seq1 = pF1KA1472.tfa, 1989 bp
seq2 = pF1KA1472/gi568815590r_109474909.tfa (gi568815590r:109474909_109742934), 268026 bp

>pF1KA1472 1989
>gi568815590r:109474909_109742934 (Chr8)

(complement)

1-24  (98276-98299)   100% ->
25-229  (100003-100207)   100% ->
230-427  (123896-124093)   100% ->
428-530  (156773-156875)   100% ->
531-734  (162933-163136)   100% ->
735-884  (164918-165067)   100% ->
885-1989  (166922-168026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCCCTCCGCGAGAGCAAG         AAGGAGCACAGAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  98276 ATGGGGCCCCTCCGCGAGAGCAAGGTA...GAGAAGGAGCACAGAGTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCATCATGACAAGGAGATTTCTCGAAGCCGAATTCCCCGGTTGATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 GCATCATGACAAGGAGATTTCTCGAAGCCGAATTCCCCGGTTGATTCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCCCCATATGCCCCAACAACAGCACAAAGTGTCCCCAGCCTCTGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 GGCCCCATATGCCCCAACAACAGCACAAAGTGTCCCCAGCCTCTGAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTTCTCTGAGGAAGAGAGCAGAGAGTTCAACCCCAGCAGCTCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 CCTTTCTCTGAGGAAGAGAGCAGAGAGTTCAACCCCAGCAGCTCTGGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCAGCGAGGACCGTTAGCAGCAACAGCTTCTGCTCAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100170 CTCAGCGAGGACCGTTAGCAGCAACAGCTTCTGCTCAGGTA...TAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACACAGGCTGTCCTAGCAGCCAGTCAGTGTCTCCTGTGAAGACACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123899 ACACAGGCTGTCCTAGCAGCCAGTCAGTGTCTCCTGTGAAGACACCCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGCTGGAAACAGCCCCATTGGCTTTTGCCCTGGAAGTGATGAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123949 GATGCTGGAAACAGCCCCATTGGCTTTTGCCCTGGAAGTGATGAAGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCAGAAAGAAATGCACGATTGGAATGGTTGGTGAAGGAAGCATTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123999 CACCAGAAAGAAATGCACGATTGGAATGGTTGGTGAAGGAAGCATTCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTCTCGATATAAGAAGGAATCAAAGTCAGGCCTTGTGAAACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 124049 CCTCTCGATATAAGAAGGAATCAAAGTCAGGCCTTGTGAAACCAGGTC..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428     GTAGTGAAGCTGATTTTAGCTCCTCGAGCAGCACAGGCAGCATTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124099 .CAGGTAGTGAAGCTGATTTTAGCTCCTCGAGCAGCACAGGCAGCATTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGCTCCTGAGGTCCATATGTCGACTGCGGGAAGCAAGCGGTCTTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156819 CGCTCCTGAGGTCCATATGTCGACTGCGGGAAGCAAGCGGTCTTCTTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CACGCAA         TCGAGGTCCTCATGGGCGGAGTAATGGAGCTTCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156869 CACGCAAGTA...CAGTCGAGGTCCTCATGGGCGGAGTAATGGAGCTTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCACACAAGCCTGGCAGCAGCCCATCATCCCCGCGGGAAAAGGACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162967 TCACACAAGCCTGGCAGCAGCCCATCATCCCCGCGGGAAAAGGACCTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTCCATGCTGTGCAGGAATCAGCTGAGCCCTGTCAATATCCATCCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163017 GTCCATGCTGTGCAGGAATCAGCTGAGCCCTGTCAATATCCATCCCAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGCACCTTCTTCCCCAAGCAGTAGCAACTCAGGCTCCTACAAAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163067 ATGCACCTTCTTCCCCAAGCAGTAGCAACTCAGGCTCCTACAAAGGAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACTGTAGCCCCATCATGAG         GCGTTCTGGAAGGTACATGTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 163117 GACTGTAGCCCCATCATGAGGTG...CAGGCGTTCTGGAAGGTACATGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTGCGGTGAAAATCATGGTGTCAGACCCCCAAACCCAGAGCAGTATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164939 TTGCGGTGAAAATCATGGTGTCAGACCCCCAAACCCAGAGCAGTATTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTCCACTGCAGCAGAAAGAGGTGACAGTGAGACACCTCAAAACCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164989 CTCCACTGCAGCAGAAAGAGGTGACAGTGAGACACCTCAAAACCAAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGGAATCTGAGCGCCGACTCCATGAAAG         GGAAAGTGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 165039 AAGGAATCTGAGCGCCGACTCCATGAAAGGTG...TAGGGAAAGTGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGTGGAGCTTAAGTCCCAGCTGGCCCGCATGCGAGAGGACTGGATTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166934 CGTGGAGCTTAAGTCCCAGCTGGCCCGCATGCGAGAGGACTGGATTGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGAGTGTCACCGGGTAGAGGCCCAGTTGGCACTCAAAGAAGCCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166984 AGGAGTGTCACCGGGTAGAGGCCCAGTTGGCACTCAAAGAAGCCAGGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGATTAAACAGCTCAAACAGGTCATCGAAACCATGCGGAGCAGCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167034 GAGATTAAACAGCTCAAACAGGTCATCGAAACCATGCGGAGCAGCTTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGATAAAGATAAAGGCATTCAGAAATATTTTGTGGACATAAACATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167084 TGATAAAGATAAAGGCATTCAGAAATATTTTGTGGACATAAACATCCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAAGAAGCTGGAGTCTCTCCTTCAGAGCATGGAGATGGCACACAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167134 ACAAGAAGCTGGAGTCTCTCCTTCAGAGCATGGAGATGGCACACAGTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TCTCTGAGGGACGAACTGTGCCTAGACTTTCCATGTGATTCCCCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167184 TCTCTGAGGGACGAACTGTGCCTAGACTTTCCATGTGATTCCCCAGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAGCTTAACCCTCAACCCCCCTCTTGACACAATGGCAGATGGGTTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167234 GAGCTTAACCCTCAACCCCCCTCTTGACACAATGGCAGATGGGTTATCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGGAAGAGCAGGTCACGGGGGAAGGGGCTGACAGGGAGCTACTGGTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167284 TGGAAGAGCAGGTCACGGGGGAAGGGGCTGACAGGGAGCTACTGGTAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GATAGCATAGCCAACAGCACAGATTTGTTCGATGAGATAGTGACAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167334 GATAGCATAGCCAACAGCACAGATTTGTTCGATGAGATAGTGACAGCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CACCACAGAATCTGGTGACCTGGAGCTTGTGCATTCCACCCCTGGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167384 CACCACAGAATCTGGTGACCTGGAGCTTGTGCATTCCACCCCTGGGGCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ACGTCCTGGAGCTGCTGCCCATAGTCATGGGTCAGGAGGAGGGCAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167434 ACGTCCTGGAGCTGCTGCCCATAGTCATGGGTCAGGAGGAGGGCAGTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GTGGTGGAGCGAGCCGTTCAGACCGACGTGGTGCCCTACAGCCCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167484 GTGGTGGAGCGAGCCGTTCAGACCGACGTGGTGCCCTACAGCCCAGCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CTCAGAGCTCATTCAGAGTGTGCTGCAGAAGCTCCAGGACCCCTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167534 CTCAGAGCTCATTCAGAGTGTGCTGCAGAAGCTCCAGGACCCCTGTCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CGAGCTTGGCGTCCCCTGATGAGTCTGAACCAGACTCGATGGAGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167584 CGAGCTTGGCGTCCCCTGATGAGTCTGAACCAGACTCGATGGAGAGCTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CCAGAGTCCCTCTCTGCCTTAGTGGTTGATTTAACTCCAAGAAATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167634 CCAGAGTCCCTCTCTGCCTTAGTGGTTGATTTAACTCCAAGAAATCCAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CTCAGCCATCCTTTTGTCTCCCGTGGAGACCCCCTACGCCAATGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167684 CTCAGCCATCCTTTTGTCTCCCGTGGAGACCCCCTACGCCAATGTGGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 CAGAAGTTCATGCAAACCGCCTCATGAGAGAGCTGGATTTTGCAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167734 CAGAAGTTCATGCAAACCGCCTCATGAGAGAGCTGGATTTTGCAGCCTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GTGGAAGAGAGGTTGGATGGTGTCATCCCACTGGCTCGCGGGGGCGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167784 GTGGAAGAGAGGTTGGATGGTGTCATCCCACTGGCTCGCGGGGGCGTCGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GAGGCAGTACTGGAGCAGCAGCTTCCTGGTGGATCTCCTGGCTGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167834 GAGGCAGTACTGGAGCAGCAGCTTCCTGGTGGATCTCCTGGCTGTGGCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 CCCCCGTGGTCCCCACGGTTCTGTGGGCATTCAGTACTCAGAGAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167884 CCCCCGTGGTCCCCACGGTTCTGTGGGCATTCAGTACTCAGAGAGGGGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 ACGGATCCTGTGTATAACATCGGGGCCTTGCTCAGGGGCTGTTGCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167934 ACGGATCCTGTGTATAACATCGGGGCCTTGCTCAGGGGCTGTTGCGTGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 TGCCCTGCATTCGCTCCGCCGCACCGCCTTCCGTATCAAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167984 TGCCCTGCATTCGCTCCGCCGCACCGCCTTCCGTATCAAAACC