seq1 = pF1KA1430.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KA1430/gi568815594r_185062801.tfa (gi568815594r:185062801_185291196), 228396 bp

>pF1KA1430 1596
>gi568815594r:185062801_185291196 (Chr4)

(complement)

1-1054  (100001-101054)   100% ->
1055-1320  (115146-115411)   99% ->
1321-1471  (127018-127168)   100% ->
1472-1596  (128272-128396)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCAGTTTGGAGATATATTAGAAGGTGAAGTGGACCATTCTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCAGTTTGGAGATATATTAGAAGGTGAAGTGGACCATTCTTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACAGTGACTTTGAAGAAGGAAAGAAATGTGAAACTAACTCAGTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACAGTGACTTTGAAGAAGGAAAGAAATGTGAAACTAACTCAGTTTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAGCAAAATGATGACCCAAAGGAAAGAATAGATAAAGATACAAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAAGCAAAATGATGACCCAAAGGAAAGAATAGATAAAGATACAAAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTAAATTCGAACACTGGAATGCAAACAACAGAAAATTATCTTACTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTAAATTCGAACACTGGAATGCAAACAACAGAAAATTATCTTACTGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGAAATGAAAGAAACGTGAAATTTCCCCCAGAACACCCCGTAGAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGAAATGAAAGAAACGTGAAATTTCCCCCAGAACACCCCGTAGAGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGTTACACAAACTGTAAGTTCTTTCTCATTGCCAGCCTCTTCAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGTTACACAAACTGTAAGTTCTTTCTCATTGCCAGCCTCTTCAAGATCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAAAATTGTGTGATGTTACAACAGGACTTAAAATACACGTGTCCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAAAATTGTGTGATGTTACAACAGGACTTAAAATACACGTGTCCATTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAATAGAATTCCCAAAATTGTAAAAGAAGGTGAAGATGATTACTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAATAGAATTCCCAAAATTGTAAAAGAAGGTGAAGATGATTACTACACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGGAGAGGAAAGCAGTGATGATGGGAAGAAATACCATGTGAAGTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGGAGAGGAAAGCAGTGATGATGGGAAGAAATACCATGTGAAGTCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCGCTAAACCATCTACTAACGTTAAAAAAAGCATAAGGAAAAAGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCGCTAAACCATCTACTAACGTTAAAAAAAGCATAAGGAAAAAGTATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAAGTTAGCTCCTCTTCCTCCTCCTCTTTATCTTCCTCATCTTCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAAAGTTAGCTCCTCTTCCTCCTCCTCTTTATCTTCCTCATCTTCAGGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGGTACAGATTGTTTAGATGCAGGGTCTGATAGCCATCTATCTGATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGGTACAGATTGTTTAGATGCAGGGTCTGATAGCCATCTATCTGATTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTCCGTCATCTAAGTCATCTAAGAAACATGTATCTGGTATAACCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTCCGTCATCTAAGTCATCTAAGAAACATGTATCTGGTATAACCCTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTCACCAAAACACAAGTATAAATCAGGAATAAAATCGACAGAAACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTCACCAAAACACAAGTATAAATCAGGAATAAAATCGACAGAAACACAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTTCAAGTACTACACCAAAATGTGGCCACTACCCTGAGGAGTCTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTTCAAGTACTACACCAAAATGTGGCCACTACCCTGAGGAGTCTGAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACTGTGACTGACGTAAGTCCCTTATCAACTCCAGACATTAGCCCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACTGTGACTGACGTAAGTCCCTTATCAACTCCAGACATTAGCCCTCTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTCTTTTGAACTGGGCATAGCAAATGATCAAAAAGTGAAAATTAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTCTTTTGAACTGGGCATAGCAAATGATCAAAAAGTGAAAATTAAAAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAGAAAATGTGAGCCAAGAAATATATGAAGATGTTGAGGATTTGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AAGAAAATGTGAGCCAAGAAATATATGAAGATGTTGAGGATTTGAAAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AATTCAAAATATTTGAAAGCAGCCAAAAAAGGGAAAGAAAAACATGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AATTCAAAATATTTGAAAGCAGCCAAAAAAGGGAAAGAAAAACATGAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGATGTCTCCTCAAAGTCGTCTTCAGTGTTAGACTCCAGTTTAGACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGATGTCTCCTCAAAGTCGTCTTCAGTGTTAGACTCCAGTTTAGACCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GACATAAACAGAAAGTCTTACATGACACAATGGATCTGAATCATCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GACATAAACAGAAAGTCTTACATGACACAATGGATCTGAATCATCTCTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAAG         CTTTTCTGCAATTAGATAAAAAAGGACCACAAAAACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAAGGTA...TAGCTTTTCTGCAATTAGATAAAAAAGGACCACAAAAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TCACTTTGATCAGCCTTCAGTAGCACCCGGGAAAAACTACTCTTTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115183 TCACTTTGATCAGCCTTCAGTAGCACCCGGGAAAAACTACTCTTTCACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GAGAAGAGGTGAGACAGATCGATCGGGAAAATCAGAGGCTTTTGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115233 GAGAAGAGGTGAGACAGATCGATCGGGAAAATCAGAGGCTTTTGAAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CTGTCAAGACAGGCGGAAAAGCCAGGAAGCAAAAGTACAATTCCTAGATC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 115283 CTGTCAAGACAGGCGGAAAAGCCGGGAAGCAAAAGTACAATTCCTAGATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GGCTGATCATCCCCCAAAGTTATATCACAGTGCTCTCAACAGACAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115333 GGCTGATCATCCCCCAAAGTTATATCACAGTGCTCTCAACAGACAGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AACAACAAAGGATTGAGAGAGAAAACTTG         GCTTTATTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115383 AACAACAAAGGATTGAGAGAGAAAACTTGGTA...AAGGCTTTATTGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AGGCTTGAGGCCGTGAAACCAACAGTTGGTATGAAACGTTCAGAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127030 AGGCTTGAGGCCGTGAAACCAACAGTTGGTATGAAACGTTCAGAACAACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GATGGACTATCATCGCAATATGGGCTATCTCAACTCATCACCATTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127080 GATGGACTATCATCGCAATATGGGCTATCTCAACTCATCACCATTGTCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 GACGGGCCAGATCCACTCTTGGCCAATATAGCCCATTAA         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 127130 GACGGGCCAGATCCACTCTTGGCCAATATAGCCCATTAAGTA...CAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GCTTCCAGGACATCCAGTGCTACGAGTGGTCTCAGTTGTAGGAGTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128274 GCTTCCAGGACATCCAGTGCTACGAGTGGTCTCAGTTGTAGGAGTGAGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 ATCAGCGGTTGACCCCTCCAGTGGCCACCCTCGAAGAAGACCTAAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128324 ATCAGCGGTTGACCCCTCCAGTGGCCACCCTCGAAGAAGACCTAAACCCC

   1600     .    :    .    :
   1574 CTAATGTCCGTACAGCTTGGTTA
        |||||||||||||||||||||||
 128374 CTAATGTCCGTACAGCTTGGTTA