seq1 = pF1KA1469.tfa, 1947 bp
seq2 = pF1KA1469/gi568815578r_14225560.tfa (gi568815578r:14225560_14427506), 201947 bp

>pF1KA1469 1947
>gi568815578r:14225560_14427506 (Chr20)

(complement)

1-1947  (100001-101947)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCAGCGCAGCCTGGAGCATCTTCCTCATCGGGACTAAAATTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCAGCGCAGCCTGGAGCATCTTCCTCATCGGGACTAAAATTGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCCTTCAAGTAGCACCTCTATCAGTTATGGCTAAATCCTGTCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCCTTCAAGTAGCACCTCTATCAGTTATGGCTAAATCCTGTCCATCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTGTCGCTGCGATGCGGGTTTCATTTACTGTAATGATCGCTTTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTGTCGCTGCGATGCGGGTTTCATTTACTGTAATGATCGCTTTCTGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCATTCCAACAGGAATACCAGAGGATGCTACAACTCTCTACCTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCATTCCAACAGGAATACCAGAGGATGCTACAACTCTCTACCTTCAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACCAAATAAATAATGCTGGGATTCCTTCAGATTTGAAAAACTTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACCAAATAAATAATGCTGGGATTCCTTCAGATTTGAAAAACTTGCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGTAGAAAGAATATACCTATACCACAACAGTTTAGATGAATTTCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAGTAGAAAGAATATACCTATACCACAACAGTTTAGATGAATTTCCTACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACCTCCCAAAGTATGTAAAAGAGTTACATTTGCAAGAAAATAACATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACCTCCCAAAGTATGTAAAAGAGTTACATTTGCAAGAAAATAACATAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACTATCACTTATGATTCACTTTCAAAAATTCCCTATCTGGAAGAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACTATCACTTATGATTCACTTTCAAAAATTCCCTATCTGGAAGAATTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATTTAGATGACAACTCTGTCTCTGCAGTTAGCATAGAAGAGGGAGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATTTAGATGACAACTCTGTCTCTGCAGTTAGCATAGAAGAGGGAGCATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGAGACAGCAACTATCTCCGACTGCTTTTCCTGTCCCGTAATCACCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGAGACAGCAACTATCTCCGACTGCTTTTCCTGTCCCGTAATCACCTTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACAATTCCCTGGGGTTTGCCCAGGACTATAGAAGAACTACGCTTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACAATTCCCTGGGGTTTGCCCAGGACTATAGAAGAACTACGCTTGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATAATCGCATATCCACTATTTCATCACCATCTCTTCAAGGTCTCACTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATAATCGCATATCCACTATTTCATCACCATCTCTTCAAGGTCTCACTAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTAAAACGCCTGGTTCTAGATGGAAACCTGTTGAACAATCATGGTTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTAAAACGCCTGGTTCTAGATGGAAACCTGTTGAACAATCATGGTTTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGACAAAGTTTTCTTCAACCTAGTTAATTTGACAGAGCTGTCCCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGACAAAGTTTTCTTCAACCTAGTTAATTTGACAGAGCTGTCCCTGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGAATTCCCTGACTGCTGCACCAGTAAACCTTCCAGGCACAAACCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAATTCCCTGACTGCTGCACCAGTAAACCTTCCAGGCACAAACCTGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGCTTTATCTTCAAGATAACCACATCAATCGGGTGCCCCCAAATGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGCTTTATCTTCAAGATAACCACATCAATCGGGTGCCCCCAAATGCTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCTTATCTAAGGCAGCTCTATCGACTGGATATGTCCAATAATAACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCTTATCTAAGGCAGCTCTATCGACTGGATATGTCCAATAATAACCTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTAATTTACCTCAGGGTATCTTTGATGATTTGGACAATATAACACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTAATTTACCTCAGGGTATCTTTGATGATTTGGACAATATAACACAACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATTCTTCGCAACAATCCCTGGTATTGCGGGTGCAAGATGAAATGGGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATTCTTCGCAACAATCCCTGGTATTGCGGGTGCAAGATGAAATGGGTACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGACTGGTTACAATCACTACCTGTGAAGGTCAACGTGCGTGGGCTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGACTGGTTACAATCACTACCTGTGAAGGTCAACGTGCGTGGGCTCATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCCAAGCCCCAGAAAAGGTTCGTGGGATGGCTATTAAGGATCTCAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCCAAGCCCCAGAAAAGGTTCGTGGGATGGCTATTAAGGATCTCAATGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAACTGTTTGATTGTAAGGACAGTGGGATTGTAAGCACCATTCAGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAACTGTTTGATTGTAAGGACAGTGGGATTGTAAGCACCATTCAGATAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CACTGCAATACCCAACACAGTGTATCCTGCCCAAGGACAGTGGCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CACTGCAATACCCAACACAGTGTATCCTGCCCAAGGACAGTGGCCAGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CAGTGACCAAACAGCCAGATATTAAGAACCCCAAGCTCACTAAGGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CAGTGACCAAACAGCCAGATATTAAGAACCCCAAGCTCACTAAGGATCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CAAACCACAGGGAGTCCCTCAAGAAAAACAATTACAATTACTGTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CAAACCACAGGGAGTCCCTCAAGAAAAACAATTACAATTACTGTGAAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TGTCACTTCTGATACCATTCATATCTCTTGGAAACTTGCTCTACCTATGA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TGTCACCTCTGATACCATTCATATCTCTTGGAAACTTGCTCTACCTATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CTGCTTTGAGACTCAGCTGGCTTAAACTGGGCCATAGCCCGGCATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTGCTTTGAGACTCAGCTGGCTTAAACTGGGCCATAGCCCGGCATTTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TCTATAACAGAAACAATTGTAACAGGGGAACGCAGTGAGTACTTGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TCTATAACAGAAACAATTGTAACAGGGGAACGCAGTGAGTACTTGGTCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AGCCCTGGAGCCTGATTCACCCTATAAAGTATGCATGGTTCCCATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 AGCCCTGGAGCCTGATTCACCCTATAAAGTATGCATGGTTCCCATGGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CCAGCAACCTCTACCTATTTGATGAAACTCCTGTTTGTATTGAGACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CCAGCAACCTCTACCTATTTGATGAAACTCCTGTTTGTATTGAGACTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 ACTGCACCCCTTCGAATGTACAACCCTACAACCACCCTCAATCGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 ACTGCACCCCTTCGAATGTACAACCCTACAACCACCCTCAATCGAGAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 AGAGAAAGAACCTTACAAAAACCCCAATTTACCTTTGGCTGCCATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 AGAGAAAGAACCTTACAAAAACCCCAATTTACCTTTGGCTGCCATCATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 GTGGGGCTGTGGCCCTGGTTACCATTGCCCTTCTTGCTTTAGTGTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 GTGGGGCTGTGGCCCTGGTTACCATTGCCCTTCTTGCTTTAGTGTGTTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 TATGTTCATAGGAATGGATCGCTCTTCTCAAGGAACTGTGCATATAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 TATGTTCATAGGAATGGATCGCTCTTCTCAAGGAACTGTGCATATAGCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 AGGGAGGAGAAGAAAGGATGACTATGCAGAAGCTGGCACTAAGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 AGGGAGGAGAAGAAAGGATGACTATGCAGAAGCTGGCACTAAGAAGGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ACTCTATCCTGGAAATCAGGGAAACTTCTTTTCAGATGTTACCAATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 ACTCTATCCTGGAAATCAGGGAAACTTCTTTTCAGATGTTACCAATAAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 AATGAACCCATCTCGAAGGAGGAGTTTGTAATACACACCATATTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 AATGAACCCATCTCGAAGGAGGAGTTTGTAATACACACCATATTTCCTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 TAATGGAATGAATCTGTACAAAAACAATCACAGTGAAAGCAGTAGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 TAATGGAATGAATCTGTACAAAAACAATCACAGTGAAAGCAGTAGTAACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1901 GAAGCTACAGAGACAGTGGTATTCCAGACTCAGATCACTCACACTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 GAAGCTACAGAGACAGTGGTATTCCAGACTCAGATCACTCACACTCA