seq1 = pF1KA1449.tfa, 2031 bp
seq2 = pF1KA1449/gi568815595f_38952026.tfa (gi568815595f:38952026_39194740), 242715 bp

>pF1KA1449 2031
>gi568815595f:38952026_39194740 (Chr3)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-189  (111025-111165)   100% ->
190-268  (113786-113864)   100% ->
269-351  (114523-114605)   100% ->
352-481  (114721-114850)   100% ->
482-570  (116746-116834)   100% ->
571-672  (117618-117719)   100% ->
673-897  (122701-122925)   100% ->
898-972  (125114-125188)   100% ->
973-1075  (126112-126214)   100% ->
1076-1173  (127686-127783)   100% ->
1174-1281  (132130-132237)   100% ->
1282-1378  (132620-132716)   100% ->
1379-1474  (133490-133585)   100% ->
1475-1580  (136103-136208)   100% ->
1581-1668  (137206-137293)   100% ->
1669-1745  (139600-139676)   100% ->
1746-1938  (141849-142041)   100% ->
1939-2031  (142623-142715)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCCATCACCGGCAGAACACAGCAGGGCGGAGGAAAGTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCGGCCCATCACCGGCAGAACACAGCAGGGCGGAGGAAAGTGCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GTTTCCTATGTTATTCGAGATGAAGTGGAGAAGTACAACCGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGGTTTCCTATGTTATTCGAGATGAAGTGGAGAAGTACAACCGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGAGTCAATGCTCTGCAGCTGGATCCAGCACTAAATAGACTTTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111068 ATGGAGTCAATGCTCTGCAGCTGGATCCAGCACTAAATAGACTTTTCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCGGTCGAGACTCTATCATAAGAATATGGAGTGTCAATCAGCACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111118 GCCGGTCGAGACTCTATCATAAGAATATGGAGTGTCAATCAGCACAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        CAAGATCCATATATAGCATCTATGGAACACCATACTGATTGGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111168 A...CAGCAAGATCCATATATAGCATCTATGGAACACCATACTGATTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAACGACATTGTACTCTGTTGTAATGGGAAAACAT         TAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113829 TAAACGACATTGTACTCTGTTGTAATGGGAAAACATGTA...TAGTAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCTGCTTCTTCTGACACGACAGTAAAAGTATGGAATGCACACAAGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114528 TCTGCTTCTTCTGACACGACAGTAAAAGTATGGAATGCACACAAGGGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTGCATGTCAACATTAAGGACACATAAG         GATTACGTAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114578 TTGCATGTCAACATTAAGGACACATAAGGTA...CAGGATTACGTAAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCTTAGCATATGCCAAGGATAAAGAACTAGTAGCATCAGCTGGGTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114734 CCTTAGCATATGCCAAGGATAAAGAACTAGTAGCATCAGCTGGGTTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGACAAATATTCCTTTGGGATGTGAATACTCTAACAGCATTGACTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114784 AGACAAATATTCCTTTGGGATGTGAATACTCTAACAGCATTGACTGCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAATAACACTGTCACAA         CTTCTTCTTTAAGTGGAAACAAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 114834 AAATAACACTGTCACAAGTA...TAGCTTCTTCTTTAAGTGGAAACAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATTCCATTTATAGCCTGGCCATGAATCAACTGGGAACAATCATTGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116770 ATTCCATTTATAGCCTGGCCATGAATCAACTGGGAACAATCATTGTATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGTCCACTGAAAAG         GTGTTACGGGTATGGGATCCAAGAAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116820 GGGTCCACTGAAAAGGTA...CAGGTGTTACGGGTATGGGATCCAAGAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATGTGCAAAACTAATGAAGCTTAAAGGGCACACGGATAATGTGAAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117644 ATGTGCAAAACTAATGAAGCTTAAAGGGCACACGGATAATGTGAAGGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCTATTAAACAGAGATGGCACGCAA         TGCCTGTCAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 117694 TGCTATTAAACAGAGATGGCACGCAAGTA...CAGTGCCTGTCAGGCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCTGATGGGACAATTCGCCTTTGGTCCCTTGGCCAGCAGAGATGTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122716 TCTGATGGGACAATTCGCCTTTGGTCCCTTGGCCAGCAGAGATGTATAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AACATACCGAGTCCATGATGAAGGTGTTTGGGCGCTGCAAGTCAATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122766 AACATACCGAGTCCATGATGAAGGTGTTTGGGCGCTGCAAGTCAATGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCTTCACACATGTGTATTCTGGTGGAAGGGACAGGAAGATTTATTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122816 CCTTCACACATGTGTATTCTGGTGGAAGGGACAGGAAGATTTATTGTACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACCTAAGAAACCCTGACATTCGGGTGCTAATTTGTGAAGAAAAAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122866 GACCTAAGAAACCCTGACATTCGGGTGCTAATTTGTGAAGAAAAAGCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTTCTCAAG         ATGGAGCTTGATAGATCAGCTGATCCTCCTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122916 AGTTCTCAAGGTA...CAGATGGAGCTTGATAGATCAGCTGATCCTCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGCAATTTGGGTTGCAACAACTAAGTCTACAGTAAATAAATGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 125145 CTGCAATTTGGGTTGCAACAACTAAGTCTACAGTAAATAAATGGGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973    ACTTTGAAAGGAATTCATAATTTTAGAGCCTCTGGAGATTATGACAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126109 TAGACTTTGAAAGGAATTCATAATTTTAGAGCCTCTGGAGATTATGACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGACTGTACAAATCCTATAACACCTCTTTGTACACAACCTGACCAGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126159 TGACTGTACAAATCCTATAACACCTCTTTGTACACAACCTGACCAGGTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTAAAG         GGGGTGCTAGTATTATTCAGTGCCACATTCTTAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126209 TTAAAGGTA...TAGGGGGTGCTAGTATTATTCAGTGCCACATTCTTAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GATAAGAGACATATATTAACCAAAGATACCAATAATAATGTGGCATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127721 GATAAGAGACATATATTAACCAAAGATACCAATAATAATGTGGCATATTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGATGTATTGAAG         GCATGTAAAGTTGAAGATCTGGGCAAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 127771 GGATGTATTGAAGGTG...TAGGCATGTAAAGTTGAAGATCTGGGCAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGGATTTTGAAGATGAAATTAAGAAAAGATTTAAAATGGTGTATGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132158 TGGATTTTGAAGATGAAATTAAGAAAAGATTTAAAATGGTGTATGTGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AATTGGTTCTCAGTAGACTTAAAAACAGGG         ATGTTAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 132208 AATTGGTTCTCAGTAGACTTAAAAACAGGGGTA...TAGATGTTAACTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TACTTTGGATGAAAGTGATTGTTTTGCTGCCTGGGTTTCTGCAAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132631 TACTTTGGATGAAAGTGATTGTTTTGCTGCCTGGGTTTCTGCAAAAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CTGGTTTCAGCAGCCCTGATGGGTCAGATCCAAAAT         TGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 132681 CTGGTTTCAGCAGCCCTGATGGGTCAGATCCAAAATGTG...CAGTGAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TTAGGAGGACTTTTACTCCAAGCACTCCTGGAATATTGGCCTAGAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133495 TTAGGAGGACTTTTACTCCAAGCACTCCTGGAATATTGGCCTAGAACACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGTGAATCCAATGGATGAAGAGGAAAATGAAGTAAACCATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 133545 TGTGAATCCAATGGATGAAGAGGAAAATGAAGTAAACCATGGTT...TAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TAAATGGGGAGCAGGAGAACCGAGTGCAGAAGGGAAATGGATATTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136103 TAAATGGGGAGCAGGAGAACCGAGTGCAGAAGGGAAATGGATATTTTCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GTGCCCCCACATACACCCGTGATCTTTGGTGAAGCTGGAGGTCGCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136153 GTGCCCCCACATACACCCGTGATCTTTGGTGAAGCTGGAGGTCGCACACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GTTCAG         GCTGCTCTGCCGAGATTCCGGGGGTGAGACTGAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136203 GTTCAGGTA...TAGGCTGCTCTGCCGAGATTCCGGGGGTGAGACTGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CTATGCTTCTTAATGAAACAGTGCCACAATGGGTAATTGACATCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137241 CTATGCTTCTTAATGAAACAGTGCCACAATGGGTAATTGACATCACTGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GAT         AAAAATATGCCCAAATTCAACAAAATTCCTTTCTACCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137291 GATGTA...CAGAAAAATATGCCCAAATTCAACAAAATTCCTTTCTACCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CCAACCTCATGCATCTTCAGGAGCAAAAACCTTAAAAAA         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139638 CCAACCTCATGCATCTTCAGGAGCAAAAACCTTAAAAAAGTA...CAGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 ATAGACTCTCTGCTAGTGACATGCTCCAAGTCCGAAAAGTTATGGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141851 ATAGACTCTCTGCTAGTGACATGCTCCAAGTCCGAAAAGTTATGGAACAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GTTTATGAAAAAATTATCAACTTGGATAATGAGTCTCAAACCACTAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141901 GTTTATGAAAAAATTATCAACTTGGATAATGAGTCTCAAACCACTAGCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 TTCTAATAATGAAAAACCAGGAGAACAGGAAAAAGAAGAAGATATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141951 TTCTAATAATGAAAAACCAGGAGAACAGGAAAAAGAAGAAGATATTGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 TGTTGGCAGAGGAGAAAATTGAACTTTTGTGCCAGGACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 142001 TGTTGGCAGAGGAGAAAATTGAACTTTTGTGCCAGGACCAGGTA...CAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GTTTTGGATCCAAATATGGACCTTCGAACAGTGAAACACTTCATATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142623 GTTTTGGATCCAAATATGGACCTTCGAACAGTGAAACACTTCATATGGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 GAGCGGTGGAGACCTCACCCTCCATTACCGTCAGAAGTCCACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142673 GAGCGGTGGAGACCTCACCCTCCATTACCGTCAGAAGTCCACG