seq1 = pF1KA1434.tfa, 2016 bp
seq2 = pF1KA1434/gi568815578r_5447664.tfa (gi568815578r:5447664_5704412), 256749 bp

>pF1KA1434 2016
>gi568815578r:5447664_5704412 (Chr20)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-146  (105592-105688)   100% ->
147-231  (111002-111086)   100% ->
232-307  (118144-118219)   100% ->
308-349  (120091-120132)   100% ->
350-473  (124282-124405)   100% ->
474-705  (125802-126033)   100% ->
706-868  (128435-128597)   100% ->
869-1001  (128868-129000)   100% ->
1002-1056  (130444-130498)   100% ->
1057-1149  (134174-134266)   100% ->
1150-1227  (136853-136930)   100% ->
1228-1267  (137641-137680)   100% ->
1268-1329  (139335-139396)   100% ->
1330-1395  (142883-142948)   100% ->
1396-1532  (144337-144473)   100% ->
1533-1668  (145594-145729)   100% ->
1669-1829  (146308-146468)   100% ->
1830-2016  (156563-156749)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACACCTTCTCAGGTTGCCTTTGAAATAAGAGGAACTCTTTTACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGACACCTTCTCAGGTTGCCTTTGAAATAAGAGGAACTCTTTTACCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GAGAAGTTTTTGCGATATGTGGAAGCTGTGATGCTTTGGGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...TAGGAGAAGTTTTTGCGATATGTGGAAGCTGTGATGCTTTGGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTGGAATCCTCAAAATGCTGTGGCTCTTCTTCCAGAGAATGACACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105634 ACTGGAATCCTCAAAATGCTGTGGCTCTTCTTCCAGAGAATGACACAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAAG         CATGCTATGGAAAGCAACCATTGTACTCAGTAGAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105684 GAAAGGTG...CAGCATGCTATGGAAAGCAACCATTGTACTCAGTAGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTATCAGTTCAGTATCGCTACTTCAAAGGGTACTTTTTAGAACCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111038 AGTATCAGTTCAGTATCGCTACTTCAAAGGGTACTTTTTAGAACCAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         ACTATCGGTGGTCCATGTCAAGTGATAGTTCACAAGTGGGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111088 TA...CAGACTATCGGTGGTCCATGTCAAGTGATAGTTCACAAGTGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACTCATCTACAACCACGATCAATAACCCCTTTAG         AAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118186 ACTCATCTACAACCACGATCAATAACCCCTTTAGGTA...TAGAAAGCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AATTATTATTGACGATGGACAATTTGGAATCCACA         ATGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120098 AATTATTATTGACGATGGACAATTTGGAATCCACAGTA...CAGATGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTGAAACTCTGGATTCTGGATGGCTGACATGTCAGACTGAAATAAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124288 TTGAAACTCTGGATTCTGGATGGCTGACATGTCAGACTGAAATAAGATTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CGTTTGCATTATTCTGAAAAACCTCCTGTGTCAATAACCAAGAAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124338 CGTTTGCATTATTCTGAAAAACCTCCTGTGTCAATAACCAAGAAAAAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAAAAAATCTAGATTTAG         GGTGAAGCTGACACTAGAAGGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 124388 AAAAAAATCTAGATTTAGGTA...TAGGGTGAAGCTGACACTAGAAGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGGAGGAAGATGACGATGATAGGGTATCTCCCACTGTACTCCACAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125825 TGGAGGAAGATGACGATGATAGGGTATCTCCCACTGTACTCCACAAAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCCAATAGCTTGGAGATATCCTTAATAAGCGACAATGAGTTCAAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125875 TCCAATAGCTTGGAGATATCCTTAATAAGCGACAATGAGTTCAAGTGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCATTCACAGCCGGAGTGTGGTTATGGCTTGCAGCCTGATCGTTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125925 GCATTCACAGCCGGAGTGTGGTTATGGCTTGCAGCCTGATCGTTGGACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGTACAGCATACAGACGATGGAACCAGATAACCTGGAACTAATCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125975 AGTACAGCATACAGACGATGGAACCAGATAACCTGGAACTAATCTTTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTTTTCGAA         GAAGATCTCAGTGAGCACGTAGTTCAGGGTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 126025 TTTTTCGAAGTG...CAGGAAGATCTCAGTGAGCACGTAGTTCAGGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCCCTTCCTGGACATGTGGGTACAGCTTGTCTCTTATCATCCACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128467 TGCCCTTCCTGGACATGTGGGTACAGCTTGTCTCTTATCATCCACCATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGAGAGTGGAAAGAGTGCTGGAATTCTTACTCTTCCCATCATGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128517 CTGAGAGTGGAAAGAGTGCTGGAATTCTTACTCTTCCCATCATGAGCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AATTCCCGGAAAACAATAGGCAAAGTGAGAG         TTGACTATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128567 AATTCCCGGAAAACAATAGGCAAAGTGAGAGGTA...AAGTTGACTATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AATTATTAAGCCATTACCAGGATACAGTTGTGACATGAAATCTTCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128878 AATTATTAAGCCATTACCAGGATACAGTTGTGACATGAAATCTTCATTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCAAGTATTGGAAGCCAAGAATACCATTGGATGTTGGCCATCGAGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128928 CCAAGTATTGGAAGCCAAGAATACCATTGGATGTTGGCCATCGAGGTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGAAACTCTACAACAACTGCCCA         GCTGGCTAAAGTTCAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 128978 GGAAACTCTACAACAACTGCCCAGTA...CAGGCTGGCTAAAGTTCAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAATACTATTGCTTCTTTAAGAAATGCTGCTAGTCAT         GGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 130462 AAATACTATTGCTTCTTTAAGAAATGCTGCTAGTCATGTA...CAGGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGCCTTTGTAGAATTTGACGTACACCTTTCAAAGGACTTTGTGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134178 CAGCCTTTGTAGAATTTGACGTACACCTTTCAAAGGACTTTGTGCCCGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTATATCATGATCTTACCTGTTGTTTGACTATGAAAAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 134228 GTATATCATGATCTTACCTGTTGTTTGACTATGAAAAAGGTA...TAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ATTTGATGCTGATCCAGTTGAATTATTTGAAATTCCAGTAAAAGAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136855 ATTTGATGCTGATCCAGTTGAATTATTTGAAATTCCAGTAAAAGAATTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CATTTGACCAACTCCAGTTGTTAAAG         CTCACTCATGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 136905 CATTTGACCAACTCCAGTTGTTAAAGGTA...TAGCTCACTCATGTGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GCACTGAAATCTAAGGATCGGAAAG         AATCTGTGGTTCAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 137656 GCACTGAAATCTAAGGATCGGAAAGGTA...CAGAATCTGTGGTTCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGAAAATTCCTTTTCAGAAAATCAGCCATTTCCTTCTCTTAAGATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 139351 GGAAAATTCCTTTTCAGAAAATCAGCCATTTCCTTCTCTTAAGATGGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1330      GTTTTAGAGTCTTTGCCAGAAGATGTAGGGTTTAACATTGAAATA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139401 ..TAGGTTTTAGAGTCTTTGCCAGAAGATGTAGGGTTTAACATTGAAATA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 AAATGGATCTGCCAGCAAAGG         GATGGAATGTGGGATGGTAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 142928 AAATGGATCTGCCAGCAAAGGGTA...TAGGATGGAATGTGGGATGGTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CTTATCAACATATTTTGACATGAATCTGTTTTTGGATATAATTTTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144357 CTTATCAACATATTTTGACATGAATCTGTTTTTGGATATAATTTTAAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 CTGTTTTAGAAAATTCTGGGAAGAGGAGAATAGTGTTTTCTTCATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144407 CTGTTTTAGAAAATTCTGGGAAGAGGAGAATAGTGTTTTCTTCATTTGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GCAGATATTTGCACAAT         GGTTCGGCAAAAGCAGAACAAATA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 144457 GCAGATATTTGCACAATGTG...CAGGGTTCGGCAAAAGCAGAACAAATA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 TCCGATACTATTTTTAACTCAAGGAAAATCTGAGATTTATCCTGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145618 TCCGATACTATTTTTAACTCAAGGAAAATCTGAGATTTATCCTGAACTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TGGACCTCAGATCTCGGACAACCCCCATTGCAATGAGCTTTGCACAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145668 TGGACCTCAGATCTCGGACAACCCCCATTGCAATGAGCTTTGCACAGTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GAAAATCTACTG         GGGATAAATGTACATACTGAAGACTTGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 145718 GAAAATCTACTGGTA...TAGGGGATAAATGTACATACTGAAGACTTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CAGAAACCCATCCTATATTCAAGAGGCAAAAGCTAAGGGACTAGTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146337 CAGAAACCCATCCTATATTCAAGAGGCAAAAGCTAAGGGACTAGTCATAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 TCTGCTGGGGTGATGATACCAATGATCCTGAAAACAGAAGGAAATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146387 TCTGCTGGGGTGATGATACCAATGATCCTGAAAACAGAAGGAAATTGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GAACTTGGAGTTAATGGTCTAATTTATGATAG         GATATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 146437 GAACTTGGAGTTAATGGTCTAATTTATGATAGGTA...TAGGATATATGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 TTGGATGCCTGAACAACCAAATATATTCCAAGTGGAGCAATTGGAACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156572 TTGGATGCCTGAACAACCAAATATATTCCAAGTGGAGCAATTGGAACGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TGAAGCAGGAATTGCCAGAGCTTAAGAGCTGTTTGTGTCCCACTGTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156622 TGAAGCAGGAATTGCCAGAGCTTAAGAGCTGTTTGTGTCCCACTGTTAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 CGCTTTGTTCCCTCATCTTTGTGTGGGGAGTCTGATATCCATGTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156672 CGCTTTGTTCCCTCATCTTTGTGTGGGGAGTCTGATATCCATGTGGATGC

   2150     .    :    .    :    .
   1989 CAACGGCATTGATAACGTGGAGAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 156722 CAACGGCATTGATAACGTGGAGAATGCT