seq1 = pF1KA1428.tfa, 2127 bp
seq2 = pF1KA1428/gi568815595f_57127884.tfa (gi568815595f:57127884_57369684), 241801 bp

>pF1KA1428 2127
>gi568815595f:57127884_57369684 (Chr3)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-153  (107683-107781)   100% ->
154-213  (109609-109668)   100% ->
214-285  (110162-110233)   100% ->
286-373  (112582-112669)   100% ->
374-415  (114218-114259)   100% ->
416-474  (114973-115031)   98% ->
475-621  (118193-118339)   100% ->
622-704  (119512-119594)   100% ->
705-863  (120310-120468)   100% ->
864-1052  (121477-121665)   100% ->
1053-1095  (124386-124428)   100% ->
1096-1152  (125799-125855)   100% ->
1153-1247  (129074-129168)   100% ->
1248-1430  (129363-129545)   100% ->
1431-1483  (131145-131197)   100% ->
1484-1658  (131962-132136)   100% ->
1659-1695  (132234-132270)   100% ->
1696-1842  (132745-132891)   100% ->
1843-1893  (139859-139909)   100% ->
1894-1983  (140515-140604)   100% ->
1984-2127  (141658-141801)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGGGATCGACAAGCTGCCCATCGAGGAGACGCTGGAGGACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGGGATCGACAAGCTGCCCATCGAGGAGACGCTGGAGGACAGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAG         ACAAGGTCTTTACTAGGTGTATTTGAAGAAGATGCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGTG...CAGACAAGGTCTTTACTAGGTGTATTTGAAGAAGATGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCTATTTCCAACTATATGAACCAGTTGTATCAAGCTATGCATCGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107720 CAGCTATTTCCAACTATATGAACCAGTTGTATCAAGCTATGCATCGGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGATGCACAG         AATGAATTAAGTGCAGCAACACACCTGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107770 TATGATGCACAGGTA...TAGAATGAATTAAGTGCAGCAACACACCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCAAAACTTTTAAAAGAATATGAAAAACAG         CGTTTTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109638 CTCAAAACTTTTAAAAGAATATGAAAAACAGGTA...CAGCGTTTTCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGGGAGGTGATGATGAAGTTATGAGCTCTACATTGCAACAGTTTTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110172 TGGGAGGTGATGATGAAGTTATGAGCTCTACATTGCAACAGTTTTCAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTTATAGATGAG         CTTAGCTCTTGTCATGCAGTGCTTTCAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110222 GTTATAGATGAGGTA...TAGCTTAGCTCTTGTCATGCAGTGCTTTCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TCAACTTGCTGATGCCATGATGTTCCCCATTACCCAGTTTAAAGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112611 TCAACTTGCTGATGCCATGATGTTCCCCATTACCCAGTTTAAAGAAAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCTGAAAG         AAATACTAACATTAAAGGAAGTATTTCAGATT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112661 ATCTGAAAGGTA...CAGAAATACTAACATTAAAGGAAGTATTTCAGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCAAGTAATG         ATCATGATGCCGCGATTAATAGATATAGCCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||| ||||||||||||||||||||
 114250 GCAAGTAATGGTA...CAGATCATGATGCTGCGATTAATAGATATAGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TTTATCAAAAAAAAGAGAAAATGACAAG         GTGAAGTATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115004 TTTATCAAAAAAAAGAGAAAATGACAAGGTG...AAGGTGAAGTATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TAACAGAAGATGTGTACACATCCAGAAAGAAACAACACCAGACCATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118206 TAACAGAAGATGTGTACACATCCAGAAAGAAACAACACCAGACCATGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CATTATTTTTGTGCATTAAATACTCTTCAGTACAAGAAGAAAATAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118256 CATTATTTTTGTGCATTAAATACTCTTCAGTACAAGAAGAAAATAGCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTTAGAACCTCTACTTGGGTACATGCAAGCTCAG         ATAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118306 GTTAGAACCTCTACTTGGGTACATGCAAGCTCAGGTA...CAGATAAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TCTTTAAGATGGGTTCTGAAAATCTTAATGAACAACTGGAAGAATTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119519 TCTTTAAGATGGGTTCTGAAAATCTTAATGAACAACTGGAAGAATTTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCTAATATTGGAACAAGCGTTCAGAA         TGTTCGCAGGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119569 GCTAATATTGGAACAAGCGTTCAGAAGTA...CAGTGTTCGCAGGGAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 GGACAGTGATATAGAGACCATGCAACAGACAATAGAGGATTTGGAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120325 GGACAGTGATATAGAGACCATGCAACAGACAATAGAGGATTTGGAAGTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CCAGTGATCCCTTATATGTGCCTGACCCAGACCCCACCAAATTTCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120375 CCAGTGATCCCTTATATGTGCCTGACCCAGACCCCACCAAATTTCCTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AATCGAAATTTAACCCGAAAGGCTGGATACCTTAATGCTAGGAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120425 AATCGAAATTTAACCCGAAAGGCTGGATACCTTAATGCTAGGAAGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    864    TAAAACAGGCTTGGTGTCATCTACCTGGGACAGACAGTTTTACTTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121474 CAGTAAAACAGGCTTGGTGTCATCTACCTGGGACAGACAGTTTTACTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CGCAGGGTGGAAATTTAATGAGTCAGGCCCGTGGGGATGTAGCAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121524 CGCAGGGTGGAAATTTAATGAGTCAGGCCCGTGGGGATGTAGCAGGAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTGGCCATGGACATAGACAACTGTTCAGTGATGGCTGTGGACTGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121574 CTGGCCATGGACATAGACAACTGTTCAGTGATGGCTGTGGACTGTGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAGACGATATTGTTTTCAGATCACCTCTTTCGATGGAAAAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121624 CAGACGATATTGTTTTCAGATCACCTCTTTCGATGGAAAAAAGTT...CA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1053  ATCTTCAATTTTGCAAGCAGAGAGTAAAAAAGATCATGAAGAG      
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 124385 GATCTTCAATTTTGCAAGCAGAGAGTAAAAAAGATCATGAAGAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096    TGGATCTGTACAATAAACAACATATCTAAACAAATATACTTAAGTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125796 CAGTGGATCTGTACAATAAACAACATATCTAAACAAATATACTTAAGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 AAATCCAGAG         GAAACTGCTGCACGAGTAAATCAATCAGCTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125846 AAATCCAGAGGTA...TAGGAAACTGCTGCACGAGTAAATCAATCAGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TGGAAGCTGTCACTCCTTCCCCATCTTTCCAGCAGAGGCACGAGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129105 TGGAAGCTGTCACTCCTTCCCCATCTTTCCAGCAGAGGCACGAGAGCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CGGCCAGCAGCAGG         ACAATCTCGGCCACCGACAGCTCGAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 129155 CGGCCAGCAGCAGGGTA...TAGACAATCTCGGCCACCGACAGCTCGAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CAGCAGTTCAGGATCCTTAGGATCTGAGTCTACAAATTTGGCTGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129390 CAGCAGTTCAGGATCCTTAGGATCTGAGTCTACAAATTTGGCTGCCCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CTCTAGATTCTCTTGTTGCCCCAGACACCCCAATACAGTTTGACATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129440 CTCTAGATTCTCTTGTTGCCCCAGACACCCCAATACAGTTTGACATAATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TCTCCTGTGTGTGAAGATCAGCCTGGCCAGGCAAAAGCCTTTGGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129490 TCTCCTGTGTGTGAAGATCAGCCTGGCCAGGCAAAAGCCTTTGGCCAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AGGCAG         GCGTACAAATCCATTTGGAGAATCTGGAGGAAGTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129540 AGGCAGGTG...TAGGCGTACAAATCCATTTGGAGAATCTGGAGGAAGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 CAAAATCTGAAACTGAAG         ATTCTATTCTTCATCAGTTATTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 131180 CAAAATCTGAAACTGAAGGTA...TAGATTCTATTCTTCATCAGTTATTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 ATTGTCCGATTCCTTGGTTCAATGGAGGTGAAATCAGATGACCATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131985 ATTGTCCGATTCCTTGGTTCAATGGAGGTGAAATCAGATGACCATCCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 TGTTGTTTATGAAACTATGCGCCAAATCTTAGCTGCCCGGGCCATCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132035 TGTTGTTTATGAAACTATGCGCCAAATCTTAGCTGCCCGGGCCATCCATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 ACATCTTTCGTATGACAGAATCGCATTTATTAGTCACTTGTGACTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132085 ACATCTTTCGTATGACAGAATCGCATTTATTAGTCACTTGTGACTGTTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 AA         GTTAATTGATCCACAGACACAAGTTACAAGGCTCACG  
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132135 AAGTA...TAGGTTAATTGATCCACAGACACAAGTTACAAGGCTCACGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1696        TTTCCATTACCTTGTGTAGTTTTGTATGCTACACACCAGGAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132273 G...CAGTTTCCATTACCTTGTGTAGTTTTGTATGCTACACACCAGGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 ATAAGCGCCTTTTTGGATTTGTTCTTCGGACATCAAGCGGGAGAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132788 ATAAGCGCCTTTTTGGATTTGTTCTTCGGACATCAAGCGGGAGAAGTGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 AGTAATCTGTCATCAGTCTGCTATATATTTGAGTCAAACAATGAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132838 AGTAATCTGTCATCAGTCTGCTATATATTTGAGTCAAACAATGAGGGGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 AAAG         ATATGTGATTCTGTTGGACTGGCAAAACAGATAGCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132888 AAAGGTA...TAGATATGTGATTCTGTTGGACTGGCAAAACAGATAGCTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 TGCATGCTGAACTG         GATCGTAGGGCATCAGAAAAACAAAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 139896 TGCATGCTGAACTGGTA...TAGGATCGTAGGGCATCAGAAAAACAAAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1921 GAAATAGAGAGAGTAAAAGAGAAGCAACAGAAAGAACTCAATAAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140542 GAAATAGAGAGAGTAAAAGAGAAGCAACAGAAAGAACTCAATAAACAAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 ACAGATTGAAAAG         GACTTGGAAGAACAAAGTCGGTTGATAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 140592 ACAGATTGAAAAGGTA...TAGGACTTGGAAGAACAAAGTCGGTTGATAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2012 CTGCTTCCAGTAGACCAAACCAAGCCAGTAGTGAGGGGCAGTTTGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141686 CTGCTTCCAGTAGACCAAACCAAGCCAGTAGTGAGGGGCAGTTTGTTGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2062 CTTAGCAGTAGCCAGTCAGAAGAGAGTGATTTGGGAGAAGGAGGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141736 CTTAGCAGTAGCCAGTCAGAAGAGAGTGATTTGGGAGAAGGAGGAAAGAA

   2300     .    :    .
   2112 GAGAGAATCAGAAGCA
        ||||||||||||||||
 141786 GAGAGAATCAGAAGCA