTCAACTAAGCGAGGAGCAAAAATCAGCTCTGGCTTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAACAGAGGCCAACCATCCAGCAGCAATGCTGGGAACAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111418 TCAACAGAGGCCAACCATCCAGCAGCAATGCTGGGAACAAAAGGTG...T

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426   ACTATCAACCATTGATGAATCTGGTTCCATTTTATCAGATATCAGCTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112410 AGACTATCAACCATTGATGAATCTGGTTCCATTTTATCAGATATCAGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGACAAGACTGATGAATCACTG         GATTGGGACTCTTCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112460 TGACAAGACTGATGAATCACTGGTA...CAGGATTGGGACTCTTCTTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAAGACTTTCAAACTGAAGAAGAGAGAAAAGAGG         CGCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114435 TGAAGACTTTCAAACTGAAGAAGAGAGAAAAGAGGGTA...TAGCGCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACTAGCCGACAGTTTGTTGATGGTCCCCCTGGACCTGTAAAGAAAACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115470 ACTAGCCGACAGTTTGTTGATGGTCCCCCTGGACCTGTAAAGAAAACTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCCATTGGCTCTGCAGTAGACCAG         GGGAATGAATCCATAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115520 TTCCATTGGCTCTGCAGTAGACCAGGTA...CAGGGGAATGAATCCATAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGCAAAAACTACAGTGACTGTTCCCAATGATGGCGGGCCCATCGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116999 TTGCAAAAACTACAGTGACTGTTCCCAATGATGGCGGGCCCATCGAAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGTCCACTATTGAGACTGTGCCATATTGGACCAGGAGCCGAAGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117049 GTGTCCACTATTGAGACTGTGCCATATTGGACCAGGAGCCGAAGGAAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AG         GTACTTTACAACCTTGGAACAGTGACTCCACCCTGAACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117099 AGGTC...TAGGTACTTTACAACCTTGGAACAGTGACTCCACCCTGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCAGGCAGCTGGAGCCAAGAACTGAGACAGACAGTGTGGGCACGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117484 GCAGGCAGCTGGAGCCAAGAACTGAGACAGACAGTGTGGGCACGCCACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGTAATGGAGGGATGCGCCTGCATGACTTTGTTTCTAAGACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117534 AGTAATGGAGGGATGCGCCTGCATGACTTTGTTTCTAAGACGGTA...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880  GTTATTAAACCTGAATCCTGTGTTCCATGTGGAAAGCGGATAAAATTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119511 GGTTATTAAACCTGAATCCTGTGTTCCATGTGGAAAGCGGATAAAATTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCAAATTATCTCTGAAGTGTCGAGACTGTCGTGTGGTCTCTCATCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119561 GCAAATTATCTCTGAAGTGTCGAGACTGTCGTGTGGTCTCTCATCCAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGTCGGGACCGCTGTCCCCTTCCCTGCATTCCTACCCTGATAGGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119611 TGTCGGGACCGCTGTCCCCTTCCCTGCATTCCTACCCTGATAGGAACACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTCAAGATTGGAGAG         GGAATGCTGGCAGACTTTGTGTCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119661 TGTCAAGATTGGAGAGGTA...CAGGGAATGCTGGCAGACTTTGTGTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGACTTCTCCAATGATCCCCTCCATTGTTGTGCATTGTGTAAATGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122232 AGACTTCTCCAATGATCCCCTCCATTGTTGTGCATTGTGTAAATGAGATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAGCAAAGAGGTCTGACTGAG         ACAGGCCTGTATAGGATCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 122282 GAGCAAAGAGGTCTGACTGAGGTA...TAGACAGGCCTGTATAGGATCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGGCTGTGACCGCACAGTAAAAGAGCTGAAAGAGAAATTCCTCAGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122407 TGGCTGTGACCGCACAGTAAAAGAGCTGAAAGAGAAATTCCTCAGAGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAACTGTACCCCTCCTCAGCAAAGTGGATGATATCCATGCTATCTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122457 AAACTGTACCCCTCCTCAGCAAAGTGGATGATATCCATGCTATCTGTAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTTCTAAAAGACTTTCTTCGAAACCTCAAAGAACCTCTTCTGACCTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122507 CTTCTAAAAGACTTTCTTCGAAACCTCAAAGAACCTCTTCTGACCTTTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTTAACAGAGCCTTTATGGAAGCAGCAG         AAATCACAGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122557 CCTTAACAGAGCCTTTATGGAAGCAGCAGGTA...CAGAAATCACAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAGACAACAGCATAGCTGCCATGTACCAAGCTGTTGGTGAACTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124073 AAGACAACAGCATAGCTGCCATGTACCAAGCTGTTGGTGAACTGCCCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCCAACAGGGACACATTAGCTTTCCTCATGATTCACTTGCAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 124123 GCCAACAGGGACACATTAGCTTTCCTCATGATTCACTTGCAGAGGTG...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1446    AGTGGCTCAGAGTCCACATACTAAAATGGATGTTGCCAATCTGGCTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124336 TAGAGTGGCTCAGAGTCCACATACTAAAATGGATGTTGCCAATCTGGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AAGTCTTTGGCCCTACAATAGTGGCCCATGCTGTGCCCAATCCAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124386 AAGTCTTTGGCCCTACAATAGTGGCCCATGCTGTGCCCAATCCAGACCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTGACAATGTTACAGGACATCAAGCGTCAACCCAAG         GTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 124436 GTGACAATGTTACAGGACATCAAGCGTCAACCCAAGGTA...TAGGTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGAGCGCCTGCTTTCCTTGCCTCTGGAGTATTGGAGTCAGTTCATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124588 TGAGCGCCTGCTTTCCTTGCCTCTGGAGTATTGGAGTCAGTTCATGATGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGGAGCAAGAGAACATTGACCCCCTACATGTCATTGAAAACTCAAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124638 TGGAGCAAGAGAACATTGACCCCCTACATGTCATTGAAAACTCAAATGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTTTCAACACCACAGACACCAGATATTAAAG         TGAGTTTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124688 TTTTCAACACCACAGACACCAGATATTAAAGGTA...AAGTGAGTTTACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGGACCTGTGACCACTCCTGAACATCAGCTTCTCAAGACTCCTTCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125934 GGGACCTGTGACCACTCCTGAACATCAGCTTCTCAAGACTCCTTCATCTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GTTCCCTGTCACAGAGAGTCCGTTCCACCCTCACCAAGAACACTCCTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 125984 GTTCCCTGTCACAGAGAGTCCGTTCCACCCTCACCAAGAACACTCCTAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824         ATTTGGGAGCAAAAGCAAGTCTGCCACTAACCTAGGACGACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126034 TA...TAGATTTGGGAGCAAAAGCAAGTCTGCCACTAACCTAGGACGACA

   2000     .    :    .    :    .    :
   1866 AGGCAACTTTTTTGCTTCTCCAATGCTCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 126415 AGGCAACTTTTTTGCTTCTCCAATGCTCAAG